בשנת תשס"א, (חודש אלול תש"ס), לאחר לחץ של אחד מתלמידי המחזור אשר למד אצל הרב יגאל למן כיתה ד ועד כיתה ח' – "אולי תפתח לנו ישיבה, שאם לא כן להיכן נלך עכשיו" , נוסדה הישיבה "ישועת מרדכי" . לשאלת ראש הישיבה את התלמיד " מה נאכל?" השיבו הלה "לחם עם עובש, וגבינה עם ירוקת, או להיפך – לא חשוב מה נאכל, רק תפתח לנו משהו". ואכן עם שלושה תלמידים נפתחה הישיבה, באלול תש"ס, חודש ימים טרם פרוץ האינתיפאדה השנייה. לאחר כחודש ימים בראש השנה תשס"א, עם פרוץ האינתיפאדה השנייה, ראש הישיבה מגויס למשך חודש ימים. על התלמידים נכפה "בין הזמנים" לתקופה זו. עקב חסימות הצירים והתארכות הדרכים, נמנעו גם אנשי צוות שסייעו בהקמת הישיבה מלהגיע, ושוב נפל כל העול על כתפיו של ראש הישיבה. בתקופה זו אירעו גם פיגועי ירי רבים על כביש המנהרות המוליך אל הגוש, דבר שהרתיע תלמידים מלהצטרף לישיבה. למותר לציין כי הישיבה לא נהנתה מכל תקציב ממשלתי, כפי שעד היום אין היא זוכה לכל תקציב ציבורי, או לתמיכה כלשהי.
.
לאחר כשנה וחצי, בחדש אדר תשס"ב, עת מנתה הישיבה כבר שלושה עשר בחורים, בעקבות פניה של הרב אברהם קיפר, ראש מוסדות "נווה צביה", תלמידו של ר' אשר פרוינד, קבע הרב יגאל את משכנו, וכן את משכנה של ישיבתו, ביישוב נחליאל שבמערב בנימין.
השפעתה של הישיבה על היישוב ניכרה מייד בעצירת העזיבה, שהייתה ביישוב נחליאל בשיא האינתיפאדה השנייה. בשלב הבא המגמה התהפכה. בוגרים נישאו והקימו את ביתם ביישוב, משפחות מבחוץ חזרו להגיע. בראשית שנת תשס"ח אף הגיע גרעין תורני המונה כחמש עשרה משפחות מכולל מר"ץ שבמבשרת ציון, וקבע את משכנו ביישוב נחליאל.
כיום לומדים בישיבה כבר כארבעים בחורים , ובנוסף לכך חלק מהתלמידים כבר נישאו והקימו את ביתם סמוך לישיבה, כך שיוכלו להמשיך ולהתחנך גם בראשית בניית ביתם, וכך חוסים בצל הישיבה גם למעלה מעשרה אברכים, חלקם כבר התברכו גם בפרי בטן. לטובת האברכים הוקם בישיבה הכולל "אור אליסף".
החיילים המאבטחים את היישוב מתגוררים בסמוך לישיבה, וזוכים לא רק לחום , שיעורים מעניינים וכדו', כי אם גם למילוי כל מחסורם למן נייר טואלט ועד טוסטר.