A Unifesp foi fundada em 1933 como Escola Paulista de Medicina, na Vila Clementino, zona sul da cidade, e mais tarde recebeu um curso de enfermagem e um hospital próprio.
Ela tornou-se instituição federal em 1956, embora sua atuação continuasse restrita à área da saúde até o início dos anos 2000, quando passou por um projeto de expansão que acrescentaria 6 campi.
A Escola Paulista de Política, Economia e Negócios (EPPEN) se localiza na cidade de Osasco, região metropolitana paulista, e foi inaugurada em prédio provisório no ano de 2011.
Entre os cursos oferecidos na unidade estão: