AHS เป็นโรคที่มีระยะฟักตัว 2-21 วัน ม้าที่ติดโรคบางตัวแสดงอาการป่วย และตายอย่างรวดเร็ว ในขณะที่ม้าบางตัวแสดงอาการป่วยหลังจากได้รับเชื้อไปแล้วหลายวัน
ระยะฟักตัวของโรคที่กินระยะเวลาได้ยาวนานถึง 3 สัปดาห์นี้ส่งผลให้เราเกิดความชะล่าใจได้โดยง่าย เพราะหลายๆ พื้นที่เมื่อเห็นว่าม้าไม่ป่วย และพื้นที่ระบาดอยู่ห่างไกลออกไป ก็จะยังไม่ได้เห็นความสำคัญของการกางมุ้งให้กับม้า และจากการลงพื้นที่หมอพบว่าคอกที่มีม้าป่วยตายต่อเนื่อง มักเกิดจากการกางมุ้งให้กับม้าเมื่อเริ่มมีการป่วยตายแล้ว
ถ้าวันที่เรากางมุ้งเสร็จเรียบร้อยเป็นวันเดียวกับที่ม้าของเราถูกแมลงพาหะกัดพอดี นั่นเท่ากับว่าโรคกำลังฟักตัวอยู่ในม้าของเรา รอวันที่จะแสดงอาการ ซึ่งการฟักตัวของโรคนั้นไม่มีใครบอกได้ว่าจะแสดงอาการภายใน 1-2 วัน หรือจะกินเวลายาวนานถึง 21 วัน ด้วยเหตุนี้จึงทำให้เราสามารถพบม้าป่วยตายได้อยู่ ถึงแม้จะอยู่ในมุ้งแล้วก็ตาม