โครงสร้างของเว็บไซต์ (Website Structure) เป็นการจัดการข้อมูล รวมถึงส่วนประกอบทั้งหมดของเว็บไซต์ ว่าเราจะแสดงข้อมูลและองค์ประกอบต่างๆ ไว้ในหน้าไหนบ้าง เช่น เว็บไซต์มีทั้งหมดกี่หน้า แต่ละหน้ามีรายละเอียดข้อมูลอะไรบ้าง และมีการเชื่อมโยงแต่ละหน้าอย่างไรบ้าง หรือพูดได้ว่าเป็นการทำ “แผนผังเว็บไซต์ (Sitemap)” นั่นเอง
หลักการในการออกแบบโครงสร้างเว็บไซต์ โดยส่วนมากจะออกแบบโดยพิจารณาจากวัตถุประสงค์ในการสร้างเว็บไซต์ ประเภทเว็บไซต์ ขนาดของข้อมูลที่จะนำเสนอ รวมถึงการจัดวางองค์ประกอบต่างๆ เพื่อให้เหมาะกับการใช้งานกับผู้ใช้ให้มากที่สุด โครงสร้างของเว็บไซต์ประกอบไปด้วย 4 รูปแบบใหญ่ๆ ได้ดังนี้
เป็นโครงสร้างแบบธรรมดาที่ใช้กันมาก เพราะเป็นโครงสร้างที่เข้าใจง่ายไม่ซับซ้อน มีการจัดลำดับการลิงค์ข้อมูลแต่ละหน้าเป็นแบบลำดับ ซึ่งทำให้ผู้ใช้จะต้องเข้าสู่เนื้อหานั้นๆ ในลักษณะเส้นตรง โดยมีปุ่ม “เดินหน้า” หรือ “ถอยหลัง” เป็นเครื่องมือหลักในการกำหนดทิศทางการเข้าสู่แต่ละหน้า เว็บไซต์ส่วนใหญ่ที่ใช้โครงสร้างแบบนี้ก็จะเป็นเว็บไซต์ประเภทองค์กรบริษัทขนาดเล็กนั่งเอง
เรียกได้ว่าเป็นโครงสร้างที่ดีที่สุด และเป็นที่นิยมใช้กันอย่างมาก เพราะเป็นโครงสร้างที่สามารถจัดการกับข้อมูลที่มีความซับซ้อนได้เป็นอย่างดี โดยลักษณะของโครสร้างแบบลำดับขั้นนี้เป็นลักษณะแนวคิดเดียวกับการจัดแผนภูมิองค์กร มีการแบ่งเนื้อหาเป็นส่วนๆ แต่ละส่วนก็จะมีการนำเสนอรายละเอียดย่อยๆ ที่ลดหลั่นกันมาจากบนลงล่าง โดยจะมีจุดร่วมจุดเดียวกัน
โครงสร้างแบบตารางเป็นโครงสร้างที่มีความซับซ้อนกว่าโครงสร้างแบบด้านบน ออกแบบมาเพื่อเพิ่มความยืดหยุ่นให้ผู้ใช้เข้าสู่เนื้อหาได้ง่ายขึ้น โดยเพิ่มการเชื่อมโยงระหว่างเนื้อหาแต่ละส่วนเข้าหากัน ในปัจจุบันเว็บไซต์ส่วนใหญ่จะเลือกใช้โครงสร้างแบบตารางเพื่อความสะดวกและทันสมัย เพื่อผู้ใช้งานเว็บไซต์สามารถใช้งานเว็บไซต์สะดวกและเข้าสู่เนื้อหาต่างๆ ภายในเว็บด้วยตัวเองได้อย่างง่ายขึ้น
โครงสร้างแบบใยแมงมุม เป็นโครงสร้างที่มีความยืดหยุ่นมากที่สุด เพราะทุกหน้าบนเว็บไซต์สามารถเชื่อมโยงหากันได้ทั้งหมดทั้งภายในเว็บไซต์หรือแม้กระทั่งเชื่อมโยงไปสู่เว็บไซต์ภายนอกได้ ทำให้ผู้ใช้สามารถเลือกที่จะเข้าสู่เนื้อหาได้อย่างอิสระด้วยตนเอง