°Kitano YF, Fujii T, Oku Y, Nomura K, Tachikawa H & Fukami H, Molecular phylogeny and morphological variation of Euphyllia ancora. 4th Asia Pacific Coral Reef Symposium, BEC-18-524, Cebu, Phillipine ( 2018.6.3–6.8)
°Fujii T & Kumagai K N, The coral killing sponge Terpios hoshinota at Amamioshima Island, the northernmost outbreak. 4th Asia Pacific Coral Reef Symposium, ID173, Cebu, Phillipine ( 2018.6.3–6.8)
°Fujii T & Reimer J D, Phylogenetic relationships between the orders Zoantharia and Actiniaria (Cnidaria: Anthozoa: Hexacorallia) utilizing newly obtained specimens from Japan, 13th International Coral Reef Symposium, Honolulu, USA (2016. 6.19–6.24).
°Fujii T & Reimer J D, Biodiversity of order Zoantharia inside shallow water coral reef caves, Amakusa Biodiversity Symposium 2012, Kumamoto, Japan (2012. 12.1–12.4).
°Fujii T & Reimer J D, Phylogeny of the two ancestral hexacoral orders: Zoantharia and Actiniaria. 12th International Coral Reef Symposium, Cairns, Australia (2012. 7.9–7.13).
°Fujii T & Kumagai K N. Outbreak of the “black disease” cyanobacterial sponge Terpios hoshinota at Amamioshima Island, Japan. The 1st Maluku International Conference on Marine Science and Technoloty, Room 2 Parrarel 4, Ambon, Maluku - Indonesia (2018.10.24–10.26).
°Fujii T. Phylogeny of the skeltonless hexacorals. Kikai International Symposium for Coral Reef Sciences, 2015 Session4–4, Kagoshima, Japan (2015.8.22–8.25) (招待講演).
°Fujii T, Jimi N & Tachikawa H, Free-living scleractinian corals and its associated organisms from shallow water around Ryukyu Islands, Japan. Joint meeting of the 22nd International Congress of Zoology and the 87th meeting of Zoological Society of Japan, 620, Okinawa, Japan (2016.11.14–11.19).
°Fujii T & Reimer J D, Examination of possible chemosynthetic symbiosis in a sea anemone from shallow waters in Kagoshima Bay, Japan. 5th International Symposium on Chemosynthesis-Based Ecosystem, CBE5-127, Victoria, Canada (2013.8.18–8.23).
°Fujii T & Reimer J D, Phylogeny of undescribed zoanthid species distributed in the Pacific. 2nd Asia Pacific Coral Reef Symposium, Phuket, Thailand (2010.6.20–6.24).
°Fujii T & Reimer J D, Phylogeny of undescribed zoanthids found in the Ryukyus and the Galapagos. International Symposium on Marine Genomics 2009, P-36, Naha, Japan (2009.12.15–12.18).
°Fujii T, Obuchi M, Naruse T, Nakano R & Reimer JD, Poorly understood associations between Palythoa tuberculosa and other organisms. The 8th International Workshop on the Oceanography and Fisheries Science of the East China Sea, P-2, Okinawa, Japan (2011.11.24–11.25).
°藤井琢磨・間野伸宏・吉冨 友恭・渡辺 友美・鈴木良博・北田 貢. 水族展示に関する学部教育の実施. 第65回日本動物園水族館教育研究会, 口頭発表3, 荒尾市, 熊本県(2025.1.11–1.12).
°池西優希・鈴木武秀・柴崎康宏・間野伸宏・藤井琢磨・高井則之. カミツキガメが魚病細菌Edwardsiella ictaluriの拡散に及ぼす影響の検討. 令和6年度日本水産学会秋季大会, 2023, 京都市, 京都府(2024.9.24–9.27).
°岡村 潮・藤井琢磨・糸井史朗・髙井則之. 五島列島近海におけるムツ属魚類の生息状況. 令和6年度日本水産学会秋季大会, 2023, 京都市, 京都府(2024.9.24–9.27).
°藤井琢磨・出羽尚子. タッチ制限を伴うタッチプール展示の効果. 第63回日本動物園水族館教育研究会, O-11, 札幌市, 北海道(2023.1.20–1.21).
