遺伝子の配列情報を取得することができる
相同遺伝子の検索を行うことができる
遺伝子配列のアラインメントと系統樹の作成を行うことができる
NCBI geneを用いて遺伝子のIDを得る
リンク先から配列情報を得る
得られたアミノ酸配列とBLASTを用いて、ヒト(Homo sapiens)、ニワトリ(Gallus gallus)、ゼブラフィッシュ(Danio rerio)、ショウジョウバエ(Drosophila melanogaster)、線虫(Caenorabditis elegans)、分裂酵母(Schizosaccharomyces pombe)、出芽酵母(Saccharomyces cerevisiae)における相同遺伝子の配列を検索する
相同遺伝子が見つかった場合はmultiple fasta形式のファイルを作成し、Clustal Wを使ってそれらの配列とのアラインメントと系統樹を作成する
my geneのEnsembl gene IDを記入してください
my geneの開始メチオニンから5アミノ酸をコードするcDNAの配列を記入してください(半角英字大文字)
my geneのストップコドンの前の5アミノ酸の配列を記入してください(半角英字大文字)
相同遺伝子を持つ種を選択してください
作成した系統樹のpngファイルを添付してください(ファイル名は学籍番号-tree-遺伝子名)例:09290259-tree-Miat.png
作成した配列のアラインメントの.alnファイルを添付してください(ファイル名は学籍番号-alignment-遺伝子名)例:09290259-alignment-Miat.aln
今回気づいたことを200字以内で記述してください
課題の提出先はこちら(提出は講義開始時)
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