研究業績
研究業績
Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Tadashi Kiyoi, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda
Computational Estimation of the Residues Involved in the Emergence of Drug Resistance to the SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitor Nirmatrelvir using a Virtual Alanine Scan
Chem-Bio Informatics Journal, 25, 90-106, 2025
Koushirou Sogawa, Koichi Kato, Makoto Sano, Tomoki Nakayoshi, Hiroki Yoshioka, Hideaki Kato, Akifumi Oda, Masahiko Funada, Tsutomu Suzuki, Masaaki Kurihara, Yoshimi Ichimaru
Indirubin derivatives bearing an oxirane moiety are promising chemosensitizers for combination treatment in pancreatic cancer
Medicinal Chemistry Research, in press
Nanami Kurosawa, Yoshinobu Ishikawa, Tatsuo Katagiri, Eri Isowaki, Hayato Sato, Kenroh Sasaki, Toshihiro Murata
Nemophilosides A–I, nine meroterpenoid glucosides isolated from Nemophila menziesii
Journal of Natural Medicines, in press
Kirara Sugiura, Shota Machida, Yoshimi Ichimaru, Koichi Kato, Noa Ohashi, Satsuki Suzuki, Ai Takemoto, Mina Takaoka, Wanchun Jin, Kazuhiko Hayashi, Masanori Imai
Efficient Synthesis of 8-Membered Fused Indoles via Intramolecular Friedel–Crafts Reaction of N-(2,2-Dimethoxyethyl)sulfonamides
Chemical and Pharmaceutical Bulletin, 73, 1042–1049, 2025
Koichi Kato, Haruka Asai, Tomoki Nakayoshi, Ayato Mizuno, Akifumi Oda, Yoshinobu Ishikawa
Investigation of the Effect of C-Terminal Adjacent Phenylalanine Residues on Asparagine Deamidation by Quantum Chemical Calculations
International Journal of Molecular Sciences, 26(14), 6819, 2025
Stipan Nurbyek, Toshihiro Murata, Keisuke Suganuma, Yoshimi Ichimaru, Nanami Kurosawa, Yoshinobu Ishikawa, Buyanmandakh Buyankhishig, Bekh-Ochir Davaapurev, Tseesuren Byambajav, Puntsantsogvoo Otgonsugar, Kenroh Sasaki, Javzan Batkhuu
Isolation of sesquiterpenoids and trypanocidal constituents from Artemisia adamsii
ACS Omega, 10, 19, 19665-19674, 2025
Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Kenju Inaoka, Ayumi Shingaki, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda
Molecular Dynamics Simulations of Monomeric and Tetrameric Amyloid β1-42 Peptides with D-Aspartic Acid Residues
ChemBioChem, 2500171, 2025
風見美薫、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、菱沼英史、平塚真弘、加藤紘一、小田彰史
CYP2C19の基質認識時の構造変化と基質の結合様式
第71回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和7年7月5日
高橋大輝、水野文人、仲吉朝希、菱沼英史、平塚真弘、栗本英治、加藤紘一、小田彰史
野生型及び変異型ジヒドロピリミジナーゼの立体構造の分子動力学シミュレーションによる解析
第71回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和7年7月5日
峯岸昂生、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、加藤紘一、小田彰史
アミロイドβにおいてSer26のD-化とGlu3の環化反応が二次構造に与える影響
第71回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和7年7月5日
古賀朱莉、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、加藤紘一、小田彰史
ウシ膵臓リボヌクレアーゼAのアスパラギン残基の脱アミド化が立体構造に与える影響
第71回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和7年7月5日
重原龍至、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、加藤紘一、小田彰史
複数鎖原始タンパク質の分子動力学シミュレーション
第71回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和7年7月5日
大城寧音、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、藤垣英嗣、加藤紘一、小田彰史
KAT2-阻害剤複合体の立体構造解析のための分子動力学シミュレーション
第71回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和7年7月5日
水野文人、仲吉朝希、加藤紘一、小田彰史
SARS-CoV-2 メインプロテアーゼ阻害剤の薬剤耐性予測としてのVirtual Alanine Scan
第71回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和7年7月5日
仲吉朝希、水野文人、加藤紘一、小田彰史
分子動力学計算による酵素protein L-isoaspartyl O-methyltransferaseの種差の解析
第71回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和7年7月5日
Tomoki Nakayoshi, Ayato Mizuno, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda
Structural predictions of complex of protein L-isoaspartyl O-methyltransferase and substrates
13th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists (WATOC 2025) (Oslo)
令和7年6月26日
Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda
Non-enzymatic Reaction of Ornithine Residues in Primitive Protein
13th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists (WATOC 2025) (Oslo)
令和7年6月24日
水野文人、仲吉朝希、加藤紘一、小田彰史
SARS-CoV-2メインプロテアーゼとエンシトレルビルの複合体に対する全残基のvirtual alanine scan
第89回日本生化学会中部支部例会（名古屋）令和7年5月24日
仲吉朝希、水野文人、加藤紘一、小田彰史
分子動力学法による酵素protein L-isoaspartyl O-methyltransferaseの基質認識機構の解明
第89回日本生化学会中部支部例会（名古屋）令和7年5月24日
Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Kenju Inaoka, Ayumi Shingaki, Koichi Kato, Akifumi Oda
Computational studies for structural features of tetrameric amyloid β1-42 peptides with D-Asp1, 7, and 23 residues.
