出版物

【論文(査読あり)】

1. Reimer J D &Fujii T (2010) Four new species and one new genus of zoanthids (Cnidaria, Hexacorallia) from the Galapagos Islands. ZooKeys, 42, 1–36.

2. Fujii T, Hirose E, Keshavmurthy S, Zhou W, Chen C A & Reimer J D (2011) Coral-killing cyanobacteriosponge (Terpios hoshinota) on the Great Barrier Reef. Coral Reefs, 30: 483–483.

3. Fujii T & Reimer J D (2011) Phylogeny of the highly divergent zoanthid family Microzoanthidae (Anthozoa, Hexacorallia) from the Pacific. Zoologica Scripta, 40: 418–431.

4. Reimer J D, Mizuyama M, Nakano M, Fujii T & Hirose E (2011) Current status of the distribution of the coral-encrusting cyanobacteriosponge Terpios hoshinota in southern Japan. Galaxea, 13, 35–44.

5. Reimer J D, Obuchi M, Irei Y, Fujii T & Nozawa Y (2011) Shallow water brachycnemic zoanthids (Cnidaria: Hexacorallia) from Taiwan: a preliminary survey. Zoological Studies, 50 (3), 363–371.

6. Reimer J D, Irei Y & Fujii T (2012) Two new species of Neozoanthus (Cnidaria, Hexacorallia, Zoantharia) from the Pacific. ZooKeys, 246: 69–87.

7. Reimer J D, Lin M, Fujii T, Lane J W D & Hoeksema B W (2012) The phylogenetic position of the solitary zoanthid genus Sphenopus (Cnidaria: Hexacorallia). Contributions to Zoology, 81 (1) 43–54.

8. 藤井琢磨・成瀬貫（2013）沖縄島沿岸より採集された日本初記録のニシヒラトゲコブシ（新称）Arcania novemspinosa（甲殻亜門：十脚目：コブシガニ科）. Fauna Ryukyuana, 3: 1–6.　Fujii T & Naruse T (2013) First record of Arcania novemspinosa (Crastacea: Decapoda: Leucosiidae) from Okiawa Island, Japan. Fauna Ryukyuana, 3: 1–6. (in Japanese). （in Japanese）

9. Fujii T & Reimer J D (2013) A new family of diminutive zooxanthellate zoanthids (Hexacorallia: Zoantharia). Zoological Journal of the Linnean Society, 169: 509–522.

10. Ohara T, Fujii T, Kawamura I, Mizuyama M, Montenegro J, Shikiba H, White K N & Reimer J D (2013) First record of a mesophotic Pachyseris foliosa reef from Japan. Marine Biodiversity, 43: 71–72.

11. Reimer J D &Fujii T (2013) First record of Microzoanthidae (Anthozoa: Hexacorallia: Zoantharia) in Palau and as a biofouling organism. Marine Biodiversity Reords, 6: e103. DOI: 10.1017/S1755267213000808.

12. Reimer J D, Irei Y, Fujii T & Yang S Y (2013) Phylogenetic analyses of shallow water zoanthids (Cnidaria Hexacorallia) and their Symbiodinium spp. From Taiwan. Zoological Studies, 52 (38) 1–16.

13. White K N, Ohara T, Fujii T, Kawamura I, Mizuyama M, Montenegro J, Shikiba H, Naruse T, McClelland T, Denis V & Reimer J D (2013) Typhoon damage on a shallow mesophotic reef in Okinawa, Japan. PeerJ, 1: e151. DOI: 10.7717/peerj.151

14. 小枝圭太・藤井琢磨・吉野哲夫（2014）沖縄島で採集された日本初記録のヒカリキンメダイ科魚類Photoblepharon palpebratumオオヒカリキンメ. 日本魚類学会誌, 61: 27–31.　Koeda K, Fujii T & Yoshino T (2014) First record of a flashlight fish, Photoblepharon palpebratum, from Okinawa-jima Island, Japan. Japanese Journal of Ichthyology, 61: 27–31 (in Japanese). （in Japanese）

15. Fujii T, Watanabe K, Nishihara C, Obuchi M & Ohba H (2014) The giant brown alga Sargassum carpophyllum on a nearshore coral reef in Okinawa Island, Japan. Marine Biodiversity, 45: 603–604.

