京浜東北線 Keihin-Tohoku Line
京浜東北線・根岸線では1992年より901系10両編成3本が営業運転を開始し、1993年より量産車の209系0番台の投入が開始された。帯色は青24号である。配置は浦和電車区で、運用区間は大宮駅 - 大船駅間である。1994年には901系が量産化改造されて209系900・910・920番台となった。1995年からの増備車は6号車が6扉のサハ208形となり、従来車も編成組み換えにより試作車を除く各編成に6扉車が組み込まれた。1998年までに10両編成81本が投入され、205系は1996年に、103系は1998年に京浜東北線・根岸線での営業運転を終了した。2000年代に入ると京浜東北線でもATC更新を機にデジタルATCを導入することになり、改造に伴う予備車確保のため中央・総武緩行線用209系500番台10両編成2本が習志野電車区より転入した。500番台は2001年1月より京浜東北線・根岸線での営業運転を開始している。これにより、京浜東北・根岸線用209系の総数は10両編成83本となった。2006 - 2007年には中央・総武緩行線用209系500番台10両編成3本が三鷹電車区より転入し、元901系の試作車3編成が置き換えられた。クハ209-901(旧クハ901-1)は廃車後に東京総合車両センターに保存された。量産車も2007年よりE233系1000番台の投入による置き換えが開始され、209系は2010年1月24日に京浜東北線・根岸線での営業運転を終了した。0番台は廃車あるいは南武線や房総地区へ転用、試験車「MUE-Train」への改造等がなされたほか、500番台は5編成中4編成が京葉線に、1編成が中央・総武緩行線に転用された。
南武線 Nambu Line
南武線では1993年に209系0番台6両編成1本が中原電車区に配置され、同年4月1日より営業運転を開始した。運用区間は川崎駅 - 立川駅間で、当初は運用が限定されていたが、1994年12月3日より103系・205系と共通運用になった。以後の209系の新製増備は1997年の0番台6両編成1本のみであった。103系は山手線へのE231系投入で捻出された205系の転入により置き換えられ、2004年に運用を終了した。2009年には京浜東北線用0番台を改造した2200番台6両編成1本が投入され、1993年製の0番台1本が置き換えられた。2200番台は205系の仙石線転用車捻出や南武線増発用として6両編成2本が追加投入され、南武線用209系の総数は6両編成4本となった。2015年よりE233系8000番台が南武線に新製投入され、205・209系が置き換え対象となった。E233系投入完了後も南武線増発により、209系2200番台の1編成が運用されていたが、2017年に青梅・五日市線用E233系0番台を改造したE233系8500番台が投入されたため、南武線用209系の運用は終了してE233系に統一された。209系で最後まで残った編成は房総地区向けの観光列車「BOSO BICYCLE BASE」に再改造された。
川越線・八高線 Kawagoe Line, Hachiko Line
1996年の八高線八王子駅 - 高麗川駅間電化に伴って、209系3000番台4両編成4本が川越電車区に新製配置された。1985年の川越線電化時に投入された103系3000番台3両編成5本は4両編成化され、1996年の八高線電化では209系と共に103系3500番台4両編成1本も配置されており、3000番台はこれらの103系と共に八王子駅 - 高麗川駅 - 川越駅(一部は南古谷駅)間で運用された。2002年からの103系置き換えでは山手線用205系を転用した205系3000番台が投入されたが、東京臨海高速鉄道りんかい線10両編成化で余剰となった70-000形6両をJR東日本が譲受して209系新造車2両を組み合わせた209系3100番台4両編成2本も2005年に投入された。これにより、川越・八高線用103系の運用が終了した。2017年には中央・総武緩行線のE231系0番台を改造したE231系3000番台、2018年には209系500番台を転用改造した209系3500番台が登場し、従来の205系3000番台と209系3000・3100番台が置き換えられた。以後は209系3500番台・E231系3000番台により運用されている。
