リンク

役立つリンクをまとめていこうとしています（いろいろちょっとずつ加えてメモしていきます）。

＜研究助成（応募期間などは年によって変わるので、ご注意ください）＞

追加していきます。


＜研究室運営に役立ちそうなツールのメモ＞

アカデミックプラン（85% OFF）についての解説　https://qiita.com/Wotipati/items/285782fa8e8189d81315

解説記事１　https://scrapbox.io/wakaba-manga/%E7%AC%AC2%E8%A9%B1_%E5%AD%A6%E7%94%9F%E5%85%A8%E5%93%A1%E3%81%8CScrapbox%E3%82%92%E6%B4%BB%E7%94%A8%E3%81%99%E3%82%8B%E6%88%90%E8%B9%8A%E5%A4%A7%E5%AD%A6%E5%A1%A9%E6%BE%A4%E3%82%BC%E3%83%9F%E3%81%AB%E8%BF%AB%E3%82%8B

解説記事２　https://scrapbox.io/wakaba-manga/%E7%AC%AC8%E8%A9%B1_%E7%AA%81%E6%92%83%EF%BC%81%E4%BC%81%E6%A5%AD%E3%81%AEScrapbox%E6%B4%BB%E7%94%A8%E4%BA%8B%E4%BE%8B_pixiv%E3%81%95%E3%82%93%E3%81%AE%E5%B7%BB


＜データベースなど＞

  • Plant GARDEN (Genome And Resource Database ENtry) 様々な植物のゲノムやマーカー情報を集めたポータルサイト。かずさDNA研究所が運営。 ( https://plantgarden.jp/ja/index )

  • TRY Plant Trait Database 世界の植物形質データベース （ https://www.try-db.org/TryWeb/Home.php ）

  • ゲノム解析ツール リンク集（http://stga.biosciencedbc.jp/cgi-bin/link.cgi）

  • 植物遺伝子の串刺しデータベース（http://saber.epd.brc.riken.jp/sabre2/SABRE2.cgi）

  • 植物統合データベース PGDBj; Plant Genome DataBase Japan（http://pgdbj.jp/）20種の緑色植物全遺伝子のオルソログDB、10植物種についてのDNAマーカー情報、6植物種についてのCMap情報、植物リソース、55植物種についての基本情報などなど。

  • VegMarks（http://vegmarks.nivot.affrc.go.jp/VegMarks/jsp/index.jsp）ウリ科, ナス科, ヒガンバナ科, アブラナ科についてのDNAマーカー情報データベース。対象種はネギ, ハクサイ, メロン, キュウリ, トマト, ナスだが、ESTベースのマーカーなら近縁の野生種で利用できるかも。

  • UgMicroSat db（http://veenuash.info/web1/index.htm）イネ科, キク科, ナス科, マメ科, ブドウ科, ヤナギ科, アブラナ科, クラミドモナス科, ヒョウタンゴケ科についてのDNAマーカー情報データベース。動物もいくつか情報有り。シロイヌナズナ, セイヨウアブラナ, クラミドモナス, ダイズ, オオムギ, レタス, ミヤコグサ, タルウマゴヤシ, タバコ, イネ, ヒメツリガネゴケ, コットンウッド, トマト, ジャガイモ, モロコシ, コムギ, ヨーロッパブドウ, トウモロコシ。ESTベースのマーカーなら近縁の野生種で利用できるかも。

  • UniSTS（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/unists）イネ科, ウリ科, キク科, ナス科, バラ科, マメ科, ヒガンバナ科, ツバキ科, ヒノキ科, ブドウ科, ミカン科, ヤナギ科, アオギリ科, アブラナ科, イワヒバ科, ナデシコ科, パパイア科, ヒルガオ科, フトモモ科, ウシケノリ科, トウダイグサ科, クラミドモナス科, ヒョウタンゴケ科についてのDNAマーカー情報データベース。種は、タマネギ, ミヤマハタザオ, シロイヌナズナ, ラッカセイ, セイヨウヤマカモジ, ミナトカモジグサ, セイヨウアブラナ, キャベツ, ハクサイ, キマメ, チャ, チャノキ, トウガラシ, パパイア, ヒノキ, クラミドモナス, ウンシュウミカン, スギ, メロン, キュウリ, カーネーション, ユーカリ, オランダイチゴ, エゾヘビイチゴ, ダイズ, オオムギ, アサガオ, ナンヨウアブラギリ, ヤトロファ, レタス, ミヤコグサ, キャッサバ, タルウマゴヤシ, タバコ, イネ, ナツメヤシ, ヒメツリガネゴケ, ヨーロッパクロヤマナラシ, ポプラ, コットンウッド, スサビノリ, モモ, ダイコン, トウゴマ, イヌカタヒバ, トマト, ナス, ジャガイモ, モロコシ, カカオ, アカクローバー, シロクローバー, コムギ, ヨーロッパブドウ, トウモロコシ, ヒャクニチソウ。その種そのものはもちろん、ESTベースのマーカーなら近縁の野生種で利用できるかも。

  • 1KP Project（http://www.onekp.com/index.html）1000種の植物種のトランスクリプトーム解析をしようというプロジェクト。既に多くの植物種でシーケンスデータが公開されている。ESTマーカーや核遺伝子シーケンスの候補選定に有用なはず。ただ、まとめてダウンロードができない・・・何か良いやり方があるのかも。

  • Arabidopsis eFP Browser （http://bar.utoronto.ca/efp_arabidopsis/cgi-bin/efpWeb.cgi）