16. Nakano R & Fujii T (2014) The soft-coral associated pistol shrimp Synalpheus neomeris (De Man) (Decapoda: Alpheidae) defends its host against nudibranchs in Okinawa, Japan. Raffles bulletin of zoology, 62: 759–763.

17. Yanagi K, Fujii T, Hirose M (2015) Redescription of the Sea Anemone Exocoelactis actinostoloides (Cnidaria: Anthozoa: Actiniaria) Based on a Topotypic Specimen Collected from Tokyo Bay, Japan. Species Diversity, 20: 199–209.

18. Koeda K, Fujii T (2015) Record of the Pughead Pipefish, Bulbonaricus brauni (Gasterosteiformes: Syngnathidae), from Amami-oshima island, Kagoshima, Japan. South Pacific Studies, 36: 33–38.

19. Aratake S, Taira Y, Fujii T, Roy M C, Reimer J D, Yamazaki T & Jenke-Kodama H (2015) Distribution of palytoxin in coral reef organisms living in close prosimity to an aggregation of Palythoa tuberculosa. Toxicon, 111:86–90.

20. Fujii T (2016) A hermit crab living in association with a mobile sclerctinian coral, Heteropsammia cochlea. Marine Biodiversity, doi:10.1007/s12526-016-0505-2.

21. Fujii T & Reimer J D (2016) A new solitary free-living species of the genus Sphenopus (Cnidaria, Anthozoa, Zoantharia, Sphenopidae) from Okinawa-jima Island, Japan. ZooKeys, 606: 11–24.

22. Kise H, Fujii T, Masucchi G D, Biondi P & Reimer J D (2017) Three new species and the molecular phylogeny of Antipathozoanthus from the Indo-Pacific Ocean ( Anthozoa, Hexacorallia, Zoantharia). Zookeys, 725: 97–122. 

23.  藤井琢磨・立川浩之・横地洋之（2018）アミトリセンベイサンゴLeptoseris amitoriensis（イシサンゴ目ヒラフキサンゴ科）の奄美大島からの記録. タクサ日本動物分類学会誌, 44: 52–57.　Fujii T, Tachikawa H & Yokochi H (2018) First record of the coral Leptoseris amitoriensis (Scleractinia, Agariciidae) from Amami-oshima Island, Japan. Taxa, 44: 52–57. （in Japanese）

24. Koeda K,  Fujii T & Motomura H (2018) A new garden eel, Heteroconger fugax (Congridae: Heterocongrinae), from the northwestern Pacific Ocean. Zootaxa, 4418: 287–295.

25. 藤田喜久・藤井琢磨 (2019) 徳之島および沖縄島からのドウクツベンケイガニの初記録. Fauna Ryukyuana, 48: 1–3.　Fujita Y & Fujii T (2019) New distributional records of a cavernicolous crab, Karstarma boholano (Ng, 2002) (Decapoda: Brachyura: Sesarmidae), from Tokuno-shima and Okinawa-jima islands, central Ryukyus, Japan. Fauna Ryukyuana 48: 1–3. （in Japanese）

26. Izumi T, Fujii T, Yanagi K, Higashiji T & Fujita T (2019) Redescription of Synactinernus flavus for the first time after a century and description of Synactinernus churaumi sp. nov. (Cnidaria: Anthozoa: Actiniaria). Zoological Science, 36: 528–538.

27. Titus B M, Benedict C, Laroche R, Gusmão L C, Deusen V V, Chiodo T, Meyer C P, Berumen M L, Bartholomew A, Yanagi K, Reimer J D, Fujii T, Daly M & Rodriguez E (2019) Phylogenetic relationships among the clownfish-hosting sea anemones. Molecular Phylogenetics and Evolution, doi.org/10.1016/j.ympev.2019.106526.

28. Akamatsu Y, Kume G, Gotou M, Kono T, Fujii T, Inui R & Kurita Y (2020)  Using environmental DNA analyses to assess the occurrence and abundance of the endangered amphidromous fish Plecoglossus altivelis ryukyuensis. Biodiversity Data Journal 8: e39679.

