Puclications
最終更新：20260707
Please See also my Researchmap, Google Scholar, and ORCiD
N*. SAR11 Genome Atlas: a genome and gene catalog for functional profiling of the most abundant bacterial clade in the ocean
Satoshi Nishino, Kento Tominaga, Hajime Itoh, Kimiho Omae, Koji Hamasaki, Susumu Yoshizawa, and Yuki Nishimura.
bioRxiv, 2026 Aug 15
7*. Functional Unknomics of the SAR11 clade using bioinformatics approaches
Satoshi Nishino, Kento Tominaga, Kimiho Omae, Teppei Deguchi, Koji Hamasaki, Susumu Yoshizawa, and Yuki Nishimura.
bioRxiv, 2025 Dec 11 (accepted in mSystems)
6*. quickARSC: standalone package and web interface for profiling elemental stoichiometry of proteomes
Satoshi Nishino, Kento Tominaga, Yuki Nishimura, and Susumu Yoshizawa.
Microbiology Resource Announcements, 2026 Mar 30; 15(5):e0003126. doi: 10.1128/mra.00031-26.
紹介記事
原核生物の塩基配列またはアミノ酸配列のFASTAファイルから元素組成指標（ARSC）を計算するツール quickARSC を紹介しました。quickARSCでは、タンパク質またはプロテオームの窒素、炭素、硫黄組成指標を算出可能です。併せて、FASTAファイルをアップロードすることでこれらの指標を計算可能なWebページを公開しました。このページではGenome Taxonomy Database r226.0に登録されている143,614種の代表原核生物プロテオームを用いた事前計算済みデータも公開しています。
5. Diel and daily changes of water mass structure and biogeochemical processes in early spring in the western subtropical North Pacific
Chiho Sukigara, Taichi Yokokawa, Akiko Makabe, Kaho Mori, Yu Nakajima, Shinya Kouketsu, Eiji Tasumi, Masumi Hasegawa-Takano, Naoto F. Ishikawa, Chunqi Jiang, Siyu Jiang, Riku Miyase, Satoshi Nishino, Youta Sugai, Kento Tominaga, Hiroshi Uchida, Yu Yoshida, Susumu Yoshizawa, and Shinsuke Kawagucci.
Progress in Earth and Planetary Science, 2025 Nov 20; 12:105. doi: 10.1186/s40645-025-00776-6
4. Repeatability of protein structural evolution following convergent gene fusions
Konno N, Miyake K, Nishino S, Omae K, Yanagisawa H, Tsuru S, Nishimura Y, Kikkawa M, Furusawa C, Iwasaki W.
Nature Communications, 2025 Sep 22; 16(1):8278. doi: 10.1038/s41467-025-63898-x
プレプリント / プレスリリース
3. Carotenoids bind rhodopsins and act as photocycle-accelerating pigments in marine Bacteroidota
Fujiwara T, Hosaka T, Hasegawa-Takano M, Nishimura Y, Tominaga K, Mori K, Nishino S, Takahashi Y, Uchikubo-Kamo Y, Hanada K, Maoka T, Takaichi S, Inoue K, Shirouzu M, and Yoshizawa S.
Nature Microbiology 2025 Sep 4. doi: 10.1038/s41564-025-02109-1. PMID: 40908369
プレプリント / プレスリリース
2. Hypomyelinating Leukodystrophy 10 (HLD10)-Associated Mutations of PYCR2 Form Large Size Mitochondria, Inhibiting Oligodendroglial Cell Morphological Differentiation.
Torii T, Shirai R, Kiminami R, Nishino S, Sato T, Sawaguchi S, Fukushima N, Seki Y, Miyamoto Y, and Yamauchi J.
Neurol Int. 2022 Dec 16;14(4):1062-1080. doi: 10.3390/neurolint14040085. PMID: 36548190; PMCID: PMC9787162.
プレスリリース
1*. Hesperetin, a Citrus Flavonoid, Ameliorates Inflammatory Cytokine-Mediated Inhibition of Oligodendroglial Cell Morphological Differentiation.
Nishino S, Fujiki Y, Sato T, Kato Y, Shirai R, Oizumi H, Yamamoto M, Ohbuchi K, Miyamoto Y, Mizoguchi K, and Yamauchi J.
Neurol Int. 2022 May 31;14(2):471-487. doi: 10.3390/neurolint14020039. PMID: 35736620; PMCID: PMC9230394.
