Antes de la invasión religiosa europea, especialmente la Morava a la región de la Mosquitia Hondureña Los Misquitos eran politeístas. Creían en la existencia de muchos dioses y espíritus encarnados en los elementos y astros de la tierra, entre ellos mencionamos:

• Prahaku = dios del viento

• Kumadora = diosa del arcoiris

• Wandisi = Nuestro Padre

• Kati = diosa de la Luna

• Li Dawanka = dios de la lluvia

• Yulapta = dios del sol

• Alwalani = dios del trueno

El aspecto religioso estaba representado por un “Zukia” o brujo quién era su guia espiritual y curandero del pueblo. Algunos Zukias eran curanderos, otros denominados “Yumuka uplika” eran especialistas en la “liberación de espíritus de los animales” y los “upla aikra” se especializaban en la Magia negra. Éstos eran los más buscados cuando se quería matar a una persona.

Los Zukias siempre eran consultados en cualquier toma de desición importante y también eran las personas encargadas de mantener el equilibrio perfecto entre el pueblo y la naturaleza.

En la actualidad, el Pueblo Misquito a transformado gran parte de sus creencias religiosas. Algunos profesan la religión Católica, otros la evangélica y la mayoría aún profesa la antigua religión Morava que llegó a Honduras en la década de 1930 procedentes de Europa.