29. Reimer J D, Fujii T, Kise H, Yanagi K, Cook K, Cant J, Koeda K, Koido T, Kitamura T & Mezaki T (2020) A Goniopora stokesi community at Tatsugasako, Otsuki, Kochi, Japan: a new northernmost specimen-based record . Plankton and Benthos Research 15: 185–187.

30. Yamana Y, Kunishima T, Obuchi M & Fujii T (2020) A preliminary evaluation of the distribution pattern of sea cucumbers in the semi-closed waters of the Amami Islands. Plankton and Benthos Research 15: 168–177.

31. Fujii T, Kitano Y F & Tachikawa H (2020) New distributional records of three species of Euphylliidae (Cnidaria, Anthozoa, Hexacorallia, Scleractinia) from the Ryukyu Islands, Japan. Species Diversity, 25: 275–282.

32. Okanishi M & Fujii T (2020) A new record of brittle star Ophiopsila cf. polyacantha (Echinodermata: Ophiuroidea) from southwestern Japan, with notes on its bioluminescence. Species Diversity, 25: 283–294.

33. 和田英敏 ・古𣘺龍星・山田守彦・藤井琢磨・吉田朋弘・Kunto Wibowo・荒木萌里・伊藤大介・赤池貴大・中川龍一・渋谷駿太・是枝伶旺・出羽優凪・餅田　樹・本村浩之（2021）徳之島初記録の魚類122種.  Ichthy, Natural History of Fishes of Japan, 7: 35–52. Wada H,  Furuhashi R, Yamada M, Fujii T, Yoshida T,  Wibowo K, Araki M, Ito D, Akaike T,  Nakagawa R, Shibuya S, Koreeda R, Dewa Y,  Mochida I & Motomura H (2021) First records of 122 fish species from Tokunoshima island, the Amami Islands, Kagoshima, Japan. Ichthy, Natural History of Fishes of Japan, 7: 35–52. (In Japanese)

34. Fujii T, Santos M E A & Reimer J D (2021) A new species of sea whip gorgonian-associated zoantharian (Cnidaria: Anthozoa: Hexacorallia: Parazoanthidae) from the Ryukyu Islands, Japan, with subgeneric subdivision of genus Umimayanthus. Zoologial Science 38: https://doi.org/10.2108/zs200172.

35. 赤池貴大・藤原恭司・上原航知・松岡　翠・藤井琢磨・ジョン ビョル・松本達也・中川龍一・緒方僚輝・是枝伶旺・古橋龍星・望月健太郎・飯野友香・出羽優凪・石原祥太郎・本村浩之（2021）標本に基づく琉球列島初記録を含む沖永良部島初記録の魚類66種，およびサザンプラティフィッシュの島内における新産地とカワアナゴ属の一種の形態学的特徴．Ichthy, Natural History of Fishes of Japan 13: 18–35. Doi: 10.34583/ichthy.13.0_18 （in Japanese）

36. 中村 潤平・藤井 琢磨・船川 賢治・広瀬 純・池端 博文・本村 浩之（2021）薩摩半島南西沖から得られた鹿児島県初記録のナンヨウキホウボウ. Ichthy, Natural History of Fishes of Japan 14: 39–42. （in Japanese）Nakamura J, Fujii T, Funakawa K, Hirose J, Ikehata H and  MotomuraH (2021) First Kagoshima record of Scalicus orientalis (Peristediidae) from off the Satsuma Peninsula, southwestern Kyushu, Japan. Ichthy, Natural History of Fishes of Japan, 14: 39–42. （in Japanese）

37. Izumi T & Fujii T (2021) Gems of the southern Japanese seas – four new species of Edwardsianthus (Anthozoa, Actiniaria, Edwardsiidae) with redescriptions of two species. Zookeys 1076: 141–182. https://doi.org/10.3897/zookeys.1076.69025

38. 野村恵一・鈴木 豪・立川浩之・藤井琢磨（2021）奄美諸島から採集された国内初記録の4種のコモンサンゴ類（イシサンゴ目ミドリイシ科）. Fauna Ryukyuana 63: 41–52. Nomura K, Suzuki G, H Tachikawa & Fujii T (2021) First Japanese record of four species of Montipora corals (Scleractinia, Acroporidae) collected from Amami Islands. Fauna Ryukyuana 63: 41–52.（in Japanese）

