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新型コロナウイルスなどの感染リスクを下げるために、マスクの着用とともに、日々の免疫力の維持・向上が望まれます。過剰なストレスは免疫力を下げてしまいますので、少しでもストレスを和らげるために、下記のYouTubeリンクにあるような、名曲・名演奏をゆっくり鑑賞されてはいかがでしょうか？
バッハ 無伴奏ヴァイオリン・ソナタ 第1番 I. アダージョ
バッハ 無伴奏ヴァイオリン・ソナタ 第2番 Ⅲ. アンダンテ
サラサーテ 「カルメン幻想曲」& クライスラー「ジプシーの女」
天才たちが認めた12歳の音大生・HIMARIに密着取材 その表現力の源は…【完全版】
名門音楽院に10歳で合格、来年にはベルリン・フィルとの共演も…13歳のヴァイオリニスト HIMARIさんが大切にしている言葉
13歳のバイオリニストが成し遂げた“音楽界最高の栄誉” ベルリン・フィルハーモニー管弦楽団 定期演奏会ソリスト HIMARIの挑戦に独占密着
ラフマニノフ ピアノ協奏曲 第2番（ファンホ・メナ指揮、BBCフィルハーモニック、BBCプロムス 2013）
リスト「ラ・カンパネラ」（BBCプロムス 2013）
ラフマニノフ ピアノ協奏曲 第3番（佐渡裕指揮、BBCフィルハーモニック、2014の演奏らしい）
ラフマニノフ ピアノ協奏曲 第3番 & カプースチン 8つの演奏会用エチュード 1番（BBCプロムス2023）
ショパン ノクターン 第20番「遺作」（1'52"から）
辻井伸行 ドキュメンタリー② 昔の練習方法や、ヴァンクライバーン国際コンクール
マリー・アワディス（アルメニアの作曲家・ピアニスト、Spotifyでも聴けます）
Étude No. 5: Traces (Live from Kühlhaus Berlin)
Étude No. 2: Breathless (Live at Yellow Lounge)
Étude No. 8: Through the Window
Étude No. 11: L’horloge des Rêves
スワヴェク・ヤスクウケ （ポーランドのジャズ・ピアニスト、Spotifyでも聴けます）
西村ケント （フィンガースタイル・ギタリスト、Spotifyでも聴けます）
Easy Lover（Phil Collins/Philip Bailey）
Rock With You（Michael Jackson）
Every Little Thing She Does Is Magic（The Police）
Just The Two Of Us（Grover Washington Jr / Bill Withers）
Waiting for a Girl Like You（Foreigner）
Leonid & Friends （アース・ウィンド&ファイアーやシカゴのカバー）
ブギー・ワンダーランド（Earth Wind & Fire）
アフター・ザ・ラブ・ハズ・ゴーン（Earth Wind & Fire）
セプテンバー -Live in Salem-（Earth Wind & Fire）
You’re the Inspiration（Chicago）
Superstar（The Carpenters）
The Speck of Dust（Leonid & Friends）
Live - Musikprob Brass Festival - Pfullendorf, Germany
Tori Holub & James Wilkas （カーペンターズのカバー）
Lexington Lab Band （アメリカのカバーバンド、Spotifyでも聴けます）
The Way It Is (Bruce Hornsby)
Run to You (Bryan Adams)
Jessie's Girl (Rick Springfield)
Your Love (The Outfield)
You Might Think (The Cars)
Drive (The Cars)
Ride Like The Wind (Christopher Cross)
Keep On Loving You (REO Speedwagon)
Take It On The Run (REO Speedwagon)
Heart of Rock & Roll (Huey Lewis & the News)
Message in a Bottle (The Police)
Every Little Thing She Does is Magic (the Police)
Private Eyes (Hall & Oates)
Kiss On My List (Hall & Oates)
Can't Go For That (Hall & Oates)
Hold On Loosely (38 Special)
Stairway to Heaven (Led Zeppelin)
Hard Habit To Break (Chicago)
Listen To The Music (The Doobie Brothers)
Takin It To The Streets (The Doobie Brothers)
China Grove (Doobie Brothers)
Double Vision (Foreigner)
Cold As Ice (Foreigner)
Feels Like The First Time (Foreigner)
Waiting for a Girl Like You (Foreigner)
Foreplay/Longtime (Boston)
Rock and Roll Band (Boston)
Sister Christian (Night Ranger)
Any Way You Want It (Journey)
Separate Ways (Journey)
Hold The Line (TOTO)
Stop Loving You (TOTO)
Unchained (Van Halen)
Ain’t Talking Bout Love (Van Halen)
Jump (Van Halen)
Hot For Teacher (Van Halen)
The Hindley Street Country Club / Singit Live （オーストラリアのカバーバンド、Spotifyでも聴けます）
Xanadu (Olivia Newton-John)
Physical (Olivia Newton-John)
Magic (Olivia Newton-John)
Maniac (Michael Sembello)
Video Killed the Radio Star (The Buggles)
My Sharona (The Knack)
Night Fever (The Bee Gees)
Flashdance... What a Feeling' (Irene Cara)
Take On Me (A-HA)
Time After Time (Cyndi Lauper)
Eye In The Sky (The Alan Parsons Project)
Hungry Like The Wolf (Duran Duran)
St Elmo's Fire (John Parr)
The Flame (Cheap Trick)
The Logical Song (Supertramp)
You Can Do Magic (America)
Right Here Waiting (Richard Marx)
Englishman In New York (Sting)
Shape Of My Heart (Sting)
La Isla Bonita (Madonna)
Love is a Battlefield (Pat Benatar)
Kids In America (Kim Wilde)
Heaven Is a Place on Earth (Belinda Carlisle)
Knock On Wood (Amii Stewart)
Keep Me Hangin' On (The Supremes)
Best of My Love (the Emotions)
Call Me (Blondie)
Dancing Queen (ABBA)
Knowing Me Knowing You (ABBA)
The Winner Takes It All (ABBA)
Piano Man (Billy Joel)
Just The Way You Are (Billy Joel)
Layla (Eric Clapton)
Eye Of The Tiger (Survivor)
Danger Zone (Kenny Loggins)
I Want To Know What Love Is (Foreigner)
Urgent (Foreigner)
Sultans Of Swing (Dire Straits)
Money For Nothing (Dire Straits)
More Than a Feeling (Boston)
Owner Of a Lonley Heart (YES)
Africa (TOTO)
Don't Stop Beliein' (Journey)
Open Arms (Journey)
Faithfully (Journey)
Is This Love (Whitesnake)
It's My Life (Bon Jovi)
Dreams (Van Halen)
Why Can't This Be Love (Van Halen)
【もらえる奨学金】はどこにある？（誰でも無料で調べられる検索サービス４選）
ガクシー（キーワード検索できる）
Canpass（奨学金情報検索サービス）
奨学金を借りた薬剤師とこれから借りる薬学生が知っておきたいこと
脳は『知りたくもないこと』を覚えません｜記憶に残る勉強の絶対条件は〇〇だった
【勉強したことが記憶に残らない人必見】タイプ別・勉強の振り返り法がチャートですぐわかる！
STUDY HACKER編集部がおすすめの ”生産性アップノート” 5選
記憶のための最強文具「エビングハウスフセン」が話題｜” 知っているけど使えない”忘却曲線を使いこなす！
記憶力アップの鍵は意外にも「忘れること」にあった。｜ChatGPTではじめる“あえて忘れる”学習法
【タイプ別・勉強を続けるコツ】あなたにぴったりの「勉強習慣化テク」がチャートですぐわかる！
化学実験操作法 動画資料集@京都大学
化学実験の作法：分析化学@国際科学オリンピック
有機化学実験基礎講座@ケムステチャンネル
薬学ゼミナール
薬剤師国家試験アプリのオススメ8選！使いやすさ、機能をご紹介
薬剤師国家試験（note）
X（旧Twitter）
厚生労働省
薬剤師国家試験出題基準（第105回まで適用）
薬剤師国家試験出題基準（第106回以降適用）
「新薬剤師国家試験について」の一部改正について（合格基準の改正）
過去の薬剤師国家試験の結果
第110回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第109回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第108回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第107回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第106回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第105回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第104回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第103回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第102回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第101回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第100回薬剤師国家試験大学別合格者数（pdf）
薬剤師国家試験の現況について（pdf）
第99回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第98回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
過去の試験問題及び解答
薬学教育（学会誌）
リメディアル教育研究（学会誌）
YAKUGAKU ZASSHI（学会誌）
資料（pdf）
必須問題の学習到達度から見える薬剤師国家試の学習戦略@星薬科大学
薬剤師国家試験合否予測モデルを利用した学生の学修状況の把握@第一薬科大学
薬剤師国家試験形式の試験成績の統計的分析によるグループ化および合否に影響する科目の検討@武蔵野大学
卒業延期生の学習状況の実態調査と支援方法の検討@北海道薬科大学
薬学部初年次数学系専門基礎科目と連動した少人数制補完教育の実践とその評価@兵庫医療大学
サポートベクターマシンに基づく試験合否予測モデルの構築@第一薬科大学
高等学校における教育改革の動向@京都大学
0からのリメディアル教育@近畿大学
医療系分野におけるリメディアル教育の必要性，およびその問題点@東邦大学
神戸薬科大学におけるリメディアル教育の試みとその評価@神戸薬科大学
東北薬科大学における新入生に対する化学の計算力向上の取り組み@東北医科薬科大学
新入生の化学の基礎学力向上を目的とした追跡調査@東北医科薬科大学
医療系専門学校におけるリメディアル教育の実践@札幌医学技術福祉歯科専門学校
サイバーキャンパスを利用した薬学アーカイブス学習@明治薬科大学
薬学部での教学IRの試み1@福山大学
薬学部での教学IRの試み2@名城大学
大学におけるインスティチューショナル・リサーチ （IR） に関する論点の整理@愛媛大学
薬学教育の枠組みを「知る」ことからFD活動を考える@松山大学
FDワークショップの振り返りからみえてきたこと@愛知学院大学
薬学部に求められるFD活動@帝京大学
大阪薬科大学におけるFD活動の新しい取り組み@大阪医科薬科大学
平成28年度第三者評価の結果と薬学教育の今後のあり方@大阪大学
薬学教育のあり方ー第三者評価における評価基準に照らして@大阪大学
学習心理学を取り入れた薬学講義の実例報告@東北医科薬科大学
withコロナ下におけるオープンソースを活用した有機化学および 医薬品化学遠隔授業の試み@兵庫医療大学
平成30年度 「教育の質向上プロジェクト」 成果報告書@名城大学
6年制薬学教育課程の卒業生を対象とした薬剤師として求められる基本的な資質の習得度に関する意識調査@大谷大学
現場薬剤師の薬剤師国家試験実務関連問題に対する意識と評価@メディセレ、東京大学、慶応大学
NotebookLMの使い方を徹底解説！ 日本語対応や活用事例も紹介【最新AIツールガイド】
Sakana AI、お題を与えるだけで学術論文を書いて査読までしちゃうAIを発表！！
めちゃ便利になった 無料版「ChatGPT」新機能の使い方まとめ【最新版】
情報整理の決定版「NotebookLM」が最高すぎる。こういうのがほしかったのよ！！
科学研究をAIで全自動化──論文執筆や査読ができる「The AI Scientist」 Sakana AIが発表
生成AIを使いこなす効果的な「プロンプト」の基本のキ 書き方のコツを日本マイクロソフトが説明
AI検索は“ググる”を代替できる? 「Perplexity AI」を使う
高速な動画生成AI「AnimateLCM」登場！そしてStable Video Diffusion 1.1も試した
ChatGPTにストーリーを書いてもらい、生成AIで短編映像を作成する方法
生成AIに望んだ回答を得るには? マイクロソフトが「Copilot」の使い方を紹介
WordやExcelをAIで自動処理可能に。「Copilot Pro」はこうやって使えばいい！
ChatGPT画像生成が無料開放。誰でもジブリ風イラスト作成可能に
AI活用
ChatGPT Deep Researchを使えば「いい買い物」をした納得感とワクワク感、自己肯定感も高まる！
AI・人工知能
AI
AI総研
AINOW
ledge.AI
AISmiley
+Digital（マイナビニュース）
ちもろぐ（ゲーミングPCやパーツなどの紹介）
薬が想定とは異なる作用を引き起こしてしまう「オフターゲット効果」の理解が何をもたらすのか
Googleが高精度でがんの遺伝子変異を検出するAI「DeepSomatic」を発表、オープンソース化で全世界のがん研究を加速へ
スタンフォード大学出身のOpenAIの共同設立者が「学校のテストで良い成績を取る方法」を解説
無料・広告なしで画像・音楽・文書を自分のデバイスで直接変換できるファイルコンバーター「VERT.sh」、WebAssemblyをフル活用したオープンソースでセルフホストも可能
緑茶に含まれるカテキンとビタミンの組み合わせが脳の有害なタンパク質を除去してアルツハイマー病を予防する可能性
人間に菌を意図的に感染させた実験でこれまで考えられていた薬剤投与量の「常識」が変わる発見が成し遂げられる
「液晶」「有機EL」「量子ドット」「ブラウン管」はどうやって映像を表示しているのか？
論文の海賊版ライブラリ「Anna’s Archive」の収録文献データをAIに入力できるMCPサーバー「Anna’s Archive MCP Server」
ダラダラ長いYouTube動画をGoogleの無料AIノート「NotebookLM」でサクッと要約して短時間で理解可能にする方法＆「ながら聞き」できる音声ポッドキャストの生成方法
科学者が10年かけてたどり着いた研究結果にGoogleの科学者向けAIアシスタントがわずか2日で到達
Googleが科学者向けのAIアシスタント「AI co-scientist」を発表
論文メモ：AI co-scientistによる科学的発見の加速
加水分解でベタベタになった機材を修理するためワセリンと無水エタノールを使う方法
中国では規制緩和によって医薬品の臨床試験が急増しており新薬の開発数はアメリカに匹敵するレベルにまで成長している
AIを用いた研究でアルツハイマー病の原因解明へ一歩前進、新たな治療候補の特定を実現
ChatGPTで使えるAIモデルのプランごとまとめ、OpenAIがo3、o4-mini、o4-mini-highのChatGPTにおける使用制限の詳細を発表
