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Il primigenio nucleo museale del quale fanno parte anche le raccolte di Stoppani, via via si è allargato grazie ad acquisizioni e donazioni avvenute nel corso degli anni. Il numero di esemplari custoditi nel museo è all’incirca di 4000 reperti, appartenenti alle collezioni zoologiche, paleontologiche e mineralogiche.
Gli esemplari esposti al pubblico sono solo una parte dell’archivio naturalistico del museo, il cui accesso previo appuntamento, è consentito per ragioni di studio.
La collezione zoologica vede rappresentati diversi generi di fauna, provenienti dalle diverse parti del globo e vanta la presenza di una significativa raccolta ornitologica.
La collezione paleontologica segue un criterio di esposizione cronologico, partendo dai primi organismi viventi apparsi sulla terra sino alla comparsa dell’uomo. Significativa è la raccolta di fossili lombardi fra cui reperti della collezione Stoppani e la fauna triassica della Rasa di Varese.
La collezione mineralogica è costituita da numerosi minerali e rocce, fra cui materiale di orgine vulcanica studiato da Mercalli.
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