39. 松本達也・藤井琢磨・本村浩之（2022）奄美群島から得られた薩南諸島初記録のツノカサゴ. Ichthy, Natural History of Fishes of Japan 24: 1–5.  Tatsuya Matsumoto, Fujii T and Motomura H. 2022. Pteroidichthys amboinensis (Scorpaenidae) from Kakeroma-jima island, Amami Islands, Kagoshima Prefecture, Japan: first record from the Satsunan Islands. Ichthy, Natural History of Fishes of Japan, 24: 1–5. https://www.museum.kagoshima-u.ac.jp/ichthy/INHFJ_2022_024_001.pdf

40. Reimer J D, Fourreau C J L, Fujii T, Ise Y, Kushida Y, Mizukami I & Nakano M (2022) Records and distribution of the coral-killing sponge Chalinula nematifera in the Ryukyu Islands, Japan. Plankton and Benthos Research, 17: 249–254.

41. Izumi T, Fujii T, Yanagi K, & Fujita T (2023). Fluorescent anemones in Japan–comprehensive revision of Japanese Actinernoidea (Cnidaria: Anthozoa: Actiniaria: Anenthemonae) with rearrangements of the classification. Diversity, 15(6), 773. https://www.mdpi.com/1424-2818/15/6/773

42. 藤田喜久・藤井琢磨・大澤正幸（2024）屋久島沿岸で採集されたコジワクダヒゲガニの記録. Nature of Kagoshima, 51: 153–155. Fujita Y, Fujii T &  OsawaM  (2024) Record of Albunea occulta Boyko, 2002 (Decapoda: Anomura: Albuneidae) c)ollected from the coast of Yakushima Island, Kagoshima Prefecture, Japan. Nature of Kagoshima, 51: 153–155.

【総説および報告書など (査読あり)】

1. 泉 貴人・藤井琢磨・柳 研介  (2019) 最新のイソギンチャク分類体系の紹介とそれに伴う和名の提唱． タクサ日本動物分類学会誌， 46: 54–63.

【論文、総説および報告書など (査読なし)】

1. 藤井琢磨（2013）小さなスナギンチャクの大きな進化系統学的意義 前編．うみうし通信，81: 10–12.（in Japanese）（招待論文）.

2. 藤井琢磨 （2014）小さなスナギンチャクの大きな進化系統学的意義 後編．うみうし通信，82: 8–11.（in Japanese）（招待論文）.

3. 藤井琢磨（2016）薩南諸島におけるスナギンチャク目およびイソギンチャク目の種多様性．南太平洋海域調査研究報告書，57: 87–88.（in Japanese）

4. 藤井琢磨（2016）非骨格形成サンゴ類の多様性．号外海洋，56: 103–111 （招待論文）.（in Japanese）

5. 上野大輔・藤井琢磨・北野裕子・上野浩子・横山貞夫 （2016） 奄美大島および加計呂麻島沿岸域から発見されたコモチハナガササンゴGoniopora stokesi（花虫綱イシサンゴ目ハマサンゴ科）．Nature of Kagoshima，42: 477–481.（in Japanese）

6. Koeda K., Fujii T, Koeda K and Motomura H (2016) Fishes of Yoro-jima and Uke-jima islands in the Amami Islands: 89 new specimen-based records. Memories of the Faculty of Fisheries, Kagoshima University, 65: 1–20.

7. Fujii T（2017）Species diversity of Hexacoallia around the Satsunan Islands，Japan．Occasional Papers，58: 3136.

8. 藤井琢磨（2018）奄美大島周辺で見つかる砂泥底生サンゴと共生ヤドカリ．うみうし通信，98: 2–3.（in Japanese）（招待論文）.

9. 藤井琢磨（2018）奄美大島沿岸における内湾性イシサンゴ群集の多様性．南太平洋海域調査研究報告書，59: 73–74.（in Japanese）

10. 畑 晴陵・藤井琢磨・本村浩之（2018）奄美大島から得られたリュウグウノツカイ，Nature of Kagoshima，45: 123–127（in Japanese）.