5th International Symposium on Frontiers in Molecular Science (ISFMS 2025) (Kyoto) 令和7年8月27日
大城寧音、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、藤垣英嗣、加藤紘一、小田彰史
キヌレニンアミノトランスフェラーゼ2と阻害剤との複合体の立体構造推定
第53回構造活性相関シンポジウム（東大阪）令和7年9月4日
仲吉朝希、水野文人、加藤紘一、鷹野優、小田彰史
酵素protein L-isoaspartyl/D-aspartyl O-methyltransferaseによる基質認識機構の解析
第53回構造活性相関シンポジウム（東大阪）令和7年9月4日
峯岸昂生、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、加藤紘一、小田彰史
Ser26のD-化およびGlu3の環化がアミロイドβの立体構造に与える影響の推定
第53回構造活性相関シンポジウム（東大阪）令和7年9月4日
古賀朱莉、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、加藤紘一、小田彰史
ウシ膵臓リボヌクレアーゼAのドメインスワッピングにアスパラギン残基の脱アミド化が与える影響の分子動力学シミュレーションによる推定
第53回構造活性相関シンポジウム（東大阪）令和7年9月4日
水野文人、仲吉朝希、加藤紘一、小田彰史
酵素非存在下でのペプチド結合形成反応の量子化学計算
第53回構造活性相関シンポジウム（東大阪）令和7年9月4日
重原龍至、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、加藤紘一、小田彰史
ペプチドが複数集まってできた原始タンパク質候補の分子動力学シミュレーションによる構造推定
第53回構造活性相関シンポジウム（東大阪）令和7年9月4日
高橋大輝、水野文人、仲吉朝希、菱沼英史、平塚真弘、栗本英治、加藤紘一、小田彰史
分子動力学シミュレーションを用いた野生型及び変異型ジヒドロピリミジナーゼ2量体の立体構造解析
第53回構造活性相関シンポジウム（東大阪）令和7年9月4日
風見美薫、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、菱沼英史、平塚真弘、加藤紘一、小田彰史
CYP2C19の基質認識時の構造変化と基質の結合様式の推定
第53回構造活性相関シンポジウム（東大阪）令和7年9月4日
水野文人、仲吉朝希、加藤紘一、小田彰史
非酵素的ペプチド結合形成反応の量子化学計算
第19回D-アミノ酸学会学術講演会（茨木）令和7年9月5日
仲吉朝希、水野文人、加藤紘一、鷹野優、小田彰史
計算化学手法に基づく酵素PIMTの基質結合時の構造変化の解析
第19回D-アミノ酸学会学術講演会（茨木）令和7年9月5日
Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Akifumi Oda
Investigation of the Reason Why Ornithine Was Excluded from the Proteinogenic Amino Acids by Quantum Chemical Calculations
第63回日本生物物理学会年会（奈良）令和7年9月26日
Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Akifumi Oda
Virtual Alanine Scan for Predicting Drug Resistance to SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitors
CBI学会2025年大会（東京）令和7年10月28日
仲吉朝希、風見美薫、水野文人、菱沼英史、平塚真弘、加藤紘一、小田彰史
分子動力学計算に基づくCYP2C19によるクロピドグレルの認識機構の解析
第98回日本生化学会大会（京都）令和7年11月4日
Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Akifumi Oda
Structural prediction of ensitrelvir-resistant mutants of SARS-CoV-2 main protease
XXXVI IUPAP Conference on Computational Physics (CCP2025)（Oak Ridge・オンライン）令和7年11月6日
Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda
Quantum Chemical Calculations of the Nonenzymatic Bicarbonate Ion-Catalyzed Lactamization of Ornithine Residues to Identify the Components of Primitive Proteins
The Journal of Physical Chemistry A, 129, 2387-2395, 2025
Buyanmandakh Buyankhishig, Toshihiro Murata, Koichi Narita, Chinbat Delgermaa, Yoshifumi Nishikawa, Nanang R. Ariefta, Baasandorj Gantumur, Tseesuren Byambajav, Yoshinobu Ishikawa, Bekh-Ochir Davaapurev, Kenroh Sasaki, and Javzan Batkhuu
Isolation of Antiplasmodial Oxazoles and Isoflavonoids from the Roots of Oxytropis trichophysa and Total Synthesis of Oxazole-type Alkaloids
Journal of Natural Products, 88, 2, 448–457, 2025
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Yuna Moritsuki, Saki Makino, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Molecular Dynamics Simulations of Computationally Predicted Protein–Ligand Complex Structures to Evaluate the Structural Validity
Springer Proceedings in Physics, in press
Yuko Mizukami, Shotaro Hashimoto, Tomoka Ando, Yoshinobu Ishikawa, Hiroaki Eguchi, Yuta Yoshino, Toshiyuki Matsunaga, Nobuhisa Matsuhashi, Akira Ikari
Reduction of Chemoresistance by Claudin-14-Targeting Peptide in Human Colorectal Cancer Cells
Journal of Cellular Biochemistry, 126(1), e30675, 2025
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Ayato Mizuno, Mayuka Yabu, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Molecular Dynamics Simulations of Putative Primitive Proteins Including β-Aspartic Acid Residues
Bulletin of the Chemical Society of Japan, 98, uoae143, 2025
Nanami Kurosawa, Yohei Takeda, Yoshimi Ichimaru, Dulamjav Jamsransuren, Sachiko Matsuda, Yoshinobu Ishikawa, Minori Yamaguchi, Haruko Ogawa, Kenroh Sasaki, Toshihiro Murata
Chemical constituents of five Saxifraga species and their virucidal activities.
