Bioinformatics Research

Project List

• CRC 환자의 H&E 병리 이미지와 Xenium spatial transcriptomics 데이터를 활용한 cell type classification 연구

• scUnify: 다양한 scRNA-seq foundation model의 통합 활용을 위한 framework 개발 GitHub 

• 임상 분리 균주의 phenotype 그룹 간 genome 비교를 위한 Snakemake 기반 파이프라인 GitHub, bioRxiv

• spHOT: single-cell spatial transcriptomics를 활용한 disease phenotype 연관 spatial biomarker 발굴 AI 개발 GitHub

• Olink plasma proteomics 및 kidney snRNA-seq 데이터를 이용한 IgA nephropathy 환자 예후 예측 연구

• AITL CosMx spatial transcriptomics 데이터를 활용한 spatial biomarker 및 disease-associated microenvironment 특징 발굴

• Foundation model validation을 위한 Biomedical Knowledge Graph (BioKG) 구축

• BioKG embedding을 활용한 hidden biological association 및 novel biomarker 발굴 연구

• Single-cell spatial proteomics 데이터를 활용한 foundation model 개발

• Multi-omics 데이터를 활용한 이식 전 pre-ABMR biomarker 발굴 연구

• WGS, scRNA-seq 데이터 통합 분석을 통한 소아 PCD 병인 규명 연구

• IgA nephropathy 환자의 microbiome 데이터 분석 연구

• 대사 및 면역 스트레스에 따른 liver GLTPD2 isoform switch 분석

• Multi-omics 기반 dementia 예후 예측 모델 개발

• 병원내 감염균 A. baumannii의 WGS를 통한 genome 비교 분석

• Organoid 기반 multi-transcriptomics 분석을 통한 CRC에서의 Enterotoxigenic Bacteroides fragilis (ETBF) 및 pks+ Escherichia coli의 host-pathogen interaction 규명

• Epigenomics 및 transcriptomics 분석을 통한 CRC에서의 host-pathogen interaction 연구

• Single-cell spatial transcriptomics를 활용한 hidradenitis suppurativa와 Crohn's disease 공통 기전 연구

• Hidradenitis suppurativa 환자의 CosMx-SMI single-cell spatial transcriptomics cell type classification