微生物ゲノムを解読・比較すると，病原体の伝播経路を調べることができます．このような手法（分子疫学解析）によって推定された伝播経路を，患者間の接触履歴や人流データと照らし合わせることにより，地域の感染症対策や食中毒予防に寄与する社会的貢献を目指しています．

主な研究対象：結核，抗酸菌症など

微生物は，異なる動物に適応進化することで，感染できる宿主を拡大していきます．このような現象を理解するために，様々な動物種から細菌を分離し，宿主細胞への接着に関わる遺伝子を探索・比較することで，その一端を明らかにしようとしています．

主な研究対象：大腸菌，腸内細菌科

発酵細菌は食文化の歴史と発展に伴って，幅広く利用されてきました．これもまた，微生物拡散の一面です．その時間経過の中で蓄積された突然変異や遺伝的多様性を調べることも，微生物の拡散伝播現象を理解するための重要な切り口であると考えています．

主な研究対象：乳酸菌群