Fitoterapia, 179, 106215, 2024
Yoshimi Ichimaru, Kirara Sugiura, Koichi Kato, Yuki Kondo, Masaaki Kurihara, Wanchun Jin, Masanori Imai, Hiromasa Kurosaki
[1-(Anthracen-9-ylmeth-yl)-1,4,7,10-tetra-aza-cyclododeca-ne]chlorido-zinc(II) nitrate
IUCrData, 9, x240665, 2024
Yuko Mizukami, Ayaka Ito, Shotaro Hashimoto, Yoshinobu Ishikawa, Hiroaki Eguchi, Yuta Yoshino, Toshiyuki Matsunaga, Shohei Hamada, Takumi Furuta, Akira Ikari
Downregulation of chemoresistance by claudin-14 silencing in human colorectal cancer cells.
Archives of Biochemistry and Biophysics, 758, 110075, 2024
Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Computational Estimation of Residues Involving Resistance to the SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitor Ensitrelvir Based on Virtual Alanine Scan of the Active Site.
Biological and Pharmaceutical Bulletin, 47, 967-977, 2024
Yoshimi Ichimaru, Koichi Kato, Wanchun Jin, Masaaki Kurihara, Hiromasa Kurosaki
(5-Fluoro-2,6-dioxo-1,2,3,6-tetra-hydro-pyrimidin-1-ido-κ N 1)(1,4,8,11-tetra-aza-cyclo-tetra-decane-κ4 N)zinc(II) perchlorate
IUCrData, 9, x240431, 2024
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Yasuro Shinohara, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda, Yoshinobu Ishikawa.
Theoretical Studies on the Reaction Mechanism of Schiff Base Formation from Hexoses.
The Journal of Physical Chemistry B, 128, 4952–4958, 2024
河本さやか、北川日向子、木村梨穂、橋本祥太朗、吉野雄太、石川吉伸、五十里彰
Claudin-2を標的とした新たな肺腺がん治療薬の開発
日本薬学会第145年会（福岡）令和7年3月28日
安藤友香、水上優子、橋本祥太朗、吉野雄太、石川吉伸、松永俊之、松橋延壽、五十里彰
大腸がん細胞の増殖に対するclaudin-14発現の影響と新規治療薬の開発
日本薬学会第145年会（福岡）令和7年3月28日
黒澤七海、武田洋平、市丸嘉、JamsransurenDulamjav、松田祥子、石川吉伸、山口みのり、小川晴子、佐々木健郎、村田敏拓
ユキノシタ属植物5種から得た成分の化学構造解析と殺ウイルス活性
日本薬学会第145年会（福岡）令和7年3月28日
村田敏拓、NurbyekStipan、菅沼啓輔、市丸嘉、BuyankhishigBuyanmandakh、黒澤七海、石川吉伸、DavaapurevBekh-Ochir、佐々木健郎、BatkhuuJavzan
モンゴル国産Artemisia属植物より得た抗トリパノソーマ活性成分とセスキテルペノイドの絶対立体配置の検討
日本薬学会第145年会（福岡）令和7年3月28日
加藤紘一、仲吉朝希、栗本英治、小田彰史
アスパラギン残基の脱アミド化がγSクリスタリンの二量体界面にもたらす影響
日本薬学会第145年会（福岡）令和7年3月28日
仲吉朝希、水野文人、栗本英治、加藤紘一、小田彰史
分子動力学法に基づく酵素protein L-isoaspartyl/D-aspartyl O-methyltransferaseの基質認識メカニズムの評価
日本薬学会第145年会（福岡）令和7年3月27日
風見美薫、水野文人、仲吉朝希、加藤紘一、菱沼英史、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
ドッキングシミュレーションと分子動力学シミュレーションによるCYP2C19と基質の結合様式と基質認識時のCYP2C19の構造変化の解明
日本薬学会第145年会（福岡）令和7年3月27日
大城寧音、水野文人、仲吉朝希、加藤紘一、藤垣英嗣、栗本英治、小田彰史
ドッキングとMDシミュレーションによるキヌレニンアミノトランスフェラーゼ2とその阻害剤との複合体の立体構造推定
日本薬学会第145年会（福岡）令和7年3月27日
峯岸昂生、水野文人、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
分子動力学シミュレーションによる非酵素的修飾の起こったアミロイドβ1-42の立体構造解析
日本薬学会第145年会（福岡）令和7年3月27日
髙橋大輝、水野文人、仲吉朝希、加藤紘一、菱沼英史、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
分子動力学シミュレーションによる野生型及び変異型ジヒドロピリミジナーゼの立体構造解析
日本薬学会第145年会（福岡）令和7年3月27日
重原龍至、水野文人、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
複数鎖[GADV]-タンパク質の分子動力学シミュレーションによる構造推定
日本薬学会第145年会（福岡）令和7年3月27日
水野文人、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
オルニチンはなぜタンパク質を構成するアミノ酸になれなかったのか？
日本薬学会第145年会（福岡）令和7年3月27日
古賀朱莉、水野文人、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
Asn67における脱アミド化がウシ膵臓リボヌクレアーゼAの立体構造に与える影響についての分子動力学シミュレーション
日本薬学会第145年会（福岡）令和7年3月27日
Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Mayuka Yabu, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda
Why does α-amino butylic acid not constitute protein?