AIが医薬品の転用を提案し選択肢の少ない希少疾患を抱える人々の治療を成功させている
GoogleがAIで治療薬開発を改善する「TxGemma」をオープンモデルでリリース、誰でも利用可能に
思考力がガクッと低下する「脳みその曲がり角」が研究で判明、脳のエネルギーを維持するサプリとは？
「全粒粉」と「全粒穀物」の違いとは？どちらの方が健康にいいのか？
無料でYouTubeの動画をバックグラウンド再生できるスマホ・PC用Firefoxアドオン「Video Background Play Fix」レビュー
高速かつ高精度な文字認識AIモデル「Mistral OCR」が登場、LaTeXで書かれた数式や図表入りPDFのレイアウトを崩さずマークダウン形式で出力できてJSONへのデータ抽出も簡単に
GPT-4o miniやClaude 3を無料かつ匿名で誰でも使える「Duck.ai」 が登場
GPUの性能は10年間でどれほど進化したのか？GTX 980からRTX 5090までを比較した結果
WHOが「減塩しお」への切り替えを推奨するガイドラインを発表、一体なぜ切り替えが必要なのか？
ニンジンを食べると「2型糖尿病」対策になるとの研究結果、専門家が推奨するニンジンの食べ方は？
無料でAIによる動画生成＆編集がウェブブラウザ上で可能なオープンソースエディターツール「AI Video Starting Kit」が登場
重度の新型コロナ発症によってがん腫瘍が縮小するという研究結果、新たながん治療法の開発につながる可能性も
科学論文の調査に特化したAIモデル「OpenScholar」がベンチマークでGPT-4oを上回る、科学研究の大幅な効率化に期待
文献検索エンジン「Google Scholar」の知られざる20の事実
Google DeepMindがAIですべての生命分子の構造と相互作用を予測できる「AlphaFold 3」をオープンソース化、科学的発見と創薬の加速へ
男性と女性では「ダイエットのために食べるべき栄養素」が違うとの研究結果
DeepL翻訳やGoogle翻訳を超える精度の無料翻訳サービス「Kagi Translate」が登場
Googleの自分専用AI作成サービス「NotebookLM」で学習データにYouTubeの動画を指定可能に
GoogleがAIメモ作成アプリ「NotebookLM」に長い文書を対話形式の音声に変換してくれる機能を追加、ソース資料を要約して説明できるように
AIが論文や書籍を要約してポッドキャスト風の会話音声に自動変換してくれる「Google Illuminate」が公開中
Google DeepMindがタンパク質設計のための新たなAIモデル「AlphaProteo」をリリース
タンパク質構造予測AIモデル「AlphaFold3」のオープンソース実装がついに公開される
実験と論文執筆だけでなく査読まですべてAIが行う「AIサイエンティスト」を日本のAI企業「Sakana AI」がリリース
無料で自動文字起こし＆テキストで音声編集も可能な「audapolis」を使ってみた
GPT-3.5ベースのChatGPTのコーディング能力は「古い問題には有効も新しい問題では困難に直面する」ことが明らかに
断食が免疫系のナチュラルキラー細胞を強化して「がん」への攻撃性を高めることが判明
無料で自分専用のAIを日本語のウェブサイトやファイルを指定して作れるGoogleのAIサービス「NotebookLM」の使い方レビュー
Intel製CPUを搭載した「Intel Mac」はOSアップデートのサポートをどこまで受けられるのか？
年2回投与のHIV予防薬「レナカパビル」が第III相臨床試験でHIV予防で100％の有効性を示す
病原菌だけを狙い撃ちする抗生物質「ロラマイシン」が登場、悪玉菌は破壊しつつ善玉菌は保護する「スマート抗生物質」
研究論文のオープンアクセス化を目指す日本の取り組みが具体化しつつある
無料でGIFアニメをサイズやfpsを調整しながら作成できるオープンソースソフト「gifski」
ブラウザ上で動画編集が可能なオープンソースアプリ「omniclip」を使って動画に字幕を付けてみた
仮想マシンの作成＆実行アプリ「VMware Workstation Pro」と「VMware Fusion Pro」が無償化されたので実際にインストールしてみた
スパコン「富岳」で学習した日本語特化大規模言語モデル「Fugaku-LLM」が公開される
Google DeepMindがすべての生命分子の構造と相互作用をきわめて正確に予測できるAIモデル「AlphaFold 3」を発表
論文PDFファイルの可読性を劇的に向上させるGoogle公式Chrome拡張機能「Google Scholar PDF Reader」レビュー
MicrosoftのCopilotから無料で「GPT-4 Turbo」にアクセスできるように
Googleが無料で簡単に使える画像生成AI「Imagen 2」を公開したので使ってみた
高速かつ高品質＆家庭用グラボでも簡単に追加学習可能な画像生成AIモデル「Stable Cascade」をStability AIが発表
高解像度のAI画像を0.5秒で吐き出すオープンソースの画像生成モデル「PixArt-δ」が登場
無料で300以上のAIアバターやAI音声を使って超絶簡単に動画作成ができる「Vidnoz AI」を使ってみたレビュー
海賊版検索エンジン「Anna’s Archive」が世界最大の図書館カタログからデータを取得
世界最大級の海賊版電子書籍サイトへの法的措置に対抗して誕生した海賊版サーチエンジン「Anna’s Archive」とは？
公式サポートが終了した古いMacに最新のmacOSをインストールするプロジェクト「OpenCore Legacy Patcher」が「2008年の
MacにmacOS Sonomaをインストールする」バージョン1.0.0を公開
世界最大級の海賊版ライブラリ「Z-Library」がドメイン差し押さえに備えて「サイトにアクセスするためのブラウザ拡張機能」をリ
Amazonの偽レビューを検出して粗悪品の購入回避に役立つFirefoxアドオン「Fakespot」を使ってみた
ChatGPTにファイルやドキュメントを直接アップロードできるようになるFirefox向け拡張機能
「ChatGPTFileuploadFirefoxExtension」
ChatGPTやBardなど複数のチャットAIへ同時に質問して結果をずらっと比較できる「ChatALL」を使ってみたよレビュー
効率の良い学習や勉強に役立つ「効果的な間隔反復」の方法まとめ
Macの「メモ」に記録した内容をiCloud不要で他の環境向けに抽出できる「Apple Notes Liberator」
科研費獲得のコツ（pdf）
シリーズ 大学の教授法２ 「講義法」（pdf）
理系基礎教育におけるアクティブラーニングと伝統的講義（pdf）
本学における薬学部初年次教育としてのアカデミックスキルズ講義へのルーブリック評価導入とその効果検証
iPadの使い道は無限大！使い続けている私が「できること」を徹底まとめ
YouTubeの動画を限定公開にする方法とは？やり方やメリット・注意点を解説
Socrativeを使ってみよう(1) アカウント開設とQuick Quiz
無料プランの機能は？Socrative（ソクラティブ）の特徴・使い方・機能・クチコミ・評判・料金を紹介！
【無料】時間無制限のウェブ会議！パルケミートの特徴・使い方・機能・クチコミ・評判・料金を紹介！
☆AI創薬
☆GitHub上にあるプログラムのまとめ
List of molecular design using Generative AI and Deep Learning
Awesome De novo Drug Design Papers
Survey of Artificial Intelligence in Drug Discovery
Artificial intelligence in drug discovery: applications and techniques
A Systematic Survey in Geometric Deep Learning for Structure-based Drug Design
Awesome Small Molecule Machine Learning
Molecular and Material Generation
Diffusion-based Graph Generative Methods
Biotools（563☆@2024/06/07）
☆ケモインフォマティクスツール
Open Babel Documentation（Jul 14, 2023）
【演習】様々な化学構造情報の変換に使用できるopenBabelのWEB版使用方法
Open Babel を使ってみよう～ケモインフォマティクス入門～
【Linux】最新版のOpenBabelをローカルにインストールする
OpenBabelを使ってSMILES表記の分子式から3次元の分子構造を復元する方法
MayaChemTools: An Open Source Package for Computational Drug Discovery
RDKit
RDKit入門⑩：データフレーム内の分子群に対する完全一致検索
OpenChem: A Deep Learning Toolkit for Computational Chemistry and Drug Design
PyTorchベースの計算化学用ディープラーニングライブラリOpenChem
Open Drug Discovery Toolkit (ODDT)
Open Drug Discovery Toolkit (ODDT): a new open-source player in the drug discovery field
DeepPurpose: a deep learning library for drug–target interaction prediction
High-Quality Conformer Generation with CONFORGE: Algorithm and Performance Assessment
TorchDrug: A Powerful and Flexible Machine Learning Platform for Drug Discovery
Lilly’s Chemoinformatics Tool Kit
☆データ処理
☆逆合成解析
AiZynthFinder (YouTube)
AiZynthFinder: A Fast Robust and Flexible Open-Source Software for Retrosynthetic Planning
TSUBAMEでAiZynthFinder用のConda環境を構築したい
オープンソースで逆合成解析 ~AiZynthFinder~ part 1. 文献メモ
オープンソースで逆合成解析 ~AiZynthFinder~ part 2. 遊んだ
☆ADMET予測
ADMETboost: a web server for accurate ADMET prediction
ADMET-AI: A machine learning ADMET platform for evaluation of large-scale chemical libraries
☆smiles処理＆編集
CMD + V for chemistry: Image to chemical structure conversion directly done in the clipboard
STOUT V2.0 - Smiles TO iUpac Translator Version 2.0
STOUT: SMILES to IUPAC names using neural machine translation
PySMILESUtils – Enabling deep learning with the SMILES chemical language
Freely Available Conformer Generation Methods: How Good Are They?
Chem Infomatics系の基礎事項まとめ(富士フィルム Brain(s)コンテスト参加記)
☆Selfies
Self-Referencing Embedded Strings (SELFIES): A 100% robust molecular string representation
SELFIESに基づいてシンプルに新規な化学構造を生成するPythonコードをDCEKitに公開します！
☆QSAR
Deep Reinforcement Learning for de-novo Drug Design
Transformer-CNN: Fast and Reliable tool for QSAR
QSAR Modeling Based on Conformation Ensembles Using a Multi-Instance Learning Approach
QSARtuna: an automated QSAR modelling platform for molecular property prediction in drug design
Convolutional Embedding of Attributed Molecular Graphs for Physical Property Prediction
Accurate AutoML with ZairaChem
QSPRpred: a Flexible Open-Source Quantitative Structure-Property Relationship Modelling Tool
PyQSAR: A Fast QSAR Modeling Platform Using Machine Learning and Jupyter Notebook
MolSHAP: Interpreting Quantitative Structure–Activity Relationships Using Shapley Values of R-Groups
Mordred: a molecular descriptor calculator
☆類似性検索
Mol2vec: Unsupervised Machine Learning Approach with Chemical Intuition
分子類似度サンプリングによる深層ニューラルネットワーク 電子イオン化マススペクトル予測の改善
機械学習は、論文の流行をとらえているだけかもしれない：鈴木ー宮浦カップリングでのケーススタディ
On the Value of Using 3D Shape and Electrostatic Similarities in Deep Generative Methods
RSC CICAG Open Source Tools for Chemistry :- Scoring of shape and ESP similarity
On the value of using 3D-shape and electrostatic similarities in deep generative methods
☆親和性予測
DeepDTA: deep drug–target binding affinity prediction
☆Pharmacophore
Pyrod
A pharmacophore-guided deep learning approach for bioactive molecular generation
Ligand-Based Pharmacophore Modeling Using Novel 3D Pharmacophore Signatures
☆Ligand-Based Virtual Screening
FaissMolLib: An Efficient and Easy Deployable Tool for Ligand-Based Virtual Screening
AutoDock-SS: AutoDock for Multiconformational Ligand-Based Virtual Screening
Graph Attention Neural Network for Virtual Screening
Accelerating high-throughput virtual screening through molecular pool-based active learning
Lig3DLens: An open source ligand-based 3D virtual screening toolbox
Run conformer generation in parallel
Lig3DLens An open source ligand-based 3D virtual screening toolbox from Healx
Ligand-Based Compound Activity Prediction via Few-Shot Learning
LIGSIFT: an open-source tool for ligand structural alignment and virtual screening
☆pKa 計算
Improving Small Molecule pKa Prediction Using Transfer Learning with Graph Neural Networks
PROPKA3: Heuristic pKa prediction
☆配座発生
Torsional Diffusion for Molecular Conformer Generation
Crest
Automated Exploration of the low-energy Chemical Space with fast Quantum Chemical Methods
Welcome to Auto3D’s documentation
Tora3D: an autoregressive torsion angle prediction model for molecular 3D conformation generation
Infinite Physical Monkey: Do Deep Learning Methods Really Perform Better in Conformation Generation?
