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2023:
2023/12/06-08 第46回日本分子生物学会年会にて、以下の発表を行いました。
口頭発表: 福永津嵩, 久保田ひより, 井内仁志, 川崎純菜, 浜田道昭, 高橋朋子. 高速RNA-RNA相互作用予測ソフトウェアを活用したウイルスRNA-宿主lncRNA間の相互作用解析
ポスター発表: 山内駿, 福永津嵩, 岩崎渉. ゲノム進化史の主要モードを自動推定する新規数理モデルの開発
ポスター発表: 武田淳志, 野中大輔, 今津裕太, 福永津嵩, 浜田道昭. REPrise:inexact seedを用いた散在反復配列検出
ポスター発表: 丸山基世, 坂井敦, 福永津嵩, 宮川世志幸, 岡田尚巳, 浜田道昭, 鈴木秀典. Neat1長鎖非コードRNAは一次感覚神経による神経炎症制御の重要な調節因子である
2023/11/29 第76回バイオ情報学研究会(SIGBIO)にて、「DeepRaccess: 深層学習を用いた高速なRNAアクセシビリティ予測」について口頭発表を行います。
2023/10/10 Frontiers in Bioinformatics誌より、 深層学習を用いてRNA accessibilityの予測を高速化する論文が公開されました !(福永責任著者:4人中3人目) 早稲田大学浜田研学生だった原さんが修士の時に行った研究をまとめた論文となります。
2023/08/08 Frontiers in Immunology誌より、 神経性疼痛においてNeat1 lncRNAが果たす遺伝子制御の役割を解明した論文が公開されました !(福永共著:7人中3人目) 日本医科大学・坂井先生との共同研究となります。福永はバイオインフォマティクス解析について担当いたしました。
2023/07/01 2023年度ラン藻ゲノム交流会にて、「フィコビリソームの系統プロファイル解析により明らかになった新規ステート遷移制御遺伝子」について招待講演を行いました。
2023/04/01 准教授に昇進しました。引き続き研究教育に邁進したいと思いますのでよろしくお願いいたします。
2023/03/08-10 第17回日本ゲノム微生物学会年会にて、"Phylogenetic profiling analysis of the phycobilisome in cyanobacteria revealed a novel state-transition regulator gene"についてポスター発表を行います(福永筆頭: 4人中1人目)。
2023/03/02 福永が共著に加わった、ウイルスとホスト間の相互作用を予測するバイオインフォマティクス手法についての総説論文が、Computational and Structural Biotechnology Journal誌から公開されました!(福永:9人中4人目)
2023/01/29 福永がChapterを二本寄稿した"RNA structure prediction"がMethods in Molecular Biologyより刊行されました!福永が寄稿したのは"Fast RNA-RNA Interaction Prediction Methods for Interaction Analysis of Transcriptome-Scale Large Datasets"及び"Web Services for RNA-RNA Interaction Prediction"の二本です。
2023/01/01 あけましておめでとうございます。今年もよろしくお願いいたします。
2022:
2022/11/29 第72回バイオ情報学(SIGBIO)研究会にて、次の口頭発表を行いました。
ショートトーク: 武田 淳志、野中 大輔、今津 裕太、福永 津嵩、浜田 道昭. Inexact seedを用いた散在反復配列検出手法の開発
2022/10/24 福永を筆頭著者とした、ビームサーチを用いた高速なRNA共通二次構造予測手法であるLinAliFold/CentroidLinAliFold論文がBioinformatics Advances誌から公開されました!(福永:2人中1人目)
2022/09/13-15 IIBMP2022にて、下記の発表を行いました。
口頭発表:福永津嵩 「高性能系統プロファイル法による機能未知遺伝子の機能推定」
ポスター発表:Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada. 「高速なRNA共通二次構造予測手法LinAliFold及びCentroidLinAliFoldの開発」
ポスター発表:Kaisei Hara, Natsuki Iwano, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada. 「深層学習を用いたRNAアクセシビリティ予測の高速化」
ポスター発表:Kento Kubo, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada. 「E-value計算を行う,構造を考慮した高速なRNA相同性検索ツールの開発」
ポスター発表:Shun Yamanouchi, Tsukasa Fukunaga and Wataru Iwasaki. 「マルコフ変調マルコフ連鎖による時間不均一性を考慮した遺伝子コピー数進化モデル」
ポスター発表:Atsushi Takeda, Daisuke Nonaka, Yuta Imazu, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada. "De novo repeat detection using inexact seed"
ポスター発表:Gentaro Yokoyama, Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada. 「隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の状態遷移の復元性の推定」
2022/07/20-22 第23回日本RNA学会年会にて、"LinAliFold and CentroidLinAliFold: Fast RNA consensus secondary structure prediction tools based on beam search methods"についてポスター発表を行います。
2022/07/13 東京大学の岩切先生と共著で執筆した「バイオインフォマティクスのための生命科学入門」がコロナ社様から出版されました!