第49回生命の起原および進化学会学術講演会（横浜）令和7年3月26日
Tomoki Nakayoshi, Ayato Mizuno, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda
Why does homoserine not constitute protein? ―a computational analysis
第49回生命の起原および進化学会学術講演会（横浜）令和7年3月26日
Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda
Why does ornithine not constitute protein?
第49回生命の起原および進化学会学術講演会（横浜）令和7年3月26日
水野文人、仲吉朝希、栗本英治、加藤紘一、小田彰史
オルニチンの非酵素的ラクタム化反応の量子化学計算:オルニチンがタンパク質を構成できない理由の推定
2024年度日本生物物理学会中部支部討論会（名古屋）令和7年3月18日
仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
分子動力学計算に基づく遺伝子多型がCYP2C8の立体構造に与える影響の推定
第52回構造活性相関シンポジウム（川崎）令和6年12月13日
橋本祥太朗、水上優子、江口博晶、石川吉伸、吉野雄太、松永俊之、五十里彰
大腸がんにおけるクローディン-14の病態生理機能の解明と治療薬の創出
第96回日本生化学会（横浜）令和6年11月6日-8日
橋本祥太朗、水上優子、石川吉伸、吉野雄太、松永俊之、五十里彰
大腸がん細胞に対するクローディン14標的ペプチドの化学療法抵抗性改善効果
日本病院薬剤師会東海ブロック・日本薬学会東海支部 合同学術大会2024（岐阜）令和6年10月27日
Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda
Virtual alanine scan to predict ensitrelvir resistance of SARS-CoV-2 main protease
24th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationship (24th EuroQSAR)（Barcelona）令和6年9月23日-24日
Tomoki Nakayshi, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda
Computational studies of substrate recognition mechanisms of human PIMT based on molecular dynamics simulations
24th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationship (24th EuroQSAR)（Barcelona）令和6年9月23日-24日
Koichi Kato, Haruka Asai, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda, Yoshinobu Ishikawa
Investigation of the effect of C-terminal adjacent phenylalanine residues on asparagine deamidation by quantum chemical calculations
The 6th International Conference of D-Amino Acid Research (IDAR2024)（Kanazawa）令和6年8月21日-22日
Ayumi Shingaki, Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Computational studies on effects of D-Asp residues on the three-dimensional structures of amyloid beta tetramers
The 6th International Conference of D-Amino Acid Research (IDAR2024)（Kanazawa）令和6年8月21日-22日
Tomoki Nakayoshi, Ayato Mizuno, Kenju Inaoka, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda
Structural investigations of amyloid beta peptide monomer including D-asparatic acid residues by long-time molecular dynamics simulations with continuous solvent model
The 6th International Conference of D-Amino Acid Research (IDAR2024)（Kanazawa）令和6年8月21日-22日
Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Computational studies of substrate recognition mechanisms of human PIMT based on molecular dynamics simulations
The 6th International Conference of D-Amino Acid Research (IDAR2024)（Kanazawa）令和6年8月21日-22日
清井義、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
分子動力学シミュレーションによるSARS-CoV-2メインプロテアーゼ－ニルマトレルビル複合体の構造的特徴の解析と薬剤耐性の予測
第70回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和6年7月6日
矢﨑望歩、仲吉朝希、加藤紘一、水谷衣美、菱沼英史、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
CYP3A4変異体の酵素活性と立体構造の関係についての分子動力学シミュレーション
第70回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和6年7月6日
新垣あゆみ、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
分子動力学シミュレーションによるD-Asp残基を含む4量体アミロイドβ1-42の立体構造解析
第70回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和6年7月6日
水野文人、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
タンパク質構成要素としてのオルニチン残基の非酵素的ラクタム化反応の量子化学計算
第70回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和6年7月6日
仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
分子動力学計算に基づく酵素PIMTの基質認識機構の推定
第70回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和6年7月6日
Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Virtual alanine scan for entire sequence of SARS-CoV-2 main protease complexed with ensitrelvir
21st International Union of Pure and Applied Biophysics and 62nd Biophysics Society of Japan Joint Congress (IUPAB 2024)（Kyoto）令和6年6月25日
矢﨑 望歩、仲吉 朝希、加藤 紘一、水谷 衣美、菱沼 英史、平塚 真弘、栗本 英治、小田 彰史
分子動力学シミュレーションによるCYP3A4野生型および変異体の立体構造解析
第88回日本生化学会中部支部例会（岐阜）令和6年5月25日
北川 日向子、木村 梨穂、伊藤 綾夏、石川 吉伸、吉野 雄太、五十里 彰
がん悪性化の改善に向けたクローディン-2発現低下薬の探索.
第88回日本生化学会中部支部例会 (岐阜) 令和6年5月25日
橋本 祥太朗、水上 優子、江口 博晶、石川 吉伸、吉野 雄太、松永 俊之、五十里 彰
大腸がん細胞に対するクロ―ディン14標的ペプチドの抗がん剤毒性増強効果
第88回日本生化学会中部支部例会 (岐阜) 令和6年5月25日
内田 美里、吉野 雄太、遠藤 智史、石川 吉伸、五十里 彰
クローディン-1を標的した低分子化合物による表皮透過促進作用の解明
第88回日本生化学会中部支部例会 (岐阜) 令和6年5月25日
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Sho Hioki, Masahiro Hiratsuka, Yoshinobu Ishikawa, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda.