中央・総武線 Chuo-Sobu Line
中央・総武緩行線では幅広車体の209系500番台が習志野電車区に投入され、1998年12月29日より営業運転を開始した。1998年にE231系の試作車として落成した209系950番台は三鷹電車区に配置され、1999年に営業運転を開始している。運行区間は千葉駅 - 三鷹駅間が基本で、早朝や夜間には武蔵小金井駅や立川駅への乗り入れが少数存在した。2000年からはE231系量産車の投入が開始され、209系950番台はE231系900番台に改称された。E231系の増備により103系・201系・205系は中央・総武緩行線での運用を終了し、201系は青梅・五日市線や京葉線に、205系は京葉線等に転用された。2000年には209系500番台のうち2本が京浜東北線へ転用され、同線のデジタルATC対応に伴う予備車として使用された。2003年には習志野電車区の209系500番台が三鷹電車区に転属した。2006 - 2007年には3本が京浜東北線へ転用され、元901系の試作車を置き換えた。2009年には京浜東北線で使用されていた500番台1編成が三鷹電車区に転入している。2017年から山手線へのE235系0番台投入でE231系500番台が中央・総武緩行線に転用されたのに伴い、209系500番台は武蔵野線や八高線・川越線に転用された。
常磐緩行線 Joban Line (Local)
常磐緩行線では1999年の増発用として209系1000番台10両編成2本が新製投入され、203系や207系900番台とともに地下鉄(帝都高速度交通営団〈営団〉→東京地下鉄〈東京メトロ〉)千代田線直通運用に使用された。配置は松戸電車区で、運用範囲は取手駅 - 代々木上原駅間であった。2009年よりE233系2000番台が新製投入されて207系と203系が置き換えられたが、この時点では209系1000番台は置き換えの対象外であった。2016年からはE233系2000番台の小田急電鉄直通が開始されたが、209系1000番台は小田急直通対応改造はされなかった。2018年には209系1000番台が常磐緩行線の運用を離脱し、常磐緩行線のJR車はE233系に統一された。置き換えられた209系は中央線快速へ転用のため2編成とも豊田車両センターへ転出した。
中央線快速 Chuo Line (Rapid)
中央線快速ではE233系へのグリーン車組み込みとトイレ設置改造に伴う予備車を確保するため、常磐緩行線で使用されていた209系1000番台10両編成2本が2019年に転用され、豊田車両センターに配置された。運用範囲は東京駅 - 高尾駅間で、運用は固定されている。通常は青梅線には入線しないが、ダイヤ乱れ時の代走で入線した実績がある。 また、営業運転開始前の試運転では中央本線大月駅まで入線したこともある。
房総地区 Boso Peninsula Regions
房総地区では京浜東北線用0番台を転用改造した2000・2100番台の4・6両編成が投入され、幕張車両センターに配置された。これにより従来の房総地区用113系や211系が置き換えられた。運用線区は総武本線(千葉駅以東)・成田線・内房線・外房線・東金線などである。2021年より房総地区へのE131系の投入が開始され、209系2100番台の6両編成の一部が4両編成に短縮された。
京葉線 Keiyo Line
京葉線へは2008年に京浜東北線へのE233系1000番台投入で捻出された209系500番台4編成が京葉車両センターに転入し、201系の非分割編成が置き換えられた。2010年からはE233系5000番台の投入で201・205系が置き換えられ、209系も4編成中3編成が武蔵野線に転用された。E233系の増備完了後も京葉線用の209系は500番台1編成(ケヨ34編成)が運用されている。
