年記

2023

2023年を振り返ります。

・職場

早大高等研の3年目に入り、准教授に昇任しました。ランクアップしましたが去年までと同様好きに研究をさせていただいています。昨年同様、前半はWet実験をしていましたが、論文執筆のためのデータが取れたので後半は家にいることが多く、運動不足です。よくないですね。任期的には5年目まで高等研のポストを延長できるのですが、自身の体調やメンタル面なども含めて色々考えた末、高等研に在籍するのは来年度までとし、来年テニュア職を見つけられなかったら(1-2年のロスタイムはあるかもしれませんが)職を変えようと思っています(共同研究している先生方には申し訳ないですが・・)。というわけで来年は今までより広い範囲で就活していきたいと思います。なお今年はいくつか公募に出して、2回面接に進みましたが両方落ちました。情報系に出すと面接で「うちの学生は生物学に興味がないのでどう指導するか。福永先生は生物系のポストについた方がいいのではないか」みたいな話になり、生物系に出すと面接で話があまり噛み合わない(生物系の人がイメージする、いわゆるデータ解析的なバイオインフォマティクスと、私の研究が違いすぎて、私の話下手もあるがあまり理解されていない)ので、なんだかねぇという気分にはなっています。愚痴になってしまった。

・教育

引き続き、早大で「プログラム設計とアルゴリズム」の講義を担当しています。今年は毎週小レポートを出して平常点を出す方式に切り替えました。やはり簡単な計算問題でも毎週解いてもらうと理解と定着が違うような気がします。本当は実装と組み合わせるのが良いというのは理解してるのですが、2単位分ではなかなか時間が取れず・・。一方アルゴリズムの正当性の証明みたいな話はあまり伝わっていないようで難しいところです(個人的な経験では証明は板書講義でないとわかりにくいし、授業時間内では腑に落ちない部分も多かったという体感があるので、スライド講義の限界な気も)。が、工学系の学科だしまぁ紹介にとどめる程度でいいのかなとは思っています。あと「Cプログラミング入門」も今年から担当しましたが、共通教材を使っているだけなので手間的には大したことなかったです。来年は非常勤講師で、他の大学でバイオインフォマティクスの講義を持つ予定で、少し準備が大変かもしれないですね。

学生との共同研究的には、浜田研の学生さんと、D1を1人、M1を1人、B4を1人と共同研究しています。去年M2を4人と共同研究しているのを見るとだいぶ暇になったなと思います。最近は深層学習系のテーマをやりたい学生さんが多く、配列アルゴリズムとかベイズモデルみたいな話をやりたがる学生さんが減ってきたのが原因ですね。

・研究

論文としては責任著者論文が1本、共著論文が1本publishされました。共著論文は6年前くらいからやっていた研究なので、形にできて本当に良かったと思っています。今年は園池先生との共同研究についての実験論文(筆頭著者)をまとめるのと、やはり6年くらい(学生さんと)やっていた新規リピート検出発見ソフトウェア論文(責任著者)をまとめるのに時間を費やしていました。どちらも年内にsubmitできるかなと思っていたのですが、少し年をこしてしまいました。年度内にはpreprintを公開できると思います。今年は他にも色々共同研究を増やしていました。昨年「来年は増やしたい！」と書いていたので目標は達成したことになりますが、少し増やしすぎたか、タスクが増えて何が何だかよくわからなくなってしまい、結果作業効率が落ちてしまい色んな方面をお待たせしてしまうことになってしまいました。マルチタスクが苦手なのを忘れていました。数理的な研究や勉強を進める余力もなかったので、来年は共同研究を抑え気味にして(バイオにそんなに役に立たなくてもいいので)もう少し数理よりの話に取り組みたいところです。

・引用

Google Scholar調べによると、引用:2586, h-index:15, i10-index: 16でした。MiFish primerとMitoAnnotatorのおかげで引用数は着々と増加しています。あと私の筆頭/責任論文として、LncRRIsearchが初めて引用数100を超えました(今年の引用数は30で合計101)。共著論文だけ引用数が多くて筆頭/責任論文が微妙なのは悲しいので、一つの感慨はありました。他の筆頭/責任論文の今年の引用数(総引用)は、RIblastが22(85)、CapRが5(79)あたりで後は伸び悩みですね。最近やってた比較ゲノム関係の論文の伸びが悪いのが悲しいですが、仕方ないですかね。RNA関係が順調に伸びているのと、今やってる研究はかなりインパクトは大きいと思うので、その辺はあまり気にしなくてよいところが幸いです。

