口頭発表 (Oral)
・Yoshioka Y「eDNA metabarcoding analyses on coral reefs」OIST-BRC Workshop on Environmental DNA (eDNA) Metabarcoding System for Coral Reef Survey （2025年4月18日、Taipei city, Taiwai）
・Yoshioka Y「Genomic studies on coral-algal symbiosis」Taiwan-UK-Japan Workshop on Marine Genomics and Single-Cell Transcriptomics（2025年1月22日–23日、Taipei city, Taiwai）
・善岡祐輝、金井恵、宜志富紹吾、新垣奈々、古井戸樹、新里宙也、井上潤、長田智史、佐藤矩行「Dynamic gene rearrangements of mitochondrial genome in the Subclass Octocorallia (Cnidaria: Anthozoa) (八放サンゴ類のミトコンドリアゲノムに散見する遺伝子再編成)」第26回日本進化学会（O8-4、2024年8月21–24日、神奈川県平塚市）
・善岡祐輝、Yi-Ling Chiu、内田大賀 、山下洋、鈴木豪、新里宙也「ウスエダミドリイシの初期生活期における共生関連遺伝子」第26回日本サンゴ礁学会大会（O-21、2023年11月23–26日、宮城県仙台市）
・善岡祐輝、新里宙也「サンゴ-褐虫藻共生系の分子機構：異なる褐虫藻に対する宿主の遺伝子応答から探る」第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会合同大会（演題9-3、2022年10月1–2日、東京都文京区）●ベストプレゼンテーション賞受賞 [Link1] [Link2]
・善岡祐輝、山下洋、邱顗陵、蔡品萱、座安佑奈、鈴木豪、識名信也、新里宙也「サンゴ特異的 Notch 様遺伝子が、褐虫藻との共生関係を制御している？」第22回日本サンゴ礁学会大会（O-33、2019年11月8–11日、北海道札幌市）
・善岡祐輝、山下洋、座安佑奈、神田美幸、將口栄一、佐藤矩行、鈴木豪、新里宙也「全ゲノムトランスクリプトーム解析による自然環境中のサンゴ-褐虫藻共生メカニズムの解明の試み」第21回日本サンゴ礁学会大会（O-42、2018年11月22–25日、沖縄県宜野湾市）
・善岡祐輝、鈴木淳、酒井一彦、井口亮「褐虫藻に依存しないコユビミドリイシの高温ストレス耐性」第20回サンゴ礁学会大会（O-4、2017年11月23–26日、東京都目黒区）
ポスター発表 (Poster)
・善岡祐輝、鈴木豪、佐藤 矩行、將口栄一、新里宙也「サンゴにおける共生様式の進化をゲノム解析から明らかにする」第27回日本進化学会（P-38、2025年滋賀県長浜市）
・善岡祐輝、永田史彦、野中正法、佐藤 矩行「沖縄美ら海水族館で長期飼育中のクサビライシ科4種のミトコンドリアゲノム」第27回日本サンゴ礁学会大会（P-39、2024年11月28–12月1日、宮崎県宮崎市）
・善岡祐輝、新里宙也「 Evolutionary strategy of the coral Montipora」第25回日本進化学会（P-34、2023年8月31–9月3日、沖縄県那覇市）
・善岡祐輝、山下洋、鈴木豪、新里宙也「共生開始時におけるウスエダミドリイシの異なる褐虫藻株に対する遺伝子発現応答の網羅的比較」第25回日本サンゴ礁学会大会（P-49、2022年11月11–13日、沖縄県石垣市）
・善岡祐輝、鈴木豪、山下洋、座安佑奈、新里宙也「系統特異的遺伝子群が駆動するコモンサンゴの進化」第24回日本サンゴ礁学会大会（P-17、2021年11月27–29日、オンライン）
・Yoshioka Y, Yamashita H, Suzuki G, Zayasu Y, Tada I, Kanda M, Satoh N, Shoguchi E, Shinzato C「Whole genome transcriptome analyses of native symbionts reveal host coral genomic novelties for establishing coral-algae symbioses」14 th International Coral Reef Symposium (ICRS2021-668, 2021/7/19–23, Online & Bremen, Germany)
・善岡祐輝、山下洋、鈴木豪、新里宙也「高精度な比較ゲノムを可能とするミドリイシ科サンゴからの遺伝子モデル構築」第23回日本サンゴ礁学会大会（P-14、2020年11月21–23日、オンライン）
・善岡祐輝、井口亮「大規模白化が予想された2016年夏をサンゴは乗り切れたのか-コユビミドリイシでの事例-」第19回日本サンゴ礁学会大会（P-43、2016年12月1–4日、沖縄県那覇市）●優秀発表賞受賞 [Link]