2022/07/09 福永が共著に加わった、ncRNA中のリピート配列の機能への影響をバイオインフォマティクス的に解析する手法についての総説論文が、Methods in Molecular Biology誌から公開されました!(福永:6人中5人目)
2022/07/01 福永を筆頭著者とした、高速高精度ゲノム進化史ソフトウェアであるMirage2.0論文がBioinformatics誌から公開されました!(福永:2人中1人目)
2022/06/23 筑波大学バイオインフォマティクス研究室にて、「比較ゲノム解析による機能未知遺伝子の機能推定」について講演を行います。
2022/06/18 早稲田大学 BINDS発現機能インシリコ融合ユニットキックオフシンポジウム:次世代型1細胞/微小組織マルチオミックスによる生命科学研究支援にて、「次世代のRNA情報学を基盤としたトランスクリプトーム解析」について口頭発表を行います。
2022/01/21 福永を筆頭著者とした逆ポッツモデルを系統プロファイル法に適用した論文がBioinformatics誌から公開されました!(福永:2人中1人目)
2022/01/01 あけましておめでとうございます。今年もよろしくお願いいたします。
2021:
2021/09/27-29 IIBMP2021にて、下記の発表を行いました。また口頭発表に関しまして、優秀口頭発表賞を受賞いたしました。
口頭発表:Tsukasa Fukunaga and Wataru Iwasaki. "The inverse Potts model improves accuracy of phylogenetic profiling."
口頭発表(共著):Atsushi Takeda, Yuta Imazu, Daisuke Nonaka, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada. "De novo Repeat Detection using Inexact Seed."
ハイライト(共著):Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada. "Umibato: estimation of time-varying microbial interaction using continuous-time regression hidden Markov model."
ポスター発表:Hitoshi Iuchi, Michiaki Hamada and Tsukasa Fukunaga. 「E.coli K-12 MG1655株の機能未知遺伝子群y-omeの特徴解析及びその機能予測可能性の検証」
ポスター発表:Kaisei Hara, Natsuki Iwano, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada. 「深層学習を用いたRNAアクセシビリティ予測の高速化」
ポスター発表:Kento Kubo, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada. "A novel fast pipeline for RNA homology search considering secondary structure with E-value calculation"
ポスター発表:Gentaro Yokoyama, Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada. 「隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の個人内エンテロタイプ遷移の推定」
2021/08/18 日本進化学会第23回東京大会にて、下記の発表を行います。
口頭発表:福永津嵩、岩崎渉「遺伝子獲得/欠失速度の不均一性を考慮したゲノム進化史再構築 」
2021/08/01 福永を筆頭著者としたMirage論文がBioinformatics Advancesから公開されました!(福永:2人中1人目) Mirageは、ゲノム進化史に高精度に推定するための新たな手法です。
2021/07/13 早大浜田研D2の細田さんを筆頭著者としたUmibato論文がBioinformaticsから公開されました!(福永:3人中2人目) 本論文はISMB/ECCB 2021に採択された論文となります。
2021/05/25 早大浜田研PDの井内さんを筆頭著者とした、配列データへの表現学習のサーベイ論文がComputational and Structural Biotechnology Journalから出版されました!(福永:8人中7人目)
2021/04/01 早稲田大学高等研究所講師に着任しました!研究に集中できる環境とのことで、これまでにも増して頑張りたいと思います。
2021/03/31 東京大学を退職しました。萩谷先生を始め、研究・教育活動を支えてくださった教職員の皆様及び学生の皆様に感謝申し上げます。
