Aunque la EPER ha estado presente desde hace siglos, desde el siglo XIX, comienza a vivir cierto desarrollo enfocado especialmente hacia la alfabetización. Surge a partir de movimientos vecinales, sociales y voluntariado, incluso empresariales y obreros, también los políticos y los religiosos abordan la educación de adultos en distintos aspectos y fines. Es la primigenia educación de adultos basada en la idea de proporcionar educación básica a quien no pudo obtenerla en su día, con su cohorte.
Sin embargo, es con la transición y especialmente hacia mediados de los 80 del siglo XX cuando surge la EPER contemporánea, por lo que podemos decir que es una institución relativamente reciente con 30 años de historia aproximadamente cuando las comunidades autónomas comienzan su reordenamiento, en nuestro caso, la Junta de Andalucía. Se crean los Centros Municipales de Educación de Adultos en la mayoría de las poblaciones para luchar contra la alta tasa de analfabetismo.
En una segunda etapa, a partir de 1991, los Centros de Adultos pasan de los Ayuntamientos a ser gestionados directamente por la Consejería de Educación y añaden a su finalidad inicial, la de ser puerta al mundo del trabajo y centros de lucha por la integración de la mujer, de los inmigrantes o de colectivos en general en riesgo de exclusión.
Así llegamos a la tercera etapa a partir de 2005 en la que cambian su denominación y cierran el ciclo de evolución actual hacia la EPER, convirtiéndose en centros de enseñanza más asimilados al resto de los centros del sistema educativo y enfocándose al aprendizaje de competencias y de su acreditación indispensable hoy en día tanto para el desarrollo sociopersonal como el laboral con enseñanzas no regladas y no formales así como complementarias. En general, la evolución que se ha producido ha hecho que los CEPER se integren más en el sistema educativo convencional aun manteniendo su personalidad. Esto no quiere decir que hayan perdido totalmente las funciones anteriores, pero se considera que la etapa de simple lucha contra el analfabetismo y la animación sociocultural o ha sido cumplida en gran medida o deben cumplirlas otros agentes.
El alumnado es cada vez más heterogéneo aunque mayoritariamente femenino: inmigración, jóvenes procedentes de bolsas de fracaso escolar o parados, así como todo tipo de adultos incluso titulados, que quieren mejorar su formación.
Ya no intenta ser una escuela de segunda oportunidad simplemente o de animación sociocultural sino un centro de aprendizaje que oferta enseñanzas no obligatorias a personas generalmente adultas para diseñar su propio itinerario educativo independientemente de la cohorte.