有用リンク集
新型コロナウイルス対策
新型コロナウイルスなどの感染リスクを下げるために、日々の免疫力の維持・向上が望まれます。過剰なストレスは免疫力を下げてしまいますので、少しでもストレスを和らげるために、下記のYouTubeリンクにあるような、名曲・名演奏をゆっくり鑑賞されてはいかがでしょうか？
ラフマニノフ ピアノ協奏曲 第2番（ファンホ・メナ指揮、BBCフィルハーモニック、BBCプロムス2013）
リスト「ラ・カンパネラ」（BBCプロムス2013）
ラフマニノフ ピアノ協奏曲 第3番（Domingo Hindoyan指揮、ロイヤル・リヴァプール・フィルハーモニー管弦楽団、BBCプロムス2023）
ショパン ノクターン 第20番「遺作」（1'52"から）
リムスキー・コルサコフ「スペイン奇想曲」
ベートーヴェン ピアノ協奏曲 第5番（p：内田光子）
日本国歌「君が代」斉唱 日本対スコットランド ラグビーワールドカップ2019
ラフマニノフ 交響曲 第2番（ウラディーミル・アシュケナージ指揮、アムステルダム・コンセルトヘボウ管弦楽団）
ブラームス 交響曲 第3番（ジョージ・セル指揮、クリーブランド管弦楽団）
ブルックナー 交響曲 第9番（オイゲン・ヨッフム指揮、ミュンヘン・フィルハーモニー管弦楽団）
ブルックナー 交響曲 第7番（ヘルベルト・フォン・カラヤン指揮、ベルリン・フィルハーモニー管弦楽団）
チャイコフスキー 交響曲 第5番（ベルナルト・ハイティンク指揮、アムステルダム・コンセルトヘボウ管弦楽団）
チャイコフスキー 交響曲 第4番（エフゲニー・ムラヴィンスキー指揮、レニングラード・フィルハーモニー管弦楽団）
シューマン 交響曲 第3番「ライン」（ジョージ・セル指揮、クリーブランド管弦楽団）
シューマン 交響曲 第4番（ジョージ・セル指揮、クリーブランド管弦楽団）
ドヴォルザーク 交響曲 第7番（ジョージ・セル指揮、クリーブランド管弦楽団）
マーラー 交響曲 第9番（クラウディオ・アバド指揮、ルツェルン祝祭管弦楽団）
サン=サーンス 交響曲 第3番「オルガン付」（シャルル・デュトワ指揮、モントリオール交響楽団、東京ライブ）
カリンニコフ 交響曲 第1番（テオドレ・クチャル指揮、ウクライナ国立交響楽団）
カリンニコフ 交響曲 第1番（ネーメ・ヤルヴィ指揮、ロイヤル・スコティッシュ管弦楽団）
メンデルスゾーン 交響曲 第4番「イタリア」（オットー・クレンペラー指揮、フィルハーモニア管弦楽団）
メンデルスゾーン 交響曲 第3番「スコットランド」（オットー・クレンペラー指揮、フィルハーモニア管弦楽団）
プロコフィエフ 交響曲 第1番「古典」（ヘルベルト・フォン・カラヤン指揮、ベルリン・フィルハーモニー管弦楽団）
ホルスト 組曲「惑星」（ジェームズ・レヴァイン指揮、シカゴ交響楽団）
リムスキー=コルサコフ 交響組曲「シェヘラザード」（キリル・コンドラシン指揮、アムステルダム・コンセルトヘボウ）
チャイコフスキー 幻想序曲「ロメオとジュリエット」（ピエール・モントゥー指揮、ロンドン交響楽団）
ガーシュウィン「ラプソディー・イン・ブルー」（レナード・バーンスタインピアノ&指揮、ニューヨーク・フィルハーモニック）
バーンスタイン 「ウェスト・サイド・ストーリー」からシンフォニック・ダンス（レナード・バーンスタイン指揮、ニューヨーク・フィルハーモニック）
バーンスタイン 「ウェスト・サイド・ストーリー」からシンフォニック・ダンス（レナード・バーンスタイン指揮、イスラエル・フィルハーモニー管弦楽団、大阪ライブ）
モーツァルト ピアノ協奏曲 第23番（内田光子、ジェフリー・テイト指揮、イギリス室内管弦楽団）
ブラームス ピアノ協奏曲 第1番（マウリツィオ・ポリーニ、クリスティアン・ティーレマン、シュターツカペレ・ドレスデン）
ベートーヴェン ピアノ協奏曲 第4番（ヴィルヘルム・バックハウス、カール・ベーム、ウィーン交響楽団）
メンデルスゾーン ヴァイオリン協奏曲 第1楽章（庄司紗矢香、クラウス・ワイズ指揮、ビルケント交響楽団）
ブラームス ヴァイオリン協奏曲（アンネ=ゾフィー・ムター、ヘルベルト・フォン・カラヤン指揮、ベルリン・フィルハーモニー管弦楽団）
ブラームス ヴァイオリン協奏曲（ヴィクトリア・ムローヴァ、クラウディオ・アバド指揮、ベルリン・フィルハーモニー管弦楽団、東京ライブ）
シベリウス ヴァイオリン協奏曲（堀米ゆず子、イヴァン・フィッシャー指揮、アムステルダム・コンセルトヘボウ管弦楽団）
モーツァルト フルートとハープのための協奏曲（ジャン＝ピエール・ランパル/リリー・ラスキーヌ、ジャン＝フランソワ・パイヤール指揮、パイヤール室内管弦楽団）
マスカーニ 歌劇「カヴァレリア・ルスティカーナ」から間奏曲（ヴァレリー・ゲルギエフ指揮、ウィーン・フィルハーモニー管弦楽団）
モーツァルト「アヴェ・ヴェルム・コルプス」（レナード・バーンスタイン指揮、バイエルン放送交響楽団&合唱団）
モーツァルト「アヴェ・ヴェルム・コルプス」（ペーター・ロンネフェルト指揮、ウィーン交響楽団、ウィーン・アカデミー室内合唱団）
フォーレ レクイエム（シャルル・デュトワ指揮、モントリオール交響楽団＆合唱団））
フォーレ レクイエム（ロバート・ショウ指揮、アトランタ交響楽団&合唱団）
モーツァルト レクイエム（アルヴィド・ヤンソンス指揮、リトアニア放送交響楽団）
モーツァルト レクイエム（ロバート・ショウ指揮、アトランタ交響楽団&合唱団）
ペルゴレージ「スターバト・マーテル」（クラウディオ・アバド指揮、ロンドン交響楽団）
ペルゴレージ「スターバト・マーテル」（クラウディオ・アバド指揮、ミラノ・スカラ座合奏団）
ワーグナー 楽劇「トリスタンとイゾルデ」から「愛の死」（ジェシー・ノーマン、ヘルベルト・フォン・カラヤン指揮、ウィーン・フィルハーモニー管弦楽団）
リヒャルト・シュトラウス 「4つの最後の歌」（15'29''から「夕映えの中で」、ルチア・ポップ、クラウス・テンシュテット、ロンドン・フィルハーモニー管弦楽団）
ワーグナー ジークフリート牧歌（ヘルベルト・フォン・カラヤン指揮、ウィーン・フィルハーモニー管弦楽団）
グリーグ 組曲「ホルベアの時代より」（SENZOKU GAKUEN college of Music）
バーバー「アニュス・デイ」（ROTTERDAM SYMPHONY CHORUS）
フォーレ パヴァーヌ（ベルリン・フィル12人のチェリストたち）
チャイコフスキー 弦楽六重奏曲「フィレンツェの思い出」（Copenhagen Festival Ensemble）
ボロディン 弦楽四重奏曲 第2番（モスクワ弦楽四重奏団）
ブラームス チェロ・ソナタ 第1番 第1楽章（リン・ハレル、ウラディーミル・アシュケナージ）
ブラームス チェロ・ソナタ 第1番（ミッシャ・マイスキー、パーヴェル・ギリロフ）
ブラームス ヴァイオリン・ソナタ 第3番 第1楽章（ピンカス・ズーカーマン、ダニエル・バレンボイム）
ラフマニノフ ヴォカリーズ チェロ＆ピアノ版（リン・ハレル、ウラディーミル・アシュケナージ）
シューマン「詩人の恋」（ペーター・シュライアー、ノーマン・シェルター）
シューマン「くるみの木」（ディートリヒ・フィッシャー＝ディースカウ、クリストフ・エッシェンバッハ）
薬学教育
薬学教育（学会誌）
リメディアル教育研究（学会誌）
YAKUGAKU ZASSHI（学会誌）
資料（pdf）
必須問題の学習到達度から見える薬剤師国家試の学習戦略@星薬科大学
薬剤師国家試験合否予測モデルを利用した学生の学修状況の把握@第一薬科大学
薬剤師国家試験形式の試験成績の統計的分析によるグループ化および合否に影響する科目の検討@武蔵野大学
卒業延期生の学習状況の実態調査と支援方法の検討@北海道薬科大学
薬学部初年次数学系専門基礎科目と連動した少人数制補完教育の実践とその評価@兵庫医療大学
サポートベクターマシンに基づく試験合否予測モデルの構築@第一薬科大学
高等学校における教育改革の動向@京都大学
0からのリメディアル教育@近畿大学
医療系分野におけるリメディアル教育の必要性，およびその問題点@東邦大学
神戸薬科大学におけるリメディアル教育の試みとその評価@神戸薬科大学
東北薬科大学における新入生に対する化学の計算力向上の取り組み@東北医科薬科大学
新入生の化学の基礎学力向上を目的とした追跡調査@東北医科薬科大学
医療系専門学校におけるリメディアル教育の実践@札幌医学技術福祉歯科専門学校
サイバーキャンパスを利用した薬学アーカイブス学習@明治薬科大学
薬学部での教学IRの試み1@福山大学
薬学部での教学IRの試み2@名城大学
大学におけるインスティチューショナル・リサーチ （IR） に関する論点の整理@愛媛大学
薬学教育の枠組みを「知る」ことからFD活動を考える@松山大学
FDワークショップの振り返りからみえてきたこと@愛知学院大学
薬学部に求められるFD活動@帝京大学
大阪薬科大学におけるFD活動の新しい取り組み@大阪医科薬科大学
平成28年度第三者評価の結果と薬学教育の今後のあり方@大阪大学
薬学教育のあり方ー第三者評価における評価基準に照らして@大阪大学
学習心理学を取り入れた薬学講義の実例報告@東北医科薬科大学
withコロナ下におけるオープンソースを活用した有機化学および 医薬品化学遠隔授業の試み@兵庫医療大学
平成30年度 「教育の質向上プロジェクト」 成果報告書@名城大学
6年制薬学教育課程の卒業生を対象とした薬剤師として求められる基本的な資質の習得度に関する意識調査@大谷大学
現場薬剤師の薬剤師国家試験実務関連問題に対する意識と評価@メディセレ、東京大学、慶応大学
GitHub（オープンソースのプログラムを入手できる）
☆AI創薬
☆GitHub上にあるプログラムのまとめ
Awesome De novo Drug Design Papers
Survey of Artificial Intelligence in Drug Discovery
Artificial intelligence in drug discovery: applications and techniques
List of molecular design (molecular conformation generation) using Generative AI and Deep Learning
A Systematic Survey in Geometric Deep Learning for Structure-based Drug Design
Awesome Small Molecule Machine Learning
☆ケモインフォマティクスツール
Open Babel Documentation（Jul 14, 2023）
☆相互作用解析
PLIP 2021: expanding the scope of the protein–ligand interaction profiler to DNA and RNA
BINANA: A novel algorithm for ligand-binding characterization
BINANA 2: Characterizing Receptor/Ligand Interactions in Python and JavaScript
☆分子ドッキング, スコアリング関数, ユーティリティ
Fast, Accurate, and Reliable Molecular Docking with QuickVina 2
RDPSOVina: the random drift particle swarm optimization for protein–ligand docking
FWAVina: A novel optimization algorithm for protein-ligand docking based on the fireworks algorithm
Lessons Learned in Empirical Scoring with smina from the CSAR 2011Benchmarking Exercise
GNINA 1.0: Molecular docking with deep learning
GNINA 1.0 (AutoDock Vinaのスコア関数を深層学習で改良した！）のインストール•使い方
rDock: A Fast, Versatile and Open Source Program for Docking Ligands to Proteins and Nucleic Acids
MCCS, a scoring function-based characterization method for protein-ligand binding
Uni-Dock: GPU-Accelerated Docking Enables Ultralarge Virtual Screening
DiffDock: Diffusion Steps, Twists, and Turns for Molecular Docking
MSLDOCK: Multi-Swarm Optimization for Flexible Ligand Docking and Virtual Screening
DSDP: A Blind Docking Strategy Accelerated by GPUs
DockingPie: a consensus docking plugin for PyMOL