FullMonte: Fast Monte Carlo Light Simulator
Conformer-RL: A deep reinforcement learning library for conformer generation
An End-to-End Framework for Molecular Conformation Generation via Bilevel Programming
ConfBuster: Open-Source Tools for Macrocycle Conformational Search and Analysis
pyPept: a python library to generate atomistic 2D and 3D representations of peptides
AGDIFF: Attention-Enhanced Diffusion for Molecular Geometry Prediction
☆小分子水素原子付加
☆原子電荷計算
Atomic Charge Calculator II: web-based tool for the calculation of partial atomic charges
☆小分子アライメント
sensaas: Shape-based Alignment by Registration of Colored Point-based Surfaces
ReFlex3D: Refined Flexible Alignment of Molecules Using Shape and Electrostatics
ROSHAMBO: Open-Source Molecular Alignment and 3D Similarity Scoring
☆RMSD計算
spyrmsd: symmetry-corrected RMSD calculations in Python
aRMSD: A Comprehensive Tool for Structural Analysis
pyRMSD: a Python package for efficient pairwise RMSD matrix calculation and handling
☆相互作用解析
PLIP 2021: expanding the scope of the protein–ligand interaction profiler to DNA and RNA
BINANA: A novel algorithm for ligand-binding characterization
BINANA 2: Characterizing Receptor/Ligand Interactions in Python and JavaScript
☆リガンドポケット探索
Protein pocket detection via convex hull surface evolution and associated Reeb graph
リガンド結合部位を予測する DeepProSite について解説します！
Deciphering interaction fingerprints from protein molecular surfaces
dMaSIF - Fast end-to-end learning on protein surfaces
PeSTo: parameter-free geometric deep learning for accurate prediction of protein binding interfaces
DeepPocket: Ligand Binding Site Detection and Segmentation using 3D Convolutional Neural Networks
PointSite: a point cloud segmentation tool for identification of protein ligand binding atoms
☆PDBユーティリティ
OpenMMをステップバイステップで 〜 Part 1：GUIでタンパク質の前処理 〜
OpenMMをステップバイステップで 〜 Part 2 PDBFixerでタンパク質の前処理 〜
OpenMMとpdbfixerをcondaを用いずに手動インストールする
Lemon: A framework for rapidly mining structural information from the Protein Data Bank
☆Structure-based virtual screening
アステラス製薬の創薬研究におけるAWS活用事例 クラウドによる機械学習ベースのUltra-large scale virtual screening
ハーバード大学医学大学院様の事例から約230万 vCPU を利用してドッキングシミュレーションを実現した大規模なクラウド HPC 環境を学んでみた
☆分子ドッキング, スコアリング関数, ユーティリティ
AutoDock使用マニュアル (2010.06.15 本島作成)
Google Colabで使えるAutoDock-GPU | Google ColabでのAutoDockの使い方
AutoDock CrankPep (ADCP)
AutoDock CrankPep: combining folding and docking to predict protein–peptide complexes
AlphaFoldでタンパク質-環状ペプチド複合体構造予測する方法
GPUを用いたタンパク質・化合物ドッキングシミュレーションの高速化
ドッキングシミュレーションのやり方【AutoDock vina】
Autodock Vinaを使ったin silicoスクリーニング
M1 MacでDocker使ってAutodocktoolsを用いてドッキングシミュレーションをしよう
DOCKSTRING: Easy Molecular Docking Yields Better Benchmarks for Ligand Design
DOCKSTRING: a python package for easy molecular docking in 1 line of code
Python scripts for AutoDock Vina
Vina-GPU 2.0: Further Accelerating AutoDock Vina and Its Derivatives with Graphics Processing Units
Computational protein-ligand docking and virtual drug screening with the AutoDock suite
Fast, Accurate, and Reliable Molecular Docking with QuickVina 2
RDPSOVina: the random drift particle swarm optimization for protein–ligand docking
FWAVina: A novel optimization algorithm for protein-ligand docking based on the fireworks algorithm
Smina
Lessons Learned in Empirical Scoring with smina from the CSAR 2011Benchmarking Exercise
GNINA 1.0: Molecular docking with deep learning
GNINA 1.0 (AutoDock Vinaのスコア関数を深層学習で改良した！）のインストール•使い方
vs_Analysis.py: A Python Script to Analyze Virtual Screening Results of Autodock Vina
How to sort binding affinities based on a cutoff using vs_analysis.py script?
rDock: A Fast, Versatile and Open Source Program for Docking Ligands to Proteins and Nucleic Acids
Jdock
MCCS, a scoring function-based characterization method for protein-ligand binding
FlexAID: Revisiting Docking on Non-Native-Complex Structures
Uni-Dock: GPU-Accelerated Docking Enables Ultralarge Virtual Screening
DiffDock: Diffusion Steps, Twists, and Turns for Molecular Docking
DiffDock-Pocket: Diffusion for Pocket-Level Docking with Side Chain Flexibility
Structure prediction of protein-ligand complexes from sequence information with Umol
DiffBindFR: an SE(3) equivariant network for flexible protein–ligand docking
PackDock: a Diffusion Based Side Chain Packing Model for Flexible Protein-Ligand Docking
Deep Docking: A Deep Learning Platform for Augmentation of Structure Based Drug Discovery
MolModa: accessible and secure molecular docking in a web browser
MSLDOCK: Multi-Swarm Optimization for Flexible Ligand Docking and Virtual Screening
DSDP: A Blind Docking Strategy Accelerated by GPUs
DSDPFlex: Flexible-Receptor Docking with GPU Acceleration
OpenDock: A pytorch-based open-source framework for protein-ligand docking and modelling
DockingPie: a consensus docking plugin for PyMOL
Streamlining Large Chemical Library Docking with Artificial Intelligence: the PyRMD2Dock Approach
dockECR: Open consensus docking and ranking protocol for virtual screening of small molecules
ChemFlow_py: a flexible toolkit for docking and rescoring
EasyDock: customizable and scalable docking tool
Jupyter Notebook for docking either locally or using Colab
ATPdock: a template-based method for ATP-specific protein–ligand docking
Waterdock 2.0: Water placement prediction for Holo-structures with a pymol plugin
MetalDock: An Open Access Docking Tool for Easy and Reproducible Docking of Metal Complexes
EquiBind: Geometric Deep Learning for Drug Binding Structure Prediction
EquiBind (深層学習によるタンパク質-リガンドドッキング予測)のインストール•使い方
機械学習によるタンパク質・リガンドドッキング手法を試してみる
PLANTAIN: Diffusion-inspired Pose Score Minimization for Fast and Accurate Molecular Docking
OnionNet-SFCT: a machine learning based scoring function correction term
DLSCORE: A Deep Learning Model for Predicting Protein-Ligand Binding Affinities
Uni-GBSA: An Automatic Workflow to Perform MM/GB(PB)SA Calculations for Virtual Screening
LigGrep: a tool for filtering docked poses to improve virtual-screening hit rates
Deep Learning for Protein-Ligand Docking: Are We There Yet?
Benchmarking Generated Poses: How Rational is Structure-based Drug Design with Generative Models?
☆ドラッグデザイン
TeachOpenCADD
TeachOpenCADD トピック９ 〜リガンドベースファーマコフォア〜
☆De novo molecular generation & drug design
RFdiffusion（1.5k☆@2024/06/14）
De novo design of protein structure and function with RFdiffusion
【RFDiffusion】低分子に対するタンパク質バインダーを計算機で生成して構造予測！
【RFDiffusion】バインダーデザインにおけるAF2スクリーニングのコツ
【抗体デザイン】RFDiffusionを利用した抗体デザイン事例がついに現る
【RF Diffusion】RF Diffusion、ProteinMPNN、AF2によるタンパク質薬の創出
De Novo タンパク質設計: 革新的な RFD 拡散アプローチ
クイズ：どっちが自然の構造？ 〜RF diffusionで人工ペプチドを生成〜
e3_diffusion_for_molecules（400☆@2024/06/14）
Equivariant Diffusion for Molecule Generation in 3D
DiffSBDD（295☆@2024/06/07）
Structure-based Drug Design with Equivariant Diffusion Models
MoLeR（249☆@2024/07/09）
Learning to Extend Molecular Scaffolds with Structural Motifs
Pocket2Mol（239☆@2024/06/07）
Pocket2Mol: Efficient Molecular Sampling Based on 3D Protein Pockets
NeuralPLexer（209☆@2024/06/14）
State-specific protein-ligand complex structure prediction with a multi-scale deep generative model
LiGAN（208☆@2024/06/07）
Generating 3D molecules conditional on receptor binding sites with deep generative models
DrugGPT（95☆@2024/07/23）
A GPT-based Strategy for Designing Potential Ligands Targeting Specific Proteins
AutoGrow4（23☆@2024/06/07）
MoleGuLAR（22☆@2024/06/11）
MoleGuLAR: Molecule generation using Reinforcement Learning and Alternating Rewards
FEgrow（105☆@2024/06/07）
An open-source molecular builder and free energy preparation workflow
Delete（10☆@2024/06/07）
SQUID（49☆@2024/06/07）
Equivariant Shape-Conditioned Generation of 3D Molecules for Ligand-Based Drug Design
AILDE（2☆@2024/06/07）
PGMG（49☆@2024/06/07）
A pharmacophore-guided deep learning approach for bioactive molecular generation
DrugEx（186☆@2024/06/07）
DrugEx: Deep Learning Models and Tools for Exploration of Drug-Like Chemical Space
Targetdiff（184☆@2024/06/07）
3D Equivariant Diffusion for Target-Aware Molecule Generation and Affinity Prediction
DeepDrugCoder（182☆@2024/06/21）
SECSE（78☆@2024/06/07）
Systemic evolutionary chemical space exploration for drug discovery
Reinforced Genetic Algorithm（63☆@2024/07/04）
Reinforced Genetic Algorithm for Structure-based Drug Design
ScaffoldGenerator（8☆@2024/06/07）
Sc2Mol（12☆@2024/06/07）
Sc2Mol: a scaffold-based two-step molecule generator with variational autoencoder and transformer
MolScore（104☆@2024/06/07）
ResGen（60☆@2024/06/07）
ResGen is a pocket-aware 3D molecular generation model based on parallel multiscale modelling
OptiMol（35☆@2024/06/07）
OptiMol : Optimization of binding affinities in chemical space for drug discovery
PMDM（69☆@2024/06/11）
Dragonfly_gen（18☆@2024/06/11）
Prospective de novo drug design with deep interactome learning
Lingo3DMol（36☆@2024/06/11）
Generation of a Pocket-based 3D Molecule using a Language Model
ChemSpaceAL（14☆@2024/06/11）
AlphaDrug（34☆@2024/06/11）
AlphaDrug: Protein target specific de novo molecular generation
COMA（16☆@2024/06/11）
COMA: efficient structure-constrained molecular generation using COnstractive and MArgin losses
DrugGEN（42☆@2024/06/11）
SampleDock（6☆@2024/06/07）
Navigating Chemical Space By Interfacing Generative Artificial Intelligence and Molecular Docking
Stoned-selfies（110☆@2024/06/07）
DockStream（100☆@2024/06/07）
DockStream: a docking wrapper to enhance de novo molecular design
MORLD（26☆@2024/06/07）
FREED（47☆@2024/06/07）
Hit and Lead Discovery with Explorative RL and Fragment-based Molecule Generation
MolFinder（3☆@2024/06/07）
GENiPPI（9☆@2024/06/07）
Interface-aware molecular generative framework for protein-protein interaction modulators
De novo molecular design with deep molecular generative models for PPI inhibitors
iPPIGAN（17☆@2024/06/07）
De novo molecular design with deep molecular generative models for PPI inhibitors
GB-GA（79☆@2024/06/07）
DiffusionProteinLigand（67☆@2024/06/11）
End-to-end protein-ligand complex structure generation with diffusion-based generative models
DynamicBind（151☆@2024/06/14）
IPDiff（14☆@2024/06/21）
Protein-Ligand Interaction Prior for Binding-aware 3D Molecule Diffusion Models
DecompDiff（39☆@2024/06/17）
DecompDiff: Diffusion Models with Decomposed Priors for Structure-Based Drug Design
MolGen（15☆@2024/07/03）
Molecule generation using transformers and policy gradient reinforcement learning
drug.AI（7☆@2024/07/11）
PIDiff（3☆@2024/08/13）
PIDiff: Physics informed diffusion model for protein pocket-specific 3D molecular generation
DiffInt（16☆@2025/02/17）
☆Fragment-growing
DeepFrag: a deep convolutional neural network for fragment-based lead optimization
FragPELE: Dynamic ligand growing within a binding site. A novel tool for hit-to-lead Drug Design
DiffDec: Structure-Aware Scaffold Decoration with an End-to-End Diffusion Model
Lib-INVENT: Reaction Based Generative Scaffold Decoration for in silico Library Design