°田中如樹・千徳明日香・清水啓介・徳田悠希・ 黒木拓実・藤井琢磨・中口和光・山口修平・近藤裕介・大塚 攻. ホシムシ共生型イシサンゴ類の系統 分類学的研究 . 日本古生物学会2022年年会, A27, オンライン(2022.7.1-7.3).
°岨 康輝・本郷 宙軌・田中 健太郎・坂井 三郎・藤井 琢磨 ・山口 耕生. 具志頭・宝島の中期完新世離水サンゴ礁産化石Porites spp.から推定する古海洋環境. 日本サンゴ礁学会第24回大会, O-11, オンライン(2021.11.27-11.29).
°藤井琢磨・興克樹・池村茂. 奄美群島におけるウンバチイソギンチャクの巨大群棲および分布北限の記録. 日本サンゴ礁学会第23回大会, O-38, オンライン(2020.11.21–11.23).
°藤井琢磨・興克樹・駒越太郎・山崎敦子・渡邊剛. 喜界島ハワイ礁池および奄美大島大浜礁池における過去4 年度分の教育活動に伴うサンゴ被度調査の成果と傾向. 日本サンゴ礁学会第22回大会, O-41, 札幌市, 北海道(2019.11.8–11.11).
泉貴人・藤井琢磨・柳研介・藤田敏彦. 熊野灘から得られたヨツバカワリギンチャク―100 年越しの標本で、分類の混乱に終止符を!. 日本動物学会第90回大会, K3-4, 大阪市, 大阪府(2019. 9.12–9.14).
°柳 研介・James Davis Reimer・磯村尚子・藤井琢磨. クマノミ類の宿主イソギンチャク類の分類の現状と展望. 日本動物分類学会第55回大会,O-28, 小田原市, 神奈川(2019. 6.8–6.9).
°泉貴人・藤井琢磨・柳 研介・藤田敏彦. ヤツバカワリギンチャク科 Synactinernus 属(変型イソギンチャク亜目)の再定義と,沖縄から得られた本属の1未記載種について. 日本動物分類学会第55回大会, O-26, 小田原市, 神奈川(2019. 6.8–6.9).
°岨康輝・本郷宙軌・田中健太郎・藤井琢磨・坂井三郎・山口耕生. Sea surface salinity of the Kuroshio Current along the Nansei Islands in mid-Holocene inferred from fossil corals. 日本地球惑星科学連合2019年大会, M-IS19, 千葉市, 千葉(2019.5.26–5.30).
°藤井琢磨・熊谷直喜. 奄美大島志戸勘海岸における有藻性サンゴ類被覆性海綿の被覆状況について. 日本サンゴ礁学会第21回大会,O-33, 西原町, 沖縄(2018.11.22–11.25).
°北野裕子・藤井琢磨・奥裕太郎・野村恵一・立川浩之・深見裕伸. 日本産の旧ナガレハナサンゴ属の分子系統解析. 日本サンゴ礁学会第21回大会,O-31, 西原町, 沖縄(2018.11.22–11.25).
°藤井琢磨. トカラ列島で発見されたヤドリスナギンチャク科の1種. 日本動物分類学会第54回大会, O-25, 鹿児島市, 鹿児島(2018.6.9–6.10).
°藤井琢磨・立川浩之・横地洋之. 奄美大島周辺海域におけるアミトリセンベイサンゴの分布北限記録と砂泥底生生物群集の特異性について. 日本サンゴ礁学会第20回大会,O-28, 目黒区, 東京(2017.11.23–11.26).
°小枝圭太・藤井琢磨・本村浩之. 奄美大島から採集されたチンアナゴ属の1未記載種. 2017年度日本魚類学会年会, 49, 函館市, 北海道(2017.9.15–9.18).
°藤井琢磨・Maria Eduarda Alves dos Santos・James Davis Reimer. 琉球列島内湾浅海域から得られたヤギ類を覆うスナギンチャクについて. 日本動物分類学会第53回大会,O-21, 横浜市, 神奈川 (2017.6.3–6.4).
°藤井琢磨・James Davis Reimer・柳研介. 特殊な足盤を持つイソギンチャクPeronanthus sp. の分類学的研究. 日本動物分類学会第51回大会, O-03, 東広島市, 広島(2015.6.13–6.14).