2021/03/27 長崎大学の松本先生を筆頭著者とした系統樹双曲空間埋め込み論文がBiology Methods and Protocolsから出版されました!(福永:3人中3人目)
2021/03/03 Frontiers in GeneticsのReview Editorに着任しました。
2021/03/01 2021年度バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2021)の実行副委員長を務めることとなりました。主に企画周りを担当いたします。若輩者ですが頑張ります。
2021/02/28 早大浜田研PDの井内さんを筆頭著者とした、配列データへの表現学習のサーベイ論文をbiorxivから公開しました!(福永:8人中7人目)
2021/01/29 早大浜田研D2の細田さんを筆頭著者としたUmibato論文をbiorxivから公開しました!(福永:3人中2人目) Umibatoは微生物の定量時系列データから、微生物間相互作用のダイナミクスを検出するための新たな手法です。
2021/01/28 IEEE BIBM2020にて学生の毛利さんが発表したMotiMul論文のConference Paperが公開されています!MotiMulは、Tarone法と呼ばれる多重検定補正法を利用することで統計的に有意な配列モチーフを検出する事が可能なソフトウェアで、特に配列長を指定する必要がない事が強みです。
2021/01/20 実験医学2021年2月号の「Conference & Workshop “開催しました”」コーナーにて、筑波大・尾崎さんと長崎大・松本さんとの共著で、ENCODE3勉強会の記事を執筆しました。
2021/01/01 あけましておめでとうございます。今年もよろしくお願いいたします。
2020:
2020/12/18 IEEE BIBM2020にて、学生の毛利さんがMotiMulについて口頭発表を行いました。
2020年度バイオインフォマティクス学会年会にて、学生の毛利さんがポスター賞を受賞いたしました!議論してくださった皆様及び投票してくださった皆様に感謝申し上げます。
2020/09/01-03 2020年度バイオインフォマティクス学会年会にて、下記の発表を行います。
口頭発表:Tsukasa Fukunaga and Wataru Iwasaki. "Mirage: A phylogenetic mixture model to reconstruct gene content evolutionary history using a realistic evolutionary rate model."
口頭発表(共著):Hirotaka Matsumoto, Takahiro Mimori and Tsukasa Fukunaga. "A novel metric for hyperbolic phylogenetic tree embeddings."
ハイライトトラック(共著):Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori and Michiaki Hamada. "Revealing the microbial assemblage structure in the human gut microbiome using latent Dirichlet allocation."
ポスター発表(責任著者):Koichi Mori, Haruka Ozaki and Tsukasa Fukunaga. 「統計的有意性を担保可能な系列パターンマイニングに基づく配列モチーフ検出ソフトウェアの開発」
2020/08/27-28 生命情報科学若手の会第12回研究会にて、下記の発表を行いました。
ポスター発表(共著):久保顕登, 福永津嵩, 浜田道昭. 「E-value計算を行う, 構造を考慮したRNA相同性検索ツールの開発」
ポスター発表(共著):武田淳志, 今津裕太, 野中大輔, 福永津嵩, 浜田道昭. 「 Ab initioな反復配列の検出法による未知の反復配列の発見」
ポスター発表(共著):横山源太朗, 細田至温, 福永津嵩, 浜田道昭. 「 隠れマルコフモデルを用いたヒト腸内細菌叢の個人内エンテロタイプ遷移の推定」
2020/06/24 福永が共著に加わった、ヒト腸内細菌叢データにLDAを適用することで微生物の群衆構造を明らかにした研究が、Microbiomeよりpublishされました! (5人中3人目)
2020/05/02 福永が筆頭著者かつ責任著者である、データに内在する統計的に有意な三項間論理関係を網羅的に検出するツールであるLogicome Profilerに関する論文がPLoS ONEからpublishされました!(2人中1人目)
2020/04/01 新学術領域「ポストコッホ生態」の公募研究として、福永を研究代表者とする研究計画「逆イジングモデル法に基づく機能未知な微生物遺伝子の機能推定」が採択されました!
