個人的メモ

自分のための備忘録です。

勉強しながら加筆修正しているので、間違いを含んでいる可能性があります。

間違いや不適切なリンク等がありましたらお知らせいただけると幸いです。

R関連

ggplot2

• Top 50 ggplot2 Visualizations - The Master List (With Full R Code)

• Colors (ggplot2)

  • 配色について

• R {ggplot2} で 少し複雑なサブプロットが描きたい

• 学会発表のためのggplot2の設定めも

• ggplot2を拡張する（原題：Extending ggplot2）

• Rで解析:ggplot2でbeeswarmプロット「geom_beeswarm」パッケージ

• Rで解析：ggplot2でレーダーチャート「ggradar」パッケージ

• Extending ggplot2を訳しました

• Rで解析：データ特徴を図で確認「visdat」パッケージ

• レポート用オレオレggplot2設定

• ggplot2の自分用メモを作ろう

• Rで解析：時系列データの操作とggplot2のプロットに便利「ggpmisc」パッケージ

• Rで解析：ネットワークデータを表現するのに便利です「DOT」パッケージ

• Letter-value plots: Boxplots for large data

• Rで解析：インタラクティブにカラーコードを取得！「shinyjs」パッケージ

• Rで解析：データ配列からカラーパレット！「colormap」パッケージ

• Rでコマンド：意外に役に立つ文字列操作に関するコマンド

• 歩数データから行動パターンを抽出する話

• 複数のhistogramを重ねて描きたい

• Legends (ggplot2)

• An awesome RStudio addin for selecting colours, and another for adding marginal density plots to ggplot2

• Plotting means and error bars (ggplot2)

  • withinデザインデータで信頼区間を求める

• ggedit – interactive ggplot aesthetic and theme editor

• ggstance Horizontal ggplot2 components

• Announcing ggforce: Accelerating ggplot2

• ggplot2、grid、gtable、gridExtraの関係とか

  • 回帰直線の上に密度関数を重ね書きする方法が載っている

• ggplot smooth line glm model with given vector of weights

  • binomial regressionにおいて，0,1以外の割合データを用いる際の，geom_smooth(method="glm")の書き方

• Pretty histograms with ggplot2

  • ヒストグラムにグラデーションを付ける方法

• Create an annotation layer

  • annotation技。散布図で特定のエリアやデータに線を引いたり，強調したり

• ggplot2::geom_spokeで線分(スポーク)を描く

• ggplot2で分位点回帰直線

• ggplot2で棒グラフと散布図の組み合わせをつくってみる

• Rでインタラクティブなプロットを作ろう

• ggfan

  • 事後予測チェックに使える？

• ggplot-pipe.R

  • ggplot2で＋の代わりにパイプを使う方法！！

• ggforce

  • ※sinaplotを用いるための，geom_sina関数がある

• Data Visualization in R using ggplot2

• geom_flat_violin.R

  • 適用例：here

• Introducing Raincloud Plots!

• Rにやらせて楽ラクしよう — データの可視化と下ごしらえ

  • 総研大 岩嵜先生の素晴らしい解説

• Raincloud plotのShiny app

• 「Data Visualization A practical introduction」のオンライン公開版

• R for Psychological Science

• 被験者内データの可視化方法

• Rを用いた データ解析の基礎と応用2022

  • ゼミの資料これでいいのでは...

分析

• Rによる社会調査データ分析の手引き

  • 学生指導にかなり良さそう

• 心理学者のためのJASP入門(操作編)

• Statistical Methods for Behavioral and Social Sciences

  • すごいらしい

• 最尤推定法による反応時間の分析package "retimes"

• lme4などで線形混合モデルを行った際の多重比較用package "multcomp"

• afexパッケ―ジ

• 状態空間モデル

• 主成分分析（Pca）

  • HiRoshima.R(2016/2/20)