武蔵野線 Musashino Line
武蔵野線へは京葉線で運用されていた209系500番台4編成のうち3編成が転用され、2010年12月4日のダイヤ改正より運転を開始した。この改正では205系・209系による各駅停車「むさしの号」「しもうさ号」が運行開始しており、従来の豊田車両センターの115系で運転されていた快速「むさしの号」は運転を終了した。運用範囲は武蔵野線府中本町駅 - 南船橋駅間を主体に、京葉線東京駅や海浜幕張駅方面へも直通する。「むさしの号」「しもうさ号」では西浦和駅・武蔵浦和駅から分岐して大宮支線経由で大宮駅まで、「むさしの号」では新小平駅から分岐する国立支線経由で中央本線の八王子駅まで乗り入れる。2017年以降は中央・総武緩行線用209系500番台、E231系0・900番台が武蔵野線に転用され、205系の武蔵野線運用は2020年に終了した。以後は209系500番台とE231系で運用されている。
伊豆急行 Izukyu Express
この電車の名前は:3000系です Izukyu 3000 Series
伊豆急行3000系電車は、伊豆急行が保有する電車。愛称は「アロハ電車」。老朽化した8000系を置き換えるため、JR東日本から余剰となった房総地区の209系2100番台(元京浜東北線・根岸線0番台)を譲受して再改造した車両である。種車は6両編成であったが、これを4両に短縮している。209系2100番台の譲受に際しては、元々「寿命半分」とのコンセプトで製造されたうえ、房総地区での運用で塩害が懸念されたが、譲受した2編成はいずれも車体の状態が良好であり、長期間の運用に耐えられるとの判断がなされている。なお、本系列の導入により8000系2編成6両が運用離脱している。先述したように伊豆急行線での運用に必要な設備をすでに備えている状態の車両を選んで譲受したため、再改造は今井浜海岸駅で使用するドアカット装置の追加など、最低限にとどまっている。外観は「観光路線を走るにあたり、少しでも非日常を味わってもらう」ことをコンセプトに、2100系登場時の塗装を範とした海側が赤系・山側が青系のラッピングとされ、ウミガメ柄があしらわれた。また、車両前面は伊豆急下田方が赤・伊東方が青とされ、スカートにも塗装がなされている。内装は基本的にJR時代のままであるが、車内の掲示物などが変更され、ドアには1両につき4枚沿線の海岸風景のラッピングがなされた。また、側面窓上の広告枠には、本系列の車歴を紹介するポスターが掲示された。2022年4月30日から伊豆急行線にて定期運行を開始した。当初は伊豆急行線内のみの運用であったが、同年6月13日よりJR伊東線への乗り入れ運用が開始された。また、本系列は2編成を併結した8両編成での運用を前提に導入されたが、当初は併結を行わず、4両編成単独での運用が組まれていた。
2021年(令和3年)3月から房総地区においてE131系0番台が順次投入されたのに伴い、余剰となっていた本形式は廃車・解体予定であったが、東急電鉄から購入した8000系の老朽化により、該当車両の置き換えに迫られていた伊豆急行の利害が一致し、2100番台のうち6両編成2本が4両化の上伊豆急行に譲渡された。譲渡車は同社3000系として、2022年(令和4年)4月30日から営業運転を開始した。余剰モハは部品確保車として活用される予定。
東京臨海高速鉄道りんかい線 TWR Rinkai Line
この電車の名前は:70-000形です TWR 70-000 Series
全編成東臨運輸区所属で、開業時は東京テレポート駅下り方の未開業部分を留置線として使用し、列車検査と車両清掃以外の車両基地業務(月検査と重要部・全般検査)をJR東日本に委託していた。2002年(平成14年)の八潮車両基地(東臨運輸区)竣工によってこのトンネル内留置は解消された。りんかい線と乗り入れ先の埼京線・川越線大宮 - 川越間で運用されている。原則、運行番号が80・90番台の列車が70-000形充当列車だが、ダイヤ乱れ等で70-000形がJR車の代走をすることもある(その逆もあり)。運用の関係でりんかい線に直通しない埼京線・川越線のみ運行する列車にも使用されている。なお、2022年3月12日現在、83運行で川越車両センターに入区して夜間滞泊し、平日土休日かかわらず翌日の91運行で出区する。なお、りんかい線と同じく埼京・川越線と相互直通運転を行う相鉄線直通列車には充当されないため、大崎から西大井・相鉄線方面へは入線しない。
