1) 藤田和彦, 西 弘嗣, 斎藤常正 (1995) ロース石の起源についての地質学的考察. 小笠原研究年報 (東京都立大学小笠原研究委員会), no. 19, p. 53-59
2) 藤田和彦 (2001) 星砂の生物学. みどりいし（阿嘉島臨海研究所機関誌), no. 12, p. 26-29 (PDF)
3) 藤田和彦 (2002) 有孔虫も白化するのか？ みどりいし（阿嘉島臨海研究所機関誌), no. 13, p. 9-11 (PDF)
4) 藤田和彦, 岩尾研二 (2002) サンゴ礁海域の光環境について. みどりいし（阿嘉島臨海研究所機関誌), no. 13, p. 12-14 (PDF)
5) 中村 衛, 藤田和彦, 加藤祐三, 高木保昌, 西田英明, 森井康宏, 有賀佳代, 杉山真人, 久恒善幸 (2002) 南西諸島南部海域の地質学的・地球物理学的調査－長崎丸RN02航海報告－. 琉球大学理学部紀要, no. 74, p. 49-63 (PDF)
6) 中村 衛, 藤田和彦, 加藤祐三, 高木保昌, 西田英明, 森井康宏, 平識義史 (2003) 南西諸島南部海域における地球科学的調査－長崎丸RN03航海報告－. 琉球大学理学部紀要, no. 76, p. 195-209 (PDF)
7) Fujino, S., Naruse, H., Fujita, K., Suphawajruksakul, A., Jarupongsakul, T. (2005) Tsunami sedimentation: an example from Indian Ocean Tsunami in Southwestern Thailand. Proceedings of Internatinal Symposium on Fluvial and Coastal Disasters, Kyoto, CD-ROM
8) 藤田和彦, 岩尾研二, 福島朋彦, 綿貫 啓, 青田 徹, 柴田早苗 (2006) 大型有孔虫の棲息環境調査. 日本沿岸域学会研究討論会2006講演概要集, no. 19, p. 102-106
9) 青田 徹, 藤田和彦, 綿貫 啓, 岩尾研二, 福島朋彦, 柴田早苗 (2006) 大型有孔虫が増殖しやすい人工芝基盤の効果. 日本沿岸域学会研究討論会2006講演概要集, no. 19, p. 108-111
10) 綿貫 啓, 藤田和彦, 岩尾研二, 青田 徹, 福島朋彦 (2006) 大型有孔虫の棲息に適した流動環境に関する一考察. 日本沿岸域学会研究討論会2006講演概要集, no. 19, p. 112-114
11) 藤野滋弘，松本 弾，成瀬 元，藤田和彦，A. Suphawajruksakul，T. Jarupongsakul (2006) 陸上津波堆積物の堆積構造と堆積過程―タイ南西部におけるインド洋津波の例―. 月刊地球, vol. 28, no. 8, p. 558-562
12) Camoin, G. F., Iryu, Y., McInroy, D. B., the IODP Expedition 310 Scientists (Fujita, K.) (2006) Tahiti Sea Level: the last deglacial sea level rise in the South Pacific: offshore drilling in Tahiti (French Polynesia). IODP Preliminary Report, 310, doi:10.2204/iodp.pr.310.2006
13) Kurasawa, A., Tsuchiya, M., Toyofuku, T., Darling, K., Kucera, M., Wade, C., Nomaki, H., Fujita, K., Nishi, H., Kitazato, H. (2007) Planktonic foraminifera: Genetic diversity of planktonic foraminifera in northern Northwest Pacific and its relationship to Quaternary paleoenvironmental changes. MR06-03 Preliminary Cruise Report, JAMSTEC, p. 185-194
14) Kurasawa, A., Tsuchiya, M., Toyofuku, T., Darling, K., Kucera, M., Wade, C., Nomaki, H., Fujita, K., Nishi, H., Kitazato, H. (2007) Planktonic foraminifera: Genetic diversity of planktonic foraminifera in the Sea of Japan, the Sea of Okhotsk, the Bering Sea, northern Northwest Pacific and Chukchi Sea : Its relationship to Quaternary paleoenvironmental changes. MR06-04 Preliminary Cruise Report, JAMSTEC, p. 158-164