• カーネル密度推定とヒートマップ

• Rで機械学習（SVM）

• diffIRT：Diffusion IRTモデルのRパッケージ

• 反応時間データの記述的報告と可視化

• The RWiener Package

• rearrange() your correlations with corrr

  • Githubはここ

    • https://github.com/drsimonj/corrr

  • 前田先生による解説

    • https://beta.rstudioconnect.com/content/1328/

• eegUtils: an R package for EEG

• (R) precisの代わりにskimrを使うのだろうか？

• [R] {lavaan}におけるモデル式の記述方法

• Release the penguins

  • irisの代わりとなりうる、penguinsデータセット

• Mixedmodels-misc

  • 作者は lme4, glmmTMB, and glmmADMB パッケージのコントリビュータ

データハンドリング等

• The tidyverse style guide

  • 気を付けよう

• R初学者からよく質問されること

• 一つのコードファイル中での複数パッケージの読み込みを容易にする

• RStudio Cheat Sheets

• R における正規表現

• 数値ベクトルの対話的入力

• Rで解析：forコマンド処理の管理にとっても便利です「magicfor」パッケージ

• 細かすぎて使わないR小技集

• Rで繰り返しを含む数列の生成（rep関数,seq関数）

• Rで擬似データとして、正規分布に従う2次元データを作成する方法

• Rで全角を半角にする

• Rパッケージ開発時に利用するデータの種類とその使い分け

• Rで解析:CSVファイルをまとめて読み込み「readbulk」パッケージ

• Rで解析：Macで導入が面倒かもしれませんがオススメです！「sigclust2」パッケージ

• 【R】絶対に身につけて欲しいR術

• {stringr}/{stringi}とbaseの文字列処理について

• Rで解析：データを区分するのに便利です。「fancycut」パッケージ

• 整然データとは何か

• 複数の要因があるデータセットでtidyr::gather()するとき

• 臨床心理学におけるR入門: データハンドリングから統計解析まで

• 統計解析の再現可能性を高める取り組み

  • ※超重要！！！

• dplyr & purrr を用いたデータハンドリング

  • これも重要

• ExcelユーザーのためのR入門

• user2018-missing-data-tutorial

  • モダンなNAの扱い方

• Rの演算子特集

• 複数のファイルを一度に読みこむ方法

• Rで始める正規表現入門

Rmd

• R Markdown 入門

• R Markdown (get started, gallery)

• Compiling Notebooks from R Scripts

• knitrBootstrapを使ってHTMLレポートをかわいくする

• R Markdownで直接Wordドキュメント生成

• Happy collaboration with Rmd to docx

• R Presentationでいい感じのテーマといい感じのフォントを使う

• Authoring R Presentations

• HiRoshima.R#3

• R Presentationの書式設定について

• Rとウェブの融合（５）ーslidify、R Presentationー

• Reveal.js、Markdown、Githubでスライドを作成する。

• Hijiyama.R #4 資料置き場

• RSTUDIOではグラブれないけど、ブログれる

• Rで解析：インタラクティブなR Markdown「flexdashboard」パッケージ

• juba/rmdformats

  • Rmdのテンプレートが用意されている！！

• remedyパッケージ

  • ※すでに書いた文章を，Rmdに修正できるアドイン。すごい！！

• チャンクオプション一覧

• R Markdownのhtml_documentで指定できるyamlヘッダ項目について

  • yaml一覧が載っている！

• reticulate: R interface to Python

  • Rmdのチャンク内でPythonコードを呼ぶためのパッケージ

• R Markdown: The Definitive Guide

• Exploratoryでプレゼンテーションスライドを作る

  • xaringanの説明もある！！

• Remark使い方メモ（Markdown でスライドを作るやつ）

  • xaringanにも応用が利く

• How-To-Use-R-With-Excel.Rmd

  • ExcelからR使いに移行するために

• Create a site with Github/Gitlab

  • GitHubでアカデミックなサイトを作る

その他

• Rで解析：政府統計の総合窓口(e-Stat)データ取得に便利です！「estatapi」パッケージ

• R起動時に特定の処理を毎回実行する

• 関連性を持つ乱数の対

  • 任意の相関をもつ乱数を発生させる方法

• がんばろう！はじめてのDnn!

