Con la colonización de la región del Nuevo Santander, la Villa de San Felipe se convirtió en un centro estratégico de producción, acopio y tránsito de mercancías y personas hacia nuevas tierras. En el siglo XVIII se constituyó como el primer productor de caña de azúcar en el norte de México.
Parte de su historia también es su escudo el cual se compone de distintos elementos con características en específico:
Escudo de forma portuguesa y/o francesa, cuartelado en cruz, con escusón, bordura y rematado en la parte superior con el busto de don Sebastián de Villegas Cumplido
El 10 de abril de 1712, el sargento mayor Don Sebastián de Villegas Cumplido fundó la Villa de San Felipe de Linares en memoria del trigésimo quinto Virrey Fernando Alen castre Noroña y Silva, duque de Linares. Sin embargo, como el asentamiento se encontraba dentro de la jurisdicción de Hualahuises, los nativos de este lugar se inconformaron e iniciaron una serie de disputas con miras a que la Villa de San Felipe fuera reasignada "una legua al oriente de los terrenos de Hualahuises".
En 1715, los vecinos de Linares tomaron posesión de la nueva Villa. Villegas Cumplido poseía una congrega desde 1701 de los indios "Ampapa Caegne Amiguas", que quiere decir que "se untan almagre y comen pescados" los cuales congrega "en una hacienda de labor de mucha consecuencia" que tiene en la misión de San Cristóbal hoy Hualahuises "donde tengo mi vivienda" los cuales se supone le acompañaron en la fundación de la Villa.
Se erigió como ciudad el 19 de mayo de 1777 y en este mismo año se estableció la Diócesis de Linares (México), lo que lo convirtió fue el centro religioso más importante de la región. En este mismo año se estableció el obispado de Linares el cual fue el centro religioso más importante de la región.