Streamlining Large Chemical Library Docking with Artificial Intelligence: the PyRMD2Dock Approach
dockECR: Open consensus docking and ranking protocol for virtual screening of small molecules
ChemFlow_py: a flexible toolkit for docking and rescoring
ATPdock: a template-based method for ATP-specific protein–ligand docking
Waterdock 2.0: Water placement prediction for Holo-structures with a pymol plugin
EquiBind: Geometric Deep Learning for Drug Binding Structure Prediction
EquiBind (深層学習によるタンパク質-リガンドドッキング予測)のインストール•使い方
機械学習によるタンパク質・リガンドドッキング手法を試してみる
PLANTAIN: Diffusion-inspired Pose Score Minimization for Fast and Accurate Molecular Docking
OnionNet-SFCT: a machine learning based scoring function correction term
dockECR: Open consensus docking and ranking protocol for virtual screening of small molecules
DockingPie: a consensus docking plugin for PyMOL
LigGrep: a tool for filtering docked poses to improve virtual-screening hit rates
☆リガンドポケット探索
Protein pocket detection via convex hull surface evolution and associated Reeb graph
☆pKa 計算
PROPKA3: Heuristic pKa prediction
☆配座発生
Torsional Diffusion for Molecular Conformer Generation
Automated Exploration of the low-energy Chemical Space with fast Quantum Chemical Methods
Welcome to Auto3D’s documentation
Tora3D: an autoregressive torsion angle prediction model for molecular 3D conformation generation
Infinite Physical Monkey: Do Deep Learning Methods Really Perform Better in Conformation Generation?
FullMonte: Fast Monte Carlo Light Simulator
Conformer-RL: A deep reinforcement learning library for conformer generation
An End-to-End Framework for Molecular Conformation Generation via Bilevel Programming
ConfBuster: Open-Source Tools for Macrocycle Conformational Search and Analysis
pyPept: a python library to generate atomistic 2D and 3D representations of peptides
☆小分子水素原子付加
☆原子電荷計算
Atomic Charge Calculator II: web-based tool for the calculation of partial atomic charges
☆小分子アライメント
sensaas: Shape-based Alignment by Registration of Colored Point-based Surfaces
ReFlex3D: Refined Flexible Alignment of Molecules Using Shape and Electrostatics
☆RMSD計算
spyrmsd: symmetry-corrected RMSD calculations in Python
aRMSD: A Comprehensive Tool for Structural Analysis
pyRMSD: a Python package for efficient pairwise RMSD matrix calculation and handling
☆ドラッグデザイン
TeachOpenCADD
☆De novo molecular generation
Structure-based Drug Design with Equivariant Diffusion Models
An open-source molecular builder and free energy preparation workflow
Pocket2Mol: Efficient Molecular Sampling Based on 3D Protein Pockets
Equivariant Shape-Conditioned Generation of 3D Molecules for Ligand-Based Drug Design
A pharmacophore-guided deep learning approach for bioactive molecular generation
DrugEx: Deep Learning Models and Tools for Exploration of Drug-Like Chemical Space
Systemic evolutionary chemical space exploration for drug discovery
☆Fragment-growing
DeepFrag: a deep convolutional neural network for fragment-based lead optimization
FragPELE: Dynamic ligand growing within a binding site. A novel tool for hit-to-lead Drug Design
☆Fragment-linking
Deep Generative Models for 3D Linker Design
SyntaLinker: automatic fragment linking with deep conditional transformer neural networks
Fragment Merging Using a Graph Database Samples Different Catalogue Space than Similarity Search
Equivariant 3D-Conditional Diffusion Models for Molecular Linker Design
An E (3) Equivariant Variational Autoencoder for Molecular Linker Design
☆Scaffold Hopping
Scaffold-Hopping from Synthetic Drugs by Holistic Molecular Representation
DiffHopp: A Graph Diffusion Model for Novel Drug Design via Scaffold Hopping
REINVENT4: Modern AI–Driven Generative Molecule Design
GATNN-VS
Improved Scaffold Hopping in Ligand-Based Virtual Screening Using Neural Representation Learning
Deep Scaffold Hopping with Multi-modal Transformer Neural Networks
☆Pharmacophore
☆smiles処理＆編集
STOUT V2.0 - Smiles TO iUpac Translator Version 2.0
STOUT: SMILES to IUPAC names using neural machine translation
☆量子化学計算 & 解析
☆分子動力学シミュレーションセットアップ & 結合自由エネルギー解析
AmberMDrun: A Scripting Tool for Running Amber MD in an Easy Way
MDTraj: A Modern Open Library for the Analysis of Molecular Dynamics Trajectories
VIAMD: a Software for Visual Interactive Analysis of Molecular Dynamics
WEBサーバ・データベース
UniProt（タンパク質の配列や機能情報を探索できるサーバー）
AlphaFold Protein Structure Database（AIで生成されたタンパク質の高精度立体構造データベース）
RCSB Protein Data Bank（タンパク質などの実験的に決定された立体構造のデータベース）
PDBj（日本蛋白質構造データバンク）
MOL PROBITY（PDBデータに水素付加を施すサーバー）
VLS3D.com（インシリコ創薬用ソフトウェアの網羅的リンク集）
Click2Drug（コンピュータ支援によるドラッグデザインのソフトウェアやサーバーのリンク集）
GitHub（ソースコードの共有・管理サービス、オープンソースのプログラムを入手できる）
Crystallography Open Database（オープンアクセスの低分子結晶構造データベース、論文）
Crystal Structure Search（化学構造や組成式により結晶構造を検索できる）
Snapshot of the Crystallography Open Database（ダウンロードしたファイルをDataWarriorで開くとCODに登録された結晶構造を2D, 3Dで知ることができる。化学構造等で検索し、COD IDが分かったらCODにてIDでサーチすればcifを入手できる）
printCIF（cifファイルをアップロードすると結晶学的パラメータの一覧と立体構造が表示される）
MolView（化学構造の2D描画→3D変換→表示、保存も可能、データベース検索、生体高分子の表示等）
オンライン構造式エディタ・3D分子モデリングツールMolViewで遊ぼう
POLYVIEW-3D（タンパク質の立体構造の可視化と画像を生成するサーバー）
Molinspiration（低分子の物性予測）
OSIRIS Property Explorer（低分子のADMETox&物性予測）
vNN-ADMET（低分子のADMEToxの予測）
eMolTox（低分子のToxicityの予測）
Lipophilicity/Aqueous Solubility Calculation（低分子の物性予測）
ChemDes（分子記述子やフィンガープリントを生成できるサーバ、論文）
ChemCONV(様々なファイル形式から単一のファイル形式に変換するサーバ)
Online chemical database（低分子のADMETox&物性予測）
pkCSM（低分子化合物のファーマコキネティクスの予測を行うサーバ、論文）
IC50 Tool Kit（カーブフィッティングによりIC50やEC50を計算するサーバ）
PASS online（4000種類もの生物活性を予測するサーバー、要登録、有料版有り）
E-Dragon（分子記述子の計算、3D分子をアップロードする）
WebQC（化学ポータルサイト）
Molecular formats converter（3D化学構造ファイル形式の変換を行える）
Molar Mass, Molecular Weight and Elemental Composition Calculator（分子量の計算）
pH Calculator（水溶液のpHの計算）
SolyPep（5〜15残基の水溶性のペプチド配列の3D構造を生成するサーバ）
PEP-FOLD3（5〜50残基のペプチド配列の3D構造を生成するサーバ、論文）
CycloPsWeb(環状ペプチドや線形ペプチドの構造を生成するサーバー、ソースコードもある)
Download（github）
AggregatorAdvisor（低分子の凝集・会合を予測）
SuperCYP（シトクロムP450のデータベース）