・Yoshioka Y, Arakaki S, Tanabe T, Yamashiro H, Iguchi A「Metabarcoding approach for profiling coral-associated microbial community of diseased coral around northern limit area」Joint meeting of the 22nd International Congress of Zoology (ICZ) & the 87th meeting of the ZSJ（2016/11/14–19, Ginowan-shi, Okinawa, Japan）
・Yoshioka Y, Sakumoto T, Tanabe T, Iguchi A「Presence Of Enzyme Genes To Digest Carbohydrate In Coral Genome And Their Possible Roles In Coral Life History」 8th International Conference on Marine Pollution and Ecotoxicology （2016/6/20–24, Hong Kong, China）
・善岡祐輝、新垣沙希、山城秀之、井口亮「メタバーコーディング解析による感染症罹患サンゴ細菌叢の網羅的把握 〜MiSeq によるアプローチ〜」第18回マリンバイオテクノロジー学会大会（PA-4、2016年5月28–29日、北海道函館市）
・善岡祐輝、佐久本太一、田邊俊朗、井口亮「サンゴゲノムに存在する糖質加水分解酵素のタンパク質・遺伝子レベルでの機能解析」第18回日本サンゴ礁学会大会（P-19、2015年11月26–29日、東京都港区）
共同発表者としての発表
・儀武滉大、喜瀬浩輝、善岡祐輝、中島祐一、齋藤直輝、酒井一彦、安田仁奈、井口亮「緯度クラインにおけるコユビミドリイシの微生物叢の解明と機能の検討」第27回日本サンゴ礁学会大会（P-39、2024年11月28–12月1日、宮崎県宮崎市）
・鈴木豪 、田代郷国、善岡祐輝、新里宙也、酒 井一彦「スマートフォンの携帯通信網を利用したミドリイシ属サン ゴの産卵観測装置の開発」第27回日本サンゴ礁学会大会（P-39、2024年11月28–12月1日、宮崎県宮崎市）
・儀武滉大、喜瀬浩輝、善岡祐輝、中島祐一、齋藤直樹、酒井一彦、安田仁奈、井口亮「緯度クラインにおけるコユビミドリイシの微生物叢解析」日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会2024（2024年9月13–16日、島根県松江市）
・James D Reimer、高橋海里、Timotheus M van den Eeckhout、Chloe JL Fourreau、水上伊織、Joseph Proietti、Guillermo Mironenko Castell、恒松雄太、成瀬貫、善岡祐輝、將口栄一、Julia Vilaca 、喜瀬浩輝、酒井隆一、山下洋「Evolution and ecology of azooxanthellate cave-living Palythoa spp.」第95回日本動物学会（2024年9月12-14日、長崎県長崎市）
・西岡咲子、宮田楓、井上泰彰、青山華子、善岡祐輝、三浦夏子、山根雅之、本田大士、高木俊幸「日焼け止め成分オキシベンゾンのサンゴ生態リスク評価および高水温ストレスとの比較遺伝子発現解析」第26回日本サンゴ礁学会大会（O-23、2023年11月23–26日、宮城県仙台市）
・内田大賀、善岡祐輝、新里宙也「サツマハオリムシのゲノム解析と組織別トランスクリプトーム解析による共生関連遺伝子の探索」第81回日本寄生虫学会東日本支部大会・日本共生生物学会第6回大会合同大会（演題1-3、2022年10月1-2日、東京都文京区）
・新里宙也、竹内猛、善岡祐輝、多田一風太、神田美幸、井口亮、日下部誠、佐藤矩行、井上麻夕里「ハマサンゴ、その「コンサバ」なゲノム戦略」第24回日本サンゴ礁学会大会（O-5、2021年11月27-29日、オンライン）
・井上広滋、善岡祐輝、田中裕之、金城梓、佐々三依子、植田育男、新里宙也、豊田敦、伊藤武彦「ミドリイガイ全ゲノム配列の解明と足糸関連遺伝子の探索」令和3年度日本水産学会春季大会（2021年3月26-30日、オンライン）
・吉田悠、善岡祐輝、八巻鮎太、佐々木章、井上広滋、新里宙也「サツマハオリムシの全ゲノム解読と遺伝子予測」令和3年度日本水産学会春季大会（2021年3月26-30日、オンライン）
・新里 宙也、Konstantin Khalturin、井上潤、座安佑奈、神田美幸、川満真由美、善岡祐輝、山下洋、鈴木豪、佐藤 矩行「18種のミドリイシ科サンゴの全ゲノム解読が明らかにする、ミドリイシ属の環境適応戦略」第23回日本サンゴ礁学会大会（O-31、2020年11月21-23日、オンライン）
・山下 洋、鈴木 豪、新里 宙也、善岡祐輝「Durusdinium属褐虫藻とAcropora tenuis幼生の初期共生」第22回日本サンゴ礁学会大会（O-30、2019年11月8-11日、北海道札幌市）