PromptSMILES: Prompting for scaffold decoration and fragment linking in chemical language models
☆Fragment-linking
Deep Generative Models for 3D Linker Design
SyntaLinker: automatic fragment linking with deep conditional transformer neural networks
Fragment Merging Using a Graph Database Samples Different Catalogue Space than Similarity Search
Equivariant 3D-Conditional Diffusion Models for Molecular Linker Design
An E (3) Equivariant Variational Autoencoder for Molecular Linker Design
LinkerNet: Fragment Poses and Linker Co-Design with 3D Equivariant Diffusion
☆Scaffold Hopping
Scaffold-Hopping from Synthetic Drugs by Holistic Molecular Representation
DiffHopp: A Graph Diffusion Model for Novel Drug Design via Scaffold Hopping
REINVENT4: Modern AI–Driven Generative Molecule Design
GATNN-VS
Improved Scaffold Hopping in Ligand-Based Virtual Screening Using Neural Representation Learning
Deep Scaffold Hopping with Multi-modal Transformer Neural Networks
☆量子化学計算 & 解析
MOPAC 入門及び Winmostar による分子モデル作成
Winmostar™ チュートリアル MOPAC 基礎編@クロスアビリティ
condaによるMOPACのインストール
Xtb
Extended tight-binding quantum chemistry methods
User Guide to Semiempirical Tight Binding
Python-Based Quantum Chemistry Calculations with GPU Acceleration
NWChem 基礎編@クロスアビリティ（株）
Psi4
Google ColabでPsi4：量子化学計算用のpython環境を手軽に構築
量子化学計算を使って物性予測モデルを作ってみた【Psi4/RDkit/scikit-learn】
【Linux/Python】Psi4とRDkitの導入～電荷と双極子モーメントの算出
Amazon SageMaker で DeepChem を使用して、仮想スクリーニングを行う
DeepChem によるケモインフォマティクス、チュートリアル 2
MoleculeNetの概要 DeepChem チュートリアル 3
Molecular Fingerprints DeepChem チュートリアル 4
TensorFlowとPyTorchによる学習モデル作成 DeepChem チュートリアル ５
iGen (allows for interactive generation of Gaussian 16 input files (.com's) from .xyz's or .gjf's in a local directory)
Computational Materials Modeling Toolkits
☆分子動力学シミュレーション, セットアップ & 結合自由エネルギー解析
Free Solvation Energy Calculation Using Amber
QligFEP: an automated workflow for small molecule free energy calculations in Q
QresFEP: An Automated Protocol for Free Energy Calculations of Protein Mutations in Q
PyAutoFEP: an automated FEP workflow for GROMACS integrating enhanced sampling methods
Large-Scale Assessment of Binding Free Energy Calculations in Active Drug Discovery Projects
Automated Absolute Binding Free Energy Calculation Workflow for Drug Discovery
Yank
AmberMDrun: A Scripting Tool for Running Amber MD in an Easy Way
MDTraj: A Modern Open Library for the Analysis of Molecular Dynamics Trajectories
VIAMD: a Software for Visual Interactive Analysis of Molecular Dynamics
WEBサーバ・データベース
UniProt（タンパク質の配列や機能情報を探索できるサーバー）
AlphaFold Protein Structure Database（AIで生成されたタンパク質の高精度立体構造データベース）
RCSB Protein Data Bank（タンパク質などの実験的に決定された立体構造のデータベース）
PDBj（日本蛋白質構造データバンク）
PROTEINS PLUS（PDBからダウンロードしたタンパク質などの立体構造の解析や編集を行うサーバー、多機能）
Tutorial（動画）
MOL PROBITY（PDBデータに水素付加等を施すサーバー）
VLS3D.com（インシリコ創薬用ソフトウェアの網羅的リンク集）
Click2Drug（コンピュータ支援によるドラッグデザインのソフトウェアやサーバーのリンク集）
GitHub（ソースコードの共有・管理サービス、オープンソースのプログラムを入手できる）
Crystallography Open Database（オープンアクセスの低分子結晶構造データベース、論文）
Crystal Structure Search（化学構造や組成式により結晶構造を検索できる）
Snapshot of the Crystallography Open Database（ダウンロードしたファイルをDataWarriorで開くとCODに登録された結晶構造を2D, 3Dで知ることができる。化学構造等で検索し、COD IDが分かったらCODにてIDでサーチすればcifを入手できる）
printCIF（cifファイルをアップロードすると結晶学的パラメータの一覧と立体構造が表示される）
MolView（化学構造の2D描画→3D変換→表示、保存も可能、データベース検索、生体高分子の表示等）
オンライン構造式エディタ・3D分子モデリングツールMolViewで遊ぼう
BindingNet（タンパク質-リガンド相互作用解析データセット、PDBbindにある化合物のモデリングポーズと対応する活性を含む）
POLYVIEW-3D（タンパク質の立体構造の可視化と画像を生成するサーバー）
Molinspiration（低分子の物性予測）
OSIRIS Property Explorer（低分子のADMETox&物性予測）
vNN-ADMET（低分子のADMEToxの予測）
eMolTox（低分子のToxicityの予測）
Lipophilicity/Aqueous Solubility Calculation（低分子の物性予測）
ChemDes（分子記述子やフィンガープリントを生成できるサーバ、論文）
ChemCONV(様々なファイル形式から単一のファイル形式に変換するサーバ)
Online chemical database（低分子のADMETox&物性予測）
pkCSM（低分子化合物のファーマコキネティクスの予測を行うサーバ、論文）
IC50 Tool Kit（カーブフィッティングによりIC50やEC50を計算するサーバ）
PASS online（4000種類もの生物活性を予測するサーバー、要登録、有料版有り）
E-Dragon（分子記述子の計算、3D分子をアップロードする）
WebQC（化学ポータルサイト）
Molecular formats converter（3D化学構造ファイル形式の変換を行える）
Molar Mass, Molecular Weight and Elemental Composition Calculator（分子量の計算）
pH Calculator（水溶液のpHの計算）
SolyPep（5〜15残基の水溶性のペプチド配列の3D構造を生成するサーバ）
PEP-FOLD3（5〜50残基のペプチド配列の3D構造を生成するサーバ、論文）
CycloPsWeb(環状ペプチドや線形ペプチドの構造を生成するサーバー、ソースコードもある)
Download（github）
AggregatorAdvisor（低分子の凝集・会合を予測）
SuperCYP（シトクロムP450のデータベース）
BioTransformer 3.0（低分子の代謝の予測と代謝物の同定、Javaソースコードもある、論文）
Wikipedia chemical structure explorer（Wikipedia収載の化学物質を化学構造で検索，論文）
ChemDataExtractor（文献から化学情報を抽出するサーバー）
DrugBank online（医薬品データベース、化学構造で検索可，論文）
ChemSpider（低分子データベース、化学構造で検索可）
ChEMBL（生物活性低分子のデータベース、化学構造で検索可）
ZINC（ヴァーチャルスクリーニング用低分子データベース、化学構造で検索可）
e-LEA3D: ChemInformatic Tools and Databases（FDAで認可された化合物のデータベースやケムインフォマティクスツール等、論文）
DrugCentral 2023
List of FDA-approved drugs and CNS drugs with SMILES
CH-NMR-NP（天然物NMRデータベース、要ユーザー登録）
操作説明書（pdf）
DisProt（タンパク質の不規則領域のデータベース）
BRENDA（酵素とその阻害剤等のデータベース）
PDBj（タンパク質立体構造データベース）
ENDscript 2.0（一次構造から四次構造まで詳細な解析を行うサーバ）
ANCHOR（タンパク質-タンパク質複合体のデータベース）
kinase.com（キナーゼに関するデータベース）
Chemical Components in the PDB（PDBに登録されているリガンドのデータベース）
PatternQuery（PDBから原子パターンを見つけるサーバ）
SwissDock（分子ドッキングサーバー）
DOCK Blaster（構造基盤ヴァーチャルスクリーニングサーバー）
DINC 2.0（配座を多数含むリガンド用の分子ドッキングサーバー、小分子でも問題ない、AutoDockを改良して使用している）
MTiOpenScreen（分子ドッキング＆構造基盤ヴァーチャルスクリーニングサーバー、AutoDockとAutoDock Vinaを使用している）
1-Click Docking（分子ドッキングサーバー、AutoDock Vinaを使用している、50回/月までフリー）
PEP-SiteFinder（タンパク質表面上のペプチド結合部位の予測、論文）
ROSIE（タンパク質-ペプチド、タンパク質-タンパク質用ドッキングサーバー）
CABS-dock（タンパク質-ペプチド用ドッキングサーバー）
New CABS-dock method enables protein-peptide docking without prior knowledge of the binding site（ブログ記事）
GalaxyPepDock（タンパク質-ペプチド用ドッキングサーバー）
PIPER-FlexPepDock（タンパク質-ペプチド用ドッキングサーバー）
pepATTRACT 2.0（タンパク質-ペプチド用ドッキングサーバー）
HPEPDOCK 2.0（タンパク質-ペプチド用ドッキングサーバー）
Protein-Ligand Interaction Profiler (PLIP)（タンパク質−リガンド間の水素結合や疎水性相互作用の解析を行うサーバー、スタンドアローン版もある）
plip（GitHub）
Screening Explorer（ヴァーチャルスクリーニングの結果を解析するサーバー）
ROCKER（ヴァーチャルスクリーニングの結果のROC解析を行うサーバー）
CSM-lig（小分子リガンドの結合親和性を予測するサーバー、使い方）
IonCom（イオンの結合部位を予測するサーバー）
MIB2 : Metal Ion-Binding site prediction and modeling server（金属結合部位を予測するサーバー）
CheckMyMetal（金属結合部位を検証するサーバー）
ZINCPharmer（ファーマコフォアを探索するサーバー、論文）
Pharmit（構造基盤ファーマコフォアサーチサーバー、論文）
SwissSimilarity （Ligand similarity search サーバー）
wwLig-CSRre（Ligand similarity search サーバー）
USR-VS（Ligand similarity search サーバー、使い方）
AURAmol（molecular similarity search サーバー）
LS-align（分子アライメントを行うサーバ）
1-Click Scaffold Hop（スキャフォールドホッピングを行えるサーバー）
SwissTargetPrediction（低分子化合物の標的タンパク質を同定するサーバー）
SuperPred（低分子化合物の標的タンパク質を同定するサーバー）
SEA（低分子化合物の標的タンパク質を同定するサーバー）
idTarget（ドッキングアプローチにより低分子化合物の標的タンパク質を同定するサーバー）
ProteinsPlus（PDBデータの水素付加、リガンド結合部位の検出、2D相互作用マップの生成、タンパク質-タンパク質相互作用の分類、構造のクオリティチェック、タンパク質−リガンド構造プロファイリング等。リガンドや水分子にも上手く水素付加してくれる）
PDB2PQR Server（PDBデータの水素付加や静電ポテンシャルの計算等）
APBS & PDB2PQR: Electrostatic and solvation properties from complex molecules
PyMOL > Electrostatic potential
Electrostatic Potential Surfaces with PyMOL
PyMOL-electrostaic surface view
DeepKa Web Server: High-Throughput Protein pKa Prediction
AtomicChargeCalculator（EEM法による迅速な電荷計算を行うサーバ、AutoDock 4等に有効）
Compute pI/Mw（タンパク質のpIと分子量計算）
Protein isoelectric point calculator（タンパク質のpIの計算）
PockDrug（タンパク質立体構造におけるポケット探索とそのドラッガビリティの予測、論文）
fpocket（タンパク質立体構造におけるポケット探索）
COACH（タンパク質立体構造におけるリガンド結合部位探索）
CASTp（タンパク質立体構造におけるポケット探索と、体積や表面積の計算を行う）
CASTp Data（CASTpで得られたデータをUCSF Chimeraで可視化・解析する方法が記述されている）
ProtWeb（タンパク質のアミノ酸配列から記述子を計算するサーバ、スタンドアローン版もある）
protr（GitHub）
CCharPPI（タンパク質-タンパク質の立体構造の相互作用解析を行うサーバ）
Reference
SLTCAP（分子動力学シミュレーションで必要な対イオンの数を計算するサーバ）
MDWeb（AMBER等の入力ファイルの作成や計算後の解析を行えるサーバー、無料、論文）
Manual (pdf)
tutorial (pdf)
Protein-Sol（タンパク質の溶解度を予測するサーバー、論文）
CamSol（タンパク質の溶解度を予測するサーバー）
SERp（結晶化向上のための変異導入部位を予測するサーバー）
CRYSTALP2（タンパク質の結晶性を予測するサーバー）
SSPF Crystallisation Propensity Predictors（タンパク質の結晶性を予測するサーバー）
PPCpred（タンパク質の産生、精製、結晶化を予測するサーバー）
Anticancer molecular libraries（抗癌剤の分子ライブラリ）
MedChemExpress（医薬品の購入）
Database of 4 million ring systems
Database of 4 Million Medicinal Chemistry-Relevant Ring Systems
Ubuntu 20.04 のインストール（YouTube）
Ubuntu 20.04 の最低限の設定（YouTube）
Ubuntu のセットアップ（Ubuntu のインストールと設定，アプリケーションソフトウェアのインストール及び設定手順）
PCをプロキシにしてオフライン環境のサーバーでapt-getする
Proxy環境下で「apt update」ができないときのメモ
Installing Ganglia on UBUNTU for monitoring
How to Install Ganglia Monitoring Server on Ubuntu 18.04
gangliaをubuntu14.04にinstallする方法
gcc 9 のインストール（ソースコードを使用）（Ubuntu 上）
Ubuntu 22.04 LTS で複数の GCC および G++ コンパイラのバージョンを切り替える方法
Anaconda 3 2021年5月版のインストール（Ubuntu 上）
Ubuntu 20.04 に Anaconda3 をインストールする
Anacondaに頼らない、pipとvenvを用いたPython環境の構築
anacondaをubuntuにインストール・pythonのversionお手軽変更
Python 勉強の最初の関門 ー pip or condaー
Mambaを使った高速condaパッケージ管理 (python)
Anacondaのcondaよりも高速でpackageをinstallできると噂のmambaを導入しようとしたらめちゃくちゃ苦労した末に見つけた解決策の話
UbuntuにAnacondaで構築するTensorFlow-GPU環境【０】
UbuntuにAnacondaで構築するTensorFlow-GPU環境【１】〜GPUスペック確認編〜
UbuntuにAnacondaで構築するTensorFlow-GPU環境【２】〜nVidiaドライバーインストール編〜
UbuntuにAnacondaで構築するTensorFlow-GPU環境構築【３】〜Anaconda仮想環境作成編〜
UbuntuにAnacondaで構築するTensorFlow-GPU環境構築【４】〜CUDA、cuDNNインストール編〜
How to Install Boost on Ubuntu 22.04
MateriApps（物質科学シミュレーションのポータルサイト）
Open Source Molecular Modeling
Gaussian入門@HPCシステムズ
Gaussian Inc. Japanese（YouTubeチャンネル）
マシンに最適な Gaussian16 をインストールする手順
How to install Gaussian 16 on Linux, ubuntu and CentOS
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その1－（pdf）
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その2－（pdf）
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その3－（pdf）
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その4－（pdf）
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その5－（pdf）
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その6－（pdf）
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その7－（pdf）
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その8－（pdf）
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その9－（pdf）
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その10－（pdf）
Gaussian09ユーザーマニュアル（pdf）
Gaussian ユーティリティ（ユーティリティプログラムについての解説）
formchk（チェックポイントファイルのデータを，可視化ソフト向けにフォーマット型データに変換する）
cubegen（フォーマット型チェックポイントファイルのデータからcubeを生成する
Gaussian 16@HPCシステムズ
Gaussian 09からGaussian16への変化点@HPCシステムズ
Interfacing to Gaussian 16（出力結果の解析用のスクリプト群）
Gaussianの使用法（pdf）
Density Functional (DFT) Methods
Gaussian 可視化のためのチュートリアル（GaussView 3.09）
Remembering General Chemistry 15: Electrostatic Potential Maps（動画）
Viewing Electrostatic Potential, HOMO and LUMO with GaussView - With sample in Description（動画）
Example of Thermochemistry Calculation in Gaussian 09（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial: NMR（動画）
The Absolute Beginners Guide to Gaussian
Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods
Gaussian, Inc. Outside US Academic Price List（pdf）
Constants and Conversion Units
Quick Tutorial on Natural Bond Order 3 Calculations Within Gaussian 09（pdf）
Analyzing Natural Bond Orbitals (NBO) results from Gaussian ’03 & ’09
Natural Bond Orbitals (NBO) visualization
CHESHIRE, Chemical Shift Repository for computed NMR scaling factors
Quantum-Chemical Simulation of 1H NMR Spectra（pdf）
Calculating NMR proton-proton coupling constants
Download@github
winmostar（動画）
How do I visualize Molecular Orbitals using Jmol?
