Desde el siglo XIV, por disposición real, recorría las calles de la ciudad una pequeña procesión que salía del convento de San Francisco de la Venerable Orden Tercera de San Francisco de Asís (V.O.T), en la que se integraba el Santo Entierro. En 1565, la Hermandad de la Sangre de Cristo realizaba una procesión del Santo Entierro. Durante los siglos XVII, XVIII y principios del XIX se organizaban, en ocasiones, dos procesiones, una por la Venerable Orden Tercera de San Francisco de Asís y otra por la Hermandad de la Sangre de Cristo, que partían del convento de San Francisco.

Ya en el siglo XVIII, la V.O.T. organizaba tres procesiones: procesión del Encuentro (Martes Santo), procesión del Santo Entierro (Viernes Santo) y Procesión de la Resurrección (Domingo de Pascua). Desde 1827 la Hermandad de la Sangre de Cristo fue la encargada de organizar el Santo Entierro y la V.O.T. continuó realizando la procesión del Encuentro durante los primeros decenios del siglo XX. 

Desde el siglo XVIII, los pasos eran llevados a hombros por los llamados terceroles: labradores y ganaderos de los alrededores de Zaragoza, que vestían hábito y tercerol —prenda de cabeza, similar a la usada por la Orden Tercera— de color negro. Dichos terceroles acudían año tras año a la iglesia de Santa Isabel de Portugal y, bajo la dirección de los Hermanos de la Sangre de Cristo, colaboraban en la Procesión del Santo Entierro. 

Pero en 1935, momento a partir del cual se forja la Semana Santa actual, la tensión política y las dificultades por las que atravesaba el país hacían muy difícil la organización de la Procesión del Santo Entierro, suspendida desde 1931. En ese año, 1935, se produjo un incendio del almacén donde se guardaban los pasos que afectó a la Entrada de Jesús en Jerusalén; también se produjo una huelga de terceroles, por lo que las imágenes fueron sacadas por miembros de asociaciones religiosas y jóvenes; e, incluso, en ese año se hizo estallar una bomba durante la procesión. A partir de este año, los pasos serían dotados de ruedas para facilitar su transporte.

Así, en 1937, se creó la primera cofradía de Semana Santa, organizando procesión independiente y tomando a su cargo el paso de Nuestra Señora de la Piedad, propiedad de la Hermandad de la Sangre de Cristo. La nueva cofradía llevaba hábito diferente, que la distingue de su cofradía madre, con la que participaba en la Procesión del Santo Entierro. 

En años sucesivos, fueron creándose otras cofradías, hasta 25, cada una con sus propias peculiaridades, que fueron haciéndose cargo de los pasos propiedad de la Sangre de Cristo, o encargaron pasos propios. Unas cofradías, de raíz aragonesa, adoptaron el tercerol; otras cubrieron su cabeza con capirote. En 1940, las Siete Palabras implantaron el tambor del Bajo Aragón para acompañar sus desfiles procesionales, instrumento que adoptaron, posteriormente, la mayoría de las cofradías. Algunas Cofradías prefirieron recuperar tradiciones más zaragozanas, como las matracas, las carracas o el canto de la jota al mismo tiempo que el tambor.

La mayor peculiaridad de nuestra Semana Santa es que las cofradías en su totalidad, además de realizar sus procesiones particulares, se incorporan a la Procesión del Santo Entierro, componiendo un Vía Crucis completo, en el que se pueden contemplar todos los momentos de la Pasión. En verdad se trata de un Vía Crucis hecho escultura y sonido.

En 1995, por Decreto de la Diputación General de Aragón, se declaró la Semana Santa de Zaragoza ·Fiesta de Interés Turístico de Aragón· y posteriormente, en 2001, la Secretaría General de Turismo del Ministerio de Economía y Hacienda la declaró "Fiesta de Interés Turístico Nacional". En el año 2014, fue declarada por la Secretaría de Estado de Turismo "Fiesta de Interés Turístico Internacional".

En 1948, debido al aumento del número de cofradías desde 1937 que organizaban sus propios actos y procesiones penitenciales durante la Semana Santa, se vio la necesidad de crear una entidad que coordinara todas ellas. A iniciativa de la Hermandad de la Sangre de Cristo, se crea la Junta Coordinadora de Cofradías, dependiente de la Autoridad Eclesiástica y presidida por la Hermandad de la Sangre de Cristo. Su sede canónica es la Iglesia de Santa Isabel de Portugal, conocida popularmente como Iglesia de San Cayetano.