2020/01/01 あけましておめでとうございます。今年もよろしくお願いします。
2019:
2019/11/20-22 IBIS2019にて、下記の発表を行いました。
ポスター発表:福永津嵩 "ゲノム進化史推定のための混合系統樹モデル"
ポスター発表:毛利公一、福永津嵩 "Tarone法を用いた頻出部分文字列マイニングの多重検定補正"
2019/09/24-26 RNAフロンティアミーティング2019にて、「RNA相互作用解析のためのバイオインフォマティクスソフトウェア開発」というタイトルで口頭発表を行いました。
2019/09/09 福永が共著に加わった、腎細胞がんへのスニチニブ感受性に関与するlncRNAの同定に関する研究が、Oncogeneよりpublishされました! (8人中6人目)
2019/09/09-11 日本バイオインフォマティクス学会2019年年会にて、下記の発表を行いました。
ポスター発表:Tsukasa Fukunaga "多様なゲノム進化モデルを選択可能なゲノム進化史推定ソフトウェアの開発"
ポスター発表:Koichi Mori and Tsukasa Fukunaga "Tarone法を用いた系列パターンマイニングの多重検定補正"
2019/05/28 福永と東京大学の岩切先生が共同筆頭著者である、ヒト及びマウスのlncRNA-mRNA相互作用予測をするWebServerであるLncRRIsearchに関する論文がFrontiers in Geneticsからpublishされました!(4人中1人目)
2019/04/18 福永が共著に加わった、がんゲノムにおける変異シグネチャーをVB-LDAを利用して予測する研究がBioinformaticsからpublishされました! (4人中3人目)
2019/04/01 福永が研究代表者を務める若手研究「統計的論理関係解析法に基づく機能未知遺伝子の機能推定」が採択されました!
2019/01/28 福永が筆頭著者である、RNA二次構造のalternative structures及びfolding dynamicsについてのバイオインフォマティクス手法のレビュー論文がBriefings in Functional Genomicsからpublishされました!(2人中1人目)
2019/01/01 あけましておめでとうございます。今年もよろしくお願いします。
2018:
2018/11/19 Joint Hong Kong-Japan Bioinformatics and Systems Biology Workshopで、"Logicome Profiler: Detection of statistically significant logical triplet relationships based on Tarone's multiple testing correction."について講演しました。
2018/11/05-07 IBIS2018にて、"Statistical logical relationship analysis using Tarone's multiple correction"についてポスター発表を行いました。
2018/09/29-30 第1回環境DNA学会東京大会にて、琉球大学の佐藤先生が「環境DNA解析パイプラインMiFish Pipelienと魚類ミトコンドリアゲノムデータベースMitoFish」についてポスター発表を行いました。(福永共著:5人中3番目)
2018/09/19-21 2018年バイオインフォマティクス学会年会にて、筑波大学の尾崎さんと共に「バイオインフォマティクスに使いたい情報科学の最前線」と称したBoFセッションのオーガナイザーを務めました。また「Logicome Profiler: 統計的に有意な遺伝子三項間論理関係の同定法」について口頭発表をした他、浜田研・細田さんが「細菌群及び遺伝子群に基づいたヒト腸内細菌叢解析」(福永共著:5人中3番目)について、萩谷研・野中さんが「Inexactなseedを使ったInterspersed Repeatの検出」(福永共著:2人中2番目)についてそれぞれポスター発表を行いました。
2018/07/09-11 第20回日本RNA学会年会にて、浜田研・曽さんが「リボソームプロファイリングデータを用いたリボソーム関連する長鎖ノンコーディングRNAの同定と解析」についてポスター発表(福永共著:3人中2番目)、日本医科大学・鈴木研の丸山さんが「神経障害性疼痛及び軸索再生に対するNeat1の関与」についてポスター発表(福永共著:6人中3番目)を行いました。
2018/07/03 福永が筆頭著者である、RNA-RNA相互作用の統計的有意性を解析する論文がJournal of Computational Biologyからpublishされました!(2人中1人目) 本研究で開発した手法によって、long RNAにおけるRNA-RNA相互作用の統計的有意性解析を行う事が可能となります。また、本手法を適用する事で、新規の5'UTR-3'UTR 相互作用候補を発見する事が出来ました。
2018/05/30 福永が共著に加わった、リボソームに結合するlncRNAの同定と解析を行った論文がBMC Genomicsからpublishされました! (3人中2人目)
2018/04/14 福永が共著に加わった、魚類ミトコンドリアゲノムデータベースMitoFish及び魚類環境DNA解析パイプラインMiFish pipeline論文がMolecular Biology and Evolutionからpublishされました! (5人中3人目)
2018/03/28 配列解析シンポジウム ~36 years since the Smith-Waterman-Gotoh algorithm~にて、"Seed-and-extension法に基づく高速なRNA-RNA相互作用予測手法RIblastの開発"について講演を行いました。