BioTransformer 3.0（低分子の代謝の予測と代謝物の同定、Javaソースコードもある、論文）
Wikipedia chemical structure explorer（Wikipedia収載の化学物質を化学構造で検索，論文）
ChemDataExtractor（文献から化学情報を抽出するサーバー）
DrugBank online（医薬品データベース、化学構造で検索可，論文）
ChemSpider（低分子データベース、化学構造で検索可）
ChEMBL（生物活性低分子のデータベース、化学構造で検索可）
ZINC（ヴァーチャルスクリーニング用低分子データベース、化学構造で検索可）
e-LEA3D: ChemInformatic Tools and Databases（FDAで認可された化合物のデータベースやケムインフォマティクスツール等、論文）
DrugCentral 2023
List of FDA-approved drugs and CNS drugs with SMILES
CH-NMR-NP（天然物NMRデータベース、要ユーザー登録）
操作説明書（pdf）
DisProt（タンパク質の不規則領域のデータベース）
BRENDA（酵素とその阻害剤等のデータベース）
PDBj（タンパク質立体構造データベース）
ENDscript 2.0（一次構造から四次構造まで詳細な解析を行うサーバ）
ANCHOR（タンパク質-タンパク質複合体のデータベース）
kinase.com（キナーゼに関するデータベース）
Chemical Components in the PDB（PDBに登録されているリガンドのデータベース）
PatternQuery（PDBから原子パターンを見つけるサーバ）
SwissDock（分子ドッキングサーバー）
DOCK Blaster（構造基盤ヴァーチャルスクリーニングサーバー）
DINC 2.0（配座を多数含むリガンド用の分子ドッキングサーバー、小分子でも問題ない、AutoDockを改良して使用している）
MTiOpenScreen（分子ドッキング＆構造基盤ヴァーチャルスクリーニングサーバー、AutoDockとAutoDock Vinaを使用している）
1-Click Docking（分子ドッキングサーバー、AutoDock Vinaを使用している、50回/月までフリー）
PEP-SiteFinder（タンパク質表面上のペプチド結合部位の予測、論文）
ROSIE（タンパク質-ペプチド、タンパク質-タンパク質用ドッキングサーバー）
CABS-dock（タンパク質-ペプチド用ドッキングサーバー）
New CABS-dock method enables protein-peptide docking without prior knowledge of the binding site（ブログ記事）
GalaxyPepDock（タンパク質-ペプチド用ドッキングサーバー）
PIPER-FlexPepDock（タンパク質-ペプチド用ドッキングサーバー）
pepATTRACT 2.0（タンパク質-ペプチド用ドッキングサーバー）
HPEPDOCK 2.0（タンパク質-ペプチド用ドッキングサーバー）
Protein-Ligand Interaction Profiler (PLIP)（タンパク質−リガンド間の水素結合や疎水性相互作用の解析を行うサーバー、スタンドアローン版もある）
plip（GitHub）
Screening Explorer（ヴァーチャルスクリーニングの結果を解析するサーバー）
ROCKER（ヴァーチャルスクリーニングの結果のROC解析を行うサーバー）
CSM-lig（小分子リガンドの結合親和性を予測するサーバー、使い方）
IonCom（イオンの結合部位を予測するサーバー）
MIB2 : Metal Ion-Binding site prediction and modeling server（金属結合部位を予測するサーバー）
CheckMyMetal（金属結合部位を検証するサーバー）
ZINCPharmer（ファーマコフォアを探索するサーバー、論文）
Pharmit（構造基盤ファーマコフォアサーチサーバー、論文）
SwissSimilarity （Ligand similarity search サーバー）
wwLig-CSRre（Ligand similarity search サーバー）
USR-VS（Ligand similarity search サーバー、使い方）
AURAmol（molecular similarity search サーバー）
LS-align（分子アライメントを行うサーバ）
1-Click Scaffold Hop（スキャフォールドホッピングを行えるサーバー）
SwissTargetPrediction（低分子化合物の標的タンパク質を同定するサーバー）
SuperPred（低分子化合物の標的タンパク質を同定するサーバー）
SEA（低分子化合物の標的タンパク質を同定するサーバー）
idTarget（ドッキングアプローチにより低分子化合物の標的タンパク質を同定するサーバー）
ProteinsPlus（PDBデータの水素付加、リガンド結合部位の検出、2D相互作用マップの生成、タンパク質-タンパク質相互作用の分類、構造のクオリティチェック、タンパク質−リガンド構造プロファイリング等。リガンドや水分子にも上手く水素付加してくれる）
PDB2PQR Server（PDBデータの水素付加や静電ポテンシャルの計算等）
APBS & PDB2PQR: Electrostatic and solvation properties from complex molecules
PyMOL > Electrostatic potential
Electrostatic Potential Surfaces with PyMOL
PyMOL-electrostaic surface view
AtomicChargeCalculator（EEM法による迅速な電荷計算を行うサーバ、AutoDock 4等に有効）
Compute pI/Mw（タンパク質のpIと分子量計算）
Protein isoelectric point calculator（タンパク質のpIの計算）
PockDrug（タンパク質立体構造におけるポケット探索とそのドラッガビリティの予測、論文）
fpocket（タンパク質立体構造におけるポケット探索）
COACH（タンパク質立体構造におけるリガンド結合部位探索）
CASTp（タンパク質立体構造におけるポケット探索と、体積や表面積の計算を行う）
CASTp Data（CASTpで得られたデータをUCSF Chimeraで可視化・解析する方法が記述されている）
ProtWeb（タンパク質のアミノ酸配列から記述子を計算するサーバ、スタンドアローン版もある）
protr（GitHub）
CCharPPI（タンパク質-タンパク質の立体構造の相互作用解析を行うサーバ）
Reference
SLTCAP（分子動力学シミュレーションで必要な対イオンの数を計算するサーバ）
MDWeb（AMBER等の入力ファイルの作成や計算後の解析を行えるサーバー、無料、論文）
Manual (pdf)
tutorial (pdf)
Protein-Sol（タンパク質の溶解度を予測するサーバー、論文）
CamSol（タンパク質の溶解度を予測するサーバー）
SERp（結晶化向上のための変異導入部位を予測するサーバー）
CRYSTALP2（タンパク質の結晶性を予測するサーバー）
SSPF Crystallisation Propensity Predictors（タンパク質の結晶性を予測するサーバー）
PPCpred（タンパク質の産生、精製、結晶化を予測するサーバー）
Anticancer molecular libraries（抗癌剤の分子ライブラリ）
MedChemExpress（医薬品の購入）
OS、ソフトウェア、アプリケーション、プログラム
Ubuntu 20.04 のインストール（YouTube）
Ubuntu 20.04 の最低限の設定（YouTube）
Ubuntu のセットアップ（Ubuntu のインストールと設定，アプリケーションソフトウェアのインストール及び設定手順）
PCをプロキシにしてオフライン環境のサーバーでapt-getする
Proxy環境下で「apt update」ができないときのメモ
Installing Ganglia on UBUNTU for monitoring
How to Install Ganglia Monitoring Server on Ubuntu 18.04
gangliaをubuntu14.04にinstallする方法
gcc 9 のインストール（ソースコードを使用）（Ubuntu 上）
MateriApps（物質科学シミュレーションのポータルサイト）
Open Source Molecular Modeling
Gaussian入門@HPCシステムズ
Gaussian Inc. Japanese（YouTubeチャンネル）
マシンに最適な Gaussian16 をインストールする手順
How to install Gaussian 16 on Linux, ubuntu and CentOS
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その1－（pdf）
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その2－（pdf）
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その3－（pdf）
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その4－（pdf）
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その5－（pdf）
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その6－（pdf）
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その7－（pdf）
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その8－（pdf）
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その9－（pdf）
分子軌道法計算プログラムGaussian 03 －その10－（pdf）
Gaussian09ユーザーマニュアル（pdf）
Gaussian ユーティリティ（ユーティリティプログラムについての解説）
formchk（チェックポイントファイルのデータを，可視化ソフト向けにフォーマット型データに変換する）
cubegen（フォーマット型チェックポイントファイルのデータからcubeを生成する
Gaussian 16@HPCシステムズ
Gaussian 09からGaussian16への変化点@HPCシステムズ
Interfacing to Gaussian 16（出力結果の解析用のスクリプト群）
Gaussianの使用法（pdf）
Density Functional (DFT) Methods
Gaussian 可視化のためのチュートリアル（GaussView 3.09）
Remembering General Chemistry 15: Electrostatic Potential Maps（動画）
Viewing Electrostatic Potential, HOMO and LUMO with GaussView - With sample in Description（動画）
Example of Thermochemistry Calculation in Gaussian 09（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial: NMR（動画）
The Absolute Beginners Guide to Gaussian
Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods
Gaussian, Inc. Outside US Academic Price List（pdf）
Constants and Conversion Units
Quick Tutorial on Natural Bond Order 3 Calculations Within Gaussian 09（pdf）
Analyzing Natural Bond Orbitals (NBO) results from Gaussian ’03 & ’09
Natural Bond Orbitals (NBO) visualization
CHESHIRE, Chemical Shift Repository for computed NMR scaling factors
Quantum-Chemical Simulation of 1H NMR Spectra（pdf）
Calculating NMR proton-proton coupling constants
Download@github
winmostar（動画）
How do I visualize Molecular Orbitals using Jmol?