• こわくないRパッケージ開発！2016

• tabulizerパッケージによるPDF表データからのデータ取得

• Rで解析：画像操作の進化「magick」パッケージ

• imager: an R package for image processing

  • 画像のスクランブルも出来る

• Plate notation via Graphviz/RStudio

• RSTUDIOアドイン 10選

• R Markdown で作ったスライドに R で音声を吹き込む

• パイプ演算子 自作入門

• RStudioではじめるRプログラミング入門」の原著（Hands-On Programming with R）

• RでOCRしてみる（Tesseractパッケージ）

• 強化学習のための「自由エネルギー原理」概論 #0

• これからZOOMでオンライン授業をしようと思っている教員の方へ

• connected papers

  • 関連論文をネットワーク化して視覚的に表示してくれる

• 実験データ解析再入門：論文を「フェイクニュース」にしないために

  • 神谷先生によるまとめ

• 効果量に関するまとめ

  • easystatsパッケージを用いて

Stan

• 犬本サポートサイト

• Stanの便利な事後処理関数

• Stan のデータ型についてまとめてみた

• Stan超初心者講習

• 二つの時系列データの間に「差」があるか判断するには

• Stanで体重の推移をみつめてみた(状態空間モデル)

• ex-gaussian分布のパラメタをStanで推定

• bmlm: An R package for Bayesian MultiLevel Mediation models

• MCMCサンプルを{dplyr}で操る

• 【発表資料】要因計画データに対するベイズ推定アプローチ

• Bayesian Lassoで特徴選択

• ベイズ統計モデリングと心理学

• 様々な回帰モデルの書き方

  • 超有用

• Prior Choice Recommendations

• Bayesian Inference With Stan ~番外編~

  • ggmcmcってこんな便利だったのか...

• R で 状態空間モデル: 状態空間時系列分析入門を {rstan} で再現したい

  • コマンダー時系列本のモデルをrstanで書き直したもの

• brmsで欠測値処理をする場合

  • こちらも

• [R] fb Prophet の解剖で学ぶベイズ時系列モデリング

  • 読むべし

• R functions for Bayesian Model Statistics and Summaries #rstats #stan #brms

  • brmsfit、stanreg、stanfitオブジェクトを渡して要約可能（brmsfitから間接効果を計算することも！）

• Truncation: How does Stan deal with truncation?