15) 茅根 創, 藤田和彦 (2007) 環礁州島の自然（地形－生態）プロセスに関する研究. 地球環境研究総合推進費 平成17年度研究成果－中間成果報告集－, 環境省地球環境局研究調査室, p. 297-303
16) 藤田和彦 (2007) サンゴ礁洲島（沖ノ鳥島）の形成に必要な原材料. 平成18年度 沖ノ鳥島の維持再生に関する調査研究報告書, 海洋政策研究財団, p. 70-83 (PDF)
17) Camoin, G. F., Iryu, Y., McInroy, D. B., the IODP Expedition 310 Scientists (Fujita, K.) (2007) IODP Expedition 310 reconstructs sea level, climatic, and environmental changes in the south Pacific during the last deglaciation. Scientific Drilling, no. 5, p. 4-12
18) 茅根 創, 藤田和彦, 安河内貫, 大澤葉子 (2008) 環礁州島の自然（地形－生態）プロセスに関する研究. 地球環境研究総合推進費 平成18年度研究成果－中間成果報告集－, 環境省地球環境局研究調査室, p. 8-16
19) 松田博貴, 井龍康文, 荒井晃作, 井上卓彦, 町山栄章, 佐々木圭一, 杉原 薫, 藤田和彦 (2008) サンゴ礁掘削実現のための極浅海域海洋音波探査と造礁生物群集調査. IODP掘削プロポーザル作成支援課題報告書, 90 p.
20) 藤田和彦 (2009) さんご礁の砂を造る単細胞生物、有孔虫. みどりいし (阿嘉島臨海研究所機関誌), no. 20, p. 19-23 (PDF)
21) 藤田和彦 (2009) 沖縄島周辺島棚及び島棚斜面域に分布する大型底生有孔虫に関する研究. 荒井晃作 (編), 沖縄周辺海域の海洋地質学的研究: 平成20年度研究概要報告書－沖縄島東方沖海域－, 地質調査総合センター速報, no. 46, p. 145-147
22) Fujita, K. (2009) Enhancing foraminiferal sand productivity for the maintenance of reef islands. Proceedings of International Symposium on Oceans and Islands, Ocean Policy Research Foundation, p. 39-47 (PDF)
23) 茅根 創, 藤田和彦, 安河内貫, 大澤葉子 (2009) 環礁州島の自然（地形－生態）プロセスに関する研究. 環境省地球環境研究総合推進費終了研究成果報告書 環礁州島からなる島嶼国の持続可能な国土の維持に関する研究 平成15年度～平成19年度, 環境省地球環境局研究調査室, p. 8-16
24) 藤田和彦, 神田洋司, 鈴木 淳, 兼子尚知 (2010) 沖縄島周辺島棚に棲息する大型底生有孔虫Cycloclypeus carpenteriの無性生殖に関する観察. 荒井晃作 (編), 沖縄周辺海域の海洋地質学的研究: 平成21年度研究概要報告書－沖縄島北西方沖海域－, 産業技術総合研究所地質調査総合センター速報, no. 51, p. 139-142
25) Expedition 325 Scientists (Fujita K.) (2010) Great Barrier Reef environmental changes: the last deglacial sea level rise in the South Pacific: offshore drilling northeast Australia. IODP Prel. Rept., 325. doi:10.2204/iodp.pr.325.2010
26) Matsuda H, Arai K, Inoue T, Machiyama H, Sasaki K, Iryu Y, Fujita K, Humblet M, Sugihara K, Nara M (2010) Rhodolth-bearing gravelly carbonate sediments on the shelf off Kikai Island, Kagoshima Prefecture, Journal of the Sedimentological Society of Japan, v. 69, no. 2, p. 62.
27) 土岐知弘, 古川雅英, 吉村 浩, 神田洋司, 白 大烈, 藤田和彦, 藤村弘行 (2011) 南西諸島南部海域における地球化学的・地質学的調査－長崎丸RN10航海報告－. 琉球大学理学部紀要, no. 91, p. 9-19.