Pre-Compiled Binary of MOPAC 7 for Linux
Winmostar（分子軌道計算用GUI、学生実習で使用中、Mac版は無い、アカデミックフリーウェア）
Winmostarを用いた計算化学実験（doc）
チュートリアル集（動画）
Winmopac7.21（Windows上で走るフリーのMOPAC7）
Facio（Gaussian, GAMESS, MOPAC等のためのGUI, Mac版有り、フリーダウンロード）
量子化学計算プログラムGaussianおよびGAMESSのためのプリ・ポストプロセッサー : Facio（pdf）
GAMESS版フラッグメントMO法計算のためのGUIの開発（pdf）
PC GAMESSのための新しい計算化学統合環境Facioの開発（pdf）
Molby（Gaussian, GAMESS, MOPAC, AMBER, NAMD等のためのGUI, Mac版有り、フリーダウンロード）
Molekel（Gaussianの計算結果の可視化のためのGUI、Mac版（ver.5.x）有り、フリーダウンロード）
【忘備録】Molekelを用いた静電ポテンシャルマップの作成
Visualising orbitals and density with Molekel
Molekel - electron density and shaders（動画）
Mapa de Potencial Eletrostático no Molekel（ver4.3、動画）
CYLview（Gaussianの計算結果の可視化のためのGUI、Mac版有り、パスに日本語名のディレクトリがあるとファイルを開けません、フリーダウンロード）
Gabedit（Gaussian等の計算結果の可視化のためのGUI、Mac版はHomebrewでインストール可能、無料）
Install gabedit on Mac OS X（Homebrewでインストールした後、.bashrcにてaliasを作成したほうがいいです）
molsimplify（金属錯体用の分子ビルダー、CUIとGUIがある、フリーウェア）
Installing molSimplify（インストール法等が記載されている）
Multiwfn（Gaussian等量子化学計算後の多様な解析ができるGUI付きプログラム、Mac版有り、フリーダウンロード）
manual（ver 3.8 dev版, pdf）
manual（ver 3.7, pdf）
manual（ver 3.7 β版, pdf）
manual（ver 3.6, pdf）
manual（ver 3.5, pdf）
GaussSum 3.0（量子化学計算結果の解析のためのGUI、無償）
Installation（Linux版とWindows版がある）
SpecDis（ECD/UV/ORD/IR/VCDの計算結果の解析と実験データとの比較をを行えるプログラム、ORCA, Gaussian, NWChem, ADF, DALTONの出力ファイルを扱える、gnuplotを必要とする、Mac版は無い、無償）
Manual（pdf）
CDSpecTech（ECD/UV/ROA/ORD/VCDの計算結果の解析と実験データとの比較をを行えるプログラム、Gaussian 09の出力ファイルを扱う、Mac版は無い、無償）
PyVib2（IR/Raman/VCD等の振動計算の解析を行うpythonプログラム、無償）
tools-for-g16.bash（Gaussianの出力結果の解析を行うシェルスクリプト、無償）
pygauss（Gaussianの出力結果の解析を行うpythonプログラム、無償）
orbkit（Gaussian等の出力結果の解析を行うpythonプログラム、無償）
CODES（Gaussian等の出力結果の解析を行うpythonプログラム集、無償）
gaussian-tools（Gaussian09の出力結果の解析を行うpythonプログラム、無償）
QMForge（Gaussian、GAMESS等の出力結果解析用のGUI、Mac版有り、$25）
Chemissian（Gaussian、GAMESS等の出力結果解析用のGUI、Windows版のみ、アカデミック1ユーザーで$150）
ChemCraft（Gaussian、GAMESS等の出力結果解析用のGUI、Mac版は無い、有償）
Bader Charge Analysis（AIMのプログラム、Gaussian cubeファイルを利用できる、Mac版有り、無償）
GaussianEditing（Gaussian16のlogファイルをGaussView5で正常に開くようにするための編集用シェルスクリプト、無償）
SPARTAN（分子モデリングと量子化学計算等を行えるソフトウェア、GUIがある、半経験的分子軌道法を用いた配座解析やNMRの化学シフトの高精度な予測もできる、Linux, Mac, Windows版がある、買うならParallel Suiteを）
NCIPLOT（非共有結合性相互作用解析プログラム、Linux上で要コンパイル、無償）
manual（pdf）
myPresto（医薬品開発に特化した国産の分子シミュレーションシステム、Linux OS上で動作、無償）
USER MANUAL（pdf）
MF myPresto（myPresto用GUI、年間ライセンス）
MolDesk（myPresto用GUI、BasicとScreeningがある、永年あるいは年間ライセンス）
MolDeskのチュートリアル集（動画）
創薬の効率を飛躍的に高めた化合物スクリーニング計算（pdf）
計算機によるタンパク質–薬物複合体予測（pdf）
化合物データベースの利用法（pdf）
AMBER（分子動力学シミュレーション・自由エネルギー計算等、チュートリアルが充実、アカデミック・非商用は無償）
CUDA incompatible with my gcc version（cudaとgccのバージョンのマッチング表が掲載してある）
Compiling and Installing Amber 22（pmemd.cudaをコンパイルできたgccとcudaのバージョンを確認できる）
AMBER22@計算科学研究センター（pmemd.cudaをコンパイルできたgccとcudaのバージョンを確認できる）
AMBER22@Georgia Advanced Computing Resource Center（pmemd.cudaをコンパイルできたgccとcudaのバージョンを確認できる）
PMEMD runs on many models of NVIDIA GPUs（pmemd.cudaをコンパイルできたgccとcudaのバージョンを確認できる）
Amber22 benchmarks@NIH（pmemd.cudaをコンパイルできたgccとcudaのバージョンを確認できる）
NVIDIA GPU Benchmarks AMBER 22@EXXACT
構造最適化と分子動力学計算（気相中）（pdf）
A road to AMBER Simulations ∼ CentOS 6.2 on Mac OS X ∼（SlideShare）
Introduction to Nucleic Acids simulations
Introduction to Principal Component Analysis
Hydrogen bond analysis with CPPTRAJ
AMBER parameter database
TUTORIAL A20: Metal Ion Modeling Tutorial
AmberTools 16を使ってMD simulationをしてみよう（その1）
AmberTools 16を使ってMD simulationをしてみよう（その2）
AmberToolsのLEaPで任意のサイズの周期境界ボックスに蛋白質を配置する方法
溶媒配置ソフトウェアSolvate 1.0をMac OS Xにインストール
antechamberを使ったMD用小分子化合物の電荷パラメータの作り方
結合自由エネルギー変化の計算をする：AmberToolsとMM-PBSAを使った方法
AMBER GPU Molecular Dynamics Workflow Tool and Tutorial
Small Molecule Dihedrals Parametrization
Zinc protein simulations using the cationic dummy atom approach
Gaussian Accelerated Molecular Dynamics (GaMD)
GROMACS （分子動力学シミュレーション・自由エネルギー計算等、フリーウェア）
Introductory tutorial for gromacs
GROMACS Protein Ligand Complex Simulations
MDシミュレーションのチュートリアル〜PDB: 1LKEの場合〜
GROMACS Introductory Tutorial（pdf）
GROMACS実習（pdf）
GROMACS TUTORIAL: Your first Simulation Made Easy!（動画）
Gromacs Tutorial 1: Lysozyme in Water（動画）
Molecular Dynamics Siumlations with Gromacs（動画）
GROMACS実習（pdf）
Winmostar用 Linux サーバー版 Gromacs インストールマニュアル（pdf）
Winmostar - Gromacs Tutorial 1 Gromacs基礎編（pdf）
Winmostar -Gromacs Tutorial 2 タンパク系（pdf）
Winmostar -Gromacs Tutorial 3 溶媒和自由エネルギー編（pdf）
Winmostar -Gromacs Tutorial 4 混合溶媒系（pdf）
Winmostar -Gromacs Tutorial 5 タンパク-リガンド系（pdf）
Winmostar -Gromacs Tutorial 6 RESP電荷を用いたモデリング（pdf）
Winmostar Gromacs Interface Tutorial1a（動画）
Winmostar Gromacs Interface Tutorial1b（動画）
GROMACSと連携ソフトウエアによる分子動力学計算 updated
pmx（変異を入れた入力ファイルを生成するサーバー）
膜タンパク質のモデリング (CHARMM-GUI, Amber Lipid14 force field)
PACKMOL（溶媒分子構造作成プログラム、要登録、無償）
PACKMOL（開発者の原著、pdf）
pyMDMix（タンパク質のドラッガビリティ等を水/有機溶媒系でMDを行うことで予測するpythonユーティリティパッケージ、無償）
AutoDock（分子ドッキング、フレキシブルレセプター計算が可能、金属タンパク質が扱える、Mac版有り、フリーウェア）
AutoDock使用マニュアル（pdf）
Where do I set the AutoDock 4 force field parameters?（使用できる元素の力場パラメーター表）
AutoDock 4.2 & MGLTools on Mac OS X（SlideShare）
AutoDock 4 for Beginners | Molecular Docking Tutorial | Publication to Installation (GUI)（動画）
AutoDock（動画）
Molecular docking, estimating free energies of binding, and AutoDock's semi-empirical force field
AutoDockCuda（AutoDock4.2.6のNVIDIA CUDAヴァージョン、要コンパイル）
Fastgrid（AutoGridのNVIDIA CUDAヴァージョン、要コンパイル）
AutoDockZn（亜鉛タンパク質に特化したAutoDock4用の分子力場パラメーターファイル、フリーウェア、論文）
AutoDockFR（分子ドッキング、フレキシブルレセプター計算が可能、Mac版有り、フリーウェア、論文）
AutoDock Vina（分子ドッキング、フレキシブルレセプター計算が可能、マルチコアCPUで高速計算、Mac版有り、フリーウェア）
AutoDock Vinaの使い方（SlideShare）
