การเปลี่ยนแปลงด้านคมนาคม ในยุคนี้เมืองนครไชยศรี (นครปฐม) ได้เกิดการเปลี่ยนแปลงด้านการคมนาคมอย่างขนานใหญ่ ทำให้การเดินทางติดต่อค้าขายของประชาชนกับเมืองหลวงเป็นไปอย่างสะดวกสบายถึง 2 ทาง คือ ทางน้ำมีการขุดคลองเชื่อมระหว่างแม่น้ำนครชัยศรีกับแม่น้ำเจ้าพระยา และทางรถไฟซึ่งเป็นรูปแบบการคมนาคมสมัยใหม่ที่รับอิทธิพลมาจากชาติตะวันตก
ด้านการขุดคลอง รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวและพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้มีการขุดคลองขึ้นหลายสาย ในเขตเมืองนครไชยศรีหรือเมืองนครปฐมโบราณ ทำให้การคมนาคมระหว่างเมืองนคราไชยศรีกับเมืองหลวงและเมืองใกล้เคียงเป็นไปอย่างสะดวก ขณะเดียวกันก็มีผลให้การเพาะปลูกขยายตัวเพิ่มขึ้น คลองสายสำคัญ ๆ มีดังนี้
1. คลองเจดีย์บูชา การขุดคลองนี้มีจุดประสงค์เพื่อเป็นประโยชน์ในการก่อสร้างพระปฐมเจดีย์ และเพื่อให้ประชาชนไปมานมัสการพระปฐมเจดีย์ได้สะดวก คลองสายนี้ขุดตั้งแต่ตำบลท่านาริมแม่น้ำนครชัยศรีไปจนถึงพระปฐมเจดีย์ แล้วเลี้ยวแยกไปสิ้นสุดที่วัดพระงาม รวมระยะทาง 448 เส้น คลองกว้าง 5 – 8 วา ลึก 6 ศอก จ้างชาวจีนขุดคิดเป็นเงินทั้งสิ้น 64,363 บาท
2. คลองมหาสวัสดิ์ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดให้เจ้าพระยาทิพากรวงศ์ (ขำ บุญนาค) เป็นแม่กองขุดในปีเดียวกับการขุดคลองเจดีย์บูชา เริ่มต้นจากแม่น้ำอ้อมหรือคลองบางกอกน้อย ริมวัดชัยพฤกษ์มาลา ไปทะลุแม่น้ำนครชัยศรีบริเวณศาลเจ้าสุบินที่บ้านงิ้วรายเมืองนครไชยศรี ระยะทาง 676 เส้น ค่าจ้างชาวจีนขุดเป็นเงิน 88,120 บาท เมื่อสร้างเสร็จได้สร้างศาลาอาศัยริมคลองในระยะ 100 เส้น ต่อ 1 หลัง และให้เขียนตำรายารักษาโรคต่าง ๆ ติดไว้เป็นกุศล จึงทำให้มีชื่อว่า “ศาลายา”
3. คลองนราภิรมย์ ขุดขึ้นในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เพื่อแก้ปัญหาลำคลองตื้นเขิน โดยขุดต่อจากคลองทวีวัฒนาไปออกแม่น้ำนครชัยศรี เป็นระยะทาง 540 เส้น กว้าง 4 วา ลึก 4 ศอก สิ้นเงินค่าจ้าง 45,840 บาท
4. คลองราชาภิมล เป็นคลองขุดเอกชนดำเนินการขุดโดย “พระราชาภิมล” ขุดจากบริเวณทุ่งบางบัวทอง แขวงเมืองนนทบุรี กับ แม่น้ำนครชัยศรีที่บ้านบางปลา บางภาษี ขนาดคลองกว้าง 3 วา ลึก 5 ศอก ยาว 800 เส้น
5. คลองพระยาบรรฦา เป็นคลองขุดเอกชนที่ดำเนินการขุดโดย “พระยาบรรฦาสิงหนาท” (เจ็ก) เป็นผู้ขอพระราชทานพระบรมราชานุญาตขุดตั้งแต่ตำบลบางกอกใหญ่ เมืองอยุธยาไปเชื่อมแม่น้ำนครชัยศรีกับแม่น้ำเจ้าพระยา ระยะทางยาว 400 เส้น ลึก 4 ศอก กว้าง 4 วา อนึ่ง ถึงแม้ว่าการขุดคลองในเมืองนครไชยศรีในระยะแรกจะมีจุดประสงค์เพื่อให้การเดินทางมานมัสการพระปฐมเจดีย์สะดวกรวดเร็ว แต่ก็ก่อประโยชน์ต่อการทำมาหากินของราษฎร จึงเป็นการส่งเสริมเศรษฐกิจของเมืองนคร
