Leonardo, nel corso della sua vita, ha avuto un grandissimo interesse per un elemento naturale di rilevante importanza, un elemento da cui tutte le forme organiche dipendono: l’acqua. L'Artista l’ha indagata cercando il modo di rappresentarla in disegni e pitture; l’ha studiata per la sua natura fisica e per la sua importanza per la vita; l’ha osservata per progettare opere di ingegneria idraulica e macchine per deviare, sollevare, rallentare e misurare l’acqua. Questo è il genio di Leonardo.

L’acqua, per Leonardo, ha un ruolo importante e la biologia moderna lo conferma. Oggi sappiamo che tutti gli organismi viventi necessitano di acqua per le loro funzioni corporee e la vita è iniziata proprio da essa. Leonardo è stato quindi un precursore in questo campo della scienza poiché considerava l’acqua “vettore e matrice di vita”( F. Capra).

Nei suoi dipinti Leonardo rappresentò l’acqua non solo come vettore di vita in senso scientifico, ma anche, simbolicamente, in senso religioso. Per la religione cristiana che aveva un ruolo importante ai tempi di Leonardo, l’acqua era il tramite attraverso cui i fedeli ricevevano il battesimo: una nuova vita spirituale, una rinascita. Nella Vergine delle Rocce viene ritratto l’incontro tra Gesù bambino e il piccolo San Giovanni Battista. La scena è ambientata davanti a una grotta e Leonardo la trasforma in una complessa meditazione sul destino di Cristo, meditazione che si esprime attraverso i gesti dei quattro protagonisti e nel complicato simbolismo delle rocce e della vegetazione che la circondano. L’Angelo indica il Battista con un gesto della mano, il quale a sua volta spinge la nostra attenzione verso Cristo, mentre Maria protegge i due bambini con le braccia protese verso di loro. Il corso d’acqua sullo sfondo è l’elemento vivificatore sia nella realtà della Terra che nell’esistenza dell’uomo.