°藤井琢磨・James Davis Reime・ 柳研介. 内腔亜目Endocoelantehae(刺胞動物門花虫綱イソギンチャク目)の系統学的研究. 日本動物分類学会第50回大会, O-03, つくば市, 茨城(2014.6.13–6.15).
°本間智寛・永島江美子・塚本秀雄・藤井琢磨・柳研介・永井宏史・塩見一雄. 4種深海産イソギンチャクの新規ペプチド毒の探索. 平成26年度日本水産学会, 919, 函館, 北海道 (2014.3.27–3.31).
柳研介・°藤井琢磨・広瀬慎美子. 原記載以降本邦初記録のイソギンチャクExocoelactis actinostoloides (Anthozoa: Actiniaria) について. 日本動物分類学会第49回大会, O-03, 仙台市, 宮城(2013.6.8–6.9).
°藤井琢磨・James Davis Reimer. 沖縄島東海岸で発見されたダルマスナギンチャク科の1種に関する報告. 日本動物分類学会第48回大会, O-04, 船橋市,千葉(2012.6.9–6.10).
°藤井琢磨・James Davis Reimer. サンゴ礁洞窟におけるスナギンチャク類の多様性. 日本サンゴ礁学会第14回大会, 1-M-10, 那覇市, 沖縄(2011.11.3–11.6).
°藤井琢磨・James Davis Reimer. 日本産スナギンチャク類の分類学的研究. 日本動物分類学会第47回大会, O-01, 西原町, 沖縄(2011. 6.3–6.5).
°藤井琢磨・水山克・中野恵・広瀬裕一・James Davis Reimer. 知られざる脅威?サンゴ礁を被覆する海綿Terpios hoshinotaの南西諸島における出現状況. 日本サンゴ礁学会 第13回大会, 1-08, つくば, 茨城(2010. 12.2–12.5).
°藤井琢磨・James Davis Reimer. 狭空間に生息する未記載スナギンチャクの分類について. 日本サンゴ礁学会 第12回大会, 1-28, 本部町, 沖縄(2009.11.27–11.29).
°立川浩之・藤井琢磨・北野裕子. 鹿児島県奄美大島海域で採集されたアワサンゴ類(刺胞動物門:花虫綱:イシサンゴ目:ミドリイシ科). 日本動物分類学会第54回大会, 鹿児島市, 鹿児島(2018.6.9–10).
°藤井琢磨・上野大輔・穂竝こころ・興克樹. 奄美大島大浜海岸イシサンゴ群集における2016年度の白化状況. 第27回日本熱帯生態学会年次大会, P30, 奄美市, 鹿児島(2017.6.16–6.19).
°藤井琢磨・興克樹・立川浩之・深見裕伸. 奄美大島龍郷湾より見出されたセンベイサンゴ群落. 日本サンゴ礁学会第18回大会, P32, 港区, 東京(2015.11.26–11.29).
°藤井琢磨・伊礼由佳・James Daivis Reimer. ハワイにおける褐虫藻共生スナギンチャク類(刺胞動物門花綱六放サンゴ亜綱)の多様性および系統学的研究. 日本サンゴ礁学会第17回大会, P65, 高知市, 高知(2014.11.27–11.30).
小枝圭太・°藤井琢磨. 沖縄島の水深1mで採集された日本初記録のヒカリキンメダイ科魚類Photoblepharon palpebratusの行動および成熟生態. 日本サンゴ礁学会第16回大会, P65, 恩納村, 沖縄(2013.12.12–12.15).
渡邊謙太・小渕正美・西平伸・°藤井琢磨・西原千尋・古賀泥々・大場英雄. 沖縄島大浦湾における褐藻マジリモク群落の季節的消長について. 沖縄生物学会第50回大会, P-07, 西原町, 沖縄(2013.5.25).
°大原拓・藤井琢磨・河村伊織・式場はるか・水山克・Javier Montenegro・Kristine White・成瀬貫・James Davis Reimer. リュウモンサンゴ属の一種Pachyseris foliosaの沖縄島における生息の確認. 日本サンゴ礁学会第15回大会, P-69, 目黒区, 東京(2012.11.22–11.25).
°藤井琢磨・James Davis Reimer. 微小なスナギンチャクが示す特異な進化系統. 日本サンゴ礁学会第15回大会, PS-2, 目黒区, 東京(2012.11.22–11.25).
