原著論文

Theoretical Studies on the Reaction Mechanism of Schiff Base Formation from Hexoses

Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Yasuro Shinohara, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda, Yoshinobu Ishikawa

J. Phys. Chem. B, in press

学会発表

原著論文

Structural Impact Assessment of Cytochrome P450 2A13 Polymorphisms Using Molecular Dynamics Simulations

Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Sho Hioki, Masahiro Hiratsuka, Yoshinobu Ishikawa, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda

Biol. Pharm. Bull. 47, 620-628, 2024

Three-dimensional structure prediction of [GADS]-proteins as tentative primitive proteins. 

Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda. 

Chemistry Letters, 53, upae018, 2024

Structural Characterization of Zinc(II)/Cobalt(II) Complexes of Chiral N-(Anthracen-9-yl)methyl-N,N-bis(2-picolyl)amine and Evaluation of DNA Photocleavage Activity. 

Yoshimi Ichimaru, Koichi Kato, Rina Nakatani, Risa Isomura, Kirara Sugiura, Yoshihiro Yamaguchi, Wanchun Jin, Hideki Mizutani, Masanori Imai, Masaaki Kurihara, Mikako Fujita, Masami Otsuka, Hiromasa Kurosaki. 

Chem. Pharm. Bull. 71, 545-551, 2023

Identification of the Most Impactful Asparagine Residues for γS-Crystallin Aggregation by Deamidation. 

Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Yuki Kitamura, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda, Yoshinobu Ishikawa. 

Biochemistry 62, 1679-1688, 2023

Artificial helix supramolecule by doubly p-xylyl bridged bis(ZnII–cyclen) (cyclen = 1,4,7,10-tetraazacyclododecane). 

Yoshimi Ichimaru, Koichi Kato, Kirara Sugiura, Risa Isomura, Haruto Fujioka, Tohru Koike, Sayuri Fujii-Kishida, Masaaki Kurihara, Yoshihiro Yamaguchi, Wanchun Jin, Masanori Imai, Hiromasa Kurosaki. 

Inorganic Chemistry Communications 153, 110782, 2023

Effect of the addition of the fifth amino acid to [GADV]-protein on the three dimensional structure. 

Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Ryota Oyaizu, Natsuko Noda, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda. 

Life, 13, 246, 2023

Phytochemical investigation of Scutellaria scordiifolia and its trypanocidal activity.

Nurbyek S, Buyankhishig B, Suganuma K, Ishikawa Y, Kutsuma M, Abe M, Sasaki K, Davaapurev BO, Batkhuu J, Murata T.

Phytochemistry, 209, 113615, 2023

学会発表

クローディン-１タンパク質細胞内局在を操る経皮吸収促進技術の開発

内田美里、吉野雄太、遠藤智史、石川吉伸、五十里彰

日本薬学会第144年会（横浜）令和6年3月28日-31日

アスパラギン残基の脱アミド化によるγSクリスタリンの構造変化と凝集の関係

加藤紘一、仲吉朝希、栗本英治、小田彰史、石川吉伸

日本薬学会第144年会（横浜）令和6年3月28日-31日

メイラード反応初期段階におけるシッフ塩基形成反応の量子化学計算による解析

加藤紘一、仲吉朝希、篠原康郎、栗本英治、小田彰史、石川吉伸

第51回構造活性相関シンポジウム（東京）令和5年11月20-21日

Asn残基の非酵素的脱アミド化における隣接するPhe残基の影響についての量子化学計算による解析

淺井遥、加藤紘一、仲吉朝希、栗本英治、小田彰史、福石信之

第51回構造活性相関シンポジウム（東京）令和5年11月20-21日

Computational study of the Ring Opening Process in Nonenzymatic Peptide Bond Cleavage at the C-Terminal Side of an Asparagine Residue

Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda, Yoshinobu Ishikawa

34th IUPAP Conference on Computational Physics（Kobe）令和5年8月7日

γS-クリスタリンにおける全アスパラギン残基の脱アミド化による凝集促進

加藤紘一、仲吉朝希、栗本英治、小田彰史、石川吉伸

第23回日本蛋白質科学会年会（名古屋）令和5年7月5日

原著論文

Characterization of zinc(II) complex of 1,4,7,10-tetrazacyclododecane and deprotonated 5-fluorouracil (FU) in crystalline/solution states and evaluation of anticancer activity: Approach for improving the anticancer activity of FU. Yoshimi Ichimaru, Koichi Kato, Rina Nakatani, Kirara Sugiura, Hideki Mizutani, Emiko Kinoshita Kikuta, Tohru Koike, Wanchun Jin, Masanori Imai, Hiromasa Kurosaki. 

Inorganic Chemistry Communications, 147, 110221, 2023

Difference in the inhibitory effect of thiol compounds and demetallation rates from the Zn(II) active site of metallo-β-lactamases (IMP-1 and IMP-6) associated with a single amino acid substitution. 

Yoshihiro Yamaguchi, Koichi Kato, Yoshimi Ichimaru, Yuya Uenosono, Sakiko Tawara, Rio Ito, Natsuki Matsuse, Jun-ichi Wachino, Sachiko Toma Fukai, Wanchun Jin, Yoshichika Arakawa, Masami Otsuka, Mikako Fujita, Nobuyuki Fukuishi, Kirara Sugiura, Masanori Imai, Hiroma sa Kurosaki. 

ACS Infectious Diseases, 9, 65-78, 2022

Structural investigation of pathogenic variants in dihydropyrimidinase using molecular dynamics simulations. 

Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Ayuka Nagura, Eiji Hishinuma, Masahira Hiratsuka, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda. 

Journal of Molecular Graphics and Modelling, 117, 108288, 2022

Potential anti allergic effects of bibenzyl derivatives from liverworts, Radula perrottetii. 

Haruka Asai, Koichi Kato, Moe Suzuki, Mirei Takahashi, Erika Miyata, Moeka Aoi, Reika Kumazawa, Fuminori Nagashima, Hiromasa Kurosaki, Yutaka Aoyagi, Nobuyuki Fukuishi. 

Planta Medica, 88, 1069-1077, 2022

Bis(nitrato-κO)(1,4,8,11-tetraazacyclotetradecane-κ-4N)zinc(II)methanol monosolvate. 

Yoshimi Ichimaru, Koichi Kato, Masaaki,Kurihara, Wanchun Jin, Toru Koike, Hiromasa Kurosaki. 

IUCrData, 7, x220854, 2022

Benzophenone glucosides and B-type proanthocyanidins dimer from Zambian Cassia abbreviata and their trypanocidal activities.

Munsimbwe L, Suganuma K, Ishikawa Y, Choongo K, Kikuchi T, Shirakura I, Murata T.

J. Nat. Prod., 85, 91-104, 2022

Structural basis for peptide recognition by archaeal oligopeptide permease A

Yokoyama H, Kamei N, Konishi K, Hara K, Ishikawa Y, Matsui I, Forterre P, Hashimoto H

PROTEINS, 90, 1434-1442, 2022

Development of novel small molecules with PD-1/PD-L1 binding inhibition and potent antitumor effects in humanized mouse

Akiyama Y, Ashizawa T, Iizuka A, Ando T, Ishikawa Y, Kondou R, Miyata H, Maeda C, Kanematsu A, Sugino T, Yamaguchi K.