28) Fujita K. et al. (2011) Interactive comment on “Effects of ocean acidification on calcification of symbiont-bearing reef foraminifers” by K. Fujita et al. Biogeosciences Discussions, v. 8, C1194–C1200, www.biogeosciences-discuss.net/8/C1194/2011/
29) 神田洋司, 藤田和彦 (2011) 沖縄島周辺島棚に棲息する共生藻をもつ大型底生有孔虫の光合成－光強度曲線. 荒井晃作編「沖縄周辺海域の海洋地質学的研究」平成22年度研究概要報告書－沖縄島西方沖海域－, 産業技術総合研究所地質調査総合センター速報, no. 55, p. 174-177.
30) Yokoyama Y., Webster J.M., Cotterill C., Braga J.C., Jovane L., Mills H., Morgan S., Suzuki A., the IODP Expedition 325 Scientists (Fujita K.) (2011) IODP Expedition 325: Great Barrier Reefs reveals past sea-level, climate and environmental changes since the last ice age. Scientific Drilling, n. 12, p. 32-45, doi:10.2204/iodp.sd.12.04.2011
31) 松田博貴, 町山栄章, 荒井晃作, 井上卓彦, 佐々木圭一, 吉津 憲, 三納正美, 井龍康文, 杉原 薫, 藤田和彦, 山田 努, 中森 亨 (2012) 浅海性炭酸塩堆積物に基づく氷期の琉球列島北部の海洋環境 −氷期にサンゴ礁はあったのか？− . 月刊地球, v. 34, p. 363-372
32) 藤田和彦 (2012) 有孔虫と微細藻の共生系－共生系を成立・崩壊させる環境要因. 「生物の科学遺伝」, v. 66, p. 391-397
33) 藤田和彦 (2013) GK12航海で採取された大型有孔虫研究用試料. 荒井晃作編「沖縄周辺海域の海洋地質学的研究」平成24年度研究概要報告書－沖永良部島周辺海域－, 産業技術総合研究所地質調査総合センター速報, no. 61, p. 126-127
34) 藤田和彦 (2013) 自らの授業を振り返り、良い授業とは何かを考える. 琉球大学大学教育センター報, no. 16, p. 108-110
35) 藤田和彦・氷上 愛・黒柳あずみ・鈴木 淳・川幡穂高 (2013) 海洋酸性化に対する大型底生有孔虫の応答ーレビューと今後の展望ー. 月刊地球, v. 35, no. 12, p. 680-687
36) 藤田和彦 (2016) 有孔虫とは何か. 理科教育ニュース, 少年写真新聞社, 2016年5月28日発行 第979号付録.
37) Fujita K. (2016) Interactive comment on “Contrasting trends in element incorporation in hyaline and miliolid foraminifera” by Inge van Dijk et al. Biogeosciences Discussion, doi:10.5194/bg-2016-402-RC1
38) 藤田和彦, 波利井佐紀, 日高道雄, 山城秀之 (2018) 学会誌：これまでの活動と今後の展望. 日本サンゴ礁学会誌, v. 20, p. 89-97
39) 寺田和雄, 藤田和彦, 宇佐美賢 (2019) 那覇市泉崎の地下層から産出した材化石とその堆積年代及び堆積環境. 沖縄県立博物館・美術館， 博物館紀要，n. 12, p. 1-6, PDF
40) 菅 浩伸, 藤田和彦, 佐藤崇範（2020）テーマセッション報告 フィールドベースのサンゴ礁研究：高橋達郎先生追悼セッション. 日本サンゴ礁学会誌, v. 22, p. 7-18, doi: 10.3755/jcrs.22.7
41) 藤田和彦, 角村梓, 東修子, 岸本あずさ, 松田尚子, 普照郁奈 (2023年より継続中) 日本周辺海域における大型底生有孔虫の地理的分布データセット. https://www.godac.jamstec.go.jp/bismal/j/dataset/Univ_Ryukyus_foram
42) 藤田和彦（2024）プロフェッサー・オブ・ザ・イヤーを受賞して－海洋の科学－. 琉球大学大学教育センター報, 第26号, 63-66, 4月, https://ged.skr.u-ryukyu.ac.jp/center_report