複合体構造モデリング（AutoDock Vinaの使用法等を記述している）（pdf）
Molecular Docking using AutoDock Vina and UCSF Chimera（動画）
How to Study Protein-Ligand Interaction through Molecular Docking（pdf）
AutoDock Vina & MGLTools on Mac OS X 10.6（SlideShare）
AutoDock Vina Video Tutorial（動画）
Autodock Vina video tutorial （動画）
Tutorial: site specific docking using auto dock vina.（動画）
Autodock/Vina plugin for PyMOL（AutoDock Vina用プラグイン、論文）
Docking box size（Vinaで使用する最適なボックスサイズを計算してくれるPerlスクリプト、論文）
MPI-Vina（MPIを使用し、マルチノードでVinaを実行できる、無償、論文）
Supporting Information（インストール方法が記述してあるdocxファイル）
VinaLC（MPIを使用し、マルチノードでVinaを実行できる、要コンパイル、無償）
Smina（AutoDock Vinaを改良した分子ドッキングプログラム、無償）
Download（Mac版 smina.osxとLinux版 smina.staticがある）
Ligand docking with Smina（ブログ記事）
Machine Learning optimization of Smina cross docking accuracy（ブログ記事）
Vinardo（Sminaに含まれる改良スコアリング）
QuickVina 2（AutoDock Vinaの派生プログラム、論文。Vinaと比較しQuickVina 2の実行時間は半分以下になります（PDB_id:1iepの場合）。）
Download（Linux版）
Vina4dv（AutoDock Vinaの派生プログラム、GitHub）
Download（Linux版）
Download（Mac版）
PSOVina2LS（AutoDock Vinaの派生プログラム、アカデミックフリーウェア）
Download（Linux版）
Download（Mac版）
AutoDock VinaXB（分子ドッキングのスコアリングにハロゲン結合を取り入れたAutoDock Vinaの派生プログラム、論文）
Download（GitHub）
Autodock VinaSH（分子ドッキングのスコアリングにσホールを取り入れたAutoDock Vinaの派生プログラム、論文）
GWOVina: A grey wolf optimization approach to rigid and flexible receptor docking
AutoDockTools（AutoDockとAutoDock Vina用のGUI、Mac版有り、アカデミックフリーウェア）
Tips, Tricks, and Tutorials for Python Molecular Viewer
PyRx（AutoDock、AutoDock Vina、ヴァーチャルスクリーニング用のGUI、Mac版、無料版と有料版有り）
Protein-Ligand Docking with PyRx（pdf）
Comparing Virtual Screening with Bioassays Using PyRx（pdf）
Docking with PyRx-Vina using Sample Test Compound（動画）
PyRx Screencast - Open Babel（動画）
Tutorial of PyRx software for Virtual Screening（動画）
AUDocker LE（AutoDock Vina用のGUI、フリーウェア、論文）
Manual（pdf）
POAP（OpenBabelとAutoDock4やAutoDockを用いたヴァーチャルスクリーニング用Bashスクリプト、無償）
Download（GitHub）
Manual（pdf）
GOLD（分子ドッキング、フレキシブルレセプター計算が可能、金属タンパク質が扱える、GUI付き、Mac版は無い、有料）
Intro to: GOLD（動画）
rDock（分子ドッキングプログラム、CUIで使用、フリーウェア）
Test drivin' rDock（ブログ記事）
Cross docking test with rDock（ブログ記事）
LeDock（分子ドッキングプログラム、Mac版はGUIとCUIが有る、CentOS6ではglibcヴァージョンの不適合のため走りません。フリーウェア）
User Guide（pdf）
Virtual screening（pdf）
ADplugin（AutoDock, AutoDock Vina用のPyMOLプラグイン、無償）
GetBox（AutoDock, AutoDock Vina, LeDock用のドッキングボックスを計算するためのPyMOLプラグイン、無償）
CaverDock（トンネルやチャンネル構造を持つタンパク質用の分子ドッキングプログラム、Ubuntu版のみ、無償、論文）
WaterDock（AutoDock Vinaを利用してタンパク質表面上での水分子の位置の予測を行う、無償、論文1、2）
ChemAxon（化学情報プラットフォーム、Mac版有り、アカデミックフリーウェア）
ChemAxon's Marvin JS - chemical drawing component for the web（動画）
MarvinSpace（3Dビューアー、小分子リガンドのアライメントもできるようです）
ChemDraw（化学構造式描画，有料）
ChemDraw の使い方【作図編④: 反応機構 (前編)】
ChemDrawの使い方【作図編⑤ : 反応機構 (後編)】
ChemDraw の Align 機能: 分子の部分構造で揃える方法
ChemDraw を貼った文書の PDF 化トラブルと解決策
ChemDraw Magic - Draw Viagra under 20 sec (with subtitles)（動画）
ChemDraw Magic 2 - More Tips and Tricks on ChemBioDraw13 (HD with subtitles)（動画）
ChemDraw Magic 3: Dendrimers, Delivered（動画）
ChemDraw Magic Tricks: Quick Catalytic Cycles - Elliptic is the New Round（動画）
JChemPaint（化学構造式描画，Javaで動く、フリーウェア）
MarvinSketch（化学構造式描画，cdx, mol, sdf, cml, smiles, smarts, InChIファイル形式でも保存できる、Mac版有り、フリーウェア）
Introduction to ChemAxon's Drawing Tool: MarvinSketch 6.0（動画）
Editing atom labels in ChemAxon's MarvinSketch（動画）
薬学教育に有用な高機能分子エディター（pdf）
ACD/ChemSketch（化学構造式描画，Mac版は無い、アカデミックフリーウェア）
OSRA（化学構造のOCR、GIF, JPEG, PNG, TIFF, PDF, PS等からSMILESやSDFファイルを生成する、要コンパイル、無料）
OSRA: Optical Structure Recognition
Cheminformatics on a Mac（MacではHomebrewでインストールできるようです）
OpenBabel（構造ファイル変換、配座・電荷生成等有能なソフト、Mac版（Homebrew）有り、フリーウェア）
Cheminformatics on a Mac（HomebrewやOpen Babel等のインストール方法が詳述されている）
Open Babel 3.0.0 documentation
Updating to Open Babel 3.0 from 2.x
Open Babel Documentation (ver. 3.0.0)（pdf）
Convert, Filter and Manipulate Chemical Data
Supported File Formats and Options
Computational Chemistry Tutorial-3- Open Babel（動画）
Molecular Fingerprints and Fastsearch Databases
Open Babel 2.4.0 documentation
iBabel（Mac用のGUI，OpenBabelをインストールしていないと使えません）
SDF Toolkit（SDFファイルの様々な処理を行えるPerlスクリプト集、無償）
MayaChemTools（SDFファイルの様々な処理を行えるPerlスクリプト集、無償）
pythonでmol2やSDFファイルを分割する（ヴァーチャルライブラリーの構築に有用なpythonスクリプト）
VeraChem（コンピュータ支援分子設計のためのプログラム群）
Vconf（2D→3D変換や配座解析を行う、Windows版とLinux版、無償）
VCharge（部分電荷の生成、Windows版とLinux版、無償）
VFilter（配座解析後のファイルター処理、Windows版とLinux版、無償）
Vrms（分子の重ね合わせとRMSDの計算、Windows版とLinux版、無償）
VDisplay（SDFファイル等の可視化を行う3Dビューワー、Windows版、無償）
VM2（結合自由エネルギーの計算を行うためのパッケージ、マルチCPU＆GPUに対応、Linux版、Amazon Web Serviceにも対応、アカデミックフリー）
Balloon（2D=>3D変換、配座・電荷生成、CUIで使用、Mac版有り、フリーウェア）
Download（Macは10.5以降で動作します、CentOSもOKです）
使い方（ターミナルで使用します）
Frog2（配座生成プログラム、要コンパイル、無償）
xconf（配座生成プログラム、要コンパイル、無償）
ConfBuster（大環状分子の配座生成用のPythonプログラム、無償）
Open3DALIGN（分子アライメント用プログラム、Mac版有り、無償）
Flexible small molecule alignment softwares（様々な分子アライメントソフトウェアの紹介）
Michel Petitjean / softwares / freewares（上記ソフトウェアのダウンロードサイト、Mac版があります）
Contactos（分子アライメントとクラスタリング用Pythonプログラム、無償）
LIGSIFT（分子類似性探索プログラム、CUIで使用、フリーウェア、論文）
ShaEP（分子類似性探索プログラム、CUIで使用、フリーウェア）
Spectrophores（分子類似性探索プログラム、OpenBabelに内蔵、CUIで使用、フリーウェア）
MassiveSAR（分子類似性探索プログラム、Windows版のみ、フリーウェア）
PAPER（分子類似性探索プログラム、Linux上でGPGPUを使用、フリーウェア）
SUBSET（NCIが開発した分子類似性探索プログラム、フリーウェア）
LiSiCA（2D&3D ligand-based virtual screeningプログラム，アカデミックフリーウェア）
rmsd（rmsd計算用のfortranコード、フリーウェア）
frmsd（rmsd計算用のプログラム、フリーウェア、論文）
charnley（rmsd計算用のpythonスクリプト、フリーウェア、開発元のブログ）
Jmol（3D viewer、Javaで動く、軽い、フリーウェア）
Jmol Application Tutorials（動画）
Electrostatic potential maps in Avogadro and Jmol（動画）
PDBのJmolを利用してタンパク質の立体構造を調べる～基本編～（動画）
How do I visualize Molecular Orbitals using Jmol?
