I primi cenni storici dell'esistenza della comunità di Castel Porpetto risalgono alla fine del 1200. Grazie agli appunti di Luigi Frangipane veniamo a sapere che al tempo esistevano a Castello quattro borgate: borgo D.no Francesco (1221); borgo Della Paglia (1311); burgo Castelli Porpeti (1313); borgo San Tomaso (1313). Sopra una piccola altura si estendeva il convento dei frati con l'annessa chiesa di San Francesco della quale non si conosce l’anno di costruzione. 

I primi riferimenti storici risalgono ad un testamento del nobile Walterpertoldo di Spilimbergo (6 aprile 1290) con il quale lasciava un legato al convento. Prima ancora però, nel 1246, Federico di Castello vendette feudi di importanza a tale Giovannino di Lorenzago, ricco signore, allo scopo di poter ampliare in miglior forma la chiesuola di Castel di Porpetto, cosa attuata poi nel 1247. Questa risulta la prima memoria riferentesi ad uso di culto. Nel 1270, si ha notizia che il nobile Nortelpoldo di Spilimbergo lasciò un legato al convento di Castello.

Le informazioni sul numero dei frati che dimorarono nel convento di Castello risultano essere piuttosto esigue. Dalle documentazioni si evince che la comunità francescana locale era piccola e difficilmente ebbe a superare i quattro religiosi. In certe situazioni, essa si ritrovò addirittura talmente ridotta da rischiare la propria continuità.

Il sito facente capo al castello, territorialmente ben più esteso dall’attuale frazione,  era molto grande, con varie chiese, con abitazioni signorili e con un palazzo. In questo periodo a Castello risiedevano un notaio, un medico e un gastaldo (o castaldo: funzionario della corte regia delegato ad operare in ambito civile, militare e giudiziario). Vi era pure un luogo di estrema difesa: La Rocca.  

Fu probabilmente per questo che il 24 marzo 1317 il beato Odorico da Pordenone si trovò presso Castel Porpetto con il confratello frate Raggio nella casa della signora Nida, mamma di Artico (1318 vescovo di Concordia), a un atto di manomissione (concessione della libertà) di un giovane, Nicola figlio di Francesco di Beltrame da Castello, a patto che diventi prete. 

Nel 1351 il complesso conventuale viene distrutto a seguito della congiura ordita a Cividale da quella parte della nobiltà scontenta della politica riformatrice del patriarca di Aquileia Bertrando di Saint-Geniès, che cadde nell'imboscata a cui partecipò anche Giovanni Francesco di Castello nei pressi di San Giorgio della Richinvelda.

Il successore del patriarca Nicolò da Lussemburgo fece infatti radere al suolo tutti i castelli di Giovanni Francesco (Castello e Tarcento superiore e inferiore), compreso il convento dei frati che sorgeva accanto al maniero.

A partire dal 1388 la presenza di nuovi lasciti e testamenti al convento di Castello fa intendere la sua riedificazione. Si dovrà attendere circa un trent'ennio prima di trovare nuovamente traccia di strutture ultimate e funzionali. Difficile però affermare se il nuovo convento e la nuova chiesa fossero stati riedificati sul sito dei precedenti. Le prime descrizioni dei due edifici risalgono alla seconda metà del XVI secolo, ossia al 1570 e al 1593. La chiesa presentava una struttura simile ad altri luoghi di culto delle campagne friulane, con un campanile a vela, dotato di due campane a media grandezza sulle tre presenti, una sacrestia e un cimitero circondato da muri. Al suo interno, oltre all'altar maggiore, probabilmente dedicato al fondatore dell'Ordine, ne ospitava altri sei posti lungo i lati della navata. Il primo, dedicato a S. Antonio, apparteneva all'omonica confraternita ed era situato in una cappella sul lato destro della tribuna maggiore, con tanto di statua lignea e pala dipinta. Il secondo, anch'esso dotato di pala, era dedicato a S. Girolamo e si trovava nella "capella  esse dicitur magnifici domini Odorici Frangipanis". Il terzo dedicato alla Vergine, aveva una sua statua "picta ac deaurata", e ad esso seguivano l'altare di S. Rocco (con statua) e S. Sebastiano (con pala, ma senza statua), protettori contro le pestilenze. Infine l'ultimo altare era dedicato a S. Lucia, ma risultava alquanto sguarnito. Dopo diversi interventi di restauro e manutenzione ad opera dei frati e della confraternita, molto probabilmente intorno al 1730/40 la chiesa acquisì l'attuale aspetto. Il monastero fu invece ristrutturato grazie alle risorse economiche del nuovo padre guardiano Alexander Leopol Schnable, guadagnate come cappellano militare delle truppe asburgiche in Ungheria e in Sicilia e in parte concludendo accordi con gli abitanti di Castello (fra i quali anche un certo Marco Turulo, che gestiva una fornace di laterizi).

Nel 1759 dopo che sei anni prima il cappellano Francesco Pez fa notare all’Arcivescovo Attems «il problema di quelli di Castello che si sentono indipendenti dalla Pieve e ascoltano la messa nella chiesa dei padri conventuali», la chiesa viene consacrata con il titolo dei Santi Francesco e Girolamo. La cerimonia si protrae dalle 7 alle 9 e nell’altar maggiore vengono racchiuse le reliquie dei santi Teodoro e Fecondo. 

Detto convento venne soppresso da Giuseppe II imperatore nell’anno 1771. Ma senz’altro esisteva ancora nel 1787 come risulta dalla supplica inoltrata da parte di un castellano per l’acquisizione della chiesa messa in vendita nel 1787. Il decano Natale Moro, a nome della comunitá di Castelporpetto, invia fervide preghiere “ perché non venisse licitata, insieme con il convento, la chiesa e la sacristia …”

Quando i padri Conventuali di Castello lasciarono il convento l’edificio venne adibito dal conte Antigono Frangipane a magazzino. In seguito, essendo crollati i soffitti per l’eccessivo peso delle granaglie, il suddetto conte ne ordinò la demolizione.

Si deve arrivare al 1975, sotto la guida di Padre Antimo per vedere realizzato il sogno del suo predecessore Don Silvio Mazzega: «… una casa parrocchiale più funzionale e vicina alla chiesa». Infatti la canonica prima di allora era posta in via Zorutti. Restaurando e ampliando i vecchi locali del convento, attraverso la donazione testamentaria di don Mazzega e la vendita della vecchia casa parrocchiale, fu costruita la nuova canonica.

Nel 1992 la Chiesa é stata oggetto di alcuni lavori di manutenzione straordinaria e di restauro del presbiterio. Nel 2006 subisce un’opera di recupero ben più imponente che vede il rifacimento del tetto, il restauro degli intonaci esterni ed interni e di alcuni arredi. In tale occasione il 20 novembre sulle impalcature della facciata della chiesa emerge la figura di San Francesco che riceve le stimate da un crocefisso all’interno di una lunetta murata. L’affresco restaurato é ora ben visibile sulla facciata della chiesa sopra la porta principale.