MUEトレイン MUE-Train
MUE-Train(ミュートレイン)は、東日本旅客鉄道(JR東日本)が、2008年(平成20年)に、在来線車両の技術試験のために209系電車を改造して製作した研究開発用の事業用直流電車(試験車)。MUE-Train はMUltipurpose Experimental Train(多目的試験列車電車)を略した愛称。浦和電車区に配置され、京浜東北線・根岸線で使用されていた209系0番台ウラ2編成(川崎重工業製、10両)のうち7両を使用して2008年10月に長野総合車両センターで改造された。車両の記号番号は営業運転当時の普通車を表す「ハ」を、試験車を表す「ヤ」に変えたのみ。改造後は川越車両センターに配置され、首都圏の在来線で走行試験が行われている。また、次世代車両制御システム「INTEROS」の実用化に向けた試運転をこれまでに行ってきたが、その成果を踏まえて同システムは2015年に試験運転が開始され、同年11月30日に山手線で定期運用を開始したE235系にJRの列車として初めて搭載されることとなった。E235系の定期運用が開始された今日でも、当試験車における試運転は継続されている。「車両の性能向上に関する開発」「次世代車両制御システムの開発」「営業用車両を用いた地上設備の状態監視用機器の開発」に関わる走行試験を行うとしている。当初は7両編成であったが、4号車を抜いた6両編成で運用されることが多かった。サヤ209-8は試験終了にともない2010年(平成22年)に廃車され、以降は6両編成で試験に供されている。明るい未来、希望を表現する「白」を帯色とし、多くの分野の光り輝く新技術が集結して新しい鉄道システムを構築するイメージを帯に集めるブロックパターンと、つながった「mue」の文字により表現している。編成両端各3両のブロックパターンは4号車方向に下がる斜め模様となっており、4号車の模様はV字状となっている。ATS-P、ATS-SN、ATC-6といった複数の保安装置を搭載し、様々な路線・状況での試験が可能となっている。また、空気ばね車体傾斜機構の試験のため、車高を抑え、重心を下げるための錘を積んでいる。しかしATACSは搭載されておらず、埼京線の池袋 - 大宮駅間がATC-6からATACSに変更されたため当車両は同区間に入線できない。
BOSO BICYCLE BASE (B.B.BASE)
BOSO BICYCLE BASE(ぼうそう ばいしくる べーす)は、東日本旅客鉄道(JR東日本)が保有する「のってたのしい列車」用の鉄道車両(電車)。公式略称は「B.B.BASE」。本項では、当車両を使用して運行される臨時列車についても記述する。房総地区へはサイクリングを目的に自転車を電車に積んで房総地区に向かう乗客が存在していたが、通常の列車は法律で自転車の積載に制限があり、分解もしくは折り畳んだうえで輪行袋に収納して持ち込むものに限られていた。これに対応すべく、2013年からはJR東日本千葉支社がサイクリングイベント「Station Ride in 南房総」を企画。209系のつり棚・つり手に自転車をぶら下げるためのひもを用意して自転車を分解・折りたたみせずに持ち込める団体列車「サイクルトレイン」を運行してきた。しかし、「サイクルトレイン」の人気の高まりの一方で、作業スタッフによる自転車の積み下ろしは停車時間が確保できる駅に限られていたことから、「サイクルトレイン」に充当するための専用車両として企画されたのが本車両である。なお、「サイクルトレイン」ではあるが、2022年3月以降は全席が自転車を持たない一般客にも開放されている。