Structural Impact Assessment of Cytochrome P450 2A13 Polymorphisms Using Molecular Dynamics Simulations.
Biological & Pharmaceutical Bulletin 47, 620-628, 2024
Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda.
Three-dimensional structure prediction of [GADS]-proteins as tentative primitive proteins.
Chemistry Letters, 53, upae018, 2024
Yoshimi Ichimaru, Koichi Kato, Kirara Sugiura, Sarina Ogawa, Wanchun Jin, Masaaki Kurihara, Yoshihiro Yamaguchi, Masanori Imai, Hiromasa Kurosaki
Aqua-{μ-1,4-bis-[(1,4,7,10-tetra-aza-cyclo-dodecan-1-yl)meth-yl]benzene}(nitrato-κ O)dicopper(II) tris-(nitrate) trihydrate
IUCrData, 8, x230462, 2023
Yoshimi Ichimaru, Koichi Kato, Rina Nakatani, Risa Isomura, Kirara Sugiura, Yoshihiro Yamaguchi, Wanchun Jin, Hideki Mizutani, Masanori Imai, Masaaki Kurihara, Mikako Fujita, Masami Otsuka, Hiromasa Kurosaki.
Structural Characterization of Zinc(II)/Cobalt(II) Complexes of Chiral N-(Anthracen-9-yl)methyl-N,N-bis(2-picolyl)amine and Evaluation of DNA Photocleavage Activity.
Chemical & Pharmaceutical Bulletin, 71, 545-551, 2023
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Yuki Kitamura, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda, Yoshinobu Ishikawa.
Identification of the Most Impactful Asparagine Residues for γS-Crystallin Aggregation by Deamidation.
Biochemistry, 62, 1679-1688, 2023
仲吉朝希、加藤紘一、金井涼、井上尋貴、福吉修一、太田公規、栗本英治、小田彰史
分子動力学シミュレーションによるカルボラン誘導体がアンドロゲン受容体の構造に与える影響の推定
名城大学総合研究所総合学術研究論文集, 22, 69-76, 2023
Yoshimi Ichimaru, Koichi Kato, Kirara Sugiura, Risa Isomura, Haruto Fujioka, Tohru Koike, Sayuri Fujii-Kishida, Masaaki Kurihara, Yoshihiro Yamaguchi, Wanchun Jin, Masanori Imai, Hiromasa Kurosaki
Artificial helix supramolecule by doubly p-xylyl bridged bis(ZnII–cyclen) (cyclen = 1,4,7,10-tetraazacyclododecane).
Inorganic Chemistry Communications, 153, 110782, 2023
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Ryota Oyaizu, Natsuko Noda, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda.
Effect of the addition of the fifth amino acid to [GADV]-protein on the three dimensional structure.
Life, 13, 246, 2023
Nurbyek S, Buyankhishig B, Suganuma K, Ishikawa Y, Kutsuma M, Abe M, Sasaki K, Davaapurev BO, Batkhuu J, Murata T.
Phytochemical investigation of Scutellaria scordiifolia and its trypanocidal activity.
Phytochemistry, 209, 113615, 2023
内田美里、吉野雄太、遠藤智史、石川吉伸、五十里彰
クローディン-１タンパク質細胞内局在を操る経皮吸収促進技術の開発
日本薬学会第144年会（横浜）令和6年3月28日-31日
加藤紘一、仲吉朝希、栗本英治、小田彰史、石川吉伸
アスパラギン残基の脱アミド化によるγSクリスタリンの構造変化と凝集の関係
日本薬学会第144年会（横浜）令和6年3月28日-31日
市丸嘉、加藤紘一、黒崎博雅、栗原正明
アントラセンを導入した[12]aneN3誘導体－亜鉛錯体のDNA切断活性
日本薬学会第144年会（横浜）令和6年3月28日-31日
清井義、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
分子動力学シミュレーションによるSARS-CoV-2メインプロテアーゼ－ニルマトレルビル複合体の構造的特徴の解析
日本薬学会第144年会（横浜）令和6年3月30日
矢崎望歩、仲吉朝希、加藤紘一、水谷衣美、菱沼英史、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
CYP3A4変異体の立体構造解析および酵素活性への影響の推定のための分子動力学シミュレーション
日本薬学会第144年会（横浜）令和6年3月30日
新垣あゆみ、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
Asp残基の立体反転が４量体アミロイドβ1-42の立体構造に与える影響
日本薬学会第144年会（横浜）令和6年3月30日
仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
β-アスパラギン酸を含む原始タンパク質候補の立体構造形成に関する分子動力学シミュレーション
第48回生命の起原および進化学会学術講演会（横浜）令和6年3月28日
仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
原始タンパク質構成要素としてのセリンの役割の計算化学的解明
日本物理学会2024年春季大会（オンライン）令和6年3月20日
仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、平塚真弘、鷹野優、小田彰史
分子動力学計算による遺伝子多型がCYP2C8の立体構造に与える影響の推定
第10回CBI学会個別化医療研究会（岐阜）令和6年2月27日
加藤紘一、仲吉朝希、篠原康郎、栗本英治、小田彰史、石川吉伸
メイラード反応初期段階におけるシッフ塩基形成反応の量子化学計算による解析
第51回構造活性相関シンポジウム（東京）令和5年11月20-21日
淺井遥、加藤紘一、仲吉朝希、栗本英治、小田彰史、福石信之
Asn残基の非酵素的脱アミド化における隣接するPhe残基の影響についての量子化学計算による解析
第51回構造活性相関シンポジウム（東京）令和5年11月20-21日
水野文人、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
SARS-CoV-2メインプロテアーゼとエンシトレルビルの複合体に対するvirtual alanine scanによる1残基の変異が立体構造に与える影響の予測
第51回構造活性相関シンポジウム（東京）令和5年11月20-21日
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda, Yoshinobu Ishikawa
Computational study of the Ring Opening Process in Nonenzymatic Peptide Bond Cleavage at the C-Terminal Side of an Asparagine Residue
34th IUPAP Conference on Computational Physics（Kobe）令和5年8月7日
加藤紘一、仲吉朝希、栗本英治、小田彰史、石川吉伸
γS-クリスタリンにおける全アスパラギン残基の脱アミド化による凝集促進
第23回日本蛋白質科学会年会（名古屋）令和5年7月5日
Yoshimi Ichimaru, Koichi Kato, Rina Nakatani, Kirara Sugiura, Hideki Mizutani, Emiko Kinoshita Kikuta, Tohru Koike, Wanchun Jin, Masanori Imai, Hiromasa Kurosaki.