・私事

結婚3年目に突入しました。そろそろ家族が増えるといいですねと思っています。私事旅行では北海道と京都に行きました。北海道は、函館→洞爺湖→札幌を2泊3日で回り、五稜郭とか函館山とか時計台を見ていましたが、なんか暑いという記憶が強すぎました。夏の避暑のために北海道に行ったはずなのですが・・。函館が想像以上にシャッター街でちょっとびっくりしました。京都も2泊3日でとりまベタなコースを(妻が行ったことないので)回りました(伏見稲荷→三十三間堂→清水寺、仁和寺→竜安寺→金閣寺→銀閣寺→哲学の道、天龍寺→竹林の道)。三十三間堂といえば私のお気に入りの仏像は婆藪仙人なのですが、以前行った時は前に並んでいて近くで見れたのに、仏像研究の進展の結果配置換えによって本尊の近くに行ってしまい遠目でしか見れなくなってしまいかなり残念でした。

ピアノはアラベスクが弾けるようになったら、基礎練に飽きて完全に弾かなくなってしまいました(汗) そんなに難しい曲でもいいのでレパートリーを増やした方がいいかもなぁとは思っています。あと将棋は二段になったので免状をゲットしました。三段になるのはかなり時間をかける必要があるかなと思うので、まぁ将棋もそろそろこんなもんかなという気もしています。ついでに今年やったゲームは、オクトパストラベラー２、ポケモンバイオレット、ピクミン1&2、ゴーストトリックあたりでした。オクトパストラベラー2は、1の欠点としてよく指摘されていた主人公たちの絡みのなさ、ストーリーの関係の薄さが修正されて、かなり密度の濃いストーリーとなっており、満足度が高かったです。鬱い話しが多いので少し人を選ぶところがありますが・・。ポケモンバイオレットは完全なオープンフィールドになりましたが、これはポケモンとかなり相性が良く、またストーリーがかなり良くできているので一人で遊ぶゲームとしてみた場合ポケモン史上1位か2位に面白いゲームなのではと思いました(対戦は知りません)。ポケモンのストーリーは基本イマイチなことが多いのですが、BW以来の出来栄えですね。ピクミン1&2は未プレイでSwitch版発売を気にプレイしたのですが、やらずに死ななくて良かったと思うくらい良く出来ていました。ピクミン1はリアルタイムシミュレーション、ピクミン2はパズル的と全く違うゲーム性が実現されていることも面白いと思いました。個人的にはピクミン1の方が好きで12日クリアもしたのですが、それを知人に言ったら「マゾだな」とか言われてしまいました。なんでやねん。ゴーストトリックは逆転裁判のプロデューサの巧舟氏が作っているので以前からちょっと興味はあったのですが、switchで出ていることを知って買いました。音楽・テクストが完全に逆転裁判風味で好みに合い、またパズル性の部分は完成度が高く、そしてシナリオのミステリー部分の解決が、驚きの結末へと非常に綺麗に回収されていくので、これも非常に満足しました。今年やったゲームは全部満足ですね。良かった良かった。

2022

2022年を振り返ります。

・職場

早大高等研の講師として2年目に入りました。相変わらずdutyがなく放し飼い(?)されているので、好きに研究をさせていただいています。後述しますが9月からWet実験を始めていて、そのために週3日ほどTwinsの園池研に通っています(まぁ、3日のうち2日は細胞の植継しかしないので午前行ってすぐ帰るか自分の居室に行くのですが)。あとは一昨年・去年に引き続き自宅でリモートワークです。なお次のポストはコツコツ探していて、今年はテニュア准教授ポストに3つアプライしましたが全部書類落ちでした。まぁ全部分野がややずれていたので仕方のないところです。東京近辺という縛りがあるので見つからなかったら仕方ないかなという気分ではいます。

・教育
引き続き、早大で「プログラム設計とアルゴリズム」の講義を担当しています。今年からZoomではなくオフラインになったせいか、あるいは去年の試験問題が難しかったせいか、または去年の講義が下手でわかりにくかったせいか(授業アンケートは一応平均点以上でしたが)わかりませんが受講者が半分に減りました。教科書としては今年も「問題解決力を鍛える！アルゴリズムとデータ構造」を使っていますが、オリジナルの部分も増えてきたので、そろそろ自分なりにもっとアレンジしても良いかもしれません。高校の情報の授業でも基本的なアルゴリズムを扱い始めているようですし、その辺の接続も考えてみた方がよいかもしれません。来年度はこれに加えて「Cプログラミング入門」も担当する予定です。

