Benjamin Walker et Jean-Luc Souciet

"A tale of two codes"

Texte de Jean-Luc Souciet

Le génome est un palimpseste il est en constante écriture et réécriture, il s’efface en partie et se reconstruit avec l’arrivée de nouveaux gènes par des processus réitératifs de mutations et d’hybridations, c’est le cas de la levure Pichia sorbitophila. Le génome de cette levure est issu d’une hybridation récente entre deux génomes différents ( P g et P e ) et on reconstitue cette histoire évolutive qui a été très rapide dans ce cas à savoir quelques centaines de générations. En quelque sorte c’est un type d’archive des essais génomiques, les traces du passé n’apportent qu’une information limitée, alors que du côté de l’artiste où ses carnets préparatoires, conservés mais non publiés sont très informatifs. Ces carnets représentent le fil conducteur de l’évolution de la façon de penser de l’artiste c’est plus traçable ! Il subsiste dans ce génome les traces de ces passés (le pluriel est de mise) sous forme des gène non fonctionnels où en voie de disparition par morcellement et simultanément il se reconstruit par addition, extension, recombinaison, raffinement. Comme dans les villes il subsiste des remparts visibles et dans le sous-sol des ruines des cités précédentes qui sont mises en évidence par des fouilles. Il y a pour le génome comme pour la ville alternance des cycles de construction, de démolition, de reconstruction. Mais il faut indiquer une différence considérable : pour la ville il y a un plan urbanistique d’origine humaine (ou quelques plans) alors que pour le génome c’est le hasard qui joue il y a une infinité de combinaisons produites et une seule sera retenue.

La génétique c’est établir les cartes précises des chromosomes où sont étiquetés tous les gènes ce qui est formellement identique à une ville où toutes les constructions humaines distribuées entre rues et avenues sont numérotées. Les chromosomes de la totalité des êtres vivants sont des enchainements linéaires de quatre motifs chimiques les quatre bases A, C, G, T, qui vont, selon un processus combinatoire, générer une infinité de combinaisons. L’utilisation combinatoire de cet alphabet va produire les gènes que l’on est capable d’identifier en parcourant chaque chromosome, d’où le nom de carte de chromosomes. Mais on peut y découvrir plus, il y a les cartes ce qu’elles montrent au premier coup d’œil et secondairement ce qu’on pourrait appeler le « dessous des cartes » à savoir le plus qu’elles apportent lorsqu’on les fait « parler » ce qu’elles révèlent, comme le visiteur face à un tableau cherche à voir au-delà de ce qui est peint ce qu’il révèle sur la société des Hommes

Le processus d’hybridation entre individus différents, car ils possèdent des cartes chromosomiques différentes, est une confrontation qui provoque des ruptures à l’origine d’échanges, beaucoup sont létales, parmi celles qui subsistent très peu seront conservées à l’échelle du temps long. Pour les artistes c’est similaire ; ils se rencontrent c’est une confrontation des styles, des visions, des objets, beaucoup s’arrêteront brutalement, rares seront celles qui subsisteront à l’échelle du temps long.

Les fortunes des villes comme Strasbourg et Boston se sont construites, en partie, avec le commerce du sel, le conservateur des aliments, elles avaient une affinité pour ce composant qui conserve et Pichia sorbitophila a une affinité pour le sel. Ces deux villes de ces représentations graphiques ont réalisé une évolution rapide, environ 300 ans, ce qui est comparable aux quelques centaines de générations qui vont produire Pichia sorbitophila.

Jean-Luc Souciet – Biologiste

enseignants – chercheurs Unistra

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The genome is a palimpsest it is in constant writing and rewriting. It fades and is reconstructed with the arrival of new genes by a repetitive processes of mutations and hybridizations. This is the case of the yeast Pichia sorbitophila .

The genome of this yeast comes from a ‘recent’ hybridization between two different genomes (P γ and P ε) and we can reconstruct this evolutionary history in a few hundred generations – quite fast in terms of evolution. The genome can be considered an archive of its past – bearing traces of its origins much the same as an artists sketchbook bears witness to the development of a final work. These notebooks represent the thread of the evolution of the artist's way of thinking.

Like sketches in a notebook, a genome traces of these ‘histories’ (the plural is appropriate) in the form of nonfunctional genes.

Cities are similar. We can find vestiges of previous constructions which are sometimes uncovered by excavations. The genome in this way, is like a city, alternating cycles of construction, demolition, reconstruction. But it is necessary to indicate an important difference: for the city there is (usually) an urban plan of human origin whereas for the genome, it is chance that determines the infinity of permutations and combinations produced.

A genetic map is like a street map of a city: streets are labled and buildings numbered. The chromosomes of all living beings are linear sequences of four chemical ‘letters’, the four bases A (adenine), C (cytosine), G (guaniine), T (thymine). The combinatorial use of this alphabet will produce the genes that we are able to identify by scanning each chromosome, hence the name of chromosome map.

But we can discover more. There are the maps that give an understanding at first glance and there is then the questioning of what lies beneath the maps…if we could make them ‘talk’, what would they reveal about the society which they represent?

The process of hybridization between different individuals is the confrontation of two different chromosomal maps. This ‘confrontation’ creates a rupture, often lethal, and of the new genetic combinations that survive, they do not tend to last very long. For artists it can be similar; they meet each other in a confrontation of style and vision. Many will stop abruptly, but sometimes inspiration (hybridization?) will inform a new movement or style and have influence on future generations.

Cities like Strasbourg and Boston were built, in part, with the trade of salt, primarily as a food preservative. Pichia sorbitophila has an affinity for salt and thrives in a saline environment. The graphic representation of these two cities dates to about 300 years ago (1689 for Strasbourg and 1720 for Boston), which corresponds to the origin of the hybridization of the two parental genomes (P γ and P ε) of Pichia sorbitophila , and therefore the origin as a unique bacterial species.

Jean-Luc Souciet - Biologist

teacher-researchers Unistra