Pre-Compiled Binary of MOPAC 7 for Linux
Winmostar（分子軌道計算用GUI、学生実習で使用中、Mac版は無い、アカデミックフリーウェア）
Winmostarを用いた計算化学実験（doc）
チュートリアル集（動画）
Winmopac7.21（Windows上で走るフリーのMOPAC7）
Facio（Gaussian, GAMESS, MOPAC等のためのGUI, Mac版有り、フリーダウンロード）
量子化学計算プログラムGaussianおよびGAMESSのためのプリ・ポストプロセッサー : Facio（pdf）
GAMESS版フラッグメントMO法計算のためのGUIの開発（pdf）
PC GAMESSのための新しい計算化学統合環境Facioの開発（pdf）
Molby（Gaussian, GAMESS, MOPAC, AMBER, NAMD等のためのGUI, Mac版有り、フリーダウンロード）
Molekel（Gaussianの計算結果の可視化のためのGUI、Mac版（ver.5.x）有り、フリーダウンロード）
【忘備録】Molekelを用いた静電ポテンシャルマップの作成
Visualising orbitals and density with Molekel
Molekel - electron density and shaders（動画）
Mapa de Potencial Eletrostático no Molekel（ver4.3、動画）
CYLview（Gaussianの計算結果の可視化のためのGUI、Mac版有り、パスに日本語名のディレクトリがあるとファイルを開けません、フリーダウンロード）
Gabedit（Gaussian等の計算結果の可視化のためのGUI、Mac版はHomebrewでインストール可能、無料）
Install gabedit on Mac OS X（Homebrewでインストールした後、.bashrcにてaliasを作成したほうがいいです）
molsimplify（金属錯体用の分子ビルダー、CUIとGUIがある、フリーウェア）
Installing molSimplify（インストール法等が記載されている）
Multiwfn（Gaussian等量子化学計算後の多様な解析ができるGUI付きプログラム、フリーダウンロード）
manual（ver 3.8 dev版, pdf）
manual（ver 3.7, pdf）
manual（ver 3.7 β版, pdf）
manual（ver 3.6, pdf）
manual（ver 3.5, pdf）
GaussSum 3.0（量子化学計算結果の解析のためのGUI、無償）
Installation（Linux版とWindows版がある）
SpecDis（ECD/UV/ORD/IR/VCDの計算結果の解析と実験データとの比較をを行えるプログラム、ORCA, Gaussian, NWChem, ADF, DALTONの出力ファイルを扱える、gnuplotを必要とする、Mac版は無い、無償）
Manual（pdf）
CDSpecTech（ECD/UV/ROA/ORD/VCDの計算結果の解析と実験データとの比較をを行えるプログラム、Gaussian 09の出力ファイルを扱う、Mac版は無い、無償）
PyVib2（IR/Raman/VCD等の振動計算の解析を行うpythonプログラム、無償）
tools-for-g16.bash（Gaussianの出力結果の解析を行うシェルスクリプト、無償）
pygauss（Gaussianの出力結果の解析を行うpythonプログラム、無償）
orbkit（Gaussian等の出力結果の解析を行うpythonプログラム、無償）
CODES（Gaussian等の出力結果の解析を行うpythonプログラム集、無償）
gaussian-tools（Gaussian09の出力結果の解析を行うpythonプログラム、無償）
QMForge（Gaussian、GAMESS等の出力結果解析用のGUI、Mac版有り、$25）
Chemissian（Gaussian、GAMESS等の出力結果解析用のGUI、Windows版のみ、アカデミック1ユーザーで$150）
ChemCraft（Gaussian、GAMESS等の出力結果解析用のGUI、Mac版は無い、有償）
Bader Charge Analysis（AIMのプログラム、Gaussian cubeファイルを利用できる、Mac版有り、無償）
GaussianEditing（Gaussian16のlogファイルをGaussView5で正常に開くようにするための編集用シェルスクリプト、無償）
SPARTAN（分子モデリングと量子化学計算等を行えるソフトウェア、GUIがある、半経験的分子軌道法を用いた配座解析やNMRの化学シフトの高精度な予測もできる、Linux, Mac, Windows版がある、買うならParallel Suiteを）
NCIPLOT（非共有結合性相互作用解析プログラム、Linux上で要コンパイル、無償）
manual（pdf）
LigBuilder V3（老舗の分子生成プログラム）
myPresto（医薬品開発に特化した国産の分子シミュレーションシステム、Linux OS上で動作、無償）
USER MANUAL（pdf）
MF myPresto（myPresto用GUI、年間ライセンス）
MolDesk（myPresto用GUI、BasicとScreeningがある、永年あるいは年間ライセンス）
MolDeskのチュートリアル集（動画）
創薬の効率を飛躍的に高めた化合物スクリーニング計算（pdf）
計算機によるタンパク質–薬物複合体予測（pdf）
化合物データベースの利用法（pdf）
AMBER（分子動力学シミュレーション・自由エネルギー計算等、チュートリアルが充実、アカデミック・非商用は無償）
CUDA incompatible with my gcc version（cudaとgccのバージョンのマッチング表が掲載してある）
Compiling and Installing Amber 22（pmemd.cudaをコンパイルできたgccとcudaのバージョンを確認できる）
AMBER22@計算科学研究センター（pmemd.cudaをコンパイルできたgccとcudaのバージョンを確認できる）
AMBER22@Georgia Advanced Computing Resource Center（pmemd.cudaをコンパイルできたgccとcudaのバージョンを確認できる）
PMEMD runs on many models of NVIDIA GPUs（pmemd.cudaをコンパイルできたgccとcudaのバージョンを確認できる）
Amber22 benchmarks@NIH（pmemd.cudaをコンパイルできたgccとcudaのバージョンを確認できる）
NVIDIA GPU Benchmarks AMBER 22@EXXACT
構造最適化と分子動力学計算（気相中）（pdf）
A road to AMBER Simulations ∼ CentOS 6.2 on Mac OS X ∼（SlideShare）
Introduction to Nucleic Acids simulations
Introduction to Principal Component Analysis
Hydrogen bond analysis with CPPTRAJ
AMBER parameter database
TUTORIAL A20: Metal Ion Modeling Tutorial
AmberTools 16を使ってMD simulationをしてみよう（その1）
AmberTools 16を使ってMD simulationをしてみよう（その2）
AmberToolsのLEaPで任意のサイズの周期境界ボックスに蛋白質を配置する方法
溶媒配置ソフトウェアSolvate 1.0をMac OS Xにインストール
antechamberを使ったMD用小分子化合物の電荷パラメータの作り方
結合自由エネルギー変化の計算をする：AmberToolsとMM-PBSAを使った方法
AMBER GPU Molecular Dynamics Workflow Tool and Tutorial
Small Molecule Dihedrals Parametrization
Zinc protein simulations using the cationic dummy atom approach
Gaussian Accelerated Molecular Dynamics (GaMD)
GROMACS （分子動力学シミュレーション・自由エネルギー計算等、フリーウェア）
Introductory tutorial for gromacs
GROMACS Protein Ligand Complex Simulations
MDシミュレーションのチュートリアル〜PDB: 1LKEの場合〜
GROMACS Introductory Tutorial（pdf）
GROMACS実習（pdf）
GROMACS TUTORIAL: Your first Simulation Made Easy!（動画）
Gromacs Tutorial 1: Lysozyme in Water（動画）
Molecular Dynamics Siumlations with Gromacs（動画）
GROMACS実習（pdf）
Winmostar用 Linux サーバー版 Gromacs インストールマニュアル（pdf）
Winmostar - Gromacs Tutorial 1 Gromacs基礎編（pdf）
Winmostar -Gromacs Tutorial 2 タンパク系（pdf）
Winmostar -Gromacs Tutorial 3 溶媒和自由エネルギー編（pdf）
Winmostar -Gromacs Tutorial 4 混合溶媒系（pdf）
Winmostar -Gromacs Tutorial 5 タンパク-リガンド系（pdf）
Winmostar -Gromacs Tutorial 6 RESP電荷を用いたモデリング（pdf）
Winmostar Gromacs Interface Tutorial1a（動画）
Winmostar Gromacs Interface Tutorial1b（動画）
GROMACSと連携ソフトウエアによる分子動力学計算 updated
pmx（変異を入れた入力ファイルを生成するサーバー）
膜タンパク質のモデリング (CHARMM-GUI, Amber Lipid14 force field)
PACKMOL（溶媒分子構造作成プログラム、要登録、無償）
PACKMOL（開発者の原著、pdf）
pyMDMix（タンパク質のドラッガビリティ等を水/有機溶媒系でMDを行うことで予測するpythonユーティリティパッケージ、無償）
AutoDock（分子ドッキング、フレキシブルレセプター計算が可能、金属タンパク質が扱える、Mac版有り、フリーウェア）
AutoDock使用マニュアル（pdf）
Where do I set the AutoDock 4 force field parameters?（使用できる元素の力場パラメーター表）
AutoDock 4.2 & MGLTools on Mac OS X（SlideShare）
AutoDock 4 for Beginners | Molecular Docking Tutorial | Publication to Installation (GUI)（動画）
AutoDock（動画）
Molecular docking, estimating free energies of binding, and AutoDock's semi-empirical force field
AutoDockCuda（AutoDock4.2.6のNVIDIA CUDAヴァージョン、要コンパイル）
Fastgrid（AutoGridのNVIDIA CUDAヴァージョン、要コンパイル）
AutoDockZn（亜鉛タンパク質に特化したAutoDock4用の分子力場パラメーターファイル、フリーウェア、論文）
AutoDockFR（分子ドッキング、フレキシブルレセプター計算が可能、Mac版有り、フリーウェア、論文）
AutoDock Vina（分子ドッキング、フレキシブルレセプター計算が可能、マルチコアCPUで高速計算、Mac版有り、フリーウェア）
AutoDock Vinaの使い方（SlideShare）
複合体構造モデリング（AutoDock Vinaの使用法等を記述している）（pdf）
Molecular Docking using AutoDock Vina and UCSF Chimera（動画）
How to Study Protein-Ligand Interaction through Molecular Docking（pdf）
AutoDock Vina & MGLTools on Mac OS X 10.6（SlideShare）
AutoDock Vina Video Tutorial（動画）
Autodock Vina video tutorial （動画）
Tutorial: site specific docking using auto dock vina.（動画）
Autodock/Vina plugin for PyMOL（AutoDock Vina用プラグイン、論文）
Docking box size（Vinaで使用する最適なボックスサイズを計算してくれるPerlスクリプト、論文）
MPI-Vina（MPIを使用し、マルチノードでVinaを実行できる、無償、論文）
Supporting Information（インストール方法が記述してあるdocxファイル）
VinaLC（MPIを使用し、マルチノードでVinaを実行できる、要コンパイル、無償）
Smina（AutoDock Vinaを改良した分子ドッキングプログラム、無償）
Download（Mac版 smina.osxとLinux版 smina.staticがある）
Ligand docking with Smina（ブログ記事）
Machine Learning optimization of Smina cross docking accuracy（ブログ記事）
Vinardo（Sminaに含まれる改良スコアリング）
QuickVina 2（AutoDock Vinaの派生プログラム、論文、Vinaと比較しQuickVina 2の実行時間は半分以下になります（PDB_id:1iepの場合））
Download（Linux版）
Vina4dv（AutoDock Vinaの派生プログラム、GitHub）
Download（Linux版）
Download（Mac版）
PSOVina2LS（AutoDock Vinaの派生プログラム、アカデミックフリーウェア）
Download（Linux版）
Download（Mac版）
AutoDock VinaXB（分子ドッキングのスコアリングにハロゲン結合を取り入れたAutoDock Vinaの派生プログラム、論文）
Download（GitHub）
Autodock VinaSH（分子ドッキングのスコアリングにσホールを取り入れたAutoDock Vinaの派生プログラム、論文）
GWOVina: A grey wolf optimization approach to rigid and flexible receptor docking
GOLD（分子ドッキング、金属タンパク質が扱える、GUI付き、Mac版は無い、有償）
Intro to: GOLD（動画）
rDock（分子ドッキングプログラム、CUIで使用、フリーウェア）
Test drivin' rDock（ブログ記事）
Cross docking test with rDock（ブログ記事）
LeDock（分子ドッキングプログラム、Mac版はGUIとCUIが有る、フリーウェア）
User Guide（pdf）
Virtual screening（pdf）
ProBiS-Dock（分子ドッキングプログラム、レセプターフレキシブルドッキングが可能、Linux版のバイナリーとソ−スコードがある、フリーウェア）
MOLS 2.0: software package for peptide modeling and protein–ligand docking
iMOLSDOCK: Induced-fit docking using mutually orthogonal Latin squares (MOLS)
Protein–small molecule docking with receptor flexibility in iMOLSDOCK
MolModa（オンラインでの分子設計ツール、無償利用）
MolModa: accessible and secure molecular docking in a web browser
CaverDock（トンネルやチャンネル構造を持つタンパク質用の分子ドッキングプログラム、Ubuntu版のみ、無償、論文）
WaterDock（AutoDock Vinaを利用してタンパク質表面上での水分子の位置の予測を行う、無償、論文1、2）
AutoDockTools（AutoDockとAutoDock Vina用のGUI、Mac版有り、アカデミックフリーウェア）
Tips, Tricks, and Tutorials for Python Molecular Viewer
PyRx（AutoDock、AutoDock Vina、ヴァーチャルスクリーニング用のGUI、Mac版、無料版と有料版有り）
Protein-Ligand Docking with PyRx（pdf）
Comparing Virtual Screening with Bioassays Using PyRx（pdf）
Docking with PyRx-Vina using Sample Test Compound（動画）