プレスリリース / 日本経済新聞 / マイナビニュース
脳内炎症の主原因である炎症性サイトカインの腫瘍壊死因子α（TNFα）やインターロイキン6（IL-6）が、オリゴデンドログリア前駆細胞の分化・成熟を抑制することを試験管内（in vitro）において明らかにしました。ここに、みかんフラボノイドの体内代謝物であるヘスペリチンを添加することで、オリゴデンドログリア前駆細胞の分化・成熟が促進されることを明らかにしました。
20. 西野聡, 西村陽介. “全球海洋メタゲノム解析から探るMarine Group II/III古細菌の環境分布とゲノム特性” 第38回日本Archaea研究会（海洋研究開発機構（JAMSTEC） 横浜研究所 2026年7月3-4日 口頭発表）
19. 西野聡, 富永賢人, 濵﨑恒二, 西村祐貴, 吉澤晋. “SAR11のウイルス防御機構は遺伝的多様性のホットスポットに存在するか？” 第20回日本ゲノム微生物学会年会（かずさアカデミアホール 2026年3月4-6日 ポスター発表）
→ 優秀ポスター賞をいただきました。（AORI）
18. 西野聡. “ウイルス防御機構が描き出すSAR11の多彩な表情” 微生物生態学会 環境ウイルス研究部会 拡大研究交流会「多様性を超えるウイルス研究の最前線」（京都大学 宇治キャンパス 化学研究所 2026年3月2日 Pitch&Chat）
→ 口頭発表賞2位をいただきました。
17. 西野聡, 富永賢人, 大前公保, 濵﨑恒二, 西村祐貴, 吉澤晋. “SAR11 Genome Atlas: 海洋細菌SAR11系統群のゲノム・遺伝子カタログ” 日本ゲノム微生物学会若手の会 第17回研究会（岐阜県 長良川温泉 石金 2025年9月23-24日 口頭発表）
16. 西野聡, 富永賢人, 濵﨑恒二, 西村祐貴, 吉澤晋. “大規模海洋SAGデータを用いたSAR11系統群のウイルス防御システムの探索” 日本微生物生態学会 第38回東京大会（東京科学大学 大岡山キャンパス 2025年9月7-10日 ポスター発表）
15. 西野聡, 富永賢人, 大前公保, 濵﨑恒二, 西村祐貴, 吉澤晋. “海洋に優占する細菌系統群が持つ機能未知遺伝子の網羅的な機能予測解析” 2025年日本バイオインフォマティクス学会年会・第13回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2025) （名古屋大学 豊田講堂 2025年9月3-5日 ポスター発表）
14. 西野聡, 富永賢人, 大前公保, 濵﨑恒二, 西村祐貴, 吉澤晋. “SAR11 Genome Atlas: 海洋で優占する細菌系統群のゲノム・遺伝子データベース” 2025年日本バイオインフォマティクス学会年会・第13回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2025) （名古屋大学 豊田講堂 2025年9月3-5日 ワークショップ）
13. Satoshi Nishino, Kento Tominaga, Kimiho Omae, Koji Hamasaki, Yuki Nishimura, and Susumu Yoshizawa. “Functional Evaluation of the Unknome of the SAR11 Clade” The 15th Asian Symposium on Microbial Ecology (ASME2025) （忠北大学, 韓国清州🇰🇷 2025年5月28-30日 ポスター発表）
12. 西野聡, 富永賢人, 大前公保, 濵﨑恒二, 吉澤晋, 西村祐貴. “SAR11 Genome Atlas: 海洋に優先する細菌系統群のゲノム・遺伝子カタログ” 革新的GX 技術創出事業（GteX） バイオものづくり領域第3回領域全体会議&若手研究者交流会（2025年5月13-14日 ポスター発表）
11. 西野聡. “ウェット×ドライ 協働へ向けた、海洋細菌のゲノム・遺伝子カタログ公開” 革新的GX 技術創出事業（GteX） バイオものづくり領域第3回領域全体会議&若手研究者交流会（2025年5月13-14日 Panelist & Oral Presentation）
野村研・上原さんにお声がけいただきました。
10. 西野聡, 富永賢人, 大前公保, 岩崎渉, 西村祐貴, 吉澤晋. “SAR11 Genome Atlas: 海洋で優占する細菌系統群の網羅的な遺伝子カタログ” 第19回日本ゲノム微生物学会 （かずさアカデミアホール 2025年3月17-19日 ポスター発表）
→ 優秀ポスター賞をいただきました。（GSFS / AORI）
9. 西野聡. “海を支配する生物の設計図を読み解く” ダイオーズ記念財団 奨学生の集い （ 2024年12月15日 口頭発表）
日本微生物生態学会でのポスター賞をきっかけにお声がけいただきました。
