Родился в г. Феодосии в семье садовника.

Первые музыкальные впечатления получил слушая пение под аккомпанемент гитары своей матери.

Имя Захария Кипченко было известно далеко за пределами Украины, однако критика к нему, как ни к кому другому, была строга и часто несправедлива: число недоброжелателей превосходило число его друзей.

Первым учителем Захария Кипченко был гитарист-семиструнник Д. С. Попов, неплохо игравший композиции Сихры, Моркова, Высотского.

Ему впоследствии были посвящены музыкальные произведения Кипченко (одно из них — «К другу»). Параллельно Кипченко проходил теорию музыки и гармонию у своего брата Георгия Ивановича, композитора и дирижера симфонического оркестра, умершего за дирижерским пультом от инфаркта в 1934 г. Ему посвящена фантазия на тему украинской народной песни «Ехал казак за Дунай». Одним из учителей З. И. Кипченко был гитарист Н. Н. Палтов, ученик знаменитого Деккер-Шенка. В течение ряда лет Кипченко, Палтов и Попов играли ансамблем.

Во время своего пребывания в Петербурге Захарий Иванович и сам обучался у виртуоза И. Ф. Деккер-Шенка, которого почитал всю свою жизнь, любя называл Декрешенко.

До 1907 г. Кипченко работал в Ялте преподавателем игры на гитаре и мандолине, а также гастролировал как исполнитель.

В Ялте в 1906 г. у него брал уроки ставший впоследствии известным педагогом семиструнник В. М. Кузнецов, издавший свою школу игры на гитаре, а также брошюру «Анализ строя 6-струнной и 7-струнной гитар». В 1907 г. Захарий Иванович приезжает в Одессу, где уже давал сольный концерт в 1904 году в зале Одесского благородного собрания, и остается в этом городе навсегда.

Он проживал по адресу: ул. Подбельского, 30, кв. 5. Ему приходилось сотрудничать со многими известными певцами и музыкантами.

Так, в Ялте он работал с арфистом Амосовым, гастролировал по Украине с известной московской певицей Вяльцевой, успешно играл дуэтом с одесским гитаристом и художником Крихацким, с которым часто организовывал домашние музыкальные вечера.

Был дружен с гитаристом В. П. Лебедевым.

Произведения Кипченко издавались в Киеве в нотопечатне И. И. Чоколова.

Среди них: «Марш друзей», Ноктюрн, обработки оперных арий и украинских народных песен. В 1916-1919 гг. он вел гитарные курсы, а также играл в танцклассе на ул. Градоначальницкой в Одессе.

Есть сведения, что Захарий Иванович выступал в Ливадии перед семьей Николая Второго.

В 1930-1940-х годах он руководил кружком народных инструментов в ремесленном училище, затем работал в театральном оркестре, на музыкальной фабрике и играл в ансамбле гитаристов под руководством директора этой фабрики А. В. Шуляковского, а с 1953 г. — преподавателем домры и гитары в музыкальной школе для взрослых.

Среди немногочисленных друзей Кипченко — дипломант Всероссийского конкурса исполнителей на народных инструментах в Москве в 1939 г. К. М. Смага, который писал в 1952 г.: «З. И. Кипченко принес большую пользу делу развития гитарной музыки как гитарист-исполнитель, композитор и педагог.

Мне лично в начале изучения гитары приходилось играть его произведения и слышать их в исполнении других солистов». Кипченко был обладателем инструментов известных гитарных мастеров — Пассербского и Циммермана, но играл преимущественно на 6-струнной гитаре, терзаясь двойственностью строя, проклиная изобретателя 7-струнной, т. к. одновременно играть и на том и на другом инструментах очень трудно.

Основываясь на своем богатом опыте исполнителя и педагога, он составил восемь правил гитариста и рекомендовал их молодым исполнителям.

Эти правила актуальны и сейчас.

Мнения о мастерстве Кипченко были разноречивы.

Так, например, известный московский исполнитель, педагог, редактор журнала «Гитарист» В. Русанов негативно отзывался в своих заметках об игре Кипченко.

Другой известный московский гитарист и педагог, создатель школы игры на гитаре, П. С. Агафошин отмечал, что «игра Кипченко смелая, хотя несколько с апломбом». Все рукописи З. И. Кипченко и его заметки по методике обучения собрал и хранил известный историк гитары, общественный деятель, кандидат химических наук А. Я. Ларин. Он причислял Захария Ивановича к таким известным русским гитаристам, как В. М. Кузнецов, А. В. Попов, Л. В. Девятов.

Последние годы своей жизни Кипченко провел в нищете и одиночестве.

К нему редко кто заходил.

Он стал нервным и разочарованным.

Немногочисленные его ученики старались помогать ему продуктами.

Во время этих посещений Захарий Иванович оживлялся, рассказывая разные истории и случаи из своей долгой жизни, вспоминая молодость.

Инструменты, вещи и ноты он завещал своей племяннице, которая его досматривала и похоронила.

Дальнейшая их судьба неизвестна.

Скончался З. И. Кипченко 15 января 1968 г. Похоронен на 2-м Христианском кладбище.