ในหลักการของเกษตรธรรมชาติ การใช้พันธุ์ที่เหมาะสมในการเพาะปลูก เป็นสิ่งที่ดีที่สุด และการคัดเลือกพันธุ์ จึงจําเป็นต้องคัดเลือกพันธุ์ที่เหมาะสมกับดินด้วย การเก็บเมล็ดพันธุ์สำหรับทำพันธ์จึงเป็นเรื่องที่สําคัญ เมล็ดพันธุ์พืชที่ขายในปัจจุบัน พบว่า ส่วนใหญ่มีการใช้ปุ๋ยและสารเคมีทางการเกษตร ซึ่งเมล็ดพันธุ์เหล่านี้ส่วนใหญ่เป็น พันธุ์ผสมรุ่นแรก ทําให้เกษตรกรไม่สามารถเก็บเมล็ดไว้ทำพันธุ์ได้

เกณฑ์ในการคัดเลือกพันธ์ุตามหลักเกษตรธรรมชาติ

• มีลักษณะการเจริญเติบโตที่ดี เช่น มีการแตกหน่อแข็งแรง การเติบโตในระยะแรกดี
• อยู่ในสภาวะแวดล้อมต่าง ๆ ได้ ดี
• ต้านทานต่อโรคและแมลงศัตรูพืชได้ดี
• ผลผลิตมีรสชาติดี เก็บรักษาได้นาน
• เก็บเมล็ดพันธุ์ได้ง่าย เก็บรักษาได้นาน
• ไม่เป็นพันธ์พืชที่ตัดต่อพันธุกรรม

การเพาะปลูกพันธ์พืชต้อง่เหมาะสมกับสภาพดินที่เพาะปลูก ไม่ควรปรับปรุงสภาพพื้นที่โดยฝืนธรรมชาติ แต่ควรเตรียมสภาพแวดล้อมของพื้นที่โดยคำนึงถึงสภาพพื้นที่เพาะปลูก และควรใช้วิธีการทำเกษตรแบบดั้งเดิมมาประยุกต์ใช้ด้วย การเก็บเมล็ดพันธ์เองจะทำให้ได้ผลผลิตที่ปลอดภัยจากสารพิษต่าง ๆ แล้วพัฒนาพันธ์ุพืชให้เหมาะสมกับภูมิอากาศ จะได้ผลผลิตที่สมบูรณ์ยิ่งขึ้น

ในประเทศญี่ปุ่น พันธุ์ข้าวที่อยู่รอดมาตั้งแต่สมัยโบราณที่ปลูกโดยวิธีเกษตรธรรมชาติ ให้ผลผลิตสูงและ ปริมาณฟางต่ํากว่าพันธุุ์ที่ถูกพัฒนาขึ้นมาใหม่ซึ่งปลูกด้วยวิธีการเกษตรแบบดั้งเดิม นอกจากนี้เมื่อเปรียบเทียบ จํานวนจุลินทรีย์รอบ ๆ รากของต้นข้าวโดยเฉพาะแบคทีเรียที่ช่วยตรึงไนโตรเจนพบว่า ต้นกล้าที่ปลูกด้วยหลักเกษตรธรรมชาติมีจํานวนแบคทีเรียที่่ ช่วยตรึงไนโตรเจนมากกว่าต้นข้าวที่ปลูกด้วยวิธีเกษตรแบบดั้งเดิมมากโดยเฉพาะในช่วงข้าวออกรวงมีมากกว่าถึง 20 เท่า แบคทีเรียที่ช่วยตรึงไนโตรเจน คือ แบคทีเรียที่มีความสามารถในการเปลี่ยนก๊าซไนโตรเจนที่มีในอากาศเป็นแอมโมเนีย แบคทีเรียประเภทนี้จะอาศัยอยู่ร่วมกันกับรากของพืช และสามารถเจริญ เติบโตได้ดีแม้ในสภาวะที่มีสารอาหารต่ำ แต่อย่างไรก็ตามมีรายงานว่าหากปริมาณการเติมไนโตรเจนเข้าไปมีมากเกินไปจะทําให้ความหนาแน่น และการทํางานของแบคทีเรียลดลง จากข้อมูลเหล่านี้สามารถสรุปได้ว่า ต้นข้าวที่ปลูกด้วยวิธีการเกษตรธรรมชาติให้ผลผลิตได้ดีในสภาพแวดล้อมธรรมชาติ โดยไม่ต้องมีการเติมไนโตรเจนเพิ่ม