2018/03/10 UTalkにて、「機械の眼で動物行動を見る」と題してゲストトークを行いました。
2018/02/06 福永が共著に加わった、プロテオロドプシン保有バクテリアの大規模比較ゲノム解析論文がThe ISME Journal からpublishされました! (13人中5人目)
2018/02/01 大阪大学大学院医学系研究科・ゲノム情報学共同研究講座の招へい研究員に着任しました。
2018/01/15-17 APBC2018にて、浜田研・細田さんが"Clarification of human gut microbial community using Latent Dirichlet Allocation"についてポスター発表(福永共著:5人中3番目)、浜田研・松谷さんが"Learning mutation signatures of indels by Latent Dirichlet Allocation with Variational Bayes inference"についてポスター発表(福永共著:4人中3番目)を行いました。
2018/01/01 あけましておめでとうございます。本年もよろしくお願いいたします。
2017:
2017/11/08-11 第20回情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2017)にて、浜田研・細田さんが「Latent Dirichlet Allocationを用いた腸内細菌叢のコミュニティ解析」についてポスター発表を行いました。(福永共著:5人中3番目)
2017/10/01 東京大学大学院情報理工学系研究科コンピュータ科学専攻助教に着任いたしました。また、早稲田大学いおいても理工学術院招聘研究員として研究を進めていきます。今後ともよろしくお願いいたします。
2017/09/27-29 第6回生命医薬情報学連合大会にて、RIblastについてハイライトトラックで発表を行いました。また、浜田研・曽さんがリボソームが結合するlncRNAの情報解析について口頭発表(福永共著:3人中2番目)を、浜田研・有薗さんが階層隠れマルコフモデルを用いたクロマチン状態解析についてポスター発表(福永共著:3人中2番目)をそれぞれ行いました。
2017/08/28-30 環境微生物系学会合同大会2017にて、浜田研・細田さんが、「トピックモデルを用いたヒト腸内細菌メタゲノム解析」についてポスター発表をしました。(福永共著:5人中3番目)
2017/07/19-21 第19回日本RNA学会年会にて「lncRNA-mRNAの網羅的相互作用予測へ向けた高速なRNA-RNA相互作用予測ソフトウェアRIblastの開発」というタイトルで口頭発表を行いました。また、浜田研・曽さんが"Ribosome profiling reveals the plurality of ribosome-associated long non-coding RNAs in mammals"というタイトルでポスター発表を行いました。(共著:3人中2人目)
2017/07/04 日本画像学会主催の第31回フリートーキング"Imaging Today"にて、「バイオイメージインフォマティクスにおける機械学習技術の活用」というタイトルで講演を行いました。
2017/06/23-25 情報処理学会第50回バイオ情報学研究会にて、浜田研・松谷さんが"トピックモデルを用いた、がんゲノムの変異シグネチャー解析"について口頭発表をします。(福永共著:4人中3番目)
2017/05/26 東京大学大学院情報理工学系研究科コンピュータ科学専攻にて「RNA情報解析技術の現状と課題」というタイトルで講演会を行いました。
2017/05/22-24 NGS現場の会第五回研究会にて、以下の発表を行いました。
ポスター発表:福永津嵩、岩切淳一、小野幸輝、浜田道昭 "ヒトlncRNA-RNAの網羅的な相互作用予測及びデータベースの構築"
ポスター発表(共著):曽超、福永津嵩、浅井潔、浜田道昭 "Identification and classification of translational pausing and ribosome-associated lncRNAs"
ポスター発表(共著):細田至温、西嶋傑、福永津嵩、服部正平、浜田道昭 "トピックモデルを用いたヒト腸内細菌メタゲノム解析"
ポスター発表(共著):松谷太郎、宇恵野雄貴、福永津嵩、浜田道昭 "トピックモデルを用いた、がんゲノムの変異シグネチャー解析"
2017/04/29 RIblast論文がpublishされました! https://academic.oup.com/bioinformatics/article-lookup/doi/10.1093/bioinformatics/btx287
2017/04/25 福永が筆頭著者であるRIblast論文がBioinformatics誌にacceptされました!(2人中1人目) 本研究では、seed-and-extension法を利用することで既存のソフトウェアより65倍近く高速にRNA-RNA相互作用を予測するソフトウェアであるRIblastを開発しました。RIblastを利用することで、現実的な計算時間及び計算資源で網羅的なlncRNA-mRNA相互作用を予測することが可能となりました。
2017/04/13 総説論文「バイオイメージインフォマティクスにおける機械学習技術の活用」が日本画像学会誌より出版されました。 https://www.jstage.jst.go.jp/article/isj/56/2/56_163/_article/-char/ja/
2017/04/01 新学術領域研究「ncRNAネオタクソノミ」の公募研究として、福永が研究代表者である研究課題「lncRNA-mRNAの相互作用ネットワークに基づくlncRNAの機能推定」が採択されました!