Characterization of zinc(II) complex of 1,4,7,10-tetrazacyclododecane and deprotonated 5-fluorouracil (FU) in crystalline/solution states and evaluation of anticancer activity: Approach for improving the anticancer activity of FU.
Inorganic Chemistry Communications, 147, 110221, 2023
Yoshihiro Yamaguchi, Koichi Kato, Yoshimi Ichimaru, Yuya Uenosono, Sakiko Tawara, Rio Ito, Natsuki Matsuse, Jun-ichi Wachino, Sachiko Toma Fukai, Wanchun Jin, Yoshichika Arakawa, Masami Otsuka, Mikako Fujita, Nobuyuki Fukuishi, Kirara Sugiura, Masanori Imai, Hiroma sa Kurosaki.
Difference in the inhibitory effect of thiol compounds and demetallation rates from the Zn(II) active site of metallo-β-lactamases (IMP-1 and IMP-6) associated with a single amino acid substitution.
ACS Infectious Diseases, 9, 65-78, 2022
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Ayuka Nagura, Eiji Hishinuma, Masahira Hiratsuka, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda.
Structural investigation of pathogenic variants in dihydropyrimidinase using molecular dynamics simulations.
Journal of Molecular Graphics and Modelling, 117, 108288, 2022
Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Yu Takano, Akifumi Oda
Predicting Reaction Mechanisms for the Threonine-Residue Stereoinversion Catalyzed by a Dihydrogen Phosphate Ion
ACS Omega, 7, 18306−18314, 2022
Haruka Asai, Koichi Kato, Moe Suzuki, Mirei Takahashi, Erika Miyata, Moeka Aoi, Reika Kumazawa, Fuminori Nagashima, Hiromasa Kurosaki, Yutaka Aoyagi, Nobuyuki Fukuishi.
Potential anti allergic effects of bibenzyl derivatives from liverworts, Radula perrottetii.
Planta Medica, 88, 1069-1077, 2022
Yoshimi Ichimaru, Koichi Kato, Masaaki,Kurihara, Wanchun Jin, Toru Koike, Hiromasa Kurosaki.
Bis(nitrato-κO)(1,4,8,11-tetraazacyclotetradecane-κ-4N)zinc(II)methanol monosolvate.
IUCrData, 7, x220854, 2022
Munsimbwe L, Suganuma K, Ishikawa Y, Choongo K, Kikuchi T, Shirakura I, Murata T.
Benzophenone glucosides and B-type proanthocyanidins dimer from Zambian Cassia abbreviata and their trypanocidal activities.
Journal of Natural Products, 85, 91-104, 2022
Yokoyama H, Kamei N, Konishi K, Hara K, Ishikawa Y, Matsui I, Forterre P, Hashimoto H.
Structural basis for peptide recognition by archaeal oligopeptide permease A.
PROTEINS, 90, 1434-1442, 2022
Akiyama Y, Ashizawa T, Iizuka A, Ando T, Ishikawa Y, Kondou R, Miyata H, Maeda C, Kanematsu A, Sugino T, Yamaguchi K.
Development of novel small molecules with PD-1/PD-L1 binding inhibition and potent antitumor effects in humanized mouse.