教育といえば、浜田研の学生さんとはM2を4人、B4を1人と共同研究しています(うち3人は私の研究テーマ発案)。M2の皆さんが一生懸命研究をやってくれたおかげで、来年は浜田研学生さんとの共著論文を3本は投稿できそうです。しかし今年のM2の卒業で一緒に共同研究する学生がかなり減ってしまうので、来年は暇になりそうです。

・研究

論文としては筆頭原著論文が3本、非筆頭総説が1本publishされました(「出版した論文についての雑感」ページ参照)。投稿中の論文としては、MiMBのinvited reviewが2本(両方筆頭)、非筆頭総説が1本、非筆頭原著論文が2本です。MIMBはここ2年くらい塩漬けにされていたのですが、ようやく年明けて直ぐに出るようです(とはいえ最初は10月くらいに出る、みたいな話だったのであまり当てにはならない・・。MIMB、原稿を送付した後に企画中止になったりしたこともあるのでかなり信用できなくなっています。まぁ、今度Editorを引き受けてしまったのですが) ところで昨年、「今年は共同研究を増やすのが目標だ」と書いたのですが、それはそこそこ達成できました。まず、早大教育学部の園池先生との共同研究で、シアノバクテリアの機能未知遺伝子の研究を始めました。これは私が遺伝子の機能を予測して園池先生の方で検証実験をしてもらうということで始めたのですが、実際に候補遺伝子を絞ったあと、私が自分で実験をしたくなったので実験をさせていただくことになりました(実験を一から指導してくださっている園池研の小川先生には大変感謝しております)。面白い表現型が取れてきていると思うので、早く報告出来るタイミングを楽しみにしています。もう一つは、理研の柚木先生に御声かけいただき、バイオDXのプロジェクトにマウスの行動動画解析班として参加させていただくことになりました。動画解析をやるのは久々で、この4年くらいやっていなかったのでまずキャッチアップから始め直したところですが、こちらも頑張りたいと思います。これはポスドクを公募予定です。来年はもっと共同研究を増やしたいと思います！あと来年については、系統プロファイル法の研究も5年くらいやってきたので、そろそろ別の方向性に行こうかなぁと思っています(何をやるかは今の仕事をまとめたら考えます・・)

・引用

Google Scholar調べによると、引用:2056, h-index:14, i10-index: 15でした。引用数が2000の大台を越えましたが、MiFish primerとMitoAnnotator様様のおかげです。私の筆頭論文の今年の引用数(総引用)で言えば、LncRRIsearchが37(70)、RIblastが16(63)、CapRが12(72)、GroupTrackerが5(37)、Mirageが4(4)、IPMが1(1)ですね。LncRRIsearchが爆増してRIblastを抜いていますね。やはり、アルゴリズム作りましたとかより、Webサーバとかで手軽に使えるようにするのが強いんですねぇ・・。

・その他の仕事

コロナ社のバイオインフォマティクスシリーズの第１巻「バイオインフォマティクスのための生命科学入門」を発刊しました！皆様お買い上げいただいているようで誠にありがとうございます。是非忌憚なきご意見をいただければ幸いです！あと来年は年明け早々に博論の副査を依頼されました。人生初のPh.D. offenseです(こんな言い方があるのかは知らない)。

・私事

四月末にリーガロイヤルホテル東京で結婚式を挙げました！コロナ禍ということでそれほど多くの方を呼べなかったことは心残りですが、ご来場いただいた皆様に祝福しただき大変感謝しています。というわけで結婚生活は2年目に突入しました。生活も大分落ち着いてきた感じで、最近はHappinsのfukufuku nyankoシリーズグッズが家に溢れています。運動を最近全然していないのがまずい(1回もボルダリングに行っていない)です。リングフィットアドベンチャーは年初に買って結構やっていたのですが、途中でやるのを忘れてから一気に途絶えてしまいました(運動あるある)。私事旅行では金沢と河口湖(とディズニーシー)に行きました。金沢では21世紀美術館・兼六園・金沢城・ひがし茶屋街あたりを見て、河口湖では富士急ハイランド・富士山パノラマロープウェイに行った感じです(ベタです)。21世紀美術館は一度行ってみたかったので行けて満足しました(まぁなんだか良くわかりませんでしたが)。金沢ではせっかくなのでフグの卵巣の糠漬けを食べてみましたが、塩分が強過ぎましたね・・。富士急ハイランドは高飛車とドドドンパが点検中で、2つも点検中なのはないだろと思ったんですが、まぁそれでもFUJIYAMAとええじゃないかに乗ったら満足しました。ええじゃないかってあんなに怖かったっけ。来年は第五のコースターができるらしいですが、私が乗るのは多分10年後くらいです。