PyRx Screencast - Open Babel（動画）
Tutorial of PyRx software for Virtual Screening（動画）
AUDocker LE（AutoDock Vina用のGUI、フリーウェア、論文）
Manual（pdf）
POAP（OpenBabelとAutoDock4やAutoDockを用いたヴァーチャルスクリーニング用Bashスクリプト、無償）
Download（GitHub）
Manual（pdf）
ADplugin（AutoDock, AutoDock Vina用のPyMOLプラグイン、無償）
GetBox（AutoDock, AutoDock Vina, LeDock用のドッキングボックスを計算するためのPyMOLプラグイン、無償）
Docking box size（Vinaで使用する最適なボックスサイズを計算してくれるPerlスクリプト、無償、論文）
ChemAxon（化学情報プラットフォーム、Mac版有り、アカデミックフリーウェア）
ChemAxon's Marvin JS - chemical drawing component for the web（動画）
MarvinSpace（3Dビューアー、小分子リガンドのアライメントもできるようです）
ChemDraw（化学構造式描画，有料）
ChemDraw の使い方【作図編④: 反応機構 (前編)】
ChemDrawの使い方【作図編⑤ : 反応機構 (後編)】
ChemDraw の Align 機能: 分子の部分構造で揃える方法
ChemDraw を貼った文書の PDF 化トラブルと解決策
ChemDraw Magic - Draw Viagra under 20 sec (with subtitles)（動画）
ChemDraw Magic 2 - More Tips and Tricks on ChemBioDraw13 (HD with subtitles)（動画）
ChemDraw Magic 3: Dendrimers, Delivered（動画）
ChemDraw Magic Tricks: Quick Catalytic Cycles - Elliptic is the New Round（動画）
JChemPaint（化学構造式描画，Javaで動く、フリーウェア）
MarvinSketch（化学構造式描画，cdx, mol, sdf, cml, smiles, smarts, InChIファイル形式でも保存できる、Mac版有り、フリーウェア）
Introduction to ChemAxon's Drawing Tool: MarvinSketch 6.0（動画）
Editing atom labels in ChemAxon's MarvinSketch（動画）
薬学教育に有用な高機能分子エディター（pdf）
ACD/ChemSketch（化学構造式描画，Mac版は無い、アカデミックフリーウェア）
OSRA（化学構造のOCR、GIF, JPEG, PNG, TIFF, PDF, PS等からSMILESやSDFファイルを生成する、要コンパイル、無料）
OSRA: Optical Structure Recognition
Cheminformatics on a Mac（MacではHomebrewでインストールできるようです）
OpenBabel（構造ファイル変換、配座・電荷生成等有能なソフト、Mac版（Homebrew）有り、フリーウェア）
Cheminformatics on a Mac（HomebrewやOpen Babel等のインストール方法が詳述されている）
Open Babel 3.0.0 documentation
Updating to Open Babel 3.0 from 2.x
Open Babel Documentation (ver. 3.0.0)（pdf）
Convert, Filter and Manipulate Chemical Data
Supported File Formats and Options
Computational Chemistry Tutorial-3- Open Babel（動画）
Molecular Fingerprints and Fastsearch Databases
Open Babel 2.4.0 documentation
iBabel（Mac用のGUI，OpenBabelをインストールしていないと使えません）
SDF Toolkit（SDFファイルの様々な処理を行えるPerlスクリプト集、無償）
MayaChemTools（SDFファイルの様々な処理を行えるPerlスクリプト集、無償）
pythonでmol2やSDFファイルを分割する（ヴァーチャルライブラリーの構築に有用なpythonスクリプト）
VeraChem（コンピュータ支援分子設計のためのプログラム群）
Vconf（2D→3D変換や配座解析を行う、Windows版とLinux版、無償）
VCharge（部分電荷の生成、Windows版とLinux版、無償）
VFilter（配座解析後のファイルター処理、Windows版とLinux版、無償）
Vrms（分子の重ね合わせとRMSDの計算、Windows版とLinux版、無償）
VDisplay（SDFファイル等の可視化を行う3Dビューワー、Windows版、無償）
VM2（結合自由エネルギーの計算を行うためのパッケージ、マルチCPU＆GPUに対応、Linux版、Amazon Web Serviceにも対応、アカデミックフリー）
Balloon（2D=>3D変換、配座・電荷生成、CUIで使用、Mac版有り、フリーウェア）
Download（Macは10.5以降で動作します、CentOSもOKです）
使い方（ターミナルで使用します）
Frog2（配座生成プログラム、要コンパイル、無償）
xconf（配座生成プログラム、要コンパイル、無償）
ConfBuster（大環状分子の配座生成用のPythonプログラム、無償）
Open3DALIGN（分子アライメント用プログラム、Mac版有り、無償）
Flexible small molecule alignment softwares（様々な分子アライメントソフトウェアの紹介）
Michel Petitjean / softwares / freewares（上記ソフトウェアのダウンロードサイト、Mac版があります）
Contactos（分子アライメントとクラスタリング用Pythonプログラム、無償）
LIGSIFT（分子類似性探索プログラム、CUIで使用、フリーウェア、論文）
ShaEP（分子類似性探索プログラム、CUIで使用、フリーウェア）
Spectrophores（分子類似性探索プログラム、OpenBabelに内蔵、CUIで使用、フリーウェア）
MassiveSAR（分子類似性探索プログラム、Windows版のみ、フリーウェア）
PAPER（分子類似性探索プログラム、Linux上でGPGPUを使用、フリーウェア）
SUBSET（NCIが開発した分子類似性探索プログラム、フリーウェア）
LiSiCA（2D&3D ligand-based virtual screeningプログラム，アカデミックフリーウェア）
rmsd（rmsd計算用のfortranコード、フリーウェア）
frmsd（rmsd計算用のプログラム、フリーウェア、論文）
charnley（rmsd計算用のpythonスクリプト、フリーウェア、開発元のブログ）
Jmol（3D viewer、Javaで動く、軽い、フリーウェア）
Jmol Application Tutorials（動画）
Electrostatic potential maps in Avogadro and Jmol（動画）
PDBのJmolを利用してタンパク質の立体構造を調べる～基本編～（動画）
How do I visualize Molecular Orbitals using Jmol?
Mercury（CIF用GUI、低分子結晶構造解析ツール、フリーウェア、Mac版、有料アップグレード有り）
How-to: Customise the structure display settings in Mercury（動画）
How-to: Reveal neighbouring molecules using Mercury（動画）
How-to: Calculate the centroid of a functional group using Mercury（動画）
How-to:（動画）
SHELX（X線単結晶構造解析用プログラム、アカデミックフリーウェア）
registration（アカデミック使用のみ）
Installing and running X-ray solution and refinement software on a MacOS computer（pdf）
Crystal structure refinement withSHELXL（pdf）
Open access papers about SHELX
User guide to crystal structure refinement with SHELXL（pdf）
Refinement of Disorder with SHELXL A tutorial by Peter Müller（pdf）
Refinement of Disorder with SHELXL Peter Müller（pdf）
Advanced Crystallography: Refinement of Disordered Structures（pdf）
Introduction to SHELXL Refinement: Restraints, Constraints and Esds（pdf）
Modeling Disorder in SHELXL（pdf）
Olex2（X線単結晶構造解析用GUI、Mac版有り、SHELXLを必要とする、無償）
OLEX2による解析マニュアル, 東京大学工学系研究科 総合研究機構 ナノ工学研究センター Ｘ線実験室（pdf）
Olex2の使い方 その３ 束縛：AFIX, SADI, DFIX
OLEX2 – Getting Started（pptx）
Olex2チャンネル（動画）
Olex2 and ShelX（動画）
Labels in Olex2 & Colour of Atoms（動画）
Notes on OLEX2（pdf）
Structure Solution and Refinement with Olex2（pdf）
OLEX2Quick Reference（pdf）
Structure Solution and Refinement with OLEX2
Squeeze What to do with disordered solvent?（pdf）
Disorder Refinement Examples in Olex2
Disorder Treatment using Olex2（動画）
ShelXle - A cute graphical user interface for SHELXL
Disordered Structure Refinement (DSR), Small molecule refinement tool
PLATON（構造解析チェック用プログラム、無償）
Installing and running X-ray solution and refinement software on a MacOS computer
THE PLATON CRYSTALLOGRAPHIC PACKAGE DOCUMENTATION - VERSION 29-09-2010
WHAT IS PLATON AND HOW TO GET STARTED
HOW TO .... QUESTIONS & ANSWERS
Introduction to the Graphical User Interface
Platon pwtのインストール方法とSQUEEZEのやりかた（その１）
Platon pwtのインストール方法とSQUEEZEのやりかた（その２）
ORTEP-3 for Windows（ORTEP図の作成ソフトウェア）
Manual（pdf）
OSCAIL（X線単結晶構造解析ソフトウェア、ORTEXを含む、アカデミックフリー）
LINXTL（X線単結晶構造解析ソフトウェア、Mac版はない、フリーダウンロード）
Single crystal structure determination with SHELX, PLATON, LINXTL, Xshell using Ubuntu Linux（動画）
CrystalExplorer（CIF用GUI、低分子結晶構造解析ツール、Mac版有り、アカデミックフリーウェア）
PyMOL（3D viewer、構造生物学者が好んで使用、Mac版、無料版と有料版有り）
PyMOL Tutorial（日本語）
PyMOLを使い倒す（動画）
Pymol Tutorial （動画）
Visualization programs I: PyMol Tutorial（動画）
Simple Pymol Movie Instructions（動画）
MacPyMOL Plugin Tutorial.mov（動画）
MacPyMOL & Plug-in on Mac OS X 10.6（SlideShare）
PyMOL 1.7.2.1+APBS plugin works on Mac Yosemite using Homebrew
Homebrewed PyMOL 1.8.2 + APBS plugin work on Mac El Capitan
Autodock/Vina plugin for PyMOL（AutoDock Vina用プラグイン、論文）
PyMOL Autodock/Vina Plugin Tutorial: Basics（動画）
PyMOL Autodock/Vina Plugin Tutorial: Virtual Screening（動画）
LigAlign（小分子のアライメントを行うプラグイン）
リガンド周囲の観察（pdf）
Chimera（3D viewer、AMBERとの親和性が高い、AutoDock Vinaのインターフェースを内蔵、Mac版有り、アカデミックフリーウェア）
An Introduction to Molecular Visualization with UCSF Chimera（pdf）
Autodock tutorial VINA with UCSF Chimera（pdf）
Tutorial: Structural Analysis of a Protein-Protein Complex（pdf）
分子可視化ソフト『Chimera』の使い方 2010（動画）
分子可視化ソフト『Chimera』の使い方 2010 応用編（動画）
UCSF Chimera: Structure Analysis（動画）
RCSBProteinDataBank's tutorials（動画）
Mutating a Residue in UCSF Chimera (Part 1) （動画）
Mutating a Residue in UCSF Chimera (Part 2) （動画）
Enhancing UCSF Chimera through web services
SwissSidechain (plugin)(非天然アミノ酸へ変異できるプラグイン）
Electrostatic potential values（タンパク質表面の静電ポテンシャルを数値で表示させる、動画）
How to Study Protein-Ligand Interaction through Molecular Docking（動画）
Tutorial: Structural Analysis of a Protein-Protein Complex（pdf）
VMD（3D viewer、AMBERやNAMDとの親和性が高い、Mac版有り、アカデミックフリーウェア）
Using VMD（pdf）
VMD Tutorial（RMSDの計算方法が記述してある、pdf）
Force Field Tool Kit (FFTK)の使い方１
VMD Store（既存の拡張機能プラグインをの利用を容易にするプラグイン）
VSLab（AutoDock用のプラグイン）
DS Visualizer（3D viewer、マルチリガンドの読み込みや分子アラインメントが可能、Mac版は無い、アカデミックフリーウェア）
機能（pdf）
構造バイオインフォマティクス基礎（pdf）
タンパク質の３次元構造を観る（pdf）
Introduction to the Discovery Studio Visualizer（pdf）
Viewing ligands in a 2D window（タンパク質-リガンド複合体立体構造の2次元描画の記述、pdf）
Discovery Studio Visualizer 3.5: Making 3D Protein/DNA Videos（動画）
Discovery Studio Program medicinal chemistry 1-MIU-（動画）
VEGA ZZ（分子モデリングソフトウェアパッケージ、多機能、Mac版は無い、アカデミックフリーウェア）
Maestro（SCHRODINGER社製分子モデリングGUI、アカデミックフリーウェア）
Schrodinger利用の手引 (pdf)
Getting Started in Maestro 11 (pdf)
Maestro 11 - Quick Start Guide（動画）
Introduction to Structure Preparation and Visualization
Swiss-PDBViewer DeepView（高機能なPDBビューアー、フリーウェア）
タンパク質の３次元構造を観る（pdf）
CueMol（3Dビューアー、小分子のアライメントもできる、APBSとPDB2PQRもバンドルされている、Mac版有り、英語版サイト、無償）
