Škola leží v krásné a historicky zajímavé lokalitě nedaleko Pražského hradu. Dopravní spojení je velice dobré jak z centra města metrem a tramvajemi, tak i z okrajových částí Prahy autobusy.
Počet žáků a tříd se postupným zvyšováním kapacity po rekonstrukci školy stabilizoval a počet tříd je do dalších let definitivní. Škola je projektována na maximální počet 600 žáků. I v budoucnosti počítáme s paralelní existencí čtyřletého a osmiletého gymnázia a 4 paralelními třídami v každém ročníku vyššího stupně gymnázia. Počty žáků, počet tříd i skladba oborů se již několik let výrazně nemění, tyto hodnoty odpovídají dlouhodobé koncepci školy. Naplněnost odpovídá zájmu o Gymnázium Jana Keplera i gymnaziální vzdělání v Praze obecně. Počet přijímaných žáků do třídy je maximálně 30. V současnosti je na škole 12 tříd čtyřletého a 8 tříd osmiletého gymnázia.
Komplex školy tvoří dvě propojené budovy a blok školy je dotvářen školním hřištěm. V roce 1995 byla dokončena celková rekonstrukce školy, takže škola je po stránce vybavení a prostor přizpůsobena ke kvalitnímu a příjemnému studiu. Za zvlášť důležité považujeme důsledně bezbariérové vstupy pro handicapované žáky, kterým je tak umožněna integrace mezi zdravé vrstevníky. Objekt je koncipován na 20 kmenových tříd s dostatečným prostorem pro odborné učebny a ostatní zázemí nutné ke kvalitnímu studiu. Ve škole jsou 2 počítačové učebny, 4 jazykové učebny, laboratoře pro fyziku, chemii a biologii, odborná učebna pro výuku přírodovědných i humanitních předmětů, knihovna se studovnou, učebny pro hudební a výtvarnou výuku, divadelní aula, dvě tělocvičny, sportovní hala dostavěná v roce 2009, umělá lezecká stěna a posilovna. Všechny odborné učebny a specializované prostory jsou dobře vybavené, k dispozici pro výuku jsou nezbytná technická zařízení – dataprojektory, interaktivní tabule, apod. Stravování zajišťuje ve školní restauraci firma SCOLAREST.
Pedagogický sbor je v základu stabilizován, což je s ohledem na dlouhodobě koncepční práci školy jistě potěšující skutečnost. I přes určité, společensky podmíněné potíže je výuka zajištěna ve všech případech aprobovaně, škola podporuje všechny formy dalšího vzdělávání učitelů a řada učitelů této možnosti využívá. Odbornost učitelů a vysoká volitelnost předmětů však znamená i poměrně vysoký počet učitelů se sníženým úvazkem a také vysoký počet externistů. Celkově je možné konstatovat, že na škole působí stabilizovaný sbor s poměrně vysokým procentem zastoupení mužů. Problém je dlouhodobě se zajišťováním aprobovaných a kvalifikovaných učitelů matematiky, fyziky a informatiky.
2.4.1. Projekty rozvoje osobnosti dospívajícího žáka SŠ
Projekt rizikového chování dospívajících je na GJK projektem rozvoje osobnosti dospívajícího žáka školy. Fakticky se jedná o soubor akcí, které se svou náplní a provázaností snaží informovat žáky o podstatě negativních společenských jevů a zároveň ovlivnit jejich postoje a orientovat je na pevné a žádoucí životní hodnoty. Kombinací nepovinných, volitelných a zájmových akcí jsou žáci formou kurzů, aktivních dílen, besed a řízených diskusí, exkurzí, her, ale i sportovních aktivit orientováni žádoucím směrem. Kvalitní výsledek je podmíněn především aktivním přístupem žáků k jednotlivým akcím, pravidelným a dlouhodobým působením, kontaktem a komunikací mezi žáky a učiteli či lektory, ale i komplexností celého projektu. Aktivity prevence rizikového chování dospívajících se staly součástí ŠVP GJK, viz osnovy jednotlivých předmětů a průřezová témata. Projekt je určen všem žákům primy až 4. ročníku Gymnázia Jana Keplera a jejich rodičům i učitelům, jedná o jeden z komplexně pojatých projektů primární prevence negativních společenských jevů, jeho záměry i výsledky jsou pravidelně prezentovány při školeních a seminářích koordinátorů primární prevence OÚ i ŠÚ v celé ČR a jeho stěžejní úvodní akce pro žáky GJK se stala základem celorepublikového hnutí GO! V minulosti se kurzy prožitkové pedagogiky pořádané na GJK staly vzorem i pro podobné kursy pořádané na základních školách Prahy 6 v rámci projektu „Zdravá 6“.