Mercury（CIF用GUI、低分子結晶構造解析ツール、フリーウェア、Mac版、有料アップグレード有り）
How-to: Customise the structure display settings in Mercury（動画）
How-to: Reveal neighbouring molecules using Mercury（動画）
How-to: Calculate the centroid of a functional group using Mercury（動画）
How-to:（動画）
SHELX（X線単結晶構造解析用プログラム、アカデミックフリーウェア）
registration（アカデミック使用のみ）
Installing and running X-ray solution and refinement software on a MacOS computer（pdf）
Crystal structure refinement withSHELXL（pdf）
Open access papers about SHELX
User guide to crystal structure refinement with SHELXL（pdf）
Refinement of Disorder with SHELXL A tutorial by Peter Müller（pdf）
Refinement of Disorder with SHELXL Peter Müller（pdf）
Advanced Crystallography: Refinement of Disordered Structures（pdf）
Introduction to SHELXL Refinement: Restraints, Constraints and Esds（pdf）
Modeling Disorder in SHELXL（pdf）
Olex2（X線単結晶構造解析用GUI、Mac版有り、SHELXLを必要とする、無償）
OLEX2による解析マニュアル, 東京大学工学系研究科 総合研究機構 ナノ工学研究センター Ｘ線実験室（pdf）
Olex2の使い方 その３ 束縛：AFIX, SADI, DFIX
OLEX2 – Getting Started（pptx）
Olex2チャンネル（動画）
Olex2 and ShelX（動画）
Labels in Olex2 & Colour of Atoms（動画）
Notes on OLEX2（pdf）
Structure Solution and Refinement with Olex2（pdf）
OLEX2Quick Reference（pdf）
Structure Solution and Refinement with OLEX2
Squeeze What to do with disordered solvent?（pdf）
Disorder Refinement Examples in Olex2
Disorder Treatment using Olex2（動画）
ShelXle - A cute graphical user interface for SHELXL
Disordered Structure Refinement (DSR), Small molecule refinement tool
PLATON（構造解析チェック用プログラム、無償）
Installing and running X-ray solution and refinement software on a MacOS computer
THE PLATON CRYSTALLOGRAPHIC PACKAGE DOCUMENTATION - VERSION 29-09-2010
WHAT IS PLATON AND HOW TO GET STARTED
HOW TO .... QUESTIONS & ANSWERS
Introduction to the Graphical User Interface
Platon pwtのインストール方法とSQUEEZEのやりかた（その１）
Platon pwtのインストール方法とSQUEEZEのやりかた（その２）
ORTEP-3 for Windows（ORTEP図の作成ソフトウェア）
Manual（pdf）
OSCAIL（X線単結晶構造解析ソフトウェア、ORTEXを含む、アカデミックフリー）
LINXTL（X線単結晶構造解析ソフトウェア、Mac版はない、フリーダウンロード）
Single crystal structure determination with SHELX, PLATON, LINXTL, Xshell using Ubuntu Linux（動画）
CrystalExplorer（CIF用GUI、低分子結晶構造解析ツール、Mac版有り、アカデミックフリーウェア）
PyMOL（3D viewer、構造生物学者が好んで使用、Mac版、無料版と有料版有り）
PyMOL Tutorial（日本語）
PyMOLを使い倒す（動画）
Pymol Tutorial （動画）
Visualization programs I: PyMol Tutorial（動画）
Simple Pymol Movie Instructions（動画）
MacPyMOL Plugin Tutorial.mov（動画）
MacPyMOL & Plug-in on Mac OS X 10.6（SlideShare）
PyMOL 1.7.2.1+APBS plugin works on Mac Yosemite using Homebrew
Homebrewed PyMOL 1.8.2 + APBS plugin work on Mac El Capitan
Autodock/Vina plugin for PyMOL（AutoDock Vina用プラグイン、論文）
PyMOL Autodock/Vina Plugin Tutorial: Basics（動画）
PyMOL Autodock/Vina Plugin Tutorial: Virtual Screening（動画）
LigAlign（小分子のアライメントを行うプラグイン）
リガンド周囲の観察（pdf）
Chimera（3D viewer、AMBERとの親和性が高い、AutoDock Vinaのインターフェースを内蔵、Mac版有り、アカデミックフリーウェア）
An Introduction to Molecular Visualization with UCSF Chimera（pdf）
Autodock tutorial VINA with UCSF Chimera（pdf）
Tutorial: Structural Analysis of a Protein-Protein Complex（pdf）
分子可視化ソフト『Chimera』の使い方 2010（動画）
分子可視化ソフト『Chimera』の使い方 2010 応用編（動画）
UCSF Chimera: Structure Analysis（動画）
RCSBProteinDataBank's tutorials（動画）
Mutating a Residue in UCSF Chimera (Part 1) （動画）
Mutating a Residue in UCSF Chimera (Part 2) （動画）
Enhancing UCSF Chimera through web services
SwissSidechain (plugin)(非天然アミノ酸へ変異できるプラグイン）
Electrostatic potential values（タンパク質表面の静電ポテンシャルを数値で表示させる、動画）
How to Study Protein-Ligand Interaction through Molecular Docking（動画）
Tutorial: Structural Analysis of a Protein-Protein Complex（pdf）
VMD（3D viewer、AMBERやNAMDとの親和性が高い、Mac版有り、アカデミックフリーウェア）
Using VMD（pdf）
VMD Tutorial（RMSDの計算方法が記述してある、pdf）
Force Field Tool Kit (FFTK)の使い方１
VMD Store（既存の拡張機能プラグインをの利用を容易にするプラグイン）
VSLab（AutoDock用のプラグイン）
DS Visualizer（3D viewer、マルチリガンドの読み込みや分子アラインメントが可能、Mac版は無い、アカデミックフリーウェア）
機能（pdf）
構造バイオインフォマティクス基礎（pdf）
タンパク質の３次元構造を観る（pdf）
Introduction to the Discovery Studio Visualizer（pdf）
Viewing ligands in a 2D window（タンパク質-リガンド複合体立体構造の2次元描画の記述、pdf）
Discovery Studio Visualizer 3.5: Making 3D Protein/DNA Videos（動画）
Discovery Studio Program medicinal chemistry 1-MIU-（動画）
VEGA ZZ（分子モデリングソフトウェアパッケージ、多機能、Mac版は無い、アカデミックフリーウェア）
Maestro（SCHRODINGER社製分子モデリングGUI、アカデミックフリーウェア）
Schrodinger利用の手引(pdf)
Getting Started in Maestro 11(pdf)
Maestro 11 - Quick Start Guide（動画）
Introduction to Structure Preparation and Visalization
Swiss-PDBViewer DeepView（高機能なPDBビューアー、フリーウェア）
タンパク質の３次元構造を観る（pdf）
CueMol（3Dビューアー、小分子のアライメントもできる、APBSとPDB2PQRもバンドルされている、Mac版有り、英語版サイト、無償）
Documents（チュートリアルやマニュアルが記載されています）
Updates（バグフィックス情報が記載されています）
分子の重ね合わせ（RMSD値も計算できます）
CueMol2でタンパク質の構造を見る 〜応用編・1〜（動画）
CueMol2でタンパク質の構造を見る 〜応用編・2〜（動画）
CueMolで「推し蛋白質」を可愛く作図しよう (基礎編)（Qiita）
Waals（タンパク質立体構造の表示・解析ソフト、Mac版のみ、有償）
ICM-Browser（3Dビューアー、Mac版あり、フリーウェア）
ICM Browser Pro（強化版ICM-Browser、有償）
Ligplot+（タンパク質-リガンド複合体３次元構造の2次元描画用のGUI、Javaで動く、アカデミックフリーウェア）
Ligplot+ on Mac OS X（SlideShare）
LeView（タンパク質-リガンド複合体３次元構造の2次元描画用のGUI、Javaで動く、CUI版もある、フリーウェア）
BINANA（ドッキング後の水素結合等の解析を行えるpythonプログラム、pdbqtファイルを入力とする、フリーウェア、論文）
Avogadro（分子ビルダー、Mac版有り、フリーウェア）
Avogadro v1.1 Basics Of Modeling & Optimization（動画）
Building complicated molecules in Avogadro in 4 acts（動画）
Electrostatic potential maps in Avogadro and Jmol（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial Basics（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial Basics 2 （動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial SP（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial MOs（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial FREQ（動画）
Avogadro with Gaussian: Find the TS!（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial: Guess the TS（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial QST2 （動画）
Avogadro with Gaussian IRC calculation（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial Electron Density（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial Solvent Effect（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial Mixed Basis Sets and ECP（動画）
Avogadro with Gaussian + NBO（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial Absorptions (UV-Vis)（動画）
Avogadro VS MarvinSketch: Metal complexes（動画）
Avogadro with Gaussian Tutorial: NMR （動画）
Avogadro－MOPAC－Open Babel－Jmol
cApp（ケムインフォマティクス用のJavaプログラム、CUI版とGUI版がある、sdfファイルの分割などができる、無償、論文）
DataWarrior（化合物ライブラリー（sdfファイル）の表示や編集のためのGUI、配座の生成や化学反応の探索、結晶構造データベースの表示が可能、Mac版有り、フリーウェア)
