Lecture 1: R初心者のためのマイクロアレイ解析ことはじめ（大林武）

発表スライド(PDF)は，こちら．

Rのインストールは行いません．予めご準備ください．できればライブラリのインストールも（下記のコマンドをR上で実行）．

- http://cran.ism.ac.jp/

(0) 環境の構築

• ライブラリのインストール
  • source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
  • biocLite("GEOquery")
• パーミッションエラーが出た場合の対処
  • windowsで管理者アカウントでインストールした場合
    • （右クリックから）管理者権限で実行
  • 書き込み許可がある場所を指定する場合
    • (Windowsの例)
      • R_LIBS="C:/Program Files/R/myRlib"
    • (Macの例) ~/.Renviron
      • R_LIBS="$HOME/lib/R:/usr/local/lib/R-contrib"

(1) Rことはじめ

• 関数電卓
• 変数とは
• ベクトル四則演算
• ベクトルから統計量を計算
• ベクトル要素の操作
• 行列
• データフレーム
  • data(iris)
  • head(iris)
    • plot(iris[,c(3,4)])
    • points(iris[iris$Species == "setosa", c(3,4)], col=2, pch=16)
    • points(iris[iris$Species == "versicolor", c(3,4)], col=3, pch=16)
  • points(iris[iris$Species == "virginica", c(3,4)], col=4, pch=16)

(2) 遺伝子発現データの入手

• NCBI GEOを使って，興味ある実験のIDを探す．
  • Repository browser で絞り込む

(3) マイクロアレイデータの解析

• GDSデータの読み込み（GEOqueryを利用）
  • library("GEOquery")
  • gds <- getGEO("GDS2861")
• データの構造（S4クラス）
  • gds
    • header
    • dataTable
      • columns
      • table
  • 確認
    • gds @ header
    • gds @ dataTable @ columns
    • head(gds @ dataTable @ table)
• 発現データのデータ型の変換
  • d <- gds @ dataTable @ table
  • str(d)
  • # 文字(character)を数字(numeric)に変換
  • for (i in 3:8) d[i] <- as.numeric (d[[i]])
  • str(d)
  • プロット
    • boxplot (d[3:8])
    • plot (d[,c(3,6)])
  • 3倍以上発現変動した遺伝子
    • mean_wt <- apply (d[,3:5], 1, mean)
    • mean_ox <- apply (d[,6:8], 1, mean)
    • plot (mean_wt, mean_ox)
    • abline (log2(3), 1)
      • abline (-log2(3), 1)
      • subset (d, mean_treat - mean_cont > log2(3))