Inaugurato ufficialmente nel 1952, il Museo di Storia naturale venne dedicato alla memoria di Antonio Stoppani. Nella biblioteca del seminario sono tutt’ora custoditi e conservati testi e pubblicazioni originali di Stoppani, oltre ai fossili che in alcuni casi sono anche completi di cartellini originali autografi.
Dal 1962, il museo è affidato al prof. don Elio Gentili, attuale direttore, già insegnante di scienze naturali presso il medesimo Seminario, con una lunga esperienza negli studi di entomologia (più di 50 lavori scientifici pubblicati). Con lui il museo prosegue il lavoro di arricchimento e risistemazione, grazie all’aiuto di un piccolo gruppo di volontari esterni al Seminario.