°藤井琢磨・James Davis Reimer. 転石の裏に生息する未記載スナギンチャクの分類学的研究. 日本サンゴ礁学会 第11回大会, P-17, 静岡市, 静岡(2008.11.22–11.24,) .
°藤井琢磨 & James Davis Reimer, 沖縄島における砂粒をまとった未記載スナギンチャクに関する分類学的研究. 第4回日本刺胞・有櫛動物研究談話会, 藤沢市, 神奈川(2009.3.4).
°藤井琢磨 & James Davis Reimer, 未記載スナギンチャクの分類について.第5回日本刺胞・有櫛動物研究談話会, 加茂市, 山形(2009.9.11).
°藤井琢磨 & James Davis Reimer, 未記載スナギンチャク類の分類について続報. 第6回日本刺胞・有櫛動物研究談話会, 西原町, 沖縄(2010.10.3).
°藤井琢磨 & James Davis Reimer, スナギンチャク目とイソギンチャク目の系統関係について. 第7回日本刺胞・有櫛動物研究談話会, 平生町, 山口(2011.9.18).
°藤井琢磨, 人知れず咲き誇る水中の花:スナギンチャクのはなし. 第一回海の生き物塾2012(NPO法人海の自然史研究所/ニライ地区のサンゴを見守る会), 嘉手納町, 沖縄(2012.1.27)(招待講演).
°柳研介 & 藤井琢磨, 日本産イソギンチャク類の分類の空白を埋める. 第8回日本刺胞・有櫛動物研究談話会, 大船渡市, 岩手(2013.3.9).
°藤井琢磨, イソギンチャク類の分子系統. 第8回日本刺胞・有櫛動物研究談話会, 大船渡市, 岩手(2013.3.9).
°藤井琢磨,ようこそ大浦湾の海に生きる仲間たちの世界へ(スナギンチャク). 名護市立博物館公開講座, 名護市, 沖縄 (2013. 7.26)(招待講演)
°藤井琢磨, 海の生きものの話. 名護市立博物館公開講座, 名護市, 沖縄 (2013. 8.3)(招待講演).
°藤井琢磨 & James Davis Reimer, 小さなスナギンチャク(刺胞動物門; 六放サンゴ亜鋼)の大きな進化系統学的意義. 日本動物学会第84回大会シンポジウム「続・数ミリ以下の動物学」, 岡山市, 岡山(2013.9.27)(招待講演).
°藤井琢磨. Phylogeny of the skeltonless hexacorals. Kikai International Symposium for Coral Reef Sciences, 2015 Session4-4, Kagoshima, Japan Session4-4 (2015.8.25) (招待講演).
°藤井琢磨, スナギンチャク目とイソギンチャク目の系統関係について. 第11回日本刺胞・有櫛動物研究談話会, 鴨川市, 千葉(2015.9.27).
°藤井琢磨, こんなところに?!奄美大島の内湾サンゴ. H27年度サンゴ礁学会若手会新春交流セミナー, 西原町, 沖縄(2016.1.22).
°藤井琢磨, 内湾のサンゴ群落. 島嶼研奄美分室特別セミナー「知りたい!奄美の海を支えるサンゴたち」. 奄美市, 鹿児島(2016.1.31).
°藤井琢磨, 奄美大島沿岸浅海域における内湾性イシサンゴ群集の観察報告. 鹿児島大学薩南諸島の生物多様性研究成果合同発表会. 鹿児島市, 鹿児島(2016.4.24)(招待講演).
°藤井琢磨, 奄美の海のサンゴのはなし. 地域交流勉強会(請阿室区), 瀬戸内町, 鹿児島(2016.5.13).
°藤井琢磨, 笠利湾周辺の海洋生物多様性について. 地域交流勉強会(芦徳区), 龍郷町, 鹿児島(2016.7.21)(招待講演).
°藤井琢磨, 奄美大島沿岸浅海域における内湾性イシサンゴ群集の観察報告. 2016年度喜界島サンゴ礁科学シンポジウム, 喜界村, 鹿児島(2016.8.5)(招待講演).
°藤井琢磨, 奄美大島周辺海域の内湾砂泥底性サンゴ. 第12回日本刺胞・有櫛動物研究談話会, 加茂市, 山形(2016.11.22).
