Suaka Margasatwa Dataran Tinggi Yang memiliki beberapa tipe ekosistem dimana masing–masing tipe memiliki ciri–ciri yang berbeda satu sama lain akan tetapi secara keseluruhan merupakan satu kesatuan hubungan yang tidak dapat dipisah–pisahkan. Secara umum gambaran tipe ekosistem tersebut adalah sebagai berikut:
Ekosistem Hutan Hujan Tropis
Pada tipe ekosistem ini memiliki vegetasi hutan tropis, terletak pada ketinggian 1.200 – 1.900 m dpl. Komposisi jenis dan struktur vegetasinya beragam mulai dari tumbuhan bawah, semak, perdu, tumbuhan tingkat semai, pancang dan pohon. Pohon-pohon yang berada dalam kawasan ini bisa mencapai tinggi lebih dari 30 meter. Adapun jenis – jenis vegetasi yang ada dalam ekosistem ini antara lain jamuju (Podocarpus imbricatus), pasang (Quercus sp), sapen (Engelhardia spicata) dan tutup (Homalanthus sp).
Ekosistem hutan cemara
Terdapat pada ketinggian 2.000-3.000 meter dari permukaan laut. Tipe ekosistem ini didominasi vegetasi hutan cemara (Casuarina junghuniana), sering disebut hutan coniver karena didominasi oleh pohon berdaun jarum. Hutan cemara merupakan hutan sekunder yang telah mencapai klimaks dan mampu tumbuh secara alami pada daerah – daerah abu vulkanis, tanah longsor, lereng – lereng berbatu dan jurang berpasir. Pada lantai bawah ditumbuhi oleh herba pegunungan, antara lain Euphorbia javanica, Poligonum chinense, Pteridium dan Elsholzia Pubescens.
Ekosistem savana
Tipe ekosistem savana ini terjadi akibat adanya kerusakan hutan yang terus menerus karena adanya kebakaran. Ekosistem ini terdapat di alun-alun besar Sikasur, alun-alun kecil, dan alun-alun lonceng. Jenis – jenis yang dominan diantaranya alang-alang (Imperata cylindrica), Pennisetum alopecurodies, Euphorbia sp dan Pteridium sp.
Ekosistem Rawa/ Danau
Ekosistem rawa atau danau dalam kawasan terutama terkonsentrasi di sekitar Danau Taman Hidup dan Danau Tunjung yang didominasi oleh jenis – jenis herba, antara lain: Alchemilla villosa, Eriocaulon sollyanum. Rynchospora rungosa, Carex sp, Cyperus flairdus, Oeennantjhe javanica dan Scirpus spp.
Suaka Margasatwa Dataran Tinggi Yang terdapat 19 jenis flora yang termasuk dalam kelas pohon dan tiang. Jenis-jenis flora tersebut dijumpai di masing-masing kelas tutupan lahan. Berikut jenis flora yang ada di Suaka Margasatwa (SM) Dataran Tinggi Yang.
Cemara Gunung Casuarina junghuhniana
Mahoni Swietenia mahagoni
Semak merbabu Berberis wallichiana
Pasang Lithocarpus elegans
Puspa Schima wallichii Korth
Pasang kapas Engelhardtia spicata
Cantigi gunung Vaccinium varingiaefoloum
Tutup Mallotus mollissimus
Jambu - jambuan Syzygium sp.
Jejalang
Pakis Schizolobium Parahyba
Krinyu Chromolaena odarata
Totonggoan Debregeasia longifolia
Tutup Mallotus mollissimus
Puspa Schima wallichii Korth
Lithocarpus sundaicus
Ki hujan Engelhardtia spicata
Berberis wallichiana
Debregeasia longifolia