8. 西野聡, 富永賢人, 大前公保, 岩崎渉, 西村祐貴, 吉澤晋. “網羅的遺伝子機能予測解析で探る海洋細菌SAR11系統の生態” 日本微生物生態学会第37回広島大会 （広島 2024年10月28-31日 ポスター発表）
→ はじめてのポスター賞をいただきました。（GSFS / AORI）
7. Tokyo Bioinformatics Meeting 第8回研究会 （東京科学大学すずかけ台キャンパス 2024年10月19日 ライトニングトーク）
6. 西野聡, 富永賢人, 大前公保, 岩崎渉, 西村祐貴, 吉澤晋. “海洋細菌SAR11系統の網羅的な遺伝子機能予測解析と遺伝子カタログの構築” 日本ゲノム微生物学会若手の会 第16回研究会（豊橋市 ホテルシーパレスリゾート 2024年9月22-23日 口頭発表）
5. 西野聡, 富永賢人, 西村祐貴, 大前公保, 岩崎渉. “海洋細菌SAR11系統の機能未知遺伝子の機能解析” 日本ゲノム微生物学会第18回年会（かずさアカデミアホール 2024年3月12-14日 ポスター発表）
4. Satoshi Nishino, Kento Tominaga, and Wataru Iwasaki. “Function unknown genes of the most abundant bacterial lineage in the ocean” Tokyo Bioinformatics Meeting 第7回研究会 （東京大学柏キャンパス 2023年10月14日 ライトニングトーク）
3. 西野聡, 富永賢人, 岩崎渉. “SAR11系統細菌の繁栄を支える遺伝子の探索と機能解析” 日本ゲノム微生物学会若手の会 第15回研究会（湯河原温泉 おんやど恵 2023年9月18-19日 口頭発表）
2. Satoshi Nishino, Kento Tominaga, and Wataru Iwasaki. “What is the most abundant gene in the ocean?” Tokyo Bioinformatics Meeting 第6回研究会 （慶應大学日吉キャンパス 2022年10月15日 ライトニングトーク）
1. 西野聡, 藤木耀子, 山内淳司. “炎症性サイトカインがオリゴデンドロサイト前駆細胞の分化におよぼす影響” 第6回日本ミエリン研究会 （オンライン 2022年2月12日 口頭発表）
9. 第20回日本ゲノム微生物学会 優秀ポスター賞（2026年3月 AORI）
8. 微生物生態学会環境ウイルス研究部会 拡大研究交流会「多様性を超えるウイルス研究の最前線」口頭発表2位 （2026年3月）
7. 第19回日本ゲノム微生物学会 優秀ポスター賞（2025年3月 AORI、GSFS）
6. 第37回微生物生態学会 優秀ポスター賞 （2024年10月 AORI、GSFS）
5. 日本学生支援機構 特に優れた業績による返還免除 （修士課程・全額）
4. 東京大学 新領域創成科学研究科 令和5年度 新領域創成科学研究科長賞
3. 東京大学 大学院新領域創成科学研究科 先端生命科学専攻 令和5年度 IB賞（最優秀修士論文賞）
2. 東京薬科大学 生命科学部成績優秀者代表（2021年度）
1. 東京薬科大学 特別奨学生（2019年度、2021年度）
5. ISME Travel Grants 採択（2026年度 ISME20@Auckland）
4. 東京大学 Data Scientist Training/Education Program (DSTEP) 採択（2024〜2026年度）
3. ダイオーズ記念財団 奨学生（2024年度、2025年度、2026年度）
2. 東京大学 挑戦的新領域博士研究助成制度 (チャレンジファンド) 採択（2024年度）
1. 日本学術振興会 特別研究員 DC1（2024〜2026年度）
3. 日本ゲノム微生物学会 ニュースレター No.31「◆ポスター賞受賞研究 SAR11 Genome Atlas: 海洋で優占する細菌系統群の網羅的な遺伝子カタログ （2025年7月）
2. 日本ゲノム微生物学会若手の会「ゲノビ年表」（分担、2025年3月公開）
1. 日本微生物生態学会誌 2025年10巻1号 リサーチ最前線 「SAR11とわたし」（2025年3月）
2026
9. ○Yuki Nishimura, Kimiho Omae, Kento Tominaga, Satoshi Nishino. “Inferring gene co-evolution through ancestral state-aware analyses for functional prediction: applications to microbial ecogenomics” ISME20 (ニュージーランド 2026年8月)