・Iguchi A, Nishijima M, Yoshioka Y, Miyagi A, Miwa R, Suzuki A, Tanaka Y, Matsui T, Igarashi Y, Okamoto N「Application of DNA barcoding to deep-sea amphipods around cobalt-rich ferromanganese crusts and a selection of candidate species for connectivity analysis」AGU Fall Meeting (2018/12/10-14, Washington, D.C. )
・井口亮、善岡祐輝、野田沙樹、安田弘之、飯田順子、財津桂「高いストレス耐性を持つサンゴのマルチオミックス解析」第12回メタボロームシンポジウム（2018年10月17-19日、山形）
・高木俊幸、善岡祐輝、座安佑奈、佐藤 矩行、新里宙也「RNA-Seqを用いた病原細菌Vibrio coralliilyticus感染に対するサンゴ免疫応答の解析」第41回日本分子生物学会年会（2018年11月28-30日、神奈川県横浜市）
・髙木俊幸、善岡祐輝、大野良和、座安佑奈、佐藤 矩行、新里 宙也「病原細菌Vibrio coralliilyticusに対するサンゴAcropora digitifera免疫応答のトランスクリプトーム解析」第32回日本微生物生態学会（2018年7月12-13日、沖縄県宜野湾市）
・井口亮、善岡祐輝「サンゴの環境応答に見られる種内変異を褐虫藻との共生関係から探る」第65回日本生態学会（2018年3月14-18日、北海道札幌市）
・宮城愛夏、渡邊謙太、善岡祐輝、井口亮「琉球列島の森林に棲み分ける近縁低木2種における共生菌根菌の多様性評価」第65回日本生態学会（2018年3月14-18日、北海道札幌市）
・和田直久、井口亮、占部雄太、林修史、善岡祐輝、河鍋咲恵子、間野伸宏「Black Band Diseaseのバンド内における細菌群の構成と局在性」第20回日本サンゴ礁学会大会（O-16、2017年11月23-26日、東京都目黒区）
・宮城愛夏、善岡祐輝、井口亮、山城秀之、酒井一彦、林正裕、鈴木淳、野尻幸宏「海洋酸性化が付着生物の加入定着に及ぼす影響評価実験」第20回日本サンゴ礁学会大会（P-25、2017年11月23-26日、東京都目黒区）
・宮里春奈、善岡祐輝、田邊俊朗、井口亮「ハマサンゴ (Porites australiensis)のセルラーゼの探索と活性評価」第20回日本サンゴ礁学会大会（P-46、2017年11月23-26日、東京都目黒区）
・頼末武史、善岡祐輝、井口亮「日本のチシマフジツボ集団に外来遺伝子型の侵入は起きているか？」2017年度日本付着生物学会（2017年10月21-22日、東京都港区）
・井口亮、善岡祐輝、熊谷直喜、中島祐一、鈴木淳、酒井 一彦「コユビミドリイシサンゴの高温ストレス耐性はサンゴホストの遺伝的変異で決まる」第19回マリンバイオテクノロジー学会大会（2017年6月3-4日、宮城県仙台市）
・將口栄一、善岡祐輝、新里宙也、佐藤矩行「サンゴ Acropora digitifera に共生する褐虫藻のオルガネラゲノムの多様性」第41回日本藻類学会（2017年3月23-26日、高知県高知市）
・頼末武史、善岡祐輝、井口亮「博物館標本を利用したチシマフジツボの過去と現在における遺伝的集団構造の比較」第64回日本生態学会（2017年3月14-18日、東京都新宿区）
・新垣沙希、小島まり、善岡祐輝、井口亮「緯度ごとに変化する遺伝的多様性−亜熱帯北限域生物個体群を用いた一般化の試み−」第19回日本サンゴ礁学会大会（P50、2016年12月1-4日、沖縄県那覇市）
・Arakaki S, M Kojima, Yoshioka Y, Iguchi A「Abundant center hypothesis across tropical organisms along the Ryukyu Archipelago」 Joint meeting of the 22nd International Congress of Zoology (ICZ) & the 87th meeting of the ZSJ（2016/11/14-19, Okinawa, Japan）
・Iguchi A, Ohno Y, Bell T, Yoshioka Y, Kumagai NH, Nishida K, Yokoyama Y, Sakai K, Suzuki A「Responses of coral calcification to environmental changes: the roles of hosts and symbionts」 8th International Conference on Marine Pollution and Ecotoxicology（2016/6/20-24, Hong Kong, China）
・小島まり、善岡祐輝、藤田喜久、佐藤琢、井口亮「北限集団の遺伝的多様性は低いか～熱帯性生物の事例～」第18回日本サンゴ礁学会大会（P-31、2015年11月26-29日、東京都港区）