2017/03/04 日本画像学会誌に寄稿した総説論文「バイオイメージインフォマティクスにおける機械学習技術の活用」がacceptされました。
2017/03/02-04 第11回日本ゲノム微生物学会年会にて、浜田研・細田さんが、トピックモデルを用いたヒト腸内細菌メタゲノム解析」についてポスター発表をします。 (福永共著:5人中3番目)
2017/01/19 C. elegansの行動解析論文がBMC Bioinformaticsからpublishされました!(https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-1408-8)
2017/01/01 あけましておめでとうございます。2017年もよろしくお願いいたします。
2016:
2016/12/02 福永が筆頭著者である線虫の行動データ解析論文がBMC Bioinformatics誌にacceptされました! (2人中1人目) 本研究は、線虫C.elegansの姿勢データを混合ガウスモデルを用いてクラスタリングを行い、特徴的な姿勢パターン及び姿勢変化パターンを見せる変異体を抽出したものです。結果として、線虫が示す特徴的な姿勢変化パターンは、その変異体の特徴的な姿勢パターン、線虫の行動速度または活動休止期間のいずれかによって説明可能であることを示しました。
2016/10/17-19 Wellcome genome Campus・Computational RNA Biology Workshop 2016にて、RIblastについてポスター発表を行いました。
2016/10/13-14 遺伝研・行動遺伝学研究会2016にて、GroupTrackerについてポスター発表を行いました。
2016/10/01 第五回生命医薬情報学連合大会にてポスター賞をいただきました。自分の研究が高く評価された事を光栄に思います。今後も良い研究を続けられるよう改めて頑張りたいと思います。
2016/09/29-10/01 第五回生命医薬情報学連合大会にて、以下の発表を行います。
BoFセッション開催:「バイオイメージインフォマティクス:大規模生命画像データの情報解析に基づく生物学」
口頭発表:福永津嵩、浜田道昭、岩崎渉「Computational Ethology:バイオイメージインフォマティクスと動物行動学の融合」
ポスター発表:Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada "RIblast: A high-speed RNA-RNA interaction prediction system for comprehensive lncRNA interactome analysis"
ポスター発表(共著):Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada "16S rRNA-based metagenomic analysis using Latent Dirichlet Allocation
2016/09/26 RIblast論文をbioRxivにて公開しました。http://biorxiv.org/content/early/2016/09/25/077271
2016/09/03-09/07 ECCB2016にて、線虫の行動パターン解析の研究、及びRIblastについてポスター発表を行いました。
2016/07/29 産総研・早大 生体システムビッグデータ解析オープンイノベーションラボラトリ開所式にて、高速なRNA-RNA相互作用予測ソフトウェアであるRIblastについてポスター発表を行いました。
2016/06/28-07/02 RNA2016にて、浜田先生がRtoolsについてポスター発表を行いました。(福永共著)
2016/06/22-23 バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ2016にて、線虫の行動パターン解析の研究について口頭発表及びポスター発表を行いました。
2016/05/02 Rtools論文がNucleic Acids Research誌からpublishされました!
