Этот вид мониторинга обычно осуществляется в пределах одного государства или крупного района этого государства. Такой мониторинг призван обеспечить слежение за взаимодействием природы и человека в зональных биосферных заповедниках (станциях) на территории отдельного государства для получения информации об изменениях качества среды, так как необходимы постоянные исследования фоновых характеристик состояния природной среды, наблюдения за экосистемами для определения предельно допустимого воздействия деятельности человека на них. В России территорий, отвечающих требованиям, предъявляемым к созданию фоновых биостанций или заповедников, мало: Приокско-Террасный, Центрально-Черноземный, Сихотэ-Алинский, Тихоокеанский морской.