2.4.2. Mezinárodní projekty
Spolupráce se zahraničními partnery má několik podob. Jednak škola spolupracuje s několika zahraničními školami při výměně žáků a vzájemných návštěvách, jednak v posledních letech participovala na několika mezinárodních akcích v rámci projektu Sokrates. Dlouhodobě škola spolupracuje s Oundle School, Downe House a Winchester College ve Velké Británii. Žáky vyhledávané a školou pravidelně jsou organizované jazykové kurzy v Anglii, případně dalších zemích, jejichž jazyky se na škole vyučují. Tradiční výměnný kontakt škola udržuje s gymnáziem ve Straubingu, Německo, dále s Lycee Dijon ve Francii a střední školou Claustro Colegio v Columbii. Nejedná se o typické poznávací zájezdy, ale spíše o pobyty zaměřené na studium, rozvoj jazykových dovedností a na přípravu a realizaci určitého projektu s cílem rozvíjet spolupráci ve skupině. Oundle School, Downe House a Winchester College patří mezi nejprestižnější soukromé školy v Anglii. Kontakt je zaměřen především na přípravu a zajištění studijního pobytu pro vybrané žáky GJK na jeden trimestr v anglické škole a přípravu programu pro žáky anglických škol v Praze dle jejich přání a zaměření na volená témata.
Škola je členem několika mezinárodních projektů, které každoročně pořádají setkání a konference v jedné z členských zemí, vždy projektově zaměřených. Jsou to Winchester, nově Montgomery Bell International Symposium, od roku 2022 North European International Symposium a Model European Parliament. Vždy se projektu účastní vybraní žáci školy a vedoucí učitel na základě výběrového řízení.
2.5.1. Školská rada a Rada rodičů GJK
Školská rada byla zřízena na podzim 2005 a pracuje v souladu s příslušnou legislativou. Šestičlenná rada je tvořena 2 zástupci učitelů, 2 zástupci zřizovatele, 1 zástupcem rodičů nezletilých žáků a 1 zástupcem zletilých žáků. Aktivně si počíná i Rada rodičů GJK při Unii rodičů ČR - iniciovala a personálně i finančně podpořila několik akcí určených žákům, spolupracuje s vedením školy při řešení všech případných problémů. Za zmínku stojí realizované a žáky oblíbené grantové řízení na úpravu tříd. Většina tříd za finančního přispění UR při GJK zlepšila prostředí kmenových učeben podle svých představ a návrhů. Rada rodičů podporuje i spolupráci školy s různými mimoškolními institucemi, v posledních letech se zaměřila především na získávání grantů pro celoškolní projekty výchovného charakteru či mezinárodní spolupráci, které sama v rámci možností finančně podporuje.
2.5.2. Výchovné a kariérní poradenství – spolupráce s pedagogicko-psychologickou poradnou
Funkci výchovného poradce vykonává pedagožka a školní psycholožka, která má pro tuto funkci patřičnou kvalifikaci. Spolupracuje s PPP P-6, ale i s Pražskou pedagogicko-psychologickou poradnou, která se školou spolupracuje i při řešení případných problémů. Jako psycholožka nabízí i kariérní poradenství formou profesních testů a vyjadřuje se ke konkrétním případům dětí se specifickými poruchami učení. Podílí se také na speciálních programech, zaměřených na snadnější adaptaci žáků primy a prvního ročníku na nové prostředí. Zvláštní péče je věnována zejména žákům 1. ročníku a primy (GO, adaptační kurzy) a maturantům (zprostředkování informací o možnostech pomaturitního studia a přípravy ke zkouškám, profesní testy, přihlášky na VŠ).