ไชยศรีให้ดีขึ้น
ด้านทางรถไฟ การคมนาคมด้านรถไฟนี้เริ่มขึ้นในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว สำหรับเส้นทางรถไฟที่ตัดผ่านเมืองนครไชยศรีก็คือทางรถไฟสายใต้ซึ่งระยะแรกสร้างถึงเมืองเพชรบุรี โดยเริ่มก่อสร้างเมื่อวันที่ 5 กันยายน พ.ศ. 2442 และสามารถเดินรถได้ในวันที่ 1 เมษายน พ.ศ.2446 รวมระยะทาง ยาวประมาณ 151 กิโลเมตร ทางรถไฟสายนี้ตัดผ่านชุมชนสำคัญ คือ กรุงเทพฯ พระปฐมเจดีย์ บ้านโป่ง โพธาราม ราชบุรี และเพชรบุรี ทางรถไฟสายนี้ช่วยให้ประชาชนเดินทางมานมัสการพระปฐมเจดีย์มากขึ้น การคมนาคมทางรถไฟได้เปลี่ยนโฉมหน้าเมืองนครไชยศรีให้มีความสำคัญมากขึ้น เนื่องจากการติดต่อไปมากับเมืองหลวงทำได้รวดเร็วกว่าแต่ก่อนและยังเป็นทางผ่านของประชาชนจากเมืองทางทิศใต้ที่อาศัยเส้นทางสายนี้อีกด้วย
การเปลี่ยนแปลงทางเศรษฐกิจ การเปลี่ยนแปลงทางเศรษฐกิจของเมืองนครไชยศรีในยุคของการปรับตัวเข้าสู่ยุคใหม่นั้นเกี่ยวพันกับการเปลี่ยนแปลงทางเศรษฐกิจของชาติเป็นอย่างยิ่ง เพราะภายหลังการทำสนธิสัญญาเบาวริ่งกับอังกฤษ เมื่อวันที่ 18 เมษายน พ.ศ. 2398 พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงดำเนินนโยบายเปิดประเทศและยุติการค้าแบบผูกขาดที่ใช้มาตั้งแต่สมัยอยุธยาหันมาใช้วิธีการค้าแบบเสรี จึงเป็นเหตุให้การค้าขายระหว่างประเทศขยายตัวอย่างรวดเร็ว ผลผลิตที่สำคัญที่พ่อค้าต่างชาติต้องการมากในสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ก็คือ ข้าว และ น้ำตาลทราย ซึ่งแหล่งผลิตส่วนใหญ่อยู่ที่ภาคกลางของประเทศ โดยเมืองนครไชยศรีก็เป็นเมืองหนึ่งที่มีบทบาทในการผลิตสินค้าทั้ง 2 ชนิดนี้
การเปลี่ยนแปลงทางการเมือง จากเมืองชั้นจัตวาที่ไร้บทบาทและความสำคัญทางการเมืองมาก่อน ได้แปรเปลี่ยนไปในทางตรงกันข้ามเมื่อเริ่มรัชกาลพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว อันเป็นผลมาจากพระราชศรัทธาต่อการปฏิสังขรณ์พระปฐมเจดีย์เป็นสำคัญ และเมื่อถึงยุคของการปฏิรูปการปกครองสมัยสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เมืองนครไชยศรีก็ยังมีการเปลี่ยนแปลงมากขึ้น ดังนี้
การสร้างเมืองปฐมนคร พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าฯ ให้สร้างพระราชวังสำหรับเป็นที่ประทับเวลาเสด็จมานมัสการพระปฐมเจดีย์ โดยมีกรมขุนสีหวิกรมเป็นนายช่างดำเนินการก่อสร้างขึ้นบริเวณข้างพระปฐมเจดีย์ด้านทิศตะวันออก พระราชทานนามว่า
“วังปฐมนคร”