  • 昆虫食草データベース　英語版 https://insect-plant.org/insectindb/insect/search 日本語版。ネットワーク解析結果も有り https://ja.insect-plant.org/insectindb/ediblePlant/

  • 植物種名データベース　The Plant List　http://www.theplantlist.org/

  • 日本産植物の和名ー学名インデックス　Y-List　http://ylist.info/index.html

  • 日本産植物の種名データベース　Green List　http://www.rdplants.org/gl/

  • 日本産生物の種名チェックリスト一覧　http://www.ujssb.org/checklist/index.html#ikansoku

  • 維管束植物和名チェックリスト　https://www.gbif.jp/v2/activities/wamei_checklist.html

  • 維管束植物和名変換シート　http://wetlands.info/tools/plantsdb/nameconv/



＜その他＞


＜GISデータ関係＞

  • WorldClim（http://www.worldclim.org/）全世界の標高、気候データを1kmメッシュでダウンロードできる。

  • メッシュ気候値2000（）日本の気象庁の1971年～2000年の30年間の観測値について平均した平年値を１Kmメッシュで推定したデータ。気象要素は、平均気温、日最高気温、日最低気温、降水量、最深積雪、日照時間、全天日射量日本の３次メッシュにおける気候データが入手できる。有料。CD-ROM形式。データは日本しかないが、その範囲ならWorldClimよりも正確かも。

  • PALEOMAP Project（http://www.scotese.com/）

  • Landsat （http://landsat.usgs.gov/） Landsatの衛星画像をダウンロード可。

  • 国土交通省国土情報課（http://nrb-www.mlit.go.jp/kokjo/inspect/landclassification/download/）土地分類基本調査、土地保全調査、水系調査のGISデータがダウンロードできる。

  • 国土地理院の基盤地図情報サービス（http://www.gsi.go.jp/kiban/）基盤地図情報（市町村の境界線や海岸線、道路線など）がダウンロードできる。

  • 国土数理情報（http://nlftp.mlit.go.jp/index.html）行政区域、鉄道、道路、河川、地価公示、土地利用メッシュ、公共施設など、国土に関する様々なデータをダウンロードできる。

  • 生物多様性センターの自然環境情報GIS提供システム（http://www.biodic.go.jp/trialSystem/top.html）自然環境保全基礎調査のデータや国立公園などの区域・区分線データをShape形式でダウンロードできる。

  • 地球地図（http://www.gsi.go.jp/kankyochiri/globalmap.html）100万分の1スケールの地図のほか、標高、植生、土地被覆、土地利用などを分類したラスタデータをダウンロードできる。地球地図日本であれば、日本のものを。全球版もある。データはだいたい1kmメッシュを1ピクセル？とするぐらい。交通網や水系、境界、人口集中域などのベクタデータもある。

  • 農業環境情報データセンター（http://agrienv.dc.affrc.go.jp/）微気象を含む全国の気象データ、土壌データ、温室効果ガスデータ、農業統計データ、など。

  • 農業環境技術研究所の土壌情報閲覧システム（http://agrimesh.dc.affrc.go.jp/soil_db/）農耕地土壌図と土壌の種類毎の性質、写真、作土層の理化学特性など。

  • ALOS-2・ALOSプロジェクト（http://www.eorc.jaxa.jp/ALOS/lulc/jlulc_jpn.htm） 10ｍスケールからの高解像度土地利用土地被覆図が利用できる。国土地理院の高解像度でも100mなので、圧倒的な高解像度。

  • 標高データについて整理してここにメモ

  • GIS沖縄研究室（http://gis-okinawa.sakura.ne.jp/）

・都道府県及び市区町村のコード・名称用データ、行政区域界（字・町丁）データ、都道府県、市区町村界データ。のまとめ （http://memopad.bitter.jp/web/GoogleMap/V3/myMap/place/dataDownload.html）


メモ（未整理）

・国土地理院 ＧＩＳでデータを見る・作る（http://www.gsi.go.jp/kankyochiri/gm_desktop_gis.html）

・JPGIS変換ツール（https://supermap.jp/products/tools/jpgis.html）

・（https://lpdaac.usgs.gov/tools/data_access）

・（http://www.agr.hokudai.ac.jp/ikushu/gelab/Spinach_link.html）

・Ｒ 空間的なデータの分析 （http://www.okadajp.org/RWiki/?%E7%A9%BA%E9%96%93%E7%9A%84%E3%81%AA%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%81%AE%E5%88%86%E6%9E%90）

・Rmapを使った地図表示（http://www.okadajp.org/RWiki/?Rmap%E3%82%92%E4%BD%BF%E3%81%A3%E3%81%9F%E5%9C%B0%E5%9B%B3%E8%A1%A8%E7%A4%BA）

・Ｒでプログラミング：データの一括処理とグラフ描き（http://takenaka-akio.org/doc/r_auto/）

・Makinh Maps with R （http://www.molecularecologist.com/2012/09/making-maps-with-r/）

・Making Maps in R, volume 2: ggplots（http://www.molecularecologist.com/2016/07/making-maps-in-r-volume-2-ggplots/）

・Rの基本グラフィックス機能またはggplot2を使って地図を描くには（http://sudillap.hatenablog.com/entry/2013/03/26/210202）

・GISデータソース紹介（http://www.env.gr.jp/ja/2_jigyo/2_jigyo_teikyo.html）

・ggplot2を使って地図を書く（http://qiita.com/uri/items/5e696b7e36ecfd4745bc）

・国環研 日本全国標準土地利用メッシュデータ（http://www.nies.go.jp/biology/kiban/lu/）


＜個人のホームページ＞



＜その他＞