  • truncationの説明に

• Windows上で、WSLを使ったUbuntuのRStudio Server環境構築、CmdStanRの使い方

• CmdStanRのコンパイルが速すぎたお話

• 【Tips】cmdstanr使うときの諸々

• An Introduction to Bayesian Data Analysis for Cognitive Science

Python

• reticulateパッケージでPythonを使う

• 【初心者向け】図解でわかるNumPyとデータ表現

• プログラミング演習 Python 2019

  • 京大による資料

• 1日で基本が身につく! Python超入門

Pythonで可視化

• Python:seabornで可視化

• 早く知っておきたかったmatplotlibの基礎知識、あるいは見た目の調整が捗るArtistの話

• seabornの細かい見た目調整をあきらめない

• matplotlib入門（りんごがでている）

• [Python] matplotlib: 論文用に図の体裁を整える

• matplotlibでジャーナルに投稿可能な図を作るためのメモ

• ggplot2使いのためのグラフseaborn, ggplot

• 
  

Julia

• RユーザーのためのJulia100問100答

統計

• 確率分布いろいろ

  • パラメータを自由に変えて分布形状の変化を確認できる！

• 全ての確率はコイン投げに通ず

• Univariate Distribution Relationships

• ブートストラップ法で信頼区間を求めるときの注意点

• Rを用いて主観的等価点（PSE）を求める

• 心理学者のためのベイズ統計入門

• Understanding Bayes: How to become a Bayesian in eight easy steps

• ベータ分布のパラメータを平均と分散から求める

• 統計的問題を回避するためのデータ解析のプロトコル (Zuur et al. 2010): 8 説明したい変数は独立と言えるのか？

• 反応時間データをBox-Cox変換する

  • なお元のデータに0以下の値が含まれている時はBox-Cox変換がうまくいかないので注意とのこと。ソース

• こんなグラフがあって「XX時には野生型と変異体で差があります」を言いたいときに使う検定

  • 追記： [Stan] 二つの時系列データの間に「差」があるか判断するには

• 母比率の検定： Excelによるカイ二乗検定，二項検定，Z検定，ｔ検定，逆正弦変換検定の利用

• 反応時間分析における外れ値の処理

• 分散分析表からベイズファクターを求める

• ベイズ主義による研究の報告方法

• An Introduction to Statistical Learning

• プロビット回帰分析

  • ロジスティック回帰分析とプロビット回帰分析の違い

• プリキュア600話分のサブタイトルを分析したら見えてきた事。テキストマイニング分析より

• 読めば必ずわかる分散分析の基礎

• Rで解析：欠損値の補完方法の一つです。「imputeMissings」パッケージ

• Interpreting Correlations an interactive visualization

• guess the correlation

• 森を彷徨う

• Introducing the ebbr package for empirical Bayes estimation (using baseball statistics)

• ロジット関数とロジスティック関数

• ロジスティック関数を直観的に理解する

• Rで学ぶ統計学 ロジスティック回帰分析

  • わかりやすい

• 指数分布とポアソン分布のいけない関係

• 偽相関の例

• 「内積が見えると統計学も見える」第5回 プログラマのための数学勉強会 発表資料

  • めちゃめちゃ分かりやすい...

  • 【数学】「内積」の意味をグラフィカルに理解すると色々見えてくる その１

• #barbarplots

• robustlmmパッケージのrlmerの推定結果からWald信頼区間を求める方法

• 『ベイズ統計の理論と方法』の行間を読む I

• BayesMed and statcheck

  • BFがp値よりも意思決定に適している理由

• Statistical Thinking for the 21st Century

• Ｒでクロス集計表の残差分析

• jamoviで学ぶ心理統計

• 『ガウス過程と機械学習』サポートページ

• 渡辺澄夫先生によるベイズ推測の説明

• 確率分布をさわれるShinyアプリ「確率分布Viewer」に新機能を追加しました！

• An Introduction to Hierarchical Modeling

  • 色んな混合モデルの書き方（shinyで雰囲気をあじわえる）

• 統計的因果推論入門の講義資料を公開しました

  • KRSKさんによるセミナースライド

機械学習

• 機械学習の情報を手法を中心にざっくり整理

• TensorFlow 入門

• ディープラーニング入門 Chainer チュートリアル 数学の基礎、プログラミング言語 Python の基礎から、機械学習・ディープラーニングの理論の基礎とコーディングまでを幅広く解説

  • このサイト一つでかなりのことが学べる気がする

• TensorFlow User Group Meetup - ベイズ分科会

  • 須山さんのトークとか

実験

• 無料＆簡単にオンライン予約システムが作れる「SELECTTYPE」レビュー

• ウェブブラウザで心理学実験と調査 jsPsych

• 修復ブラシ / スタンプで描画ツールの使い方

• いろいろneuromag

• Tobii EyeXで眼球運動計測するためのMatlabツールキット

• CHICAGO FACE DATABASE

• 顔刺激データベースの一覧1

• 顔刺激データベースの一覧2

• AISTの顔データベース

  • よさげ

• Columbia Gaze Data Set

  • Gaze Cueingの実験用のデータベース

• 心理量を含んだ形態パタンデータベースの開発

  • 無意味図形とか

• artisoc

  • マルチエージェントシミュレーション

• 心ポ（心理学ポータル）

  • 心理学の研究に関する文献情報を紹介するページ

• BOiS—Berlin Object in Scene Database

  • Change blindnessや，ビーダーマンの実験で使えそう

• SUN database

  • メーガンの2017PBR論文で用いられていた刺激セット

• Open Affective Standardized Image Set (OASIS)