Documents（チュートリアルやマニュアルが記載されています）
Updates（バグフィックス情報が記載されています）
分子の重ね合わせ（RMSD値も計算できます）
CueMol2でタンパク質の構造を見る 〜応用編・1〜（動画）
CueMol2でタンパク質の構造を見る 〜応用編・2〜（動画）
CueMolで「推し蛋白質」を可愛く作図しよう (基礎編)（Qiita）
Waals（タンパク質立体構造の表示・解析ソフト、Mac版のみ、有償）
ICM-Browser（3Dビューアー、Mac版あり、フリーウェア）
ICM Browser Pro（強化版ICM-Browser、有償）
Ligplot+（タンパク質-リガンド複合体３次元構造の2次元描画用のGUI、Javaで動く、アカデミックフリーウェア）
Ligplot+ on Mac OS X（SlideShare）
LeView（タンパク質-リガンド複合体３次元構造の2次元描画用のGUI、Javaで動く、CUI版もある、フリーウェア）
BINANA（ドッキング後の水素結合等の解析を行えるpythonプログラム、pdbqtファイルを入力とする、フリーウェア、論文）
Avogadro（分子ビルダー、Mac版有り、フリーウェア）
Avogadro v1.1 Basics Of Modeling & Optimization（動画）
Building complicated molecules in Avogadro in 4 acts（動画）
Electrostatic potential maps in Avogadro and Jmol（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial Basics（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial Basics 2 （動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial SP（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial MOs（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial FREQ（動画）
Avogadro with Gaussian: Find the TS!（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial: Guess the TS（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial QST2 （動画）
Avogadro with Gaussian IRC calculation（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial Electron Density（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial Solvent Effect（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial Mixed Basis Sets and ECP（動画）
Avogadro with Gaussian + NBO（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial Absorptions (UV-Vis)（動画）
Avogadro VS MarvinSketch: Metal complexes（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial: NMR （動画）
Avogadro－MOPAC－Open Babel－Jmol
cApp（ケムインフォマティクス用のJavaプログラム、CUI版とGUI版がある、sdfファイルの分割などができる、無償、論文）
DataWarrior（化合物ライブラリー（sdfファイル）の表示や編集のためのGUI、配座の生成や化学反応の探索、結晶構造データベースの表示が可能、Mac版有り、フリーウェア)
Downloadable Data Files（Chemical reactions from US patents (1976-Sep2016)）
Downloadable Data Files（X-Ray structures from the Crystallography Open Database, Jan. 2025）
Downloadable Data Files（DrugBank 5.0.10）
Downloadable Data Files（All Non-Covalent Binding Sites From the PDB-Database, Dec. 2024）
Chemoinformatics-based enumeration of chemical libraries: a tutorial
Scaffold Hunter（化合物ライブラリーの表示と編集のためのGUI、Javaで動く、フリーウェア，論文)
MONA（化合物ライブラリーの表示と編集のためのGUI、Mac版有り、アカデミックフリーウェア)
Tutorial（動画）
ChemMaster（QSARソフトウェア、Windows版のみ、Mac OS X には Wine の利用でインストールが可能、無償版と有償版（$199.99, Automatic QSARが使える）がある
ChemMaster 1.2 New Features - Computer-Aided Drug Design (CADD) & Cheminformatics Software（動画）
QSAR Modeling Tutorial Using a Free QSAR Software（動画）
Duplicate Molecules Analysis Tutorial in ChemMaster for Drug Design Workflows （動画）
Molecular Descriptors Calculation Using a Free Software（動画）
QSAR Tutorial: Binary-QSAR Model Development Using A Free QSAR Software（動画）
Hologram-QSAR Modeling Tutorial（動画）
Automatic-QSAR Modeling Tutorial（動画）
CORAL（QSARソフトウェア、GUIで使用、Mac版はない？、フリーウェア）
BioPPsy（QSARソフトウェア、フリーウェア）
PaDEL-Descriptor（分子記述子の計算用GUI、Javaで動く、計算結果はMcQSAR等で利用できる、フリーウェア）
記述子計算のフリーソフト「PaDEL-descriptor」を見つけました
Codessa III（QSARソフトウェア、AMPACと連携、アカデミックライセンス$1,500）
QSAR Toolbox（毒性評価用QSARソフトウェア、Mac版は無い、フリーウェア）
QSAR Toolbox 活用マニュアル（pdf）
QSAR Toolboxの概要と活用事例（pdf）
生体毒性QSARモデルの解説（pdf）
構造活性相関解析用ソフトウエアの紹介（pdf）
Toxtree（毒性評価用QSARソフトウェア、Mac版は無い、フリーウェア）
protpy（タンパク質の記述子を計算するプログラム、無償）
NEEMP（EEM電荷を計算するソフトウェア，フリーウェア，論文）
Atomic Charge Calculator II（EEM電荷を計算するソフトウェア）
3DNA（核酸の立体構造を解析したり構築するプログラム、無償、論文）
GraphiteLifeExplorer（核酸の分子モデリングソフトウェア、Mac版あり、無償）
Structural alignment software（list of structural comparison and alignment software@Wikipedia）
MMLigner（タンパク質の分子アライメントプログラム）
Statistical inference of protein structural alignments using information and compression
ProDy（タンパク質動的解析プログラム）
インシリコ創薬関連動画
産学連携による次世代創薬AI開発（DAIIA）公開シンポジウム
計算生命科学の基礎10 保険診療で行われるがん遺伝子パネル検査のビッグデータの利活用①
計算生命科学の基礎10 保険診療で行われるがん遺伝子パネル検査のビッグデータの利活用②
計算生命科学の基礎10 保険診療で行われるがん遺伝子パネル検査のビッグデータの利活用③
計算生命科学の基礎10 生体分子動力学シミュレーションの基礎と応用①
計算生命科学の基礎10 生体分子動力学シミュレーションの基礎と応用②
計算生命科学の基礎10 生体分子動力学シミュレーションの基礎と応用③
計算生命科学の基礎10 タンパク質の機能の進化とその情報解析①
計算生命科学の基礎10 タンパク質の機能の進化とその情報解析②
計算生命科学の基礎10 タンパク質の機能の進化とその情報解析③
計算生命科学の基礎9「タンパク質の立体構造予測－AlphaFold以前と以後－」①
計算生命科学の基礎9「タンパク質の立体構造予測－AlphaFold以前と以後－」②
計算生命科学の基礎9「タンパク質の立体構造予測－AlphaFold以前と以後－」③
計算生命科学の基礎9「Webを用いた生体高分子の立体構造モデリング」①
計算生命科学の基礎9「Webを用いた生体高分子の立体構造モデリング」②
計算生命科学の基礎9「Webを用いた生体高分子の立体構造モデリング」③
計算生命科学の基礎9「AI 創薬：創薬における人工知能と機械学習の基礎および応用」①
計算生命科学の基礎9「AI 創薬：創薬における人工知能と機械学習の基礎および応用」②
計算生命科学の基礎9「AI 創薬：創薬における人工知能と機械学習の基礎および応用」③
計算生命科学の基礎８「溶液中における生体関連分子複合系の自由エネルギー解析」①
計算生命科学の基礎８「溶液中における生体関連分子複合系の自由エネルギー解析」②
計算生命科学の基礎８「溶液中における生体関連分子複合系の自由エネルギー解析」③
計算生命科学の基礎８「結晶学・単粒子解析による分子構造データの基礎」①
計算生命科学の基礎８「結晶学・単粒子解析による分子構造データの基礎」②
計算生命科学の基礎８「結晶学・単粒子解析による分子構造データの基礎」③
計算生命科学の基礎７ 分子シミュレーションを活用したインシリコ創薬支援①
計算生命科学の基礎７ 分子シミュレーションを活用したインシリコ創薬支援②
計算生命科学の基礎７ 分子シミュレーションを活用したインシリコ創薬支援③
計算生命科学の基礎VI インシリコ創薬支援のための分子シミュレーション活用法 ①
計算生命科学の基礎VI インシリコ創薬支援のための分子シミュレーション活用法 ②
計算生命科学の基礎VI インシリコ創薬支援のための分子シミュレーション活用法 ③
計算生命科学の基礎VI バイオメディカルインフォマティクス概論 ①
計算生命科学の基礎VI バイオメディカルインフォマティクス概論 ②
計算生命科学の基礎VI バイオメディカルインフォマティクス概論 ③
計算生命科学の基礎Ⅴ 分子シミュレーションを活用したインシリコ創薬支援 ①
計算生命科学の基礎Ⅴ 分子シミュレーションを活用したインシリコ創薬支援 ②
計算生命科学の基礎Ⅴ 分子シミュレーションを活用したインシリコ創薬支援 ③
計算生命科学の基礎Ⅳ ゲノミクスからの構造インフォマティクス①
計算生命科学の基礎Ⅳ ゲノミクスからの構造インフォマティクス②
計算生命科学の基礎Ⅳ ゲノミクスからの構造インフォマティクス③
計算生命科学の基礎Ⅳ フラグメント分子軌道法に基づく創薬分子設計の現実と課題①
計算生命科学の基礎Ⅳ フラグメント分子軌道法に基づく創薬分子設計の現実と課題②
計算生命科学の基礎Ⅳ フラグメント分子軌道法に基づく創薬分子設計の現実と課題③
計算生命科学の基礎Ⅳ 分子モデリングおよびシミュレーションを活用したインシリコ創薬支援①
計算生命科学の基礎Ⅳ 分子モデリングおよびシミュレーションを活用したインシリコ創薬支援②
計算生命科学の基礎Ⅳ インフォマティクスとシミュレーションを融合したインシリコスクリーニングと最適化設計①
計算生命科学の基礎Ⅳ インフォマティクスとシミュレーションを融合したインシリコスクリーニングと最適化設計②
計算生命科学の基礎Ⅳ インフォマティクスとシミュレーションを融合したインシリコスクリーニングと最適化設計③
計算生命科学の基礎Ⅲ 創薬における計算生命科学：インフォマティクスとシミュレーションを融合したインシリコスクリーニング①
計算生命科学の基礎Ⅲ 創薬における計算生命科学：インフォマティクスとシミュレーションを融合したインシリコスクリーニング②
計算生命科学の基礎Ⅲ 創薬における計算生命科学：インフォマティクスとシミュレーションを融合したインシリコスクリーニング③
計算生命科学の基礎Ⅲ 分子シミュレーションを活用した創薬支援技術①
計算生命科学の基礎Ⅲ 分子シミュレーションを活用した創薬支援技術②
計算生命科学の基礎Ⅲ 分子シミュレーションを活用した創薬支援技術③
日本薬学会 機関紙 ファルアシア（J-STAGE、フリーダウンロードと認証後ダウンロード別）
日本薬学会 構造活性相関部会 ニュースレター SAR News
低分子創薬の未来、低分子創薬の未来像 〜アカデミアの立場から〜
構造生物学と情報科学をつなぐ Protein Data Bank
日本薬学会 医薬化学部会 MEDCHEM NEWS（J-STAGE）
低分子Kinase 創薬の進展と今後の展望 ～初の低分子Kinase阻害薬の承認から20年が経って～
Protein-Protein Interactionをターゲットとした創薬
クライオEMにおける生体分子構造のモデル評価とモデリング手法
AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから
分子シミュレーション研究会会誌"アンサンブル"（J-STAGE）
構造データと分子シミュレーション技術によるインシリコ創薬支援研究
エネルギー表示法を応用した創薬向け高速蛋白質－低分子結合自由エネルギー計算法
多階層FMO法を使用したタンパク質-薬物間相互作用に関する研究
データベース利用での分子シミュレーション：半シミュレーション的学習法
アカデミア発創薬のためのADMET予測プラットフォームにおける心毒性予測
高分子ダイナミクスに発現する普遍性を応用した原子レベル分子動力学法と粗視化分子動力学法の相互接続
自由エネルギー計算の理論: 創薬応用を実現する定量的予測への挑戦
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(1)計算の利点と分子間力の種類について
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(2)基底関数、電子相関の補正方法の選択
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(3)近似のレベルが飽和炭化水素、水素結合の計算に与える影響
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(4)π/π相互作用の精密計算
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(5)イオンと中性分子の相互作用
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(6)CH/π、NH/π、OH/π相互作用の計算、水素結合の方向依存性
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(7)フルオロカーボンの相互作用
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(8)密度汎関数法、半経験的分子軌道法による相互作用の計算と問題点
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(9)電荷分布の計算方法と静電相互作用の精密計算
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(10)基底関数重ね合わせ誤差(BSSE)とbasis set limitでの相互作用エネルギーの推定方法
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(12)ab initio計算に基づく力場パラメータの決定方法
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(13)入カファイルの作成方法
共溶媒溶液分子シミュレーションによるリガンド結合ポケット探索
日本結晶学会誌（J-STAGE）
Hirshfeld Atom Refinementの概要と実例について
Protein Data Bankで利用するPDBx/mmCIF形式について
どうするタンパク質結晶構造解析 ―生体高分子構造研究におけるX線結晶学―
生物物理（J-STAGE）
脂質膜を考慮した膜タンパク質と化合物の複合体予測シミュレーション
化学と教育（J-STAGE）
化学と生物（J-STAGE）
14-3-3 タンパク質の選択的機能制御 小分子によるタンパク質‒タンパク質間相互作用の安定化
生物工学会誌（J-STAGE）
日本薬理学雑誌（J-STAGE）
