日治：

1921年（大正10年）1月22日開始營運，最初設為乘降場。

水源地站之命名是因1907年在當地興建了台北水道的輸配水管、淨水場及配水池，並命名為台北水源地慢濾場，供應居民用水而稱之。

民國：

1945年升等為三等客貨運站。

1965年3月25日停駛廢站。