En España estos movimientos vendrán dirigidos por santa Teresa y san Juan de la Cruz. Se promulga la máxima soledad individual, la oración, la lectura y la espiritualidad. Se produjo como consecuencia una división en el seno de la Orden, obteniendo éstos la separación jurídica en el Capítulo General de Cremona en 1593. Un siglo después, los carmelitas descalzos llegaron a Benicasim con el propósito de crear un Desierto para la vida contemplativa. La elección del lugar se debió a la división en 1625 de la provincia de Aragón-Valencia por una parte y la de Cataluña por otra, quedando la primera sin Desierto.

Tras el fracaso de la búsqueda de ubicación en Aragón, se intentó en Valencia, hasta que el sacerdote de Cabanes le dijo al procurador del convento de Valencia, Fray Juan de la Virgen, que “hay un lugar que no puede ser más a propósito” para el asentamiento de la Orden.

Finalmente, se compró en 1691 la Masía de Gavarrell, celebrándose el 2 de febrero de 1694 el acta de posesión, adquiriéndose el resto por 23 000 libras. La nueva fundación tuvo que enfrentarse tanto a la oposición dentro de la propia Orden, como a la del Barón de Benicasim o la de los franciscanos de Castellón.

Los carmelitas de Aragón deseaban la ubicación en sus territorios debido a su mayoría numérica y el Barón pugnaba por sus derechos feudales sobre el territorio. Pero el enfrentamiento más fuerte lo encontramos en la pugna entre franciscanos y carmelitas por imponer sus derechos frente a la otra Orden. Esta disputa se cerrará el 23 de diciembre de 1693 con la licencia del rey favorable a la creación del Convento.

La Masía de Gavarrell fue el primer intento de creación de un convento en el Desierto, pero debido a la insalubridad del terreno se decidió construir el nuevo convento en el Bancal de la Colada. En 1698 se comenzaron las obras, siendo el tracista Fray Bernardo de San José, y parte de la construcción del edificio la dirigió Pedro Vilallare, maestro de obras.

El edificio estará finalizado y establecidas las prácticas eremíticas hacia 1709, si bien la iglesia no será acabada hasta 1733. De este periodo son las primeras ermitas como la del Nacimiento, del Carmen, San José, Desamparados, San Juan Bautista, San Juan de la Cruz, San Elías, etc., llegándose a construir por obras piadosas hasta un total de trece.

La vida en el convento se irá desarrollando durante casi un siglo, con algunas vicisitudes como las sufridas con motivo de la Guerra de Sucesión, hacia 1710, cuando partidas de “micaletes” hostigaron a los monjes llegando a encerrarles por un asunto de ocultación de armas.

Entre 1724 y 1730 se construye la muralla que ha de cerrar el recinto conventual. Para esta época ya se han construido los principales edificios carmelitas. Se trata de un convento que combina la vida cenobítica con edificaciones que permitan la oración y la contemplación individual, un monasterio-desierto para la provincia de Aragón-Valencia.

El fin de siglo significará un nuevo cambio en la comunidad. En 1783 se producirán una serie de lluvias torrenciales desde septiembre a diciembre que producirán la apertura de simas en la tierra y grietas en los muros del convento, justo entre dos barrancos y en una tierra mal asentada. Las ermitas y el convento sufren grandes pérdidas, instalándose los monjes en una hospedería. Después de pedir consejo, se derribará el panteón y los edificios de poniente para aprovechar los materiales con que se construirá el nuevo convento.

Para el emplazamiento de las nuevas edificaciones se elige el bancal de la Portería, comenzándose las obras en 1784. El encargado de dirigir las obras será Fray Joaquín del Niño Jesús. Este obtuvo el título de maestro de obras en Zaragoza, y el de arquitecto para todos los edificios que se ofrezcan en las casas y conventos de su Orden lo recibió de la Real Academia de San Carlos de Valencia el 1 de febrero de 1789. El proyecto del Desierto fue aprobado por dicha Academia el 16 de enero de 1785. En 1791 se iniciaba la construcción de la iglesia y en 1793 la vida eremítica. En el año 1796 la iglesia ya se había terminado y en 1802 se trasladaron los cadáveres del viejo al nuevo monasterio. En 1811 llega a la provincia el general Suchet, produciéndose los primeros abusos. Después se llevó a cabo el inventario de bienes del convento de acuerdo al “Embargo de bienes nacionales”. Avisado el prior de que iba a producirse este hecho, escondió parte de los bienes, consiguiendo además que le nombraran custodio de los bienes inventariados.

En 1813 un intento de venta del Desierto por parte de las autoridades fue frustrado por un informe desfavorable del alcalde de Benicasim. De esta forma, el convento mantuvo buena parte de sus bienes durante la invasión napoleónica. Poco tiempo después, en 1835, se produce la Real Orden de Exclaustración Eclesiástica decretada por el Gobierno. El pueblo de Benicasim, agradecido por la ayuda recibida por los monjes en la reciente epidemia de cólera, pidió la supresión para el convento de dicha Orden. En las siguientes décadas se produce una reducción en la comunidad religiosa, llegando en 1873 al prior y a tres o cuatro padres.

Con la llegada de la Restauración de la Orden la situación de no–exclaustración de la comunidad sitúa al monasterio en una situación destacada en toda España. En 1880 se declara al Desierto noviciado, con el consiguiente aumento de la comunidad.

A fin de superar la penuria económica, los monjes comienzan a recolectar las hierbas aromáticas del Desierto para la destilación del licor carmelitano (Carmelita). Después de ubicar la planta de elaboración en los sótanos del convento, se construirá un edificio cercano y, posteriormente, la fábrica de Benicasim, que data de 1913.

Los últimos acontecimientos que han influenciado en el devenir de la comunidad monástica han sido la guerra civil de 1936, en la que fueron asesinados 16 monjes pertenecientes a la comunidad, y en 1971, cuando se creó un centro de espiritualidad de gran repercusión entre los fieles cristianos. También la construcción de la carretera, primero desde Castellón, con acceso junto a la ermita de la Magdalena en la nacional 340 y, posteriormente, completada con el acceso desde Benicasim, determina la presencia masiva de turistas atraídos por la belleza del lugar y las impresionantes vistas de la Plana de Castellón.