列車愛称の「BOSO BICYCLE BASE」とは、BOSO - 「房総」の各地をBICYCLE - 「自転車」で駆け巡るためのBASE - 「基地」を意味し、電車そのものをサイクリングの「基地」にしようというコンセプトを表している。2018年(平成30年)1月6日以降、週末に両国駅を発着して房総方面に運行される。運行開始当初は全席が日帰りまたは宿泊付きの「びゅう旅行商品」(パッケージツアー)として発売されていたが、2021年(令和3年)9月4日運行分以降は時刻表に記載される快速列車となり、1・2号車が指定席として一般発売されるようになった。さらに2022年(令和4年)3月運行分からは全車指定席販売となり、びゅう旅行商品の発売は終了することが同年1月に発表された。これにより自転車を積載しない一般客の利用も可能である。なお、指定席料金は通年同額で、おとな840円・こども420円で「のって楽しい列車」の一つであるためほかの、のって楽しい列車の快速「海里」や快速「HIGH RAIL 1375」と同額になっている。
訓練車 Training Cars
0番台および3000番台の一部電動車MM'ユニットを廃車後、先頭車化して訓練車(機械)に改造したもので、東京・大宮総合訓練センター(大宮総合車両センター東大宮センター構内)、八王子支社訓練センター(新秋津駅構内)、横浜支社訓練センター(久里浜駅構内)、長野支社訓練センター(長野総合車両センター構内)に各1本、合計4本が存在する。いずれも機械扱いで車籍はない。なお、類似のものとして福島県白河市のJR東日本総合研修センターの研修用機械E991系(4両編成1本・無車籍)があるが、こちらはE501系に準じた車体を新造したものである。103系(東京・大宮総合訓練センター)・105系(八王子支社訓練センター・横浜支社総合訓練センター)を改造した訓練機械を当時における最新型に置換えるため、2008年に2両編成3本が投入された。いずれも京浜東北線用の209系0番台が種車であり、旧モハ209・モハ208-76は東京・大宮総合訓練センターに(帯は湘南色)、旧モハ209・モハ208-40は八王子支社訓練センターに(帯は朱色1号)、旧モハ209・モハ208-39(大船工場製)は横浜支社総合訓練センターに(帯はクリーム1号)それぞれ配置された。先頭車化改造は極力種車の構造を生かしているが、先頭部台枠中央梁は棒連結器を密着連結器に交換するにあたり緩衝器が大型化するため、新たに製作したものを接合している。また、先頭車化改造後の車体長は19,925 mm(全長20,425 mm)で、0・3000番台先頭車より微かに長くなっている。共通装備品として、運転台はクハ208形・クハ209形の廃車発生品を流用(FRPキセは新品を採用)し、ATS-Pを追加装備。運転室と客室の仕切りは、ドアのない開放型を採用。車端部は訓練教官が着席する指令室を設置。台車付近には、インカムマイクをつけた訓練教官や訓練生の声が聞こえるように、拡声器(スピーカー)を新設。制御機器の更新は行われず、GTO素子VVVF制御のままである。各訓練センター向けの個別装備品として、訓練生の人数が多く訓練線の距離が長い大宮向け車両には、訓練中の様子を映し出すためのCCDカメラとモニター、D-ATCを模擬体験できる操作盤を設置。ATC路線のない八王子支社向け車両はATCを非搭載とした。2018年から2019年にかけて、訓練機械2両1本が追加され、機器更新を兼ねて転配が行われた。八高・川越線用の3000番台ハエ62編成の電動車ユニット(旧モハ209・モハ208-3002)を先頭車化、訓練機械に改造し、機器更新を行った上で2018年12月に東京・大宮総合訓練センターに配置した。もともと配置されていた旧モハ209・モハ208-76は機器更新を行って八王子支社訓練センターの旧モハ209・モハ208-40を置き換え、旧モハ209・モハ208-40は機器更新ののち長野支社訓練センターに配属(帯は当地配置の211系同様の新長野色)、訓練車(車籍あり)として使用されていた115系N15編成を置き換えた。並行して、横浜支社訓練センターの旧モハ209・モハ208-39も機器更新を行っている。