8. ○今野直輝, 三宅敬太, 西野聡, 岩崎渉, 増田建. “腸内微生物と光合成微生物をつなぐ - 高感度遺伝子探索が明かすビリン合成酵素の進化史 Conserved structure unveils a missing enzyme in fecal bilin metabolism and its evolutionary link to cyanobacterial light harvesting” 日本農芸化学会2026年度京都大会（2026年3月10日 シンポジウム）
7. ○西村祐貴, 大前公保, 富永賢人, 西野聡. "祖先状態推定に基づき機能関連遺伝子群を探索するプログラムCORGIASの開発とその活用" 第20回日本ゲノム微生物学会年会（かずさアカデミアホール 2026年3月4日〜6日 口頭発表）
2025
6. ○Kaho Mori, Yu Nakajima, Masumi Hasegawa-Takano, Kento Tominaga, Satoshi Nishino, Chunqi Jiang, Taichi Yokokawa, Chiho Sukigara, Shinsuke Kawagucci, Susumu Yoshizawa. “High-frequency time-series sampling details diel gene expression patterns of marine prokaryotes in the western North Pacific subtropical region” The 18th Symposium on Aquatic Microbial Ecology (SAME18) （スペイン 2025年9月28日〜10月3日 ポスター発表）
5. ○森 香穂, 富永 賢人, 中島 悠, ⻑谷川 万純, ⻄野 聡, 蒋 春啓, 横川 太一, 鋤柄 千穂, 川口 慎介, 吉澤 晋. “黒潮続流域における海洋原核生物代謝の日周期性” 日本微生物生態学会第38回東京大会（2025年9月7-10日 ポスター発表）
4. ○森 香穂, 中島 悠, ⻑谷川 万純, 富永 賢人, ⻄野 聡, 蒋 春啓, 横川 太一, 鋤柄 千穂, 川口 慎介, 吉澤 晋. “Diel Patterns of Marine Prokaryotes Investigated by High-Resolution Sampling at the Kuroshio Extension Observatory Station （高密度サンプリングで解明する黒潮続流域における海洋原核生物の日周期性）” Japan Geoscience Union Meeting 2025 (JpGU2025) （2025年5月27日 招待講演）
2024
3. ○藤原 敬允、保坂 俊彰、長谷川 万純、西村 陽介、森 香穂、富永 賢人、西野 聡、高橋 優乃、高市 真一、井上 圭一、白水 美香子、吉澤晋. “海洋細菌が備えるロドプシンのイオン輸送加速色素” 日本微生物生態学会第37回広島大会（2024年10月28-31日 口頭発表）
2. ○Naoki Konno, Keita Miyake, Satoshi Nishino, Kimiho Omae, Haruaki Yanagisawa, Saburo Tsuru, Chikara Furusawa, Masahide Kikkawa, Wataru Iwasaki. “Unpredictable diversification of enzyme complex structures brought by convergent gene fusions.” 日本進化学会第26回神奈川大会（2024年8月21-24日 口頭発表）
1. ○按田瑞恵, 西野聡, 鈴木誉保, 岩崎渉. “亜硝酸還元酵素NirKの新規金属シャペロン” 日本ゲノム微生物学会第18回年会（かずさアカデミアホール 2024年3月12-14日 ポスター発表）
免許・資格
囲碁初段（2011/6）
5t限定準中型自動車免許（2016/6）
日本アロマ環境協会 アロマテラピー１級（2018/6）
ITパスポート 合格（2019/3）
基本情報技術者 合格（2019/11）
日本バイオ技術教育学会 上級バイオ技術者（2020/1）
普通二輪免許（2020/3）
甲種危険物取扱者試験 合格（2020/9）（登録済み 〜2030/10/29）
応用情報技術者 合格（2020/12）
Python3 エンジニア認定基礎試験 合格（2021/1）
JSBiバイオインフォマティクス技術者認定試験 合格（2021/2）
３級フィナンシャル・プランニング技能士（2021/3）
TOEIC L&R 公開テスト 825点
（リスニング420、リーディング405）（2021/6）
情報処理安全確保支援士試験（旧セキュリティスペシャリスト） 合格 （未登録）（2021/）
第1種放射線取扱主任者 合格 （未登録）（2021/10）
技術士補一次試験（生物工学） 合格（未登録）（2022/2）