11. 田中 健太郎・本郷宙軌・岨 康輝・藤井琢磨（2019）トカラ列島の現生サンゴ礁および完新世隆起サンゴ礁の環境調査．自然保護助成基金成果報告書，自然保護基金設立25 周年特別記念号，  99–112.（in Japanese）

12. 山名祐介・小渕正美・藤井琢磨・国島大河（2019）奄美群島のナマコ相．和歌山県立自然博物館館報，37:  47–73.（in Japanese）

13. 泉 貴人・藤井琢磨・柳 研介・藤田敏彦（2020）熊野灘のヨツバカワリギンチャク―100 年越しの標本で，分類の混乱に終止符を!―．タクサ日本動物分類学会誌，48: 13–19.

14. 藤井琢磨（2020）鹿児島県立奄美図書館生涯学習講座「あまみならでは学舎」講演「奄美大島の海洋生物多様性」～知られざる魅力～．島の根，56: 23–34.

15. 藤井琢磨（2020）奄美分室の活動．南太平洋海域調査研究報告書，59: 6–10.（in Japanese）

16. 山本智子・藤井琢磨・佐藤正典（2020）海岸での野外観察．南太平洋海域調査研究報告書，59: 19–20.（in Japanese）

17. 藤井琢磨（2020）薩南諸島における有藻性イシサンゴ目の分布に関する調査報告．南太平洋海域調査研究報告書，59: 68–69.（in Japanese）

18. 藤井琢磨（2021）書評「海の極小！いきもの図鑑 誰も知らない共生・寄生の不思議，築地書館，2020年5月28日発行，176 pp.」．タクサ日本動物分類学会誌 50: 20–21.（in Japanese）

19. 出羽尚子・中村潤平・藤井琢磨・是枝伶旺・渡部泰斗・本村浩之（2022）鹿児島県薩摩半島から得られたヒメツバメウオ．Nature of Kagoshima，49: 149–152（in Japanese）.

【著書】

1. ダイビングチームすなっくスナフキン（編）（2015） 大浦湾の生きものたち－琉球弧・生物多様性の重要地点、沖縄島大浦湾．南方新社，鹿児島，pp123（任意団体の一員として分担編集・分担執筆・写真提供）.（in Japanese）

2.  藤井琢磨（2016）サンゴ類の多様性解明．鹿児島大学島嶼研ブックレット No.5 生物多様性と保全―奄美群島を例に―（鈴木英治，桑原季雄，平瑞樹，山本智子，坂巻祥考　編）32–34，鹿児島大学国際島嶼教育研究センター，鹿児島.（in Japanese）

3. Reimer J D & Fujii T (2017) Zoantharia (Cnidaria: Anthozoa: Hexacorallia) Diversity Research in Japan: Current State and Future Trends. In: Species Diversity of Animals in Japan (Eds., Motokawa M & Kajihara H) 383-399, Springer Japan, Tokyo.

4. 藤井琢磨，寺田竜太(2019) 第4部第1章 海中に見られる生息場．奄美群島の水生生物ー山から海へ 生き物たちの繋がりー[鹿児島大学生物多様性研究会（佐藤正典，鈴木廣志，寺田竜太，藤井琢磨，山本智子）編]  146–153，南方新社，鹿児島．（in Japanese）

5. 藤井琢磨，上野大輔，鈴木廣志 (2019) 第4部第2章 サンゴ礁で暮らす生き物たち．奄美群島の水生生物ー山から海へ 生き物たちの繋がりー[鹿児島大学生物多様性研究会（佐藤正典，鈴木廣志，寺田竜太，藤井琢磨，山本智子）編]  154–175，南方新社，鹿児島．（in Japanese）

6. 藤井琢磨，北野裕子，磯村尚子，深見裕信（編著）（2020）喜界島の有藻性サンゴ類 生きているサンゴを見分けよう.  pp68，喜界島サンゴ礁科学研究所，鹿児島．（in Japanese）

7.  藤井琢磨 (2021) 奄美群島の多彩な海と、内湾のサンゴたち.  （山本宗立・高宮広土　編）魅惑の島々、奄美群島ー自然編ー.  78–81，北斗書房，東京.（in Japanese）

8. 深見裕伸，佐々木圭一，磯村尚子，北野裕子，藤井琢磨 (編著) (2022) 喜界島 海と陸の造礁サンゴ図鑑．pp205，喜界島サンゴ礁科学研究所，鹿児島．（in Japanese）

