2015/07/04

用意するもの：

• • ポジションペーパー（各自が参加者人数分を印刷して持ってくる）

  • ポストイット（細矢さん準備？）

  • 模造紙（？）・太いペン？

内容の方針（検討中：2015/04/27)

各自がやれることとは別に、

・全員で研究上の共通の目標を持つ。

・2,3のコアなワーキングループを作る。

を作っていきたいと考えています。

進め方としては、以下の方法を考えています

1. アイスブレーキング的な時間を用意する。

・全員がポジションペーパー(A4〜A3一枚)を用意し5分以内で発表

例）ポジションペーパーとは http://eto.com/d/PositionPaper.html

・各自、他者の発表を聞いて気になったキーワード（名刺・動詞）をポストイットに記録

2. KJ法的にキーワードをグルーピング。

例）KJ法とは http://www.ritsumei.ac.jp/~yamai/kj.htm

3. 2,3のグループに分けて議論

4. 最後に統括議論。研究の方向性、具体的なアクションとして研究費申請など。

＊時間を効率的に使うために、事前にwiki/MLで情報整理をしたほうがよいことはやっておく

（関連しそうなキーワード・文献・リンクを集めるとか）

7/3(金)前夜祭

参加者

• 松前

• 鈴木

• 小寺

• 武藤

• 仲里

• 早川

• 伊藤

• 神澤

• 小金渕

• 栗原

生物種の軸

• • 蝶・蛾（最大勢力）

  • 菌類、植物

  • 人類

技術のレイヤー

• • 標本保存

  • 分子生物学

  • データベース設計

  • データ解析

情報集約

• • 分子屋が博物標本を利用するとしたらどういう保存をしておいてほしいか？また、そこからどんな絵がかけるか？ケーススタディーを全て書き出す。理想的にはどういう情報があるといいか。昆虫ゲノム、腸内細菌、化合物、食草、自然界での写真、羽根の形状がわかる写真etc..

  • 情報屋が扱えるデータになっていれば情報屋の参入が見込める。彼らに扱えるデータにしておくことが重要。

  • とりあえずのデータをとって置いておけば、使いたい人は適宜サブセットを使って自分の好きに活用する

    • 最初からしっかりしたデータベースをつくることはあまり考えない。

    • 今 集められる（とりあえずとっておく）データからまずはスタートしておく（後で見直せばよろし）

    • 雌雄、stage、器官など、サンプルを揃えた方がいい項目は一応挙げておく（容易に得られることが最優先なので必須ではない）

  • DBで入れられるスロットを作っておけばアマチュアの人でもデータは入れられる。（モノ自体はたいがいは重要でない）。

  • お花見メタゲノムのサンプリングセットのようなしくみがあって、モノと分子の対応づけがつけば（誰が分子情報に直すかは別として）ユーザーレベルではありがたいだろう

  • 誰が登録したかの信頼度の違い（アマチュアか博物館か）

  • 上の「生物種の軸」に書かれた分野から始めればいいのでは。（集める情報（＝メタデータ（＝日付、場所、…））は意外と一緒かと思われる）

• 科博の通常業務の作業の流れを把握して、その作業に一手間加える程度で遂行できるタスクから取り組む。

  • 現在参加している人の得意分野から、手始めに取り組み出すことが重要。

生物種のテーマ

• • 蝶蛾⇔植物⇔菌類の相互作用

  • 霊長類の糞⇔糞の食性（植物・昆虫）

解析のレイヤー

• • 標本データベース

今回からの人もいますよね。この会の方向性とか趣旨は（経緯とかも）共有されてますか。大丈夫ですか。

また新しい人が入ってきたときに方向性がぶれないように一旦は全体の方向性を固めた方がいい。

7/４(土)museomics祭当日

• • NGSで読んだ標本を博物館に保管してもらおう！

    • 博物館に現物があれば、将来そのタクサに分類学的変更が行われても、分類学者は同定しなおせる

    • 博物館側も、証拠標本は欲しい

    • 科博の分子生物多様性研究資料センターは、DNAデータ及びDNAを採取した証拠標本を収集

    • バイオインフォマティシャンは、証拠標本を博物館で保管できることを知らないのでは？

  • 博物館標本の使い道

    • 100年来の標本が存在

    • 古い標本は貴重

    • 近年におこった生物の適応が見れる

    • 博物館標本のDBから近年に適応の起こっていそうな事例を探すという方向性もあり？

  • 生物多様性総覧プロジェクト（仮称）

    • Encyclopedia of Life（http://eol.org/）を参考に、種間関係に重点を置きつつ生物多様性をまとめる

    • 環境ゲノムも使って、種間関係を抽出

    • 系統樹をデータベースに含めるのは難しい？

    • NCBIのTaxonomy IDには問題も多い

    • 小寺さんが責任者

  • 今後の予定

    • 生物多様性総覧プロジェクトのための下調べをSPARQLthonで？

当日のツイッターまとめ http://togetter.com/li/842753

参考：第2回研究会で出た話題

• • 科博?はDBCLSの博物館版を作りたいと考えている

  • 科博には分子標本も保存するセクションが出来たので、＊＊をするのには、どういう状態で標本を保存したら良いかのアイデアがあれば言って欲しい

  • 将来的には、5年とか10年とかかけて科博の企画展や大型の研究費申請（新学術？）に繋がるようにする。企画展と研究をセットにするのがミソ

    • データをぜんぶつなげて可視化（それだけで一発物の話題としてはあり）

    • 各個に興味のある話題を掘り下げて研究する

    • そのためには各個人が何ができて、そのうえで全体として何が出来るか、方向性のすりあわせと具体的なアイデアを明確化したい

  • お互いの分野や作業を知るために、野外での標本採集〜分子の保存と抽出（DNA/RNA/化合物 抽出など）〜データ解析（オミックスデータ/メタデータ）、までの一連のワークショップ/チュートリアルができればいいなあ。

  • 次回会合

    • 泊まりでやってもいいかも。科博＠筑波？、霊長研＠犬山？

  • 7/4科博＠筑波開催にほぼ決定？