ピアノは途中サボったりしつつボチボチ復調してきて、ドビュッシーのアラベスクを弾けるくらいになりました。昔は右と左の拍子が違う曲はメチャクチャ苦手だったので、むしろある意味今の方が上手くなっている部分もありそうです。ソナタアルバム1を半分くらいと、ツェルニー40-9あたりを今やっています。年初ではバッハのインベンションもやっていましたが、６曲くらい弾いたところでなんとなく満足してしまいました。なお結婚式では余興としてトルコ行進曲とA whole new worldを弾いたのですが、前者は途中で左手が飛び、後者は最後の決めのところでタッチミスするなどしました。悲しい。

ついでに今年やったゲームは、トライアングルストラテジー、ロックマンXアニバーサリーコレクション1、ペルソナ5Rの3本でした(ポケモンはどこに行った・・？)。少なくなったなぁ・・。トライアングルストラテジーは全Endを見てハードもクリアしました。戦闘バランスの調整(特にキャラの個性が高いのに無駄キャラがほぼいない所)が非常に素晴らしく、また話のモチーフが資源争いや人種差別なのでFEに比べるとリアル(オウガっぽい)なのも好みでした。ただストーリーのDetailの部分は結構雑(グスタドルフがロラン王子の死体の偽装に気づかないとか)で、特にロラン王子はメインキャラなのに戦闘面でも弱く行動原理もかなり理解しがたいのがマイナスでした。ステージ名を多分全部音楽の曲から取ってるのは何か意味があったんですかね。ロックマンXアニバーサリーコレクション1は、X2だけ昔やったので郷愁に駆られて買いました(安かったし) 基本的に全部面白かったですが、思い出補正なしでも2が一番面白い(ボス戦のバランスが取れているし)ように感じます。5-8はイマイチらしいのでコレクション2はスルーしています。ペルソナ5はなるほど各地で絶賛されるだけあって、これは素晴らしい作り込みでした。ペルソナをやったのは初めてで、今まではなんか重そうだなと思って敬遠していた(鬱ゲーが嫌いなわけではないんですが)のですが、これは最後に破滅しないタイプのピカレスク小説がモチーフなので楽しくプレイできました。ちょっと気になったのは難易度ノーマルだと戦闘が結構単調なのと、あと竜司が鬱陶しいくらいです。来年はFE新作とゼルダ新作とオクトパストラベラー2とポケモン新作とニーアをやりたいんですがそんな時間はあるのか？

2021

2021年を振り返ります。

・職場

3月まで東大CSの助教として勤務していましたが、4月から早大高等研の講師(任期付き)に着任しました。助教の任期は教授の定年退官までと言われていて、あと一年だったので大分ほっとしました。早大高等研は恐ろしいほどdutyがなく、研究者にとって楽園のような場所ですが、ここで業績が出ないようでは何だということになるので、頑張っています。(京大白眉と違ってあまり知られていないのですが、机一つで研究ができる方はおすすめですよ！) 早大に戻ってきたということで、浜田研の皆様(特にBI手法開発に興味のある学生の方々)とも連携を深めています。もっとも任期は3年(要件を満たせば5年まで伸ばせる)で永住は出来ないので、ちゃんと次は探しています。5年経ったら37歳なので、様々な選択肢を考えなければいけない時期ですね・・。

・講義

早大で「プログラム設計とアルゴリズム」の講義を担当することになりました。東大助教時代は実験を担当していたり、部分的に講義をすることはありましたが、一科目持つのは初めてでした。まぁ、基礎的な科目で内容もそれなりにわかっているので、比較的講義しやすい科目ではあります。教科書としては、高校同級生の大槻君が描いた「問題解決力を鍛える！アルゴリズムとデータ構造」を使ってみました。絵が豊富でわかりやすくよく書けている教科書なので説明しやすいです。擬似コードではなくC++のコードが書いてあってGitHubに上がっているというのもこの本の良いところですが、講義でそこを生かすのは私の力不足で難しかったです。そのほかいろいろな説明についても、少し私が反省する点が多かったので、来年に生かしていきたいところです。