Anticancer Research, 42, 5233-5247, 2022

学会発表                                                              

ザンビア産Cassia abbreviata由来抗トリパノソーマ活性プロアントシアニジン類の立体構造決定方法とベンゾフェノン配糖体のNMR高磁場シフト要因の検討

村田敏拓、Linous Munsimbwe、菅沼啓輔、石川吉伸、Kennedy Choongo、菊池貴、白倉和泉

日本薬学会第143年会（札幌）令和5年3月27日

γS-crystallin におけるアスパラギン残基の脱アミド化が構造および凝集に及ぼす影響

加藤紘一、仲吉朝希、栗本英治、小田彰史、石川吉伸

日本薬学会第143年会（札幌）令和5年3月26日

Asn-Gly配列およびAsn-Ile配列におけるAsn残基脱アミド化の比較

加藤紘一、仲吉朝希、栗本英治、小田彰史、石川吉伸

第50回構造活性相関シンポジウム（名古屋・オンライン）令和4年11月10日

肺腺がん細胞におけるクローディン-2発現低下作用をもつ低中分子薬の探索

木村梨穂、石川吉伸、米澤正、浅井知浩、篠田雄大、白水美香子、吉野雄太、遠藤智史、松永俊之、五十里彰

日本病院薬剤師会東海ブロック・日本薬学会東海支部合同学術大会2022 (静岡), 2022.11.06

Asn残基の脱アミド化におけるC末端側のGly残基と主鎖構造の影響

加藤紘一、市丸嘉、仲吉朝希、小田彰史、石川吉伸

第66回日本薬学会関東支部大会（横浜）令和4年9月17日

クローディン-1を標的としたバイオ医薬品の経皮吸収促進剤候補の探索

吉野雄太、照屋達己、加藤由夏、石川吉伸、五十里彰

生理研研究会2022 (岡崎), 2022.07.14-15

クローディン-1を介したバイオ医薬品の経皮吸収促進法の開発

照屋達己、吉野雄太、加藤由夏、石川吉伸、遠藤智史、五十里彰

第68回日本薬学会東海支部大会 (名古屋), 2022.07.09

クローディン-1 (CLDN1) の司る表皮バリアに対する可逆的皮膚透過促進剤の開発

吉野雄太、照屋達己、松永遥香、石川吉伸、五十里彰

第85回日本生化学会中部支部例会 (静岡、オンライン), 2021.05.2

原著論文

Crystal Structure of [{m,m-bis(ZnII-cyclen)}3(μ2-CO32(H2O)2](ClO4)8·nH2O. 

Yoshimi Ichimaru, Koichi Kato, Kirara Sugiura, Chisa Hirata, Wanchun Jin, HarutoFujioka, Hiromasa Kurosaki, Toru Koike.

 X-Ray Structure Analysis Online, 38, 53-55, 2022

Computational quantitation of the aldehyde forms of aldohexoses and disaccharides composed of D-glucose: Predictions of their reactivities in the Maillard reaction. 

Koichi Kato, Yasuro Shinohara, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda, Yoshinobu Ishikawa. 

Computational and Theoretical Chemistry, 1209. 113605, 2022

Nonenzymatic deamidation mechanism on a glutamine residue with a C-terminal adjacent glycine residue: A computational mechanistic study. 

Haruka Asai, Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Yoshinobu Ishikawa, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda, Nobuyuki Fukuishi.

 AppliedChem, 1, 142-155, 2021

Computational analysis of the mechanism of nonenzymatic peptide bond cleavage at the C-terminal side of an asparagine residue. 

Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Yoshinobu Ishikawa, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda. 

ACS Omega 6, 30078-30084, 2021

Characterization of the binding of adenosine-5'-monophosphate to a µ-type alkoxide linked dinuclear zinc(ii) complex in crystal and solution state. 

Emiko Kinoshita Kikuta, Yoshimi Ichimaru, Yoshi Yamano, Koichi Kato, Hiromasa Kurosaki ,Eiji Kinoshita, Tohru Koike.

 Bulletin of the Chemical Society of Japan, 11, 2670-2677, 2011

Molecular dynamics simulations for the protein ligand complex structures obtained by computational docking studies using implicit or explicit solvents. 

Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda . 

Chemical Physics Letters, 781, 139022, 2021

Virtual alanine scan of the main protease active site in severe acute respiratory syndrome coronavirus 2. 

Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda. 

International journal of molecular sciences, 22, 9837, 2021

Deciphering structural alterations associated with activity reductions of genetic Polymorphisms in cytochrome P450 2A6 using molecular dynamics simulations. 

Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Rika Nokura, Hiroki H osono, Masahiro Hiratsuka, Yoshinobu Ishikawa, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda 

International journal of molecular sciences, 22, 10119, 2021

Crystal structure of 2-(1-benzoylazetidin-3-yl)thio-1,3-thiazoline. 

Kirara Sugiura, Yoshimi Ichimaru, Koichi Kato, Masanori Imai, Hiromasa Kurosaki, Kazuhiko Hayashi. 

X-Ray Structure Analysis Online, 37, 57-58, 2021

Crystal structures of metallo-β-lactamase (IMP-1) and its D120E mutant in complexes with citrate and the inhibitory effect of the benzyl group in citrate monobenzyl ester. 

Yoshihiro Yamaguchi, Koichi Kato, Yoshimi Ichimaru, Wanchun Jin, Misa Sakai, Miki Abe, Jun-ichi Wachino, Yoshichika Arakawa, Yukina Miyagi, Masanori Imai, Nobuyuki Fukuishi, Yuriko Yamagata, Masami Otsuka, Mikako Fujita, Hiromasa Kurosaki. 

Journal of Medicinal Chemistry 65, 10019-10026, 2021

Theoretical studies on the effect of isomerized aspartic acid residues on the three dimensional structures of bovine pancreatic ribonucleases A. 

Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda. 

Biological & pharmaceutical bulletin. 44, 967-975, 2021

Aqua(1,4,7,10-tetraazacyclododecane)zinc(II)bis-(perchlorate) 

Yoshimi Ichimaru, Koichi Kato, Hiromasa Kurosaki, Haruto Fujioka, Misa Sakai, Yoshihiro Yamaguchi, Jin Wanchun, Kirara Sugiura, Masanori Imaia, Tohru Koike. 

IUCrData 6, x2103997, 2021

Preparation, crystallization, and X-ray analysis of archaeal oligopeptide permease A.

Yokoyama H, Kamei N, Konishi K, Hara K, Ishikawa Y, Matsui I, Forterre P, Hashimoto H

Crystallography Reports, 66, 1298-1303, 2021

学会発表

クローディン-1(CLDN-1)を標的とした可逆的皮膚透過促進剤の開発

吉野雄太、照屋達己、 松永遥香、石川吉伸、五十里彰

日本薬学会第141回会 (広島), 2021.3.26-29

肺腺がん細胞におけるクローディン-1結合性ペプチドによる化学療法抵抗性の改善

伊藤綾夏、奈迫遥華、高階優衣、江口博晶、石川吉伸、松永俊之、遠藤智史、五十里彰

日本薬学会第141年会 (広島), 2021.3.26-29

Gln-Gly配列におけるGln脱アミド化の反応機構

加藤紘一、淺井遥、仲吉朝希、石川吉伸、栗本英治、小田彰史

第16回Dアミノ酸学会（オンライン）、令和3年9月11日

Asn残基の脱アミド化およびC末端側ペプチド結合切断におけるC末端側Pro残基の影響

加藤紘一、仲吉朝希、石川吉伸、栗本英治、小田彰史

第49回構造活性相関シンポジウム（オンライン）令和3年11月18日

アスパラギン残基の脱アミド化によるγSクリスタリンの凝集促進

加藤紘一、仲吉朝希、栗本英治、小田彰史、石川吉伸

第94回日本生化学会大会（オンライン）令和3年11月3日

α-アミノイソ酪酸が原始タンパク質に含まれていた可能性の検討

加藤紘一、仲吉朝希、藪万有香、石川吉伸、栗本英治、小田彰史

第46回生命の起原および進化学会学術講演会（仙台・オンライン）令和4年3月22日

特許

PD-1及び/又はPD-L1の阻害剤　

安藤隆幸、秋山靖仁、芦澤忠、飯塚明、井上謙吾、石川吉伸

特願2021－045476

ＲＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害剤、そのスクリーニング方法、抗がん剤有効性判定マーカー、及びＦＴＳＪ１阻害剤の有効性予測のためのキット　

安藤隆幸、藤村篤史、井上謙吾、石川吉伸、富澤一仁　

PCT/JP2020/032130　WO2021039824