  • ヒト，物体，動物，シーンに関する情動画像セット

• VRやAR研究で使用可能な，カラーの3Dオブジェクトデータベース

• Python implementation of Itti's saliency map

  • 顕著性マップについてはここが詳しい

    • http://fussy.web.fc2.com/algo/image3_saliency_map.htm

• 動きのある人の全身4Dスキャンデータセット「Dynamic FAUST」

• GoogleFormsとGoogleAppsScriptによる 経験サンプリング自動調査システム

• 視角、画面上の大きさ、ピクセル数の計算

• BBCが1万6000種類以上の「効果音」を無料公開 非営利目的での利用が可能

• 顔写真

• 機械学習を行う際に利用可能なデータセット

• IBM Research Releases ‘Diversity in Faces’ Dataset to Advance Study of Fairness in Facial Recognition Systems

  • 肌の色や性別のバランスの取れた顔画像データセット

• Swarthmore Cognitive Psychology Demos

  • 【重要】ブラウザ上で出来る認知実験のデモ（視覚探索や逆ストループ）

• PsychoPy Coderによる心理学実験作成チュートリアルまとめ

• 「Rで始める心理学Web実験」を書いた話

• 第25回KG-RCSPセミナー「社会的ジレンマ実験プログラムの開発と実践：oTreeを用いて」の資料

• Googleフォームによるウェブアンケートの作成

  • google spreadsheetと組み合わせてランダマイズしたりする

• SuperSaaS

  • 服部陽介さんが使っていた実験参加者募集システム

jsPsych

• jsPsych

  • 本家のチュートリアル

• jsPsychチュートリアル

  • 山形大学の小林さんによるチュートリアル

• jsPsychを用いた認知課題の作成

  • 専修大学国里先生によるチュートリアル

• Rで始める心理学Web実験

  • 専修大学安藤君の資料

• RとjsPsychで質問紙調査を作る、テキスト入力・リッカート・多肢選択の作成方法

  • 関西学院大学柏原君の資料

• 日本心理学会第85回大会TWS「はじめてのオンライン心理学実験・調査：jsPsychとlab.jsを用いた作成」サポートサイト

TED

• How we're teaching computers to understand pictures

• Your body language may shape who you are

• 笑い事ではないけど笑える本のデザインの話

• I listen to color

• 迫真の映像の作り方

• 他に例を見ない最高の幼稚園

その他

• 科研費.com

• 「VBとC#の微妙な違い…。」

• ThreadじゃなくTaskを使おうか？

• Mac の Visual Studio Code で C/C++/C# を実行する

• Mac 版 Visual Studio Code で C# アプリケーションを開発する（前編）

• 統計ダッシュボード

• csvshare

• Shiny100本ノックの進捗

• 経験サンプリングAtoZ

  • 日本社会心理学会第5回春の方法論セミナー

  • 伊藤さんのページ

• Hyper Collocation

  • 英語論文を書くときの文章表現の検索が可能

• データ分析や機械学習にバリバリ使える上にブラウザで使用できて環境構築不要のPython実行環境「Google Colaboratory」

• 人の認知・判断の特性と限界を考慮した自動走行システムと法制度の設計

• 色覚の多様性と色覚バリアフリーなプレゼンテーション

• どうすれば脳を「理解」できるのか

• キャプチャした数式をLaTexに変換するやつ

• プレゼンテーションのタイマーとして使えるオンラインツール

• 最新 心理学事典

• 全国都市交通特性調査（全国PT調査）

• 感覚・知覚・認識の基礎

  • 電子情報通信学会知識 の解説

• オープンイノベーション・プラットフォーム L-RAD

• 石井先生による社会心理学の講義資料

論文

• William Strunk, "The Elements of Style" (Japanese Translation)

• OSF (Open Science Framework) で、オープンな心理学研究を目指して

• 【サンプル・例文付き】 効果的な査読返答レター(rebuttal letter)で受理率向上

• 回答文ライブラリー

バージョン管理

• GitHub演習