Anticancer Research, 42, 5233-5247, 2022
仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、高橋央宜、小田彰史
アスパラギン酸残基のスクシンイミド形成機構の解析 -ペプチド結合のイミノール化を伴わない反応機構の探索-
名城大学総合研究所総合学術研究論文集, 21, 35-43, 2022
学会発表
竹内真南恵、加藤紘一、仲吉朝希、菱沼英史、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
ジヒドロピリミジナーゼの遺伝多型がタンパク質四次構造に与える影響についての分子動力学シミュレーション
2022年度生物物理学会中部支部講演会（名古屋）令和5年3月31日
中野真緒、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
ウシ膵臓リボヌクレアーゼ A のアスパラギン残基の脱アミド化が立体構造に及ぼす影響の分子動力学シミュレーションによる解析
2022年度生物物理学会中部支部講演会（名古屋）令和5年3月31日
水谷衣美、仲吉朝希、加藤紘一、菱沼英史、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
遺伝子多型による CYP3A4 の立体構造の変化に関する分子動力学シミュレーション
2022年度生物物理学会中部支部講演会（名古屋）令和5年3月31日
村田敏拓、Linous Munsimbwe、菅沼啓輔、石川吉伸、Kennedy Choongo、菊池貴、白倉和泉
ザンビア産Cassia abbreviata由来抗トリパノソーマ活性プロアントシアニジン類の立体構造決定方法とベンゾフェノン配糖体のNMR高磁場シフト要因の検討
日本薬学会第143年会（札幌）令和5年3月27日
仲吉朝希、加藤紘一、野倉里香、栗本英治、平塚真弘、鷹野優、小田彰史
分子動力学計算に基づく単一アミノ酸変異がCYP2A6-クマリン複合体構造に与える影響の推定
日本薬学会第143年会（札幌）令和5年3月27日
加藤紘一、仲吉朝希、栗本英治、小田彰史、石川吉伸
γS-crystallin におけるアスパラギン残基の脱アミド化が構造および凝集に及ぼす影響
日本薬学会第143年会（札幌）令和5年3月26日
竹下由里子、仲吉朝希、加藤紘一、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
遺伝子多型がシトクロムP450 2C9の立体構造に与える影響の分子動力学シミュレーションによる解析
第50回構造活性相関シンポジウム（名古屋・オンライン）令和4年11月11日
稲岡顕頌、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
アミロイドβにおいてAsp残基が二次構造変化に与える影響について
第50回構造活性相関シンポジウム（名古屋・オンライン）令和4年11月11日
加藤紘一、仲吉朝希、栗本英治、小田彰史、石川吉伸
Asn-Gly配列およびAsn-Ile配列におけるAsn残基脱アミド化の比較
第50回構造活性相関シンポジウム（名古屋・オンライン）令和4年11月10日
木村梨穂、石川吉伸、米澤正、浅井知浩、篠田雄大、白水美香子、吉野雄太、遠藤智史、松永俊之、五十里彰
肺腺がん細胞におけるクローディン-2発現低下作用をもつ低中分子薬の探索
日本病院薬剤師会東海ブロック・日本薬学会東海支部合同学術大会2022 (静岡), 2022.11.06
加藤紘一、市丸嘉、仲吉朝希、小田彰史、石川吉伸
Asn残基の脱アミド化におけるC末端側のGly残基と主鎖構造の影響
第66回日本薬学会関東支部大会（横浜）令和4年9月17日
Stipan Nurbyek, Toshihiro Murata, Buyanmandakh Buyankhishig, Keisuke Suganuma, Yoshinobu Ishikawa, Mika Kutsuma, Marie Abe, Kenroh Sasaki, Javzan Batkhuu
Flavonoids, iridoids, and a phenanthrene isolated from Scutellaria scordiifolia and their Trypanocidal activity
日本生薬学会第68回年会（松山）, 2022.09.10-11
吉野雄太、照屋達己、加藤由夏、石川吉伸、五十里彰
クローディン-1を標的としたバイオ医薬品の経皮吸収促進剤候補の探索
生理研研究会2022 (岡崎), 2022.07.14-15
照屋達己、吉野雄太、加藤由夏、石川吉伸、遠藤智史、五十里彰
クローディン-1を介したバイオ医薬品の経皮吸収促進法の開発
第68回日本薬学会東海支部大会 (名古屋), 2022.07.09
森月結菜、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
ドッキングで得られた複数鎖タンパク質－リガンド複合体構造の分子動力学シミュレーション
第68回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和4年7月9日
牧野紗季、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
一本鎖タンパク質－リガンドドッキングで得られた複合体構造の分子動力学シミュレーション
第68回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和4年7月9日
竹下由里子、仲吉朝希、加藤紘一、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
シトクロム P450 2C9 の遺伝多型による立体構造の変化に関する分子動力学シミュレーションを用いた解析
第68回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和4年7月9日
伊藤菜月、仲吉朝希、加藤紘一、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
分子動力学シミュレーションによる野生型および変異型シトクロム P450 2C19 の立体構造の解析
第68回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和4年7月9日
稲岡顕頌、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
D-Asp残基を含んだアミロイドβの分子動力学シミュレーション
第68回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和4年7月9日
吉野雄太、照屋達己、松永遥香、石川吉伸、五十里彰
クローディン-1 (CLDN1) の司る表皮バリアに対する可逆的皮膚透過促進剤の開発
第85回日本生化学会中部支部例会 (静岡、オンライン), 2021.05.02
原著論文
Yoshimi Ichimaru, Koichi Kato, Kirara Sugiura, Chisa Hirata, Wanchun Jin, HarutoFujioka, Hiromasa Kurosaki, Toru Koike.
Crystal Structure of [{m,m-bis(ZnII-cyclen)}3(μ2-CO32(H2O)2](ClO4)8·nH2O.
X-Ray Structure Analysis Online, 38, 53-55, 2022
Koichi Kato, Yasuro Shinohara, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda, Yoshinobu Ishikawa.
Computational quantitation of the aldehyde forms of aldohexoses and disaccharides composed of D-glucose: Predictions of their reactivities in the Maillard reaction.
Computational and Theoretical Chemistry, 1209. 113605, 2022
Haruka Asai, Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Yoshinobu Ishikawa, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda, Nobuyuki Fukuishi.
