همانطور که در تصاویر دیده می شود فایل توپولوژی حاوی اطلاعات مهمی شامل نام اتم ها، نوع تعامل مابین اتم ها، جرم اتم ها و مقدار بار الکتریکی است (اطلاعات بیشتر). همچنین این فایل در برگیرنده ی دقیقی از اتم هایی که با هم پیوند و یا زاویه تشکیل داده اند هست. نکته ی مهم در تهیه ی این فایل این است که ترتیب و نام اتم ها در این فایل بایستی تطابق کامل با فایل  مختصات (pdb) داشته باشد وگرنه موقع تهیه ی فایل psf در VMD با خطا مواجه خواهید شد. این فایل را می توان از منابع مختلفی تهیه کرد.

SwissPAram وبسایتی است که بر مبنای میدان نیروهای مختلفی این فایل را با بارگذاری فایل  مختصاتی با فرمت mol2 فراهم می کند. همچنین می توانید بر اساس داده های میدان نیروی چارم اقدام به تهیه ی این فایل نمایید. گفتنی است در کنار همه ی روش های گفته شده، تمام مراحل شبیه سازی را می توان به سرعت از طریق وبسایت CHARMM-GUI انجام داد. لطفا برای اطلاعات بیشتر به اینجا مزاجعه نمایید.

فایل پارامتری (par) حاوی اطلاعات تعاملی مابین اتم ها است. بیاد داشته باشید که همواره بعد از تهیه ی فایل ساختاری psf در VMD، با فراخوانی فایل های psf و pdb در VMD، از درستی و تطابق آنها اطمینان حاصل کنید.

فایل دستورات (conf) حاوی اطلاعاتی مثل نوع هنگرد، مختصات جعبه، نوع ترموستات، گام زمانی، فرمت فایل خروجی، داده های خروجی و …هست. برای درک جززیات دستور این فایل اجرایی توصیه میشود حتما راجع به مبانی شبیه سازی دینامیک مولکولی آشنایی مقدماتی داشته باشید.

آموزش نصب VMD  در لینوکس

دانلود نرم افزار از اینجا

فایل را در پوشه ای با نام VMD اکسترکت کنید

در پوشه VMD ترمینال را باز کنید

در ترمینال دستور های زیر را به ترتیب وارد کنید:

configure/.

ls

cd src

sudo make install

حال اگر ترمینالی باز کرده و VMD را تاسپ کنید براحتی می توانید از قابلیت های این نرم افزار استفاده کنید.

آموزش نصب NAMD در لینوکس

دانلود نرم افزار از اینجا

فایل را در پوشه ای با نام namd اکسترکت کنید

در پوشه namd ترمینال باز کنید

دستورات زیر را به ترتیب در ترمینال وارد کنید:

sudo apt-get install gcc

++sudo apt-get install g

sudo apt-get install csh

sudo apt-get install tcsh

sudo cp namd2/usr/local/bin/namd2

به منظور اجرای شبیه سازی در محیط لینوکس از دستور زیر می توان استفاده کرد؛

namd2 +n8 run_file.conf | tee output.log

run_file.conf فایل اجرایی نمد است که بعد از نصب نمد می توان آنرا اجرا کرد تا شبیه سازی شروع شود.

nتعداد هسته های مورد استفاده در شبیه سازی است. output.log به همراه فایل هایی به نام dcd, output.restart.coor, output.restart.vel, output.restart.xsc , output.xst خروجی شبیه سازی خواهند بود.

آموزش نصب PACKMOL در لینوکس

دانلود نرم افزار از اینجا

اکسترکت کردن آن در پوشه ای با نام packmol

در پوشه packmol ترمینال را باز کنید

دستور make را در ترمینال تایپ کنید

برای اجرای پکمول کافی است تا دستور زیر را در ترمینالی وارد کنید. بیاد داشته باشید که این ترمینال را فولدری باز کنید که حاوی فایل اجرایی پکمول و فایل مختصات تک مولکول شما هست.

packmol > file.inp/.