http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2016/04/29/nar.gkw337.abstract
2016/04/15 福永が共著に加わったRtools論文がNucleic Acids Research誌のWeb server issueにacceptされました! (8人中6人目) 福永は搭載されているツールの一つであるCapRの開発を行いました。
2016/04/01 早稲田大学 理工学術院浜田研究室に異動しました。学振特別研究員(PD)として、2016-2018年度の三年間、「Computational Ethologyで解き明かす動物の群れ形成メカニズム」という研究課題で研究を行います。
2016/03/24 博士号(東京大学、科学)を取得いたしました。指導教員である岩崎先生を始め、大学院生活でお世話になった様々な方にこの場をかけて御礼申し上げます。
2016/01/12 GroupTrackerのページにUMATrackerのリンクを追加しました。UMATrackerは、動物のトラッキングを行うためのGUIで、トラッキングミスした軌道や個体の向きの修正を簡便に行う事が出来ます。個体の追跡を行う部分ではGroupTrackerのアルゴリズムが用いられています。UMATrackerの開発者である、東京工業大学の竹内理人さん及び広島大の山中治さんに感謝いたします。
2016/01/01 あけましておめでとうございます。2016年もよろしくお願いいたします。
2015:
2015/12/25 日本学術振興会 特別研究員(PD)に「Computational Ethologyで解き明かす動物の群れ形成メカニズム」という研究課題で採用内定されました!受け入れ研究室は早稲田大学 理工学術院の浜田 道昭准教授です。2016-2018年度の三年間、本課題で研究に取り組む予定です。
2015/11/20-22 第34回動物行動学会にて、GroupTrackerについてポスター発表を行いました。
2015/10/29-31 2015年度バイオインフォマティクス学会年会にて、GroupTrackerについて口頭発表(ハイライトトラック)、及び線虫の行動パターン解析についてポスター発表を行いました。また、岩崎先生がMiFish primerについて口頭発表(ハイライトトラック)をされました(12人中3人目) 。
2015/10/01-03 生命情報科学若手の会第七回研究会にて、線虫の行動パターン解析について口頭発表を行いました。
2015/07/22 MiFish primer論文がpublishされました!http://rsos.royalsocietypublishing.org/content/2/7/150088
2015/07/01-03 第四回NGS現場の会にて、東大大海研・木暮研究室の熊谷さんが、「プロテオロドプシンを持つ海洋細菌のゲノム比較から、新規の光利用遺伝子を探る」というタイトルでポスター発表を行いました。 (福永共著:9人中3番目)
2015/06/26 福永が共著に加わったMiFish primer論文がRoyal Society Open Science誌にacceptされました! (12人中3人目) 福永は設計されたプライマーのin silico評価を行いました。
2015/06/18-19 バイオイメージインフォマティクス・ワークショップ2015にてポスター発表を行いました。
2015/04/01 本日より日本学術振興会特別研究員となりました。良い研究が出来るよう努力していきたいと思います。
2015/02/24 福永が筆頭著者であるGroup Tracker論文がComputational Biology and Chemistry誌からpublishされました! (4人中1人目) 本論文はCBCのAPBC2015 special issueから出版される予定です。本研究は、複数の動物個体を撮影した動画データから、個体間の重なりが厳しいときでもトラッキング出来るソフトウェアであるGroupTrackerの開発について報告した論文です。GroupTrackerは本Webページから使用可能です。https://sites.google.com/site/fukunagatsu/software/group-tracker また、preprint版を本web pageからDL可能です。
2015/02/20 福永が筆頭著者である和文総説「Computational Ethology: バイオインフォマティクスと動物行動学との融合」が領域融合レビューに掲載されました。 (2人中1人目) 本総説は、画像処理に基づく動物行動学の定量化方法、及び得られたデータの数理解析手法についてレビューさせていただいたものです。ご一読いただければ幸いです。このような貴重な機会を与えてくださいました編集長の飯田様、及び岩崎先生にこの場を借りて感謝申し上げます。
2015/01/21-23 台湾で開催されたAPBC2015にて、GroupTrackerについて口頭発表を行いました。 (acceptance rate: (53/131=)40%) 本発表は、Computational Biology and ChemistryのAPBC2015 special issueとして論文が掲載される予定です。
2015/01/19-20 台湾で開催された8th AYRCOBにて、GroupTrackerについてポスター発表を行いました。8th AYRCOBには、program committee chairとしても携わりました。
2015/01/01 あけましておめでとうございます。本年もよろしくお願いいたします。
2014:
2014/12/10 早稲田大学 浜田研究室にて、「Computational Ethology: バイオインフォマティクスと動物行動学との融合」というタイトルでセミナーをさせていただきました。
2014/11/25-27 第37回日本分子生物学会年会にて、東大理学部・塩見研究室の石津先生が「piRNA生合成機構の研究」について口頭発表をされました。 (福永共著:9人中4番目)