・研究

論文としては筆頭が1本、非筆頭が3本(うち1本はreview)publishされました(コラムの別ページ参照)。投稿中の論文としては、MiMBのinvited reviewが3本(2本筆頭、1本非筆頭)、筆頭原著論文が1本です。共同研究で現在執筆中のものが2つあるので、まぁボチボチでしょうか(というと怒られそう)。どちらかというと、数にはそんなにこだわらなくて良いので、もう少し質を上げていった方が良い(機械学習として見ても面白いとか、実験系の人に予測結果を実験で検証してもらってその結果も載せるとか)のかなと感じています。そういう意味では、共同研究を増やす(ちゃんとする)というのは来年の目標ですね。

・引用

Google Scholar調べによると、引用:1571, h-index:11, i10-index: 12でした。引用数は年々上がっていますが、大体MitoAnnotatorとMiFishという激強共著論文によるものなので、私自身の実力かと言われると？です。私の筆頭論文の引用数(今年の引用)で言えば、CapRが65(8)、RIblastが49(14)、LncRRIsearchが37(25)、GroupTrackerが31(6)ですね。CapRとRIblastは堅実に引用されていて嬉しいですね(ただもう少し引用数が増える論文を書かないといけないのかなぁ)。GroupTrackerは今更引用する必要性はほぼないような気もしますが・・。今年出した論文で言えば、MirageとUmibatoは引用されてほしいところです。

・その他の仕事

今年四月からJSBiの理事に着任しました。また、JSBi年会の実行副委員長をして、主に企画周りを担当していました。今年はかなりダイバーシティ推進の観点を推しまして、その観点を踏まえ積極的に企画を行いました。私の周りでは好評な意見が多かったです(が、内心鬱陶しく思っている人もいたんだろうなぁとは思います、やむなし)。オンライン学会ということで事務方の方を担当している委員の方(特に曽さん)は、過労で倒れるのではないかというくらいの仕事量でしたが、私はまぁそこまでではなかったです・・。JSBi年会は二年連続オンラインになってしまいましたが、来年は現地開催できると良いですね。

あと、コロナ社のバイオインフォマティクスシリーズの第１巻「バイオインフォマティクスのための生命科学入門」という本を岩切さんと二人で書いていました。内容は基本的なことしか書いていませんが、如何せん分野が広いので、細かい部分まで間違ったことを書いていないか確かめるのはかなり大変でした。それでも査読時には、査読者の方から様々な誤りを指摘されてしまい、教科書の執筆はそう気軽に引き受けられるものではないということを痛感しました。来年には発刊予定です !

・私事

結婚しました！いやー、二回目の婚約破棄をされた時はどうしようかと思いましたが、慣れていたせいか(?)それほど引きずらずに一ヶ月後には婚活を再開できていたメンタリティには我ながらビビりました。というわけで現在は二人で(今の所)平穏に暮らしています。結婚を機に生活は色々変わりました。まず、ボルダリングジムに通うことが難しくなったので、運動不足になっているのはどうしようと考えています。ウォーキングは真面目にやらないといけないかもしれない。あと、料理を真面目に作るようになりました(私がリモートワークのことが多いので、私が作ることの方が多いです)。基本的にレシピは私も妻もデリッシュキッチン頼りです。いい時代ですね。ついでに家に電子鍵盤があるので、ピアノを再開しました。4歳から初めて14歳でピアノをやめてしまった(悲愴を弾けたくらいでやめた記憶)のですが、まぁ20年振りくらいに初めてもそこそこは手が動くなとは思っています。とはいえガタガタなので、ハノン・ソナチネアルバム・ツェルニー30番くらいから復習しています。ブルグミュラーから復習だったら流石に再開しなかったかもしれない。来年くらいには元のレベルに戻れるといいですね。合唱をやっていたせいか、音楽的な部分は子供の時よりも良いようなきがしないでもないです(気のせいかもしれない)。合唱はやはりこの時期、まだなかなか再開するのは難しいですねぇ・・。私が大学時代入っていたサークルの合唱団も、新入生が入らず苦労しているようで、心配です。来年はちゃんと演奏会が開けるとよいのですが・・。