کتابخانه

فهرست مقالات

1- VMD: Visual Molecular Dynamics. (دانلود)

کسانی است که از نرم‌افزار VMD در کار پژوهشی خود استفاده می‌کنند لازم است تا مروری بر این مقاله داشته و در مراجع خود به آن اشاره کنند.

2- Avogadro: an advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. (دانلود)

مقاله‌ی مرجع کسانی که در کار خود از نرم‌افزار آووگادرو استفاده می‌کنند.

3- Computing 1-D atomic densities in macromolecular simulations: The density profile tool for VMD. (دانلود)

کسانی که از پلاگین توزیع چگالی نرم‌افزار VMD استفاده می‌کنند بهتر است که این مقاله را مورد لحاظ قرار دهند.

4- Computing diffusion coefficients in macromolecular simulations: the Diffusion Coefficient Tool for VMD. (دانلود)

کسانی که از پلاگین محاسبه‌ی دیفیوژن نرم‌افزار VMD استفاده می‌کنند بهتر است که این مقاله را مورد لحاظ قرار دهند.

5- Packmol: A package for building initial configurations for molecular dynamics simulation.  (دانلود)

مقاله‌ی مرجع کسانی که در کار خود از پکیج پک‌مول برای تهیه‌ی جعبه استفاده می‌کنند.

6- CHARMM: A Program for Macromolecular Energy, Minimization, and Dynamics Calculations. (دانلود)

به محققانی که از میدان نیروی چارم در پژوهش خود استفاده می‌کنند پیشنهاد می‌شود تا این مقاله را مورد بررسی قرار دهند.

7- Scalable Molecular Dynamics with NAMD. (دانلود)

به محققانی که از پکیج نمد در پژوهش خود استفاده می‌کنند پیشنهاد می‌شود تا این مقاله را مورد بررسی قرار دهند.

8- From GROMACS to LAMMPS: GRO2LAM: A converter for molecular dynamics software. (دانلود)

 فهرست کتاب ها

1- Intermolecular and Surface Forces, Third Edition, Jacob N. Israelachvili, Elsevier, 2011. (دانلود)

در این کتاب در چند بخش مفصل به تشریح نیروی مابین اتم‌ها و مولکول‌ها و همچنین مابین ذرات و سطوح و در انتها سیستم های بیولوژیکی می‌پردازد.

2- Introduction to Practice of Molecular Simulation, First Edition, Akira Satoh, 2011. (دانلود)

در این کتاب به شرح با جزییات تمامی روش‌های شبیه‌سازی مولکولی پرداخته شده است. همچنین برای تمامی روش ها کدهایی به زبان فرترن و C به عنوان نمونه آورده شده است.

3- Understanding Molecular simulation From Algorithms to Application, 2nd Edition, Daan Frenkel and Berend .Smit, Elsevier, 2002. (دانلود)

4- Ubuntu®Linux® TOOLBOX 1000+ Commands for Ubuntu and Debian Power Users, Christopher Negus François Caen, Wiley, 2008. (دانلود)

در این کتاب تمامی دستورات اجرایی در محیط کاری لینوکس ابونتو شرح داده شده است.

5-  .The Theory of Intermolecular Forces, Second Edition, Anthony J. Stone, Oxford, 2013. (دانلود)

در این کتاب به بررسی انواع نیروهای بین مولکولی پرداخته می شود.

6-  .Principles of Modern Chemistry,Oxtoby, Gillis, and Campion, 2019. (دانلود)