Downloadable Data Files（Chemical reactions from US patents (1976-Sep2016)）
Downloadable Data Files（X-Ray structures from the Crystallography Open Database）
Downloadable Data Files（DrugBank 5.0.10）
Scaffold Hunter（化合物ライブラリーの表示と編集のためのGUI、Javaで動く、フリーウェア，論文)
MONA（化合物ライブラリーの表示と編集のためのGUI、Mac版有り、アカデミックフリーウェア)
Tutorial（動画）
CORAL（QSARソフトウェア、GUIで使用、Mac版はない？、フリーウェア）
BioPPsy（QSARソフトウェア、フリーウェア）
PaDEL-Descriptor（分子記述子の計算用GUI、Javaで動く、計算結果はMcQSAR等で利用できる、フリーウェア）
記述子計算のフリーソフト「PaDEL-descriptor」を見つけました
Codessa III（QSARソフトウェア、AMPACと連携、アカデミックライセンス$1,500）
QSAR Toolbox（毒性評価用QSARソフトウェア、Mac版は無い、フリーウェア）
QSAR Toolbox 活用マニュアル（pdf）
QSAR Toolboxの概要と活用事例（pdf）
生体毒性QSARモデルの解説（pdf）
構造活性相関解析用ソフトウエアの紹介（pdf）
Toxtree（毒性評価用QSARソフトウェア、Mac版は無い、フリーウェア）
propy（タンパク質の記述子を計算するプログラム、無償）
NEEMP（EEM電荷を計算するソフトウェア，フリーウェア，論文）
Atomic Charge Calculator II（EEM電荷を計算するソフトウェア）
3DNA（核酸の立体構造を解析したり構築するプログラム、無償、論文）
GraphiteLifeExplorer（核酸の分子モデリングソフトウェア、Mac版あり、無償）
Structural alignment software（list of structural comparison and alignment software@Wikipedia）
MMLigner（タンパク質の分子アライメントプログラム）
Statistical inference of protein structural alignments using information and compression
インシリコ創薬関連動画
計算生命科学の基礎10 保険診療で行われるがん遺伝子パネル検査のビッグデータの利活用①
計算生命科学の基礎10 保険診療で行われるがん遺伝子パネル検査のビッグデータの利活用②
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計算生命科学の基礎9「タンパク質の立体構造予測－AlphaFold以前と以後－」①
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計算生命科学の基礎9「タンパク質の立体構造予測－AlphaFold以前と以後－」③
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計算生命科学の基礎８「溶液中における生体関連分子複合系の自由エネルギー解析」①
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計算生命科学の基礎８「溶液中における生体関連分子複合系の自由エネルギー解析」③
計算生命科学の基礎８「結晶学・単粒子解析による分子構造データの基礎」①
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計算生命科学の基礎８「結晶学・単粒子解析による分子構造データの基礎」③
計算生命科学の基礎７ 分子シミュレーションを活用したインシリコ創薬支援①
計算生命科学の基礎７ 分子シミュレーションを活用したインシリコ創薬支援②
計算生命科学の基礎７ 分子シミュレーションを活用したインシリコ創薬支援③
計算生命科学の基礎VI インシリコ創薬支援のための分子シミュレーション活用法 ①
計算生命科学の基礎VI インシリコ創薬支援のための分子シミュレーション活用法 ②
計算生命科学の基礎VI インシリコ創薬支援のための分子シミュレーション活用法 ③
計算生命科学の基礎VI バイオメディカルインフォマティクス概論 ①
計算生命科学の基礎VI バイオメディカルインフォマティクス概論 ②
計算生命科学の基礎VI バイオメディカルインフォマティクス概論 ③
計算生命科学の基礎Ⅴ 分子シミュレーションを活用したインシリコ創薬支援 ①
計算生命科学の基礎Ⅴ 分子シミュレーションを活用したインシリコ創薬支援 ②
計算生命科学の基礎Ⅴ 分子シミュレーションを活用したインシリコ創薬支援 ③
計算生命科学の基礎Ⅳ ゲノミクスからの構造インフォマティクス①
計算生命科学の基礎Ⅳ ゲノミクスからの構造インフォマティクス②
計算生命科学の基礎Ⅳ ゲノミクスからの構造インフォマティクス③
計算生命科学の基礎Ⅳ フラグメント分子軌道法に基づく創薬分子設計の現実と課題①
計算生命科学の基礎Ⅳ フラグメント分子軌道法に基づく創薬分子設計の現実と課題②
計算生命科学の基礎Ⅳ フラグメント分子軌道法に基づく創薬分子設計の現実と課題③
計算生命科学の基礎Ⅳ 分子モデリングおよびシミュレーションを活用したインシリコ創薬支援①
計算生命科学の基礎Ⅳ 分子モデリングおよびシミュレーションを活用したインシリコ創薬支援②
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計算生命科学の基礎Ⅳ インフォマティクスとシミュレーションを融合したインシリコスクリーニングと最適化設計②
計算生命科学の基礎Ⅳ インフォマティクスとシミュレーションを融合したインシリコスクリーニングと最適化設計③
計算生命科学の基礎Ⅲ 創薬における計算生命科学：インフォマティクスとシミュレーションを融合したインシリコスクリーニング①
計算生命科学の基礎Ⅲ 創薬における計算生命科学：インフォマティクスとシミュレーションを融合したインシリコスクリーニング②
計算生命科学の基礎Ⅲ 創薬における計算生命科学：インフォマティクスとシミュレーションを融合したインシリコスクリーニング③
計算生命科学の基礎Ⅲ 分子シミュレーションを活用した創薬支援技術①
計算生命科学の基礎Ⅲ 分子シミュレーションを活用した創薬支援技術②
計算生命科学の基礎Ⅲ 分子シミュレーションを活用した創薬支援技術③
計算化学・ケムインフォマティクス・X線結晶構造解析・資料
資料（pdf等）
密度汎関数法, Density Functional Theory (DFT)の基礎第５回
密度汎関数法, Density Functional Theory (DFT)の基礎第６回
4章 密度汎関数法計算の線形スケーリング法線形スケーリング法
生理活性物質の定量的構造活性相関─Hansch‒Fujita法の基礎─（実験技術講座QSAR編第１回）
気をつけよう，統計的有意性とメカニズムの妥当性（実験技術講座QSAR編第２回）
QSARパラメーターとその応用（実験技術講座QSAR編第３回）
農薬科学研究におけるQSARの活用（実験技術講座QSAR編第４回）
エネルギー相関からみたQSAR（実験技術講座QSAR編第５回）
分子科学計算・シミュレーションを用いた自由エネルギー変化の線形表現解析に基づく定量的構造活性相関に関する研究
生態毒性に係る定量的構造活性相関（QSAR）の整備・活用状況
構造解析 、100年ぶりの革新〜「結晶スポンジ」で分子構造解析のボトルネックを解消
結晶構造データベースと結晶学共通データ・フォーマットCIFについて１
結晶構造データベースと結晶学共通データ・フォーマットCIFについて２
数値データの取り扱い ～四捨五入から検出限界まで～ 第一回 データの丸め方と誤差の基礎
計算化学系ブログ・資料
Structure-based drug designとAccelerated MDによるタンパク質構造探索の方法の紹介
Linux: 2TB以上あるUSBハードディスクを認識させる方法
【find・grep】特定の文字列を含むファイルのリストを取得する方法
Index of /software/gcc/releases/
PDBにおけるPD-1/PD-L1結晶構造をもう少しながめてみる
PDBの落とし穴にはまった話 〜PDBフォーマットの見方編〜
PDBの落とし穴にはまった話 〜非結晶学者が注意すべきこと編〜
HomebrewとAnacondaとRDKitを入れ直した話
ケモインフォマティクスで使われるファイル形式と化合物の描画方法
XYZ形式とZ-マトリックスは分子の立体構造を表す入力フォーマット
化合物データベースChemSpiderをpythonで使いこなす
RDKitでOpen3DALIGNを用いた立体構造の重ね合わせ
OpenBabelを利用するC++プログラムのCMakeによるビルド
RDKitを利用するC++プログラムのCMakeによるビルド
Configuring SSH key-based authentication, NIS and NFS in a Linux computer cluster
Computational Chemistry at Home
ドッキングシミュレーションのやり方【AutoDock vina】
AutoDock のスコアファンクションはどれくらい正確か？CASF-2013 ベンチマーク
70 Best Chemistry Blogs And Websites
Python scripts for calculating Fukui Indexes
Calculating NMR shifts – Short and Long Ways
Error for Gaussian16 .log files and GaussView5
Grimme’s Dispersion DFT-D3 in Gaussian
Quantifying σ-Holes – G09 and MultiWFN
Quick note on WFN(X) files and MP2 calculations
Partial Optimizations with Gaussian09
Computational Organic Chemistry
Archive for the 'NMR' Category
Computational Chemistry Highlights
Simple computational chemistry
Structure-based drug designとAccelerated MDによるタンパク質構造探索の方法の紹介
PD-1/PD-L1タンパクタンパク相互作用阻害剤の特許を調べてみた
テンプレートなしのタンパク質構造予測手法〜CCMPredとRosettaを添えて〜
BioGRIDを使って，タンパク質相互作用の情報をまとめて取得する
統合TV（生命科学分野の有用なデータベースやウェブツールの活用法を動画で紹介）
海外のWEBサイト・資料
Simulation in Chemistry & Biochemistry
Hugo Kubunyi, Lectures（創薬化学やインシリコ創薬に関する資料多数）
Phil Baran（有機化学に関する資料多数）
Sherrill Group（量子化学計算に関する資料多数）
Eliav Lab（量子化学計算に関する資料多数）
Crystals@Otterbein（結晶学に関する資料多数）
Crystallography（結晶学に関する資料多数）
Growing and Mounting Crystals Your Instrument Will Treasure（低分子化合物の結晶化に関する資料, pdf）
A Hypertext Book of Crystallographic Space Group Diagrams and Tables
How to Grow Single Crystals for X-ray Analysis by Solution Crystallisation（低分子化合物の結晶化に関する資料, pdf）
Crystal Growth Tips（低分子化合物の結晶化）
試薬会社・化合物ライブラリー
富士フィルム和光純薬株式会社（構造式検索がiPadからでも行える）
和光純薬時報（解説記事と新製品情報）
ChemGrowing（有機&分析化学情報誌）
Organic Square（有機化学情報誌）
Infomatic World（実験化学者のためのIT活用誌）
BIOWINDOW（バイオテクノロジー関連試薬情報誌）
TCI（構造式検索がiPadからでも行える）
TCIメール（解説記事と製品情報）
略語表（pdf）
Ring index（pdf）
主な有機溶剤の物性（pdf）
THE CHEMICAL TIMES（解説記事）
よく解る実験プロトコール（ウェスタンブロッティング・細胞培養・電気泳動）
Sigma-Aldrich（構造式検索がiPadからでも行える）
Aldrich Partner Products : 約27万品目のビルディングブロック
Web Toolbox - Interactive Calculators, Search Explorers, and Resources（化学・生命科学における便利なツール集）
Matrix Scientific（クレカが使用できるようです）
Selleckchem（生物活性低分子の販売）
Search for Species Data by Chemical Formula（化合物の物性データ検索サイト）
化学系ブログ・資料
いざ、低温反応！さて、バスはどうする？〜水/メタノール混合系で、どんな温度も自由自在〜
低分子の3次元構造が簡単にわかる！MicroEDによる結晶構造解析
有機合成に活躍する器具5選|第1回「有機合成実験テクニック」(リケラボコラボレーション)
実験でよくある失敗集30選|第2回「有機合成実験テクニック」(リケラボコラボレーション)
使っては・合成してはイケナイ化合物 |第3回「有機合成実験テクニック」(リケラボコラボレーション)
