目的
7/4で話題に上がったEOL形式のデータとその周辺のデータベースなどを読み解いて、自分らで使えるか、遺伝子データと合わせるにはなどなど検討する。
日時
日時:9月30日(水) 13:00〜
場所:国立科学博物館筑波研究施設 1階多目的室(変更)
メンバー(参加する人は名前と所属を書いてください)
小寺正明(東京工業大学)
神保宇嗣(国立科学博物館)
細矢剛 (国立科学博物館)
武藤愛 (奈良先端大)… Skype参加
伊藤元己(東大・総合文化)
仲里猛留(DBCLS)
松前ひろみ(チューリヒ大)
三上智之(東京大学)
鈴木誉保(農業生物資源研究所)
岩崎渉(東大)
その他気になってること
(広報) 塩基配列サブミッションの際の科博標本資料受入マニュアル
(情報交換) 神保さんが参加されていたBOLの会議について
(先行研究調査) GBIFと塩基配列データを使った研究にはどんなものがどのくらいあるのか?
例えば、pubmedで"GBIF"というキーワードと、GenBank accessionが紐付いている場合
pubmedでGBIFを検索すると, 62件中、遺伝子名ANKRD49 (GBIF) がひっかかるので、"Global biodiversity Information Facility " を指定すると41件。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=%22Global+biodiversity+Information+Facility+%22
ジャンルとしては、データベース(インフォ)系、GBIFデータのみを使った解析系、塩基配列と一緒に解析した系がありそう
"Barcode of Life"は116件。そんなに多くない?
参考資料
GBIF Science Report 2013 http://www.gbif.org/resource/80915
Gbits, the GBIF newsletter http://www.gbif.org/newsroom/newsletter
DNA Barcode Bulletin http://www.ibol.org/news-and-events/newsletter/
GBIFそのものの使い方
Geographic referenceをズームすると、メッシュ状になっている点はなに?
豚(Sus scrofa) http://www.gbif.org/species/2441218
Arabidopsis thaliana http://www.gbif.org/species/3052436
ブタの例を見て分かるとおり、日本にはイノシシが多いにも関わらず、ほとんどマップされていない。このように地域によって偏りがあるので、偏りのない生物種を選ぶにはどうしたらいいか?ヨーロッパが良いのか?
日本の情報源は一元化されていない。イノシシの目撃情報はたとえば「いきものログ」(http://ikilog.biodic.go.jp/)だと13000件ほどヒットする。
余談(?)
National Biodiversity Data Centre Ireland http://www.biodiversityireland.ie
当日の記録
当日のツイート実況のまとめ:http://togetter.com/li/880599