°藤井琢磨, 奄美以北の琉球列島サンゴ種多様性研究の現況. 日本サンゴ礁学会第19回大会自由集会「地質・化石が囁く琉球列島のサンゴ礁地形・生態系変遷史2016」, 那覇, 沖縄(2016.12.1)(招待講演).
°藤井琢磨, 奄美大島の生物多様性研究の現状と保全等. 日本サンゴ礁学会第19回大会公開シンポジウム「北琉球におけるサンゴ礁、研究・保全の現状と課題」, 那覇, 沖縄(2016.12.4)(招待講演).
°藤井琢磨, 奄美―加計呂麻島特有の内湾性サンゴ群集. 加計呂麻島特別公開セミナー~出張・奄美で語りましょう~「地域共有資源としての奄美の景観~自然と文化が織りなす景観の価値」, 瀬戸内町, 鹿児島(2017.1.15).
°藤井琢磨, 奄美の海のサンゴのはなし. 第一回鹿児島県大島支庁交流勉強会, 奄美市, 鹿児島(2017.2.22)(招待講演).
°藤井琢磨, 奄美大島海峡より得られたアミトリセンベイサンゴの北限記録および新たな分類形質について. 日本造礁サンゴ分類研究会, 奄美市, 鹿児島(2017.9.11).
°柳研介, 藤井琢磨, 磯村尚子 & James Davis Reimer, クマノミの住んでいるイソギンチャクは何もの? 第13回日本刺胞・有櫛動物研究談話会, 奄美市, 鹿児島(2017.10.5–10.9).
°藤井琢磨, トカラ列島の海洋生物多様性調査. 日本サンゴ礁学会第20回大会自由集会①「トカラ列島の現生および化石サンゴ礁生物が囁く火山とサンゴ礁の魅力」,発表3, 目黒区, 東京(2017.11.23).
藤井琢磨, トカラ列島で見つかった未記載スナギンチャク類について. 第14回日本刺胞・有櫛動物研究談話会, 白浜町, 和歌山(2018.5.20–5.22)
°藤井琢磨, 奄美大島沿岸で見つかった最北限となるサンゴ被覆性海綿テルピオスの大増殖. 2018年度喜界島国際サンゴ礁科学シンポジウム, 喜界村, 鹿児島(2018.8.9)(招待講演).
°藤井琢磨, 奄美のサンゴ群集とその周辺で見られる多様な生き物たち. 水産無脊椎動物研究所30周年記念シンポジウム, 文京区, 東京(2018.9.22)(招待講演).
°藤井琢磨, 奄美大島で見つかる多様なサンゴ群集. H30年度鹿児島大学生物多様性シンポジウム, 奄美市, 鹿児島(2019.2.16).
°藤井琢磨, 薩南諸島沿岸の知られざる海洋生物多様性. 鹿児島大学国際島嶼教育研究センター奄美分室移転記念式・講演会, 奄美観光ホテル, 奄美市, 鹿児島(2019.6.1).
°泉貴人, 藤井琢磨 & 柳研介, 侃侃諤諤 ~イソギンチャク分類体系の和名提唱~. 第15回日本刺胞・有櫛動物研究談話会, 大分市, 大分(2019.10.30–11.1).
°藤井琢磨, 興克樹, 山崎敦子 & 渡邊剛, 喜界島ハワイ礁池および奄美大島大浜礁池における過去4年度分の教育活動に伴うサンゴ被度調査の成果と傾向. 第15回日本刺胞・有櫛動物研究談話会, 大分市, 大分(2019.10.30–11.1).
°藤井琢磨, 分類の基本的な話(学名、命名者など). 日本サンゴ礁学会第20回大会自由集会①「サンゴの分類を学ぶ」, 発表1, 札幌市, 北海道(2019.11.9).
°藤井琢磨, 琉球列島におけるウンバチイソギンチャクPhyllodiscus semoniの記録とフサウンバチイソギンチャクについて. 第9回日本動物分類学会動物多様性セミナー, webオンライン開催(2020.11.17)(招待講演).
二階堂 梨沙, 出羽尚子, 藤井琢磨, かごしま水族館における休止をともなうタッチプール運営の事例紹介. 第4回教育普及ふれあいシンポジウム~水生生物を介した学びを考える, webオンライン開催(2023.11.20).