凤山寺原址建于1836年,位于丹戎巴葛的青山亭,由中国福建省南安县移民修建,1868年進行重修。1907年,该土地被政府征用,用于直落亚逸湾的填海工程,寺庙受托人得到了50000美元的补偿。寺庙的受托人用这笔钱从市政工程师萨姆·汤姆林森(英語:Sam Tomlimson)手中以999年的租约购买了穆罕默德苏丹路的土地。
凤山寺建于1908年至1913年,由中国福建省南安县移民用中国进口材料修建。其中一位建设者是新加坡早期的华人先驱者、领导人梁壬癸。凤山寺建在一座小山上,曾经可以从这里眺望海景,但由于高层房屋建设,观海视线已被遮挡。寺庙附近现在主要有酒吧、餐馆和公寓。
林谋盛
寺庙董事会的主要负责人是二战英雄林谋盛的父亲林路。这座寺庙于1913年竣工,耗资5.6万美元。
1914年林箕当、洪光腾、董泰和、洪神扶、林箕菊、侯西反等先贤,有鉴于河水山与珍珠山一带大量儿童因经济困难而失学,建议在凤山寺设两间教室,收容学生上学。
凤山寺分别於1934年和1962年进行了翻修。1970年,寺庙没有按照修复指南进行翻修,一些特征被移除。当时一个主要的变化,是在整个大殿的桁架上增加了华丽的金色雕刻,现在可能已经被移除。
1973年2月,鳳山寺移交新加坡南安會館進行管理。直到1978年11月10日,凤山寺才被列为新加坡国家古迹。