Bioinformatics Research

Ongoing Project List

  • 유방암 distant metastasis 분석을 위한 MRI 이미지, RNAseq 통합 Radiotranscriptomics 연구

  • RNAseq, WES 데이터를 이용한 치료제 반응에 따라 분류된 난소암 환자군 차이 통합 분석

  • 유방암 subtype 내에서 병리 이미지를 이용한 고위험/저위험 환자 분류: 서울대학교병원 병리 이미지 + TCGA 병리 이미지 + TCGA Multiomics 데이터 통합 분석

  • DNA methylation 패턴을 활용한 CUPS(cancer of unknown primary site) 환자의 원발 장기 예측

  • scRNAseq 데이터를 이용한 mouse renal macrophage 분석

  • TCGA RNA-seq 데이터를 이용한 Sample-specific co-expression network 구축을 통한 암종별 subtype 분석

  • Adrenal Cushing’s syndrome에 대한 RNA-seq 데이터 분석

  • Pheochromocytoma RNA-seq 및 Exome-seq 데이터 통합 분석

  • Craniopharyngioma RNA-seq, Exome-seq 및 Mass-spectrometry 데이터 통합 분석

  • Peritoneal Recurrence and Metastasis in Patients with Gastric Cancer

  • Repeatitive sequence(예: LINE1, Alu)와 관련된 DNA methylation 분석

  • Topological Data Analysis (TDA) 방법론을 활용한 multi-omics data clustering 및 single-cell trajectory 연구

  • Logical Data Analysis (LDA) 방법론을 활용한 multi-omics data classification 및 composite biomarker 발굴 연구

  • Digital spatial profiling을 이용한 Lung cancer 연구

  • 암 전이 여부 및 예후에 따른 cfDNA에서의 Variant allele frequency 변화 연구

  • 해부학적 위치에 따른 암 분류 및 이에 대한 Hypoxia 연관 유전자 발현 기반 예후 예측 모델 연구

  • single cell RNA-seq 기반 염증 정도에 따른 장 상피세포/T 세포의 유전자 발현 및 Cell-cell interaction 변화 연구

  • Bladder papilloma 내 invasive 여부에 따른 mRNA expression 차이 분석

  • 소음에 따른 Auditory tissue 내 micro RNA 발현 분석

  • IgA Nephropathy 환자의 WES+microbiome 데이터 분석 연구

  • LC-MS로 생성된 Metabolomics 데이터 분석을 위한 R shiny 활용 web app 개발

진행중인 연구 주제) 멀티오믹스 기반 COVID19 중증도 분류 모델

진행중인 연구 주제) 면역 세포에 대한 Single cell RNA sequencing 분석 (Collaboration with Pf. 나이랑)

진행중인 연구 주제) Host cell에 따른 Acinetobacter pathogenesis 분석 (Collaboration with Pf. 염진기)

진행중인 연구 주제) Bacterial Dormancy 관련 멀티오믹스 분석 (Collaboration with Pf. 염진기)

진행중인 연구 주제) Finding Effective Spatial Correlation: Applying Geographical Analysis in Spatial Transcriptomics

진행 예정 연구 주제) 오믹스 데이터 기반 생물학적 Pathway Perturbation Scoring method 개발

진행 예정 연구 주제) 생물학 지식 기반 그래프의 Patch 기반 GCN

진행 예정 연구 주제) 멀티오믹스 데이터의 잠재 요인 추출 기법