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1. 角井敬知, 冨岡森理 (FY2023) 利尻島の水生生物の多様性解明と道北における生物多様性研究拠点創出. 北海道大学 令和5年度 次世代研究者リーダー育成共同研究助成. 【研究代表者】

2. 狩野泰則 (FY2022–2025) 網羅的サンプリングに基づく深海底生動物の多様化機構解明. 日本学術振興会 2022年度科研費基盤研究（B）.【研究分担者】

3. 白木祥貴 (FY2022) 浅海性ウミナナフシ類の多様性の解明. 公益財団法人水産無脊椎動物研究所 2022年度個別研究助成 (no. KO2022-04). 【共同研究者】

4. 藤田喜久 (FY2020–2024) 琉球列島の洞窟水圏環境における生物多様性の解明. 日本学術振興会 2020年度科研費基盤研究（B）.【研究分担者】

5. 宗像みずほ (FY2020–2022) 東日本における湧水性貝形虫の種多様性の解明. 公益財団法人水産無脊椎動物研究所 2020年度個別研究助成. 【共同研究者】

6. 辻本惠ら（計10名） (FY2020–2021) 南極沿岸・陸上生態系の保全に向けた生物多様性の解明. 南極地域観測第Ⅸ期計画「一般研究観測」.【共同申請者】

7. 角井敬知 (FY2019–2023) 海の底から泳ぎ出す：小型底生甲殻類による泳ぐ矮雄の獲得と進化史. 日本学術振興会 2019年度科研費基盤研究（C）.

8. 角井敬知 (FY2018, 2019) 南西諸島における汽水性タナイス目甲殻類の多様性と進化史. 公益信託ミキモト海洋生態研究助成基金.

9. 角井敬知 (FY2018) 微小水生甲殻類タナイス目の性表現と生殖様式に関する研究. 公益財団法人秋山記念生命科学振興財団 2018年度研究助成＜奨励＞.

10. 角井敬知 (FY2018) 南極沿岸生態系における微小動物相の多様性解明に向けて. 国立極地研究所 公募型「平成30年度研究集会」.

11. 角井敬知 (FY2018) 東京大学大気海洋研究所公募型 「平成30年度共同研究（柏地区外来研究員）」.

12. 角井敬知 (FY2018) 多系統群から探る普遍的な極限環境適応機構の解明. 平成30年度研究船利用公募. 国立研究開発法人海洋研究開発機構.

13. 角井敬知 (FY2017) 南極沿岸生態系における微小動物相の多様性解明に向けて. 国立極地研究所 公募型「平成29年度研究集会」.

14. 角井敬知 (FY2016–2018) 底生動物による海藻葉上固着生活獲得までの進化史の解明. 日本学術振興会 平成28年度科研費若手研究（Ｂ）.

15. 上野大輔, 角井敬知, 嶋田大輔, 伊村智, 辻本惠 (FY2016–2018) 南極沿岸・陸上生態系における微小動物相の多様性解明. 国立極地研究所 公募型「平成28年度国立極地研究所一般共同研究」. 【共同研究者】

16. 上野大輔, 下村通誉, 角井敬知 (FY2016) 八重山周辺海域に分布する小型甲殻類相のデータベース構築：１．内湾環境. 琉球大学熱帯生物圏研究センター 公募型「平成28年度共同利用研究」. 【共同研究者】

17. 角井敬知 (FY2016) 南極沿岸・陸上生態系における微小動物相の多様性解明に向けて. 国立極地研究所 公募型「平成28年度研究集会」.

18. 角井敬知 (FY2015) 汽水生小型甲殻類ネソタナイスの分類学的・生殖生物学的研究. 公益財団法人藤原ナチュラルヒストリー振興財団 平成26年度（第23回）学術研究助成.

19. 山崎博史, 角井敬知 (FY2014) うみさわ会（若手海洋生物研究者フィールドワークショップ）. マリンバイオ共同推進機構JAMBIO 公募型「平成26年度共同利用・共同研究」. 【共同申請者】

20. 角井敬知 (FY2014) 死サンゴ片堆積場（ガレ場）における小型無脊椎動物の多様性調査. 琉球大学熱帯生物圏研究センター 公募型「平成26年度共同利用研究」.

21. 角井敬知 (FY2014) タナイス目で見つかった，軟甲綱で初となる自家受精種の総合的研究. 公益財団法人日本科学協会 平成26年度笹川科学研究助成.

22. 角井敬知 (FY2012, 2013) タナイス目甲殻類の系統進化学的研究－出糸能力獲得の起源について－. 公益財団法人水産無脊椎動物研究所 2012年度育成研究助成.

23. 角井敬知 (FY2010, 2011) タナイス目甲殻類の多様性を生み出した“脚型”の進化史の解明. 日本学術振興会 平成22年度日本学術振興会特別研究員奨励費.