日治：

1901年(明治34年)8月25日開始營運，初名「艋舺停車場」，當時車站位於現今中華路、桂林路口、愛國西路三叉路口(今站址東北約900公尺處)。

1918年(大正7年) 7月1日向西遷於台北市新富町五丁目營業，站房同年完工，

1920年(大正9年)實施町名改正，艋舺發音（Báng-kah），與佛典中日語發音的万華（Manka）相似，因此將「艋舺」更改為「万華」，取萬年繁華之意，站名亦隨之變更為「万華駅」。

1921年(大正10年) 4月台北鐵道株式會社於萬華、新店間敷設之鐵道正式營運，「萬華站」成為此線的端點，肩負著轉運、銜接縱貫線鐵道的使命。

民國：

1986年8月站房被拆除重建後，新建的萬華車站有了後站站房，然而此線早於1965年停駛。

1999年7月21日現今之萬華車站站房落成啟用，新站改為無後站，位置也後退且右轉了45度。