Come gli altri palazzi di Creta, anche quello di Cnosso costituiva il centro politico, religioso ed economico dell'impero marittimo minoico e possedeva inoltre un carattere sacro. Il palazzo ricopriva una superficie di 22000 m², era a più piani e a pianta molto complessa e intricata. Pare potesse ospitare fino a 12 000 persone e conteneva 1 300 stanze, sale per il culto e per i ricevimenti, gli alloggi del re, della regina e dei funzionari dell'amministrazione. Fu edificato sopra le rovine di un più antico palazzo, costruito attorno al 2000 a.C. e distrutto probabilmente da un grande terremoto intorno al 1628 a.C., dovuto alla catastrofica eruzione vulcanica di Thera, l'odierna isola di Santorini.[1]
Il "secondo palazzo" fu costruito all'inizio del XVI secolo a.C. Il palazzo di Cnosso era costruito intorno a un cortile in terra battuta dove si esibivano dei ginnasti che volteggiavano sui tori, animale sacro per i cretesi, sfidando la morte come i gladiatori del Colosseo. Il palazzo era così grande e la trama era così complessa che viene menzionato come labirinto nel mito del Minotauro e del filo di Arianna. Infatti nel mito si dice che il palazzo era stato progettato dall'architettoatenieseDedalo aiutato dal figlio Icaro (mito di Dedalo e Icaro). Vi è inoltre un riferimento anche morfologico lessicale che riconduce al famigerato labirinto: il simbolo del palazzo era l'ascia bipenne, in greco antico: λάβρυς, labrys, da cui, con il suffisso -into, a indicare il luogo, labyrinthos.
Particolare del palazzo sono i famosi bagni degli appartamenti della regina che, secondo studi approfonditi, sarebbero i più avanzati di tutta l'antichità, con canalizzazioni sotterranee, fogne, canali di scarico, acqua calda sempre disponibile... un miracolo della tecnica cretese. Infine si pensa che il palazzo di Cnosso sia stato ubicato proprio in quella posizione perché nei pressi del monte Ida, il luogo dove era vissuto Zeus e probabilmente Poseidone.