2014/11/14-17 2014年度魚類学会年会にて、千葉県立中央博物館の宮先生が「魚類環境DNA用ユニバーサルプライマーの開発」について口頭発表をされました。 (福永共著:9人中3番目)
2014/10/21-24 環境微生物系学会合同大会2014にて、東大大海研・木暮研究室の熊谷さんが、「大規模比較ゲノム解析が明らかにする、プロテオロドプシンを持つ海洋細菌のゲノム進化」について口頭発表をしました。 (福永共著:9人中3番目)
2014/10/16 日本学術振興会 特別研究員(DC2)に「定量的動画データ解析からせまるメダカの社会性行動」という研究課題で採用内定されました。今までご支援いただいた皆様に感謝すると共に、研究費として国民の皆様の血税を使わせていただいているという意識をより強くもって、今後も研究に邁進して行く所存です。今後ともよろしくお願いいたします。
2014/09/20-21 第20回小型魚類研究会にて、福永が口頭発表を行いました。
2014/08/24-29 15th International Symposium on Microbial Ecologyにて、東大大海研・木暮研究室の熊谷さんが、「プロテオロドプシンがゲノム進化に与えた影響」についてポスター発表をしました。 (福永共著:8人中3番目)
2014/07/23-25 第16回日本RNA学会年会にて、東大理学部・塩見研究室の石津先生が「piRNA生合成機構の研究」について口頭発表をされました。 (福永共著:8人中3番目)
2014/06/09-10 バイオイメージインフォマティクス・ワークショップ2014で口頭発表・ポスター発表を行いました。
2014/06/04 動画データから複数の動物をトラッキングするソフトウェアである"GroupTracker"を公開しました。
2014/04/26 第14回東京大学生命科学シンポジウムでポスター発表を行いました。
2014/03/20 第三回中国BGI・東京大学連携グローバルワークショップでポスター発表を行いました。
2014/03/19 7th AYRCOB committeeが、新領域創成科学研究科研究科長賞(国際交流部門)を受賞いたしました。福永はProgram committee memberとして関わりました。
2014/02/17-19 第五回生命情報科学若手の会研究会で口頭発表を行いました。
2014/02/18 CapR論文がGenome Biology 誌からpublishされました! http://genomebiology.com/2014/15/1/R16/abstract
2014/01/23 CapR論文がBiome magazineで紹介されました。http://www.biomedcentral.com/biome/shape-over-sequence-in-the-rbpome/ Biome magazineはBMCオープンアクセスジャーナルから、特に重要な研究について報告するオンラインマガジンです。
2014/01/10 福永が筆頭著者として論文を書いたCapR論文がGenome Biology誌にacceptされました! (6人中1人目) 本論文は今月のRBPome special issueから出版される予定です。本研究は各塩基がどのようなループ構造を形成するかの確率を計算するソフトウェアであるCapRの開発、及びRBP結合領域のRNA二次構造がどのような特徴を持っているかCapRを用いて解析を行ったものです。CapRは本Webページから使用可能です。 https://sites.google.com/site/fukunagatsu/software/capr
2014/01/01 あけましておめでとうございます。2014年もよろしくお願いいたします。
2013:
2013/11/22-24:第六回定量生物の会で1件のポスター発表を行いました。
2013/10/29-31: JSBi2013のポスター発表にて、岩崎先生がMitoFish及びMitoAnnotatorの紹介をされました。本ポスターは、excellent poster awardを受賞しました。
2013/10/29: MitoFish論文がMolecular Biology & Evolution誌からpublishされました! http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/11/2531.abstract また、本研究はMBE誌の表紙を飾りました。
2013/10/03-06: 2013年度日本魚類学会年会の口頭発表にて、西田先生がMitoFish及びMitoAnnotatorの紹介をされました。
2013/09/11-13: Biwo2013で1件のポスター発表を行いました。
2013/09/09-10: 7thAYRCOBで1件の口頭発表と1件のポスター発表を行いました。
2013/09/05:福永が共著に加わったサバ科魚類の起源に関する論文がPlos one誌からpublishされました!(14人中12人目) 日経新聞や時事通信などいくつかのマスメディアにも取り上げられました。論文はオープンアクセスですのでどなたでも読むことができます。http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0073535
2013/09/04-05: 第三回NGS現場の会で1件のポスター発表を行いました。
2013/08/11:福永が共著に加わったMitoFish論文がMolecular Biology & Evolution誌にacceptされました! (11人中2人目) 福永は完全自動、高速かつ高精度な魚類ミトコンドリアゲノムアノテーションシステム、MitoAnnotatorの開発を担当しました。MitoAnnotatorはMitoFishのWebページから使用可能です。 http://mitofish.aori.u-tokyo.ac.jp/annotation/input.html
2013/08/10:RNAインフォマティクス勉強会で1件口頭発表を行いました。