श्रीमन आनंदतीर्थी जी ने अपने सिद्धांत के व्यवस्थित और व्यापक रूप से संथापनार्थ अनन्य ग्रन्थों की रचना की, उनमे से ३८ ग्रंथों मध्व सम्प्रदाय में उपलब्ध हैं । श्री आनंदतीर्थ मुनि जी के इन ग्रन्थों को सर्वमूल के नाम से जाना जाता है । श्री व्यासराज स्वामी जी ने श्रीमन आनंदतीर्थी जी के उपलब्ध ग्रन्थों की सूची को सूत्रबद्ध किया है । यह स्तोत्र श्री ग्रन्थमालिकास्तोत्रम् के नाम से प्रख्यात है -
अथ श्रीग्रन्थमालिकास्तोत्रम्
कृष्णं विद्यापतिं नत्वा पूर्णबोधादिसद्गुरून् । जयतीर्थमुनीन् नत्वा वक्ष्येहं ग्रन्थमालिकाम् ।। १ ।।
नारायणेन व्यासेन प्रेरितस्तत्वसंविदे । ग्रन्थान् मध्वश्चकारासौ सप्रत्रिशदमन्दधीः ।। २ ।।
गीताभाष्यं विधायादौ प्रथमं तुष्टिदं हरेः । भाष्य -अणुभाष्ये चक्रेथ ह्यनुव्याख्यानमुत्तमम् ।। ३ ।।
प्रमाणलक्षणं नाम कथालक्षण-संज्ञिकम् । उपाधिखण्डनं चक्रे मायावादस्य खण्डनम् ।। ४ ।।
चक्रे प्रपञ्चमिथ्यात्वमानखण्डन मुच्चधीः । चकार तत्तसङ्खानं साधनं विष्णुदर्शने ।। ५ ।।
ग्रन्थं तत्तविवेक-आख्यं तत्वोद्योतं हरेः प्रियम् । कर्मनिर्णयनामानं ग्रन्थं न्यायार्थबृंहितम् ।। ६ ।।
सुखतीर्थयतिश्चक्रे विष्णुतत्त्वविनिर्णयम् । ऋग्भाष्यं च चकारासौ सर्ववेदार्थनिर्णयम् ।। ७ ।।
एतरेयं तैत्तिरीयं बृहदारण्यक मेव च । ईशावास्यं काठकं च छान्दोग्य-आथर्वणे तथा ।। ८ ।।
माण्डूक्यं नाम षट्प्रश्नं तथा तलवकारकम् । चक्रे भाष्याणि दिव्यानि दशोपनिषदां गुरुः ।। ९ ।।
निर्णयं सर्वशास्त्राणां गीतातात्पर्य संज्ञितम् । संन्यायविवृतिं नाम न्यायशास्त्रनिकृन्तनम् ।। १० ।।
नरसिंहनखस्तोत्रं चक्रे यमकभारतम् । द्वादशस्तोत्रमकरोत् कृष्णामृतमहार्णवम् ।। ११ ।।
तन्त्रसारं चकारासौ सदाचारसृतिं सुधीः । श्रीमद्भागवतस्यापि तात्पर्यं ज्ञानसाधनम् ।। १२ ।।
महाभारततात्पर्यनिर्णयं संशयच्छिदम् । यतिप्रणवकल्पं च प्रणवार्थप्रकाशकम् ।। १३ ।।
जयन्तीनिर्णयं चक्रे देवकीगर्भजन्मनः । कृष्णस्य कृष्णभक्तोयं द्वैपायनकराब्जभूः ।। १४ ।।
त्रिंशत्सहस्रसंख्याकं द्वधिकं तुष्टिदं हरेः । एतेषां पाठमात्रेण मध्वेशः प्रीयते हरिः ।। १५ ।।
व्यासतीत्थयतिर्नाम मध्वग्रन्थानिकीर्तनम् । कृतवान् तज्ज्ञानमात्रेण प्रीयते कमलापतिः ।। १६ ।।
इति श्रीव्यासराजकृतग्रन्थमालिकास्तोत्रम्
१. गीता भाष्य
२. गीता तात्पर्य निर्णय
३. ब्रह्मसूत्र भाष्य
४. अनुव्याख्यान
५. न्याय विवर्ण
६. अणुभाष्य
७. ईसाव्यासोपनिषद्
८. केनोपनिषद/तलवोकरा उपनिषद्
९. काठकोपनिषद्
१०. माण्डूकोपनिषद
११. अथर्वणोपनिषद्
१२. षट्प्रश्नोपनिषद्
१३. ऐतरेयोपनिषद
१४. तैत्तरीयोपनिषद्
१५. बृहदारण्योपनिषद्
१६. छान्दोग्योपनिषद
१७. ऋग्भाष्य
१८. तत्व संख्याना
१९. तत्व विवेक
२०. मायावाद खंडन
२१. उपाधि खंडन
२२. पञ्च मिथ्यातवानुमाना खंडन
२३. कथा लक्षणा
२४. प्रमाण लक्षणा
२६. तत्वोद्योथ
२७. कर्म निर्णय
२८. विष्णु तत्त्व निर्णय
२९. द्वादश स्तोत्र
३०. नरसिंह नखा स्तुति
३१. सदाचार स्मृति
३२. कृष्णमृतः महार्णव
३३. तंत्रसार संग्रह
३४. जयंती निर्णय
३५. यति प्रणव कल्प
३६. यमका भारता
३७. भगवत तात्पर्य निर्णय
३८. महाभारत तात्पर्य निर्णय