John Donne was een kind van zijn tijd, en volgde de conventie dat een heer van zijn stand (een 'gentleman') zijn gedichten niet mocht uitgeven. Voor zichzelf zag hij een heel ander pad uitgestippeld met een carrière in de politiek of als kerkelijk leider. Als het uitkwam dat hij zijn poëzie onder zijn eigen naam liet drukken, zou dat een smet op zijn reputatie zijn. In een brief uit 1609 aan Henry Goodyer schreef hij dat hij "a graver course then of a Poet" nastreefde. Hij liet zijn gedichten wel circuleren onder zijn vrienden en liet ze lezen door hooggeplaatste heren van wie hij steun zou kunnen krijgen als patroon. De weinige gedichten die tijdens zijn leven in druk verschenen, werden uitgegeven op aandrang van zijn vrienden. Slechts twee gedichten werden tijdens zijn leven uitgegeven: de Anniversaries over de dood van Elizabeth Drury en de bijbehorende Funerall Elegie (1611 en 1612). Elizabeths vader Robert Drury trad toen vermoedelijk op als opdrachtgever en als Donnes beschermheer.
Van zijn prozawerk liet Donne toe dat er negen gedrukt werden; zes ervan waren preken. Van die negen werken waren er slechts zeven waarvan hij toestond dat zijn naam op het titelblad werd gezet. Hiertoe behoorden Devotions upon Emergent Occasions uit 1624 en de zes preken (sermons) die in kleine oplage apart werden gepubliceerd tussen 1622 en 1627. Verder werden nog twee anonieme werken gedrukt: Pseudo-Martyr in 1610 en Ignatius his Conclave in zowel een Latijnse als Engelse uitgave (1611). Donne bleef voortdurend op zijn hoede om niet versleten te worden voor een professioneel schrijver, hoewel het maken van gedichten wel als een passende bezigheid voor een gentleman werd beschouwd. Bovenal wilde hij echter bewonderd en geëerd worden voor zijn "gravitas", een ernstige en waardige houding die paste bij een heer van zijn stand. Mogelijk zouden vooral zijn erotische gedichten toen inderdaad als aanstootgevend ervaren zijn, evenals de politieke en theologische kwesties die hij erin verwerkte. Donne moest immers vooral bij zijn beschermheren en opdrachtgevers een goede indruk maken. Toch zou zijn werk via manuscripten zelfs doordringen tot in de kringen van het koninklijke hof.
Een groot nadeel van verspreiding via manuscripten tegenover gedrukte werken is uiteraard de kans dat het origineel door voortdurend kopiëren wordt veranderd. Daar moet dan nog aan worden toegevoegd dat tijdens John Donnes leven al een aantal geschriften opdoken die weliswaar zijn naam droegen, maar volgens huidige onderzoekers niet door hem geschreven waren. Vooral in de periode dat Donne als "Dr. Donne'" en deken van St. Paul maatschappelijk aanzien had verworven deden veel van dergelijke manuscripten de ronde. Zo wordt het auteurschap van onder meer volgende werken die zijn naam dragen betwist:
Een ander probleem dat opduikt bij het samenstellen van de werken van Donne is het bepalen van de chronologie en de volgorde van deze werken. Zo wijken de verschillende manuscripten die er van de "Holy Sonnets" bestaan onderling nogal af in de manier waarop zij de sonnetten nummeren of de reeksen waarin zij de sonnetten plaatsen. Van de 17e tot de 20e eeuw werd gewoonlijk de volgorde overgenomen van de Holy Sonnets die de uitgever van de 1635 -editie (een revisie van die van 1633) had bepaald. In onze tijd bestaat er echter weer interesse voor de vroegste manuscripten.
Ook bij Donnes 'Elegieën' (Elegies) heeft onderzoek uitgewezen dat althans bij enkele Elegies aanstootgevende verzen in verschillende versies circuleerden. Een voorbeeld hiervan is het bekende verleidingsgedicht "To His Mistress Going to Bed", waarin de dichter zijn geliefde aanport om zich te ontkleden en zich seksueel aan hem over te geven. De uitgever van de versie 'Poems' die in 1633 verscheen had het uit vrees voor schandaal zelfs niet opgenomen in de bundel, en het was pas in 1669 dat een waarschijnlijk 'gekuiste' versie werd gepubliceerd.