De to første semestrene etter opptak i forskerlinjen går til fulltidsforskning. Typisk betyr dette at man begynner på forskningsprosjektet sitt og tar fag i henhold til opplæringsplanen sin. I tillegg til vanlig studiestøtte fra Lånekassen, får man også forskningsstipend. Disse midlene er skattefrie og brukes fritt av studenten. Les mer om økonomi og finansiering rundt forskerlinjen her.
Etter forskningsåret går man tilbake til medisinstudiet og fortsetter som vanlig, men da et kull under det man opprinnelig startet på. I tillegg til forskningsåret har man to sommersemestre for forskning. Man får stipend også for disse periodene. Når man ønsker å ta sommersemestrene med forskning er frivillig, men vanligst er å ta dem rett etter forskningsåret og sommeren etter året man er tilbake på medisinstudiet. Dersom man ønsker å forske andre sommere, er det bare å sende mail til forskerlinjeadministrasjonen. Det er imidlertid anbefalt å ikke ta sommersemester etter 5. året på medisinstudiet, da det heller bør brukes til å jobbe som medisinstudent med lisens.