お前はもう死んでいる：不安定な試薬たち|第4回「有機合成実験テクニック」(リケラボコラボレーション)
もう別れよう：化合物を分離・精製する|第5回「有機合成実験テクニック」(リケラボコラボレーション)
化学実験操作法 動画資料集（京都大学 全学共通教育 基礎化学実験）
基礎化学実験（東京大学教養学部化学部会）
ガイダンス：実験を始める前に（動画）
基本操作（動画）
Not Voodoo X.4（実験プロトコル集）
CommonOrganicChemistry.com（有機合成プロトコル集）
Growing and Mounting Crystals Your Instrument Will Treasure（低分子化合物の結晶化に関する資料、pdf）
How to Grow Single Crystals for X-ray Analysis by Solution Crystallisation（低分子化合物の結晶化に関する資料、pdf）
Crystal Growth Tips（低分子化合物の結晶化）
Tips and Tricks for the Lab: Growing Crystals Part 1
Tips and Tricks for the Lab: Growing Crystals Part 2
Tips and Tricks for the Lab: Growing Crystals Part 3
ADMET for Medicinal Chemists: A Practical Guide
芳香族 C-H トリフルオロメチル化反応、その他の C-H 官能基化反応
生物学的等価体の例や文献を検索できる SwissBioisostere
ChemDraw を貼った文書の PDF 化トラブルと解決策
MS WORDショートカットや特殊アルファベットの入力法まとめ
創薬化学
科学系ウェブサイト・ブログ・資料
メラノーマに対するPD1阻害抗体の効果をCSFR-1 抗体が促進する
免疫治療に使えるガン抗原の多くは、コーディング領域の突然変異ではなく、ノンコーディング領域の異常転写による
同じメカニズムでもオプジーボとキイトルーダの効果は違うのか？
SARSウイルスの強い炎症に関わるウイルス由来small RNA
抗寄生虫薬イベルメクチンが新型コロナウイルスに効果がある理由
医師たちがつくるオンライン病気事典「MEDLEY（メドレー）」（601名の医師が医療事典を作成するプロジェクト）
Findme（インターネット上で患者さんと医師が出会い、納得できる治療法を検証するプラットフォーム）
医薬品開発情報・資料
「製薬協メディアフォーラム」を開催 テーマは「最新のがん治療ーがん免疫療法ー」
創薬化学の側面から見た低分子医薬の将来像―低分子から中分子への広がり―（pdf）
製薬産業を取り巻く現状と課題〜よりよい医薬品を世界へ届けるために〜（pdf）
BEAGLE-HC（多数のリンク有り）
脳梗塞の新薬に「黒カビ」 ノーベル賞有力候補者の愛弟子が発見
血栓溶解を促進する化合物 新たな脳梗塞治療薬の開発を目指して（pdf）
富士フイルム「アビガン錠」開発苦闘16年 「富山の薬売り」のDNAが、エボラから世界を救う
大阪から世界へ 「ポスト・タミフル」のインフルエンザ新薬 塩野義製薬が開発
ニボルマブ–日本の研究が生んだ抗体医薬（pdf）
夢の薬「オプジーボ」はこんなに効く〜皮膚がんに続き、肺がんにも保険適用
がん治療の大革命となるか？ 極貧研究者が生んだ「光免疫療法」とは
アカデミアと企業との連携による創薬を促進するための課題と提言2017（pdf）
創薬研究開発の成功要因に関する研究 -R&Dマネジメント・モデルの導出-（pdf）
タクロリムス（FK506）開発物語（pdf）
ライフサイエンス・ヘルスケア業界未来予想図〜2020年の姿とは？（pdf）
日本を支える創薬イノベーション（pdf）
分子標的治療薬概論（pdf）
がんのターゲットセラピーと創薬〜分子標的がん治療の最近の展開と創薬の可能性について〜（pdf）
抗がん剤の開発における薬効評価モデル系（pdf）
創薬研究の難しさ（pdf）
ゲノム創薬の現状と今後の展望（pdf）
バイオインフォマティクスの現状,問題点および今後の展望（pdf）
医療用医薬品の標的分子の同定と今後の展望（pdf）
プロテオミクスから創薬へ―ケミカルバイオロジーの応用と展開―（pdf）
X線結晶構造解析からStructure‐Based Drug Designへの応用と展開（pdf）
HTSの現状と今後の展望（pdf）
HTSからリード化合物はでるのか?（pdf）
『ビジネスマッチングが世界を変える』 バイオ技術革新の産業化とオープン・イノベーション（pdf）
抗菌薬開発停滞の打破へ向けて（pdf）
ニューキノロンの背景（pdf）
キノロン系抗菌薬ガレノキサシンの開発研究（フルオロキノロンからデスフルオロキノロンへ）（pdf）
オフロキサシン、レボフロキサ シン、シタフロキサシンの誕生（pdf）
緊急寄稿（1）新型コロナウイルス感染症（COVID-19）のウイルス学的特徴と感染様式の考察
緊急寄稿（2）新型コロナウイルス感染症（COVID-19）治療候補薬アビガンの特徴
緊急寄稿（3）新型コロナウイルス感染症（COVID-19）を含むウイルス感染症と抗ウイルス薬の作用の特徴
緊急寄稿 日本の新型コロナ対策は成功したと言えるのか─日本の死亡者数はアジアで2番目に多い
非結合型薬物濃度測定（pdf）
学会誌
日本薬学会 機関紙 ファルアシア（J-STAGE、フリーダウンロードと認証後ダウンロード別）
日本薬学会 構造活性相関部会 ニュースレター SAR News
日本薬学会 医薬化学部会 MEDCHEM NEWS（J-STAGE）
分子シミュレーション研究会会誌"アンサンブル"（J-STAGE）
構造データと分子シミュレーション技術によるインシリコ創薬支援研究
エネルギー表示法を応用した創薬向け高速蛋白質－低分子結合自由エネルギー計算法
多階層FMO法を使用したタンパク質-薬物間相互作用に関する研究
データベース利用での分子シミュレーション：半シミュレーション的学習法
アカデミア発創薬のためのADMET予測プラットフォームにおける心毒性予測
高分子ダイナミクスに発現する普遍性を応用した原子レベル分子動力学法と粗視化分子動力学法の相互接続
自由エネルギー計算の理論: 創薬応用を実現する定量的予測への挑戦
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(1)計算の利点と分子間力の種類について
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(2)基底関数、電子相関の補正方法の選択
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(3)近似のレベルが飽和炭化水素、水素結合の計算に与える影響
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(4)π/π相互作用の精密計算
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(5)イオンと中性分子の相互作用
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(6)CH/π、NH/π、OH/π相互作用の計算、水素結合の方向依存性
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(7)フルオロカーボンの相互作用
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(8)密度汎関数法、半経験的分子軌道法による相互作用の計算と問題点
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(9)電荷分布の計算方法と静電相互作用の精密計算
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(10)基底関数重ね合わせ誤差(BSSE)とbasis set limitでの相互作用エネルギーの推定方法
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(12)ab initio計算に基づく力場パラメータの決定方法
ab initio分子軌道法で分子間相互作用を計算する(13)入カファイルの作成方法
日本結晶学会誌（J-STAGE）
Hirshfeld Atom Refinementの概要と実例について
Protein Data Bankで利用するPDBx/mmCIF形式について
生物物理（J-STAGE）
化学と生物（J-STAGE）
日本薬理学雑誌（J-STAGE）
新規免疫チェックポイント阻害薬ヒト型抗ヒトPD-1抗体ニボルマブ（オプジーボ®点滴静注20 mg，100 mg）の薬理学的特性および臨床効果
抗悪性腫瘍薬ヒト型抗ヒトCTLA-4モノクローナル抗体イピリムマブ（ヤーボイ®点滴静注液50 mg）の薬理学的特性と臨床効果
検索・辞典
東京大学「Google Scholar活用法」 講習会テキスト
化学書資料館（検索自体は無料だが、内容閲覧のためには要有料会員登録、化学会会員には割引特典）
patentscope（特許検索）
FreePatentOnline（特許検索）
Google Patents（特許検索）
Espacenet（特許検索）
LENS.ORG（特許検索）
SlideShare Downloader（URLを入力するとスライド資料をダウンロードできる）
Quara（Q&Aウェブサイト、無料）
Qiita（プログラミングに関する知識・技術の情報共有サービス）
ChEMBLから全化合物データをダウンロードして分割したsdfファイルをつくる
量子化学計算コードを自作してみた記録 その３ 構造最適化の実装
量子化学計算コード入門 (1): HeH+のHartree-Fock計算
Structure-based drug designとAccelerated MDによるタンパク質構造探索の方法の紹介
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ChatGPTにストーリーを書いてもらい、生成AIで短編映像を作成する方法
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ちもろぐ（ゲーミングPCやパーツなどの紹介）
Google DeepMindがすべての生命分子の構造と相互作用をきわめて正確に予測できるAIモデル「AlphaFold 3」を発表
論文PDFファイルの可読性を劇的に向上させるGoogle公式Chrome拡張機能「Google Scholar PDF Reader」レビュー
MicrosoftのCopilotから無料で「GPT-4 Turbo」にアクセスできるように
Googleが無料で簡単に使える画像生成AI「Imagen 2」を公開したので使ってみた
高速かつ高品質＆家庭用グラボでも簡単に追加学習可能な画像生成AIモデル「Stable Cascade」をStability AIが発表
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海賊版検索エンジン「Anna’s Archive」が世界最大の図書館カタログからデータを取得
世界最大級の海賊版電子書籍サイトへの法的措置に対抗して誕生した海賊版サーチエンジン「Anna’s Archive」とは？
公式サポートが終了した古いMacに最新のmacOSをインストールするプロジェクト「OpenCore Legacy Patcher」が「2008年の
MacにmacOS Sonomaをインストールする」バージョン1.0.0を公開
世界最大級の海賊版ライブラリ「Z-Library」がドメイン差し押さえに備えて「サイトにアクセスするためのブラウザ拡張機能」をリ
Amazonの偽レビューを検出して粗悪品の購入回避に役立つFirefoxアドオン「Fakespot」を使ってみた
ChatGPTにファイルやドキュメントを直接アップロードできるようになるFirefox向け拡張機能
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ChatGPTやBardなど複数のチャットAIへ同時に質問して結果をずらっと比較できる「ChatALL」を使ってみたよレビュー
効率の良い学習や勉強に役立つ「効果的な間隔反復」の方法まとめ
Macの「メモ」に記録した内容をiCloud不要で他の環境向けに抽出できる「Apple Notes Liberator」
薬学生向け
厚生労働省
薬剤師国家試験出題基準（第１０５回まで適用）
薬剤師国家試験出題基準（第１０６回以降適用）
「新薬剤師国家試験について」の一部改正について（合格基準の改正）
過去の薬剤師国家試験の結果
第108回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第107回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第106回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第105回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第104回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第103回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第102回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第101回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第100回薬剤師国家試験大学別合格者数（pdf）
薬剤師国家試験の現況について（pdf）
第99回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
第98回薬剤師国家試験の結果について（pdf）
過去の試験問題及び解答