O CBTermo nasceu em 2000, como parte integrante do XII Congresso Brasileiro de Engenharia Química, realizado em Águas de São Pedro (SP) e organizado de forma conjunta pela Faculdade de Engenharia Química da UNICAMP e pelo Departamento de Engenharia Qumica da UFSCar. Naquela primeira edição, o evento ainda não se chamava CBTermo e respondia pelo nome de EQUIFASE.BR, (denominação emprestada da série de conferências ibero-americanas Equifase). Nas edições seguintes, o CBTermo continuou a ser realizado em conjunto com o COBEQ, com organização do Prof. Martín Aznar. Em 2011, com o consenso de que existia massa crítica suficiente dentro da comunidade de Termodinâmica no Brasil, o CBTermo foi realizado na Bahia como um evento independente, previsto para ser realizado em anos alternados com o COBEQ. Os eventos seguintes foram realizados em Minas Gerais, Sergipe, Rio Grande do Sul, Rio de Janeiro, e agora é recebido em São Paulo.