Bioinformatics Research

Project List

• 유방암 distant metastasis 분석을 위한 MRI 이미지, RNAseq 통합 Radiotranscriptomics 연구

• RNAseq, WES 데이터를 이용한 치료제 반응에 따라 분류된 난소암 환자군 차이 통합 분석

• 유방암 subtype 내에서 병리 이미지를 이용한 고위험/저위험 환자 분류: 서울대학교병원 병리 이미지 + TCGA 병리 이미지 + TCGA Multiomics 데이터 통합 분석

• DNA methylation 패턴을 활용한 CUPS(cancer of unknown primary site) 환자의 원발 장기 예측

• scRNAseq 데이터를 이용한 mouse renal macrophage 분석

• TCGA RNA-seq 데이터를 이용한 Sample-specific co-expression network 구축을 통한 암종별 subtype 분석

• Adrenal Cushing’s syndrome에 대한 RNA-seq 데이터 분석

• Pheochromocytoma RNA-seq 및 Exome-seq 데이터 통합 분석

• Craniopharyngioma RNA-seq, Exome-seq 및 Mass-spectrometry 데이터 통합 분석

• Peritoneal Recurrence and Metastasis in Patients with Gastric Cancer

• Repeatitive sequence(예: LINE1, Alu)와 관련된 DNA methylation 분석

• Topological Data Analysis (TDA) 방법론을 활용한 multi-omics data clustering 및  single-cell trajectory 연구

• Logical Data Analysis (LDA) 방법론을 활용한 multi-omics data classification 및 composite biomarker 발굴 연구

• Digital spatial profiling을 이용한 Lung cancer 연구

• 암 전이 여부 및 예후에 따른 cfDNA에서의 Variant allele frequency 변화 연구

• 해부학적 위치에 따른 암 분류 및 이에 대한 Hypoxia 연관 유전자 발현 기반 예후 예측 모델 연구

• single cell RNA-seq 기반 염증 정도에 따른 장 상피세포/T 세포의 유전자 발현 및 Cell-cell interaction 변화 연구 

• Bladder papilloma 내 invasive 여부에 따른 mRNA expression 차이 분석

• 소음에 따른 Auditory tissue 내 micro RNA 발현 분석

• IgA Nephropathy 환자의 WES+microbiome 데이터 분석 연구

• LC-MS로 생성된 Metabolomics 데이터 분석을 위한 R shiny 활용 web app 개발