9. 日本造礁サンゴ分類研究会 (2023) 日本産有藻性サンゴ類WEB図鑑．Accessed at: https://coralmonogr.jpn.org/ on 2023-12-18．

10. James Davis Reimer・藤井琢磨・喜瀬浩輝（2024）スナギンチャク目の多様性と共生．（日本付着生物学会　編）付着生物の話―生態・防除・環境変動・人との関わり―．27–30，朝倉書店，東京．（in Japanese）

【その他出版物】

1. ダイビングチームすなっくスナフキン 編著（2017）Exploring the Nature of Oura Bay and its Surrounding Area．沖縄高等専門学校，pp27（写真提供）.  

2. ダイビングチームすなっくスナフキン 編著（2014） 大浦湾の生きものたち Life of Oura Bay．ダイビングチームすなっくスナフキン，pp39 （共同編集・写真提供）．

3. 中野理枝（2015） 辺野古・大浦湾の海底で新発見！餌とすみかをめぐる三角関係．自然保護No．545，日本自然保護協会，32–34 （写真提供）．

4. 日本自然保護協会 編（2015） 辺野古・大浦湾生きものたちの物語．自然保護No.547，日本自然保護協会，2–9 （写真提供）．

5. 藤井琢磨 & 鈴木 真理子 編（2015）島嶼研分室だより No．1．国際島嶼教育研究センター奄美分室，鹿児島，pp8，（編集・発行）．

6. 藤井琢磨 & 鈴木 真理子 編（2016）島嶼研分室だより No．2．国際島嶼教育研究センター奄美分室，鹿児島，pp8，（編集・発行）．

7. 藤井琢磨 & 鈴木 真理子 編（2016）島嶼研分室だより No．3．国際島嶼教育研究センター奄美分室，鹿児島，pp8，（編集・発行）．

8. 上野大輔 & 藤井琢磨 編著（2017）サンゴ礁のいきもの観察，鹿児島大学，鹿児島，pp8（編集・発行）．

9. 藤井琢磨 & 鈴木 真理子 編（2017）島嶼研分室だより No．4．国際島嶼教育研究センター奄美分室，鹿児島，pp8，（編集・発行）．

10. 藤井琢磨 & 鈴木 真理子 編（2017）島嶼研分室だより No．5．国際島嶼教育研究センター奄美分室，鹿児島，pp8，（編集・発行）．

11. 藤井琢磨 & 鈴木 真理子 編（2018）島嶼研分室だより No．6．国際島嶼教育研究センター奄美分室，鹿児島，pp8，（編集・発行）．

12. 藤井琢磨 (2018) 藤井琢磨会員らが奄美大島南岸内湾で新種のチンアナゴを発見！．喜界島サンゴ礁科学研究所ニュースレターNo．5．喜界島サンゴ礁科学研究所，pp9（執筆）．

13. 藤井琢磨 & 鈴木 真理子 編（2018）島嶼研分室だより No．7．国際島嶼教育研究センター奄美分室，鹿児島，pp8，（編集・発行）．

14. 藤井琢磨 & 鈴木 真理子 編（2019）島嶼研分室だより No．8．国際島嶼教育研究センター奄美分室，鹿児島，pp8，（編集・発行）．

15. 藤井琢磨 編（2019）島嶼研分室だより No．9．国際島嶼教育研究センター奄美分室，鹿児島，pp8，（編集・発行）．

16. 藤井琢磨 編（2020）島嶼研分室だより No．10．国際島嶼教育研究センター奄美分室，鹿児島，pp8，（編集・発行）．

17. 藤井琢磨（2021）ここがみどころ「1階：タッチプール」．さくらじまの海，96: 5．（in Japanese）

18. 藤井琢磨（2021）世界に誇る鹿児島の多彩な海～奄美群島～．さくらじまの海，97: 7．（in Japanese）

19. 藤井琢磨（2022）フィールドノート「与論島で特大のヤシガニを探す」．さくらじまの海、99: 7．（in Japanese）

20. 藤井琢磨（2023）これからの時代に向けた新しいタッチプールの取り組み．さくらじまの海、101: 1–3． （in Japanese）