新規免疫チェックポイント阻害薬ヒト型抗ヒトPD-1抗体ニボルマブ（オプジーボ®点滴静注20 mg，100 mg）の薬理学的特性および臨床効果
抗悪性腫瘍薬ヒト型抗ヒトCTLA-4モノクローナル抗体イピリムマブ（ヤーボイ®点滴静注液50 mg）の薬理学的特性と臨床効果
単結晶X線構造解析用装置の現状とその応用：XtaLAB Synergyシリーズ
応用物理（J-STAGE）
信州医学雑誌（J-STAGE）
イノベーション・マネジメント（J-STAGE）
バイオテクノロジーを用いた新薬開発のイノベーションプロセス ―なぜ、新薬市場は小規模化するのか―
医療と社会（J-STAGE）
昭和学士会雑誌（J-STAGE）
薬史学雑誌（J-STAGE）
日本の創薬技術と医薬品開発の変遷（1980 ～ 2010）
21 世紀における日本の医薬品開発の変遷（2001～2020）─ケミカルからバイオ，マルチモダリティへの流れ─
微量栄養素研究（J-STAGE）
顕微鏡（J-STAGE）
電子線三次元結晶構造解析 /3D ED/ マイクロ ED の解析例と展望
生命分子動態機能解析システムと組み合わせたクライオEM研究支援
創薬等ライフサイエンス用クライオ電子顕微鏡単粒子解析支援システム
熱測定（J-STAGE）
蛋白質の機能制御を指向した熱測定に基づく低分子リガンド開発に関する研究
有機合成化学協会誌（J-STAGE）
「製薬協メディアフォーラム」を開催 テーマは「最新のがん治療ーがん免疫療法ー」
BEAGLE-HC（多数のリンク有り）
脳梗塞の新薬に「黒カビ」 ノーベル賞有力候補者の愛弟子が発見
血栓溶解を促進する化合物 新たな脳梗塞治療薬の開発を目指して（pdf）
富士フイルム「アビガン錠」開発苦闘16年 「富山の薬売り」のDNAが、エボラから世界を救う
大阪から世界へ 「ポスト・タミフル」のインフルエンザ新薬 塩野義製薬が開発
ニボルマブ–日本の研究が生んだ抗体医薬（pdf）
夢の薬「オプジーボ」はこんなに効く〜皮膚がんに続き、肺がんにも保険適用
がん治療の大革命となるか？ 極貧研究者が生んだ「光免疫療法」とは
アカデミアと企業との連携による創薬を促進するための課題と提言2017（pdf）
創薬研究開発の成功要因に関する研究 -R&Dマネジメント・モデルの導出-（pdf）
タクロリムス（FK506）開発物語（pdf）
ライフサイエンス・ヘルスケア業界未来予想図〜2020年の姿とは？（pdf）
日本を支える創薬イノベーション（pdf）
分子標的治療薬概論（pdf）
がんのターゲットセラピーと創薬〜分子標的がん治療の最近の展開と創薬の可能性について〜（pdf）
抗がん剤の開発における薬効評価モデル系（pdf）
創薬研究の難しさ（pdf）
ゲノム創薬の現状と今後の展望（pdf）
バイオインフォマティクスの現状,問題点および今後の展望（pdf）
医療用医薬品の標的分子の同定と今後の展望（pdf）
プロテオミクスから創薬へ―ケミカルバイオロジーの応用と展開―（pdf）
X線結晶構造解析からStructure‐Based Drug Designへの応用と展開（pdf）
HTSの現状と今後の展望（pdf）
HTSからリード化合物はでるのか?（pdf）
『ビジネスマッチングが世界を変える』 バイオ技術革新の産業化とオープン・イノベーション（pdf）
抗菌薬開発停滞の打破へ向けて（pdf）
ニューキノロンの背景（pdf）
キノロン系抗菌薬ガレノキサシンの開発研究（フルオロキノロンからデスフルオロキノロンへ）（pdf）
オフロキサシン、レボフロキサ シン、シタフロキサシンの誕生（pdf）
緊急寄稿（1）新型コロナウイルス感染症（COVID-19）のウイルス学的特徴と感染様式の考察
緊急寄稿（2）新型コロナウイルス感染症（COVID-19）治療候補薬アビガンの特徴
緊急寄稿（3）新型コロナウイルス感染症（COVID-19）を含むウイルス感染症と抗ウイルス薬の作用の特徴
緊急寄稿 日本の新型コロナ対策は成功したと言えるのか─日本の死亡者数はアジアで2番目に多い
非結合型薬物濃度測定（pdf）
PubChem（構造式検索からCAS番号がわかる）
ナミキ商事株式会社（海外製品の取り扱い）
ChemCupid（構造式検索などから海外製品の検索が可能）
富士フィルム和光純薬株式会社（構造式検索がiPadからでも行える）
和光純薬時報（解説記事と新製品情報）
ChemGrowing（有機&分析化学情報誌）
Organic Square（有機化学情報誌）
Infomatic World（実験化学者のためのIT活用誌）
BIOWINDOW（バイオテクノロジー関連試薬情報誌）
TCI（構造式検索がiPadからでも行える）
TCIメール（解説記事と製品情報）
略語表（pdf）
Ring index（pdf）
主な有機溶剤の物性（pdf）
THE CHEMICAL TIMES（解説記事）
よく解る実験プロトコール（ウェスタンブロッティング・細胞培養・電気泳動）
Sigma-Aldrich（構造式検索がiPadからでも行える）
Aldrich Partner Products : 約27万品目のビルディングブロック
Matrix Scientific（クレカが使用できるようです）
MedChemExpress（生物活性低分子の販売）
Selleckchem（生物活性低分子の販売）
Search for Species Data by Chemical Formula（化合物の物性データ検索サイト）
Database of 4 million ring systems
Database of 4 Million Medicinal Chemistry-Relevant Ring Systems
資料（pdf等）
密度汎関数法, Density Functional Theory (DFT)の基礎第５回
密度汎関数法, Density Functional Theory (DFT)の基礎第６回
4章 密度汎関数法計算の線形スケーリング法線形スケーリング法
生理活性物質の定量的構造活性相関─Hansch‒Fujita法の基礎─（実験技術講座QSAR編第１回）
気をつけよう，統計的有意性とメカニズムの妥当性（実験技術講座QSAR編第２回）
QSARパラメーターとその応用（実験技術講座QSAR編第３回）
農薬科学研究におけるQSARの活用（実験技術講座QSAR編第４回）
エネルギー相関からみたQSAR（実験技術講座QSAR編第５回）
分子科学計算・シミュレーションを用いた自由エネルギー変化の線形表現解析に基づく定量的構造活性相関に関する研究
生態毒性に係る定量的構造活性相関（QSAR）の整備・活用状況
構造解析 、100年ぶりの革新〜「結晶スポンジ」で分子構造解析のボトルネックを解消
結晶構造データベースと結晶学共通データ・フォーマットCIFについて１
結晶構造データベースと結晶学共通データ・フォーマットCIFについて２
数値データの取り扱い ～四捨五入から検出限界まで～ 第一回 データの丸め方と誤差の基礎
数値データの取り扱い ～四捨五入から検出限界まで～ 第二回 平均値，区間推定と棄却検定
AlphaFold2時代の構造解析チュートリアル：Step.0~1 X線結晶構造解析の流れと解析環境の構築
AlphaFold2時代の構造解析チュートリアル：Step.2 回折画像の確認と構造因子の計算
AI創薬入門ウェビナー@Elix
Benchmarking Deployed Generative Models on Elix Discovery
Protein - Ligand Affinity Prediction_Strategizing Data Usage for Virtual Screening
Efficient and Scalable Framework for Activity Prediction with kMol
拡散モデルによる分子デザイン①： 同変グラフ拡散モデルの実装
ChemChat：大規模言語モデルと化学の未来、外部ツールとチャットボットとの融合による可能性
ChemTSv2（github）
Qiita
ChatGPTとPythonで学ぶ 低分子化合物SMILES生成AI：CVAE編
計算化学系ブログ・資料
Structure-based drug designとAccelerated MDによるタンパク質構造探索の方法の紹介
Linux: 2TB以上あるUSBハードディスクを認識させる方法
【find・grep】特定の文字列を含むファイルのリストを取得する方法
Index of /software/gcc/releases/
ChatGPT と Python で学ぶ ケモインフォマティクス入門1
ChatGPT と Python で学ぶ ケモインフォマティクス入門2
Google翻訳とPythonを使ってPDF論文を一発で翻訳する
PDBにおけるPD-1/PD-L1結晶構造をもう少しながめてみる
PDBの落とし穴にはまった話 〜PDBフォーマットの見方編〜
PDBの落とし穴にはまった話 〜非結晶学者が注意すべきこと編〜
HomebrewとAnacondaとRDKitを入れ直した話
ケモインフォマティクスで使われるファイル形式と化合物の描画方法
XYZ形式とZ-マトリックスは分子の立体構造を表す入力フォーマット
化合物データベースChemSpiderをpythonで使いこなす
RDKitでOpen3DALIGNを用いた立体構造の重ね合わせ
OpenBabelを利用するC++プログラムのCMakeによるビルド
RDKitを利用するC++プログラムのCMakeによるビルド
Configuring SSH key-based authentication, NIS and NFS in a Linux computer cluster
RとPythonによるデータサイエンス、バイオ・ケモインフォマティクス入門
GNINA 1.0 (AutoDock Vinaのスコア関数を深層学習で改良した！)のインストール•使い方
OpenMMのインストール：タンパク質分子動力学シミュレーション
EquiBind (深層学習によるタンパク質-リガンドドッキング予測)のインストール•使い方
LabCode（研究で使えるプログラミングを手を動かしながら身につけられる解説サイト）
In silico創薬を勉強し初めて一年、よかった教材、サイト
Try to use new version of REINVENT
OpenMMのインストール：タンパク質分子動力学シミュレーション
OpenMMによる分子動力学計算 ：タンパク質フォールディングシミュレーション
PyMOLによる分子構造の構築 ：タンパク質フォールディングシミュレーション
製薬研究者の為のpythonインストール方法(Anaconda, PyCharm)
Computational Chemistry at Home
ドッキングシミュレーションのやり方【AutoDock vina】
AutoDock のスコアファンクションはどれくらい正確か？CASF-2013 ベンチマーク
70 Best Chemistry Blogs And Websites
Python scripts for calculating Fukui Indexes
Calculating NMR shifts – Short and Long Ways
Error for Gaussian16 .log files and GaussView5
Grimme’s Dispersion DFT-D3 in Gaussian
Quantifying σ-Holes – G09 and MultiWFN
Quick note on WFN(X) files and MP2 calculations
Partial Optimizations with Gaussian09
Computational Organic Chemistry
Archive for the 'NMR' Category
Computational Chemistry Highlights
Simple computational chemistry
Structure-based drug designとAccelerated MDによるタンパク質構造探索の方法の紹介
PD-1/PD-L1タンパクタンパク相互作用阻害剤の特許を調べてみた
テンプレートなしのタンパク質構造予測手法〜CCMPredとRosettaを添えて〜
BioGRIDを使って，タンパク質相互作用の情報をまとめて取得する
統合TV（生命科学分野の有用なデータベースやウェブツールの活用法を動画で紹介）
Simulation in Chemistry & Biochemistry
Macs in Chemistry ~ A site for chemists using Macs in Chemistry
Hugo Kubunyi, Lectures（創薬化学やインシリコ創薬に関する資料多数）
Phil Baran（有機化学に関する資料多数）
Sherrill Group（量子化学計算に関する資料多数）
Eliav Lab（量子化学計算に関する資料多数）
Crystals@Otterbein（結晶学に関する資料多数）
Crystallography（結晶学に関する資料多数）
Growing and Mounting Crystals Your Instrument Will Treasure（低分子化合物の結晶化に関する資料, pdf）
A Hypertext Book of Crystallographic Space Group Diagrams and Tables
How to Grow Single Crystals for X-ray Analysis by Solution Crystallisation（低分子化合物の結晶化に関する資料, pdf）
Crystal Growth Tips（低分子化合物の結晶化）
化学系ブログ・資料
いざ、低温反応！さて、バスはどうする？〜水/メタノール混合系で、どんな温度も自由自在〜
低分子の3次元構造が簡単にわかる！MicroEDによる結晶構造解析
有機合成に活躍する器具5選|第1回「有機合成実験テクニック」(リケラボコラボレーション)
実験でよくある失敗集30選|第2回「有機合成実験テクニック」(リケラボコラボレーション)
使っては・合成してはイケナイ化合物 |第3回「有機合成実験テクニック」(リケラボコラボレーション)
お前はもう死んでいる：不安定な試薬たち|第4回「有機合成実験テクニック」(リケラボコラボレーション)
もう別れよう：化合物を分離・精製する|第5回「有機合成実験テクニック」(リケラボコラボレーション)
果たして作ったモデルはどのくらいよいのだろうか【化学徒の機械学習】
その化合物、信じて大丈夫ですか？ 〜創薬におけるワルいヤツら〜
その構造、使って大丈夫ですか？ 〜創薬におけるアブナいヤツら〜
化学実験操作法 動画資料集（京都大学 全学共通教育 基礎化学実験）
基礎化学実験（東京大学教養学部化学部会）
ガイダンス：実験を始める前に（動画）
基本操作（動画）
Not Voodoo X.4（実験プロトコル集）
CommonOrganicChemistry.com（有機合成プロトコル集）
Growing and Mounting Crystals Your Instrument Will Treasure（低分子化合物の結晶化に関する資料、pdf）
How to Grow Single Crystals for X-ray Analysis by Solution Crystallisation（低分子化合物の結晶化に関する資料、pdf）
Crystal Growth Tips（低分子化合物の結晶化）
Tips and Tricks for the Lab: Growing Crystals Part 1
Tips and Tricks for the Lab: Growing Crystals Part 2
Tips and Tricks for the Lab: Growing Crystals Part 3
ADMET for Medicinal Chemists: A Practical Guide
芳香族 C-H トリフルオロメチル化反応、その他の C-H 官能基化反応
生物学的等価体の例や文献を検索できる SwissBioisostere
ChemDraw を貼った文書の PDF 化トラブルと解決策
MS WORDショートカットや特殊アルファベットの入力法まとめ
分子レベルで見る。薬はなぜ効くの？－創薬化学者と鍵職人－（動画）
科学系ウェブサイト・ブログ・資料
メラノーマに対するPD1阻害抗体の効果をCSFR-1 抗体が促進する
免疫治療に使えるガン抗原の多くは、コーディング領域の突然変異ではなく、ノンコーディング領域の異常転写による
同じメカニズムでもオプジーボとキイトルーダの効果は違うのか？
SARSウイルスの強い炎症に関わるウイルス由来small RNA
抗寄生虫薬イベルメクチンが新型コロナウイルスに効果がある理由
医師たちがつくるオンライン病気事典「MEDLEY（メドレー）」（601名の医師が医療事典を作成するプロジェクト）
Findme（インターネット上で患者さんと医師が出会い、納得できる治療法を検証するプラットフォーム）
検索・辞典
東京大学「Google Scholar活用法」 講習会テキスト
化学書資料館（検索自体は無料だが、内容閲覧のためには要有料会員登録、化学会会員には割引特典）
patentscope（特許検索）
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Quara（Q&Aウェブサイト、無料）
Qiita（プログラミングに関する知識・技術の情報共有サービス）
ChEMBLから全化合物データをダウンロードして分割したsdfファイルをつくる
量子化学計算コードを自作してみた記録 その３ 構造最適化の実装
量子化学計算コード入門 (1): HeH+のHartree-Fock計算
Structure-based drug designとAccelerated MDによるタンパク質構造探索の方法の紹介