Управління Сонячненським ліцеєм у межах повноважень, визначених законами та установчими документами закладу, здійснюють:
засновник – Чернеччинська сільська рада Охтирського району Сумської області;
керівник закладу освіти – в.о. директора Панченко Ольга Олексіївна;
колегіальний орган управління закладу освіти – педагогічна рада;
колегіальний орган громадського самоврядування – загальні збори колективу(конференція), батьківський комітет.