Nonenzymatic deamidation mechanism on a glutamine residue with a C-terminal adjacent glycine residue: A computational mechanistic study.
AppliedChem, 1, 142-155, 2021
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Yoshinobu Ishikawa, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda.
Computational analysis of the mechanism of nonenzymatic peptide bond cleavage at the C-terminal side of an asparagine residue.
ACS Omega 6, 30078-30084, 2021
Emiko Kinoshita Kikuta, Yoshimi Ichimaru, Yoshi Yamano, Koichi Kato, Hiromasa Kurosaki ,Eiji Kinoshita, Tohru Koike.
Characterization of the binding of adenosine-5'-monophosphate to a µ-type alkoxide linked dinuclear zinc(ii) complex in crystal and solution state.
Bulletin of the Chemical Society of Japan, 11, 2670-2677, 2011
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda.
Molecular dynamics simulations for the protein ligand complex structures obtained by computational docking studies using implicit or explicit solvents.
Chemical Physics Letters, 781, 139022, 2021
Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda.
Virtual alanine scan of the main protease active site in severe acute respiratory syndrome coronavirus 2.
International Journal of Molecular Sciences, 22, 9837, 2021
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Rika Nokura, Hiroki H osono, Masahiro Hiratsuka, Yoshinobu Ishikawa, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda.
Deciphering structural alterations associated with activity reductions of genetic Polymorphisms in cytochrome P450 2A6 using molecular dynamics simulations.
International Journal of Molecular Sciences, 22, 10119, 2021
Kirara Sugiura, Yoshimi Ichimaru, Koichi Kato, Masanori Imai, Hiromasa Kurosaki, Kazuhiko Hayashi.
Crystal structure of 2-(1-benzoylazetidin-3-yl)thio-1,3-thiazoline.
X-Ray Structure Analysis Online, 37, 57-58, 2021
Yoshihiro Yamaguchi, Koichi Kato, Yoshimi Ichimaru, Wanchun Jin, Misa Sakai, Miki Abe, Jun-ichi Wachino, Yoshichika Arakawa, Yukina Miyagi, Masanori Imai, Nobuyuki Fukuishi, Yuriko Yamagata, Masami Otsuka, Mikako Fujita, Hiromasa Kurosaki.
Crystal structures of metallo-β-lactamase (IMP-1) and its D120E mutant in complexes with citrate and the inhibitory effect of the benzyl group in citrate monobenzyl ester.
Journal of Medicinal Chemistry, 65, 10019-10026, 2021
Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda.
Theoretical studies on the effect of isomerized aspartic acid residues on the three dimensional structures of bovine pancreatic ribonucleases A.
Biological & Pharmaceutical Bulletin, 44, 967-975, 2021
Yoshimi Ichimaru, Koichi Kato, Hiromasa Kurosaki, Haruto Fujioka, Misa Sakai, Yoshihiro Yamaguchi, Jin Wanchun, Kirara Sugiura, Masanori Imaia, Tohru Koike.
Aqua(1,4,7,10-tetraazacyclododecane)zinc(II)bis-(perchlorate).
IUCrData, 6, x2103997, 2021
Yokoyama H, Kamei N, Konishi K, Hara K, Ishikawa Y, Matsui I, Forterre P, Hashimoto H.
Preparation, crystallization, and X-ray analysis of archaeal oligopeptide permease A.
Crystallography Reports, 66, 1298-1303, 2021
吉野雄太、照屋達己、 松永遥香、石川吉伸、五十里彰
クローディン-1(CLDN-1)を標的とした可逆的皮膚透過促進剤の開発
日本薬学会第141回会 (広島), 2021.3.26-29
伊藤綾夏、奈迫遥華、高階優衣、江口博晶、石川吉伸、松永俊之、遠藤智史、五十里彰
肺腺がん細胞におけるクローディン-1結合性ペプチドによる化学療法抵抗性の改善
日本薬学会第141年会 (広島), 2021.3.26-29
加藤紘一、淺井遥、仲吉朝希、石川吉伸、栗本英治、小田彰史
Gln-Gly配列におけるGln脱アミド化の反応機構
第16回Dアミノ酸学会（オンライン）、令和3年9月11日
加藤紘一、仲吉朝希、石川吉伸、栗本英治、小田彰史
Asn残基の脱アミド化およびC末端側ペプチド結合切断におけるC末端側Pro残基の影響
第49回構造活性相関シンポジウム（オンライン）令和3年11月18日
加藤紘一、仲吉朝希、栗本英治、小田彰史、石川吉伸
アスパラギン残基の脱アミド化によるγSクリスタリンの凝集促進
第94回日本生化学会大会（オンライン）令和3年11月3日
加藤紘一、仲吉朝希、藪万有香、石川吉伸、栗本英治、小田彰史
α-アミノイソ酪酸が原始タンパク質に含まれていた可能性の検討
第46回生命の起原および進化学会学術講演会（仙台・オンライン）令和4年3月22日
特許
PD-1及び/又はPD-L1の阻害剤
安藤隆幸、秋山靖仁、芦澤忠、飯塚明、井上謙吾、石川吉伸
特願2021－045476
ＲＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害剤、そのスクリーニング方法、抗がん剤有効性判定マーカー、及びＦＴＳＪ１阻害剤の有効性予測のためのキット
安藤隆幸、藤村篤史、井上謙吾、